DNA序列比对同源性分析图解BLAST

1、1 、进入网页： /BLAST/2 、点击 Search for short, nearly exact matches3 、 在 search 栏中输入引物系列：3'注：文献报道 ABCG2 的引物为 5'-CTGAGATCCTGAGCCTTTGG-5'-TGCCCATCACAACATCATCT-3 '（1 ）输入方法可先输入上游引物，进行blast 程序，同样方法在进行下游引物的 blast 程序。这种方法叫繁琐，而且在结果分析特异性时要看能与上游引物的匹配的系列，还要看与下游引物匹配的系 列 之后看两者的

2、交叉。5' 3'。2 ）简便的做法是同时输入上下游引物：有以下两种方法。输入上下游引物系列都从A 、输入上游引物 空格 输入下游引物B 、输入上游引物 回车 输入下游引物4 、 在 options for advanced blasting中：select from 栏通过菜单选择 Homo sapiensExpect 后面的数字改为 105 、在 format 中：select from 栏通过菜单选择 Homo sapiensExpect 后面的数字填上 0 106 、点击网页中最下面的 “ BLAST ！7 、出现新的网页，点击 Format ！8 、 等待若干秒之后，出

3、现 results of BLAST的网页。该网页用三种形式来显示 blast 的结果（ 1 ）图形格式：图中代表这些序列与上游引物匹配、并与下游引物互补的得分值都位于40 50 分图中代表这些序列与上游引物匹配的得分值位于40 50 分，而与下游引物不互补图中代表这些序列与下游引物互补的得分值小于40 分，而与上游引物不匹配通过点击相应的 bar 可以得到匹配情况的详细信息。2 )结果信息概要：从左到右分别为：A 、数据库系列的身份证：点击之后可以获得该序列的信息B 、系列的简单描述C、高比值片段对( high-scoring segment pairs, HSP)的字符得分。按照得分的高低

4、由大到小排列。得分的计算公式匹配的碱基 ×2 0.1 。举例：如果有 20 个碱基匹配，则其得分为 40.1 。D 、 E 值：代表被比对的两个序列不相关的可能性。E 值最低的最有意义，也就是说序列的相似性最大。设定的 E值是我们限定的上限， E 值太高的就不显示了E 、最后一栏有的有 UEG 的字样，其中：U 代表： Unigene 数据库E 代表： GEO profiles 数据库G 代表： Gene 数据库3 )结果详细信息： 圈出来的部分代表序列的信息 第一个大括号代表上游引物与该序列的正链的匹配情况： 共有 21 个碱基匹配，得分 42.1 分，E 值为 0.020上游引物

5、与序列的 2143 2163 位点匹配 第二个大括号代表下游引物与该序列的负链的匹配情况： 共有 20 个碱基匹配，得分 40.1 分，E 值为 0.077 下游引物与该序列的 29360 29379 位点互补 注意点：上游引物为 20 个碱基，为什么会变成 21 个碱基呢？这是因为下游引物的第一个碱基为 T ，刚好与系 列的 2163 位点的 T 匹配，因此下游引物的开头的第一个碱基被当成了上游引物了。同理，上游引物的 最后一个碱基为 G，被当成了下游引物了。通过寻找有没有与120 位点、20 40 位点完全匹配的序列，就可以避免这个因素的干扰了。为什么与上下游引物匹配的 ABCG2 序列有多种？A 、 为同一个基因来源的不同的 mRNA 片段B 、 为该基因的 DNA 系列C、 为同一个基因来源的不同的 cDNA 片段。结果判断：验证文献报道的引物是否正确：如果你可以在所显示的结果中找出你的目的基因，一般说明你的引物正 确性没问题。如果你 blast 后没有发现你的目的基因，或者分值很低，该引物就可能不适合用 检测该对引物是否可与其它序列匹配，引起 PCR 的非特异性扩增。如果找到了你的目