查询质粒方法汇总

1、如何查找质粒图谱之我见 plasmid map, Vector Sequence方法汇总经常在坛子里看到一些人求助质粒图谱，很多时候我发现其实有些质粒图谱还是很容易找到了，刚开始帮忙查找了下，还公布了一些查找质粒图谱比较好的网站，后来看得多了，很多时候，这样的帖子 直接跳过了。今天又看到几个求质粒图谱的帖子，因此决定就查找质粒图谱的方法，写个总结帖子， 希望对虫子们有些帮助。这些方法，大部分是自己学习的过程中积累的，也许总结得还不够全面，望 其他虫友指正。方法一：安装软件Vector NT做分子实验，经常和不同的质粒打交道，了解各种质粒的图谱信息是必需的，invitrogen公司的这款软件绝对

2、是分子生物学虫子们的福音，功能强大、界面美观，使用起来很人性化。后面的很多方 法都是基于在这款软件的使用之上，因此个人觉得要想对质粒图谱了解更直观，安装这款软件是非常必要的。而且，一旦安装了这款软件，你就发现这款软件的软件包里面会包括invitrogen公司的所有质粒图谱信息和其他比较常见和经典的质粒图谱。这里就不一一细说，各位虫子可以自己体验下。（这款软件的下载和使用说明书站内很多）SPRS4265726CrcularBasicNCBI EntrezNCBI Entrez$pRS4256849CircularBasicNCBI EntrezNCBI Entrez国PRS4N45616Ocul

3、arBasicNCBI EntrezNCBI Entrez圄PRS4235797CrcularBasicNCBI EntrezNCBI Entrez0PRS4134970LinearBasteUNKNOWNUNKNOWN邑PRS3154887CircularBasicNCBI EntrezNCBI EntrezE0PRS315&018 OrcularBasicNCBI EntrezNCBI Entrez回PRS3144783CircularBasicNCBI EntrezNCBI Entrez固PRS3134957CircularBasicNCBI EntrezNCBI Entrez0

4、PRS3O&4373LinearBasicUNKNOWNUNKNOWNEpRS2004791CircularBasicNCBI EntrezNCBI. Entrez方法二：查找质粒图谱的网站：这个之前有人求助质粒图谱时，我在回应求助帖里面公布过几个我经常用的网址，估计不是专题，很 多人没看到，现在在此重新总结下 .Vector Database地址：/g?a=vdb这个网站很页面很人性化，直入主题，也是我经常用到一个网站，比如同样这个帖子求pRS类质粒图谱（注意，是一类质粒图谱，没关系，照样能找到），直接在搜索框输入pRS可以看到，之类质粒一

5、共有三十多个。OaddgeneVector DatabaseVector Database isalist of plasmid backbones from publications and several companies including cloning, nexpression, and Ientiviral and retroviral plasmids The database is compiled byA。典财快and hosted on Lat any of theplasmids listed in this catalog.|pRS | Seah Vector Dat

6、aba” | Reset Smrc hBrowse alphatietically146ABCDEFGHNKLMNPR SIUAdmbyGoogfeYeast枷。-HybridScrgnState-of-the-ArtTechnologies PremiumService QualityInteractorsWAVb* pftsinli仆临PCR ProdiictsTop quality. less cost 2XHotStart PCR MasterMix save 25%Lrr-E.e 出1十匚r#i r-Prev | 1 I 2 i 3.1 F5NameTVpeSourceDR8413A

7、TCCpR34Q8Yeast expressionAddgene Plasmid ReposDRS42。Yeast expressionAddgene Plasmid ReposDRSQ。Yeast expressionAddgene Plasmid ReposDRS414StratageneDRS418Yeast expressionAddgene Plasmid ReposDRS428Yeast expressionActdgene Plasmid RepospssaaaATCCDRS404Stratagene44 items matching pRS. (Clear)找到自己需要的质粒名

8、称，点击进入，就可以看到质粒图谱了OaddgeneVector DatabaseVector Database isalist of plasmid backbones from publications and severalexpression and lentiviral and retroviral plasmids The database isany of the plasmids listed in this catalog.拿第一个质粒pRS413举例，如上图，质粒图谱是不是很难看，对，我也觉得很难看，没关系，看见viewsequence了吗？点击进入，我们就得到该质粒图谱的序

9、列了。Plasmid NameSourcevendorPRS413ATCCPlasmid Size5000Plasmid Sequent旧w SEQL旧neecloninnd hosted on IVector Datatase RS413 Vector SequenceSequenceSequenceMap and Features BLASTCurrent sequence: 4970 base pairsView由 | .ASTArg巳nBan崩Rwvvrs巳ComDlemEntAlignDigestT ranslateFind151101151201251301351Sequence:

10、tcgcgcgtttgagaeggteatcagggcgcgcggcatcaga gagettggtg ttigtcagggttactcttggtgat11teatcggtgatgaccagcttgtetteagegegtg gcagattgtaagegetaggaaagtcataaccctcctctag ttt ttt ttttggtga5.3accgtaageggatttggcgggtgetgagagtgegtcactgccaacagtccttttacactctatcccctagcggtctgacacatgeegggageatcggggctggaccataaattggtatcgtttccc

11、gcaat 11 at t tttttat atgactctttgcagctcccggacaagcccgcttaactatg cccgttttaajaacacggcatetttttetagcctcggtaa11ttttetta* Click to HighlightUGEX 3 D建5L29AfeL cuts befde 214-NRS306)Descendents : 0*NCBI EMRIZ L云、Return tg Vectgq Homepage3. NCBI网址：/真不好意思，这么重要的网站，留到这时候才介绍，NCBI功能很广泛，其他

12、功能我就不介绍了，重点介绍如何用NCBI查找质粒图谱信息。如下图，search下拉框中选中Nucleotide,搜索栏输入质粒 名称，拿pRS303举例:今NCBI Resources HOWTDi!search后，得到搜索结果，如下图，点击右边的send to ,选中file , genebank等选项，点击CreateFile选项，得到一个gb格式的文件，导入vector软件中，就得到了我们需要的质粒图谱了。% NCBIMotional Center f PGH-T连接试荆含连接试荆含( (含软体含软体 连接菌连接菌0* *产品分类产品分类J核酸提取与纯化13 PCR相关产品Il RT-P

13、CR7 荧光定BPCR各类检测用试割瓮in * IU B J r-I - XL-.看pGM-T黄体序列Qi导DIHFSalting: Q Abslract山匚1华.心.1：由RES.2010 Apr;3&|句:曲卫.Epub 20Ham 4.Site-specific chromosomal integration of large synthetic constructs.KUE那TIECOKECDepartraent of Molecular Bniogy, PrnMlDn UEniveraty, WaslrgtDR Rciad Pnncelan, NJ OBS441O14 USA

14、. tkuhtma1rprncet0n.ediJAbMrctWe have developed an effeclive. easHo-use two-step sjistem for the sile-directed insertion dflarge geneticCTnstructs into arbitral positions in the Escherichia coli dirornoscn useslambda-Red mediated recxunbineeringi aooonipanied by lhe introduction of double-slrand DNA

15、 breaks inlhe chromosome and? a donor plasmid Searing the desired insie-i Ourm-ethcui.in contrast to existingrewmbineering orphage-derived insertjon methods,allows fortheinsertion ofve larg-e fragmenlsinto an?desired locationand inany oriei demonstralettiis method Dy inserting a 7kb fragment consist

16、ing of a venusagged lac repressor gene along with a target IacZ reporter into s-ix unique sites (Jistributod-symme the chromosome.We also demonstrate机universal1and repBtabilrt of the method by separatety inserting the lac repiassor gene and lh lacZ target into trie chromosome localions around Itiech

17、romosome via rep sated applica.tion of tn protocol.PWID; 2H47970 PiibM-ed - iWffxM for I.1EDUME W：CE：冲密鲜性硕Free PMC Artic le很多人，找到文献，仅仅将文献下载下来就OK了，其实还有很多有用的信息，比如文章的supplementary，还有如上图右边的标记部分，Nucleotide , protein都是一些很重要的信息。点击右边的Nucleotide,进入如下页面，看，文中涉及到的六个质粒序列全都有，点击进入，按照方法 二中，NCBI下载质粒图谱的方法就可以得到这几个质粒的图

18、谱，当然，前提是该文章的作者已将将 载体信息上传了NCBkResults: 6 Helper we匚torDTKRED. complete! sEciuEnceLTW5IrcuIaffieTgenetiAccession： GU327533.1 Gl： 204022307Gen 日日 wK FST.A GrMics 丽丽-网汹网汹 uera 骚骚HDonor vector oTKlP-tn. comDlete sequeM己2.3726 bp circular other-geneticAccession： GU327533.1 Gl： 2S4S22Q54工工 FCTA ：J；:Il c=!旦主虫答旦主虫答_也也 W 上上一DoriQygQDTKiP-nygrQAQFru定馆Accession： GU327537.1 Gl：