[南京农业大学][生物信息课件]10上机2

1、1生物信息学Bioinformatics234UniGene is an experimental system for automatically partitioning GenBank sequences into a non-redundant set of gene-oriented clusters. Each UniGene cluster contains sequences that represent a unique gene, as well as related information such as the tissue types in which the gen

2、e has been expressed and map location. UniGene 是非冗余的某个基因的集合是非冗余的某个基因的集合,包含了该基因所有的包含了该基因所有的经过实验证明的转录本及其表达信息经过实验证明的转录本及其表达信息.56789练习练习:1.查找查找Huang从从1999年以后发表在年以后发表在cell 或或nature或或Science上关于上关于human的所有文章的所有文章. （写出检索内（写出检索内容并列出篇数）容并列出篇数） 2. 列出南京农业大学列出南京农业大学Huang J发布的所有水稻发布的所有水稻zinc finger数目数目;3. 查找水稻查找水

3、稻ZFP182基因的基因的Unigene信息信息(包括包括Unigene号号, mRNA和和EST数目数目,表达信息表达信息)4. 查找水稻查找水稻ZFP182基因的序列基因的序列, 说明序列的大小说明序列的大小, 组组织来源织来源, 已有的参考文献已有的参考文献.101112Question1:1. 我刚刚分离一个水稻基因片段序列，大概我刚刚分离一个水稻基因片段序列，大概250bp，我想初步分析一下它是什么基因，编码什么产物以我想初步分析一下它是什么基因，编码什么产物以及是否已经被别人克隆，应该采用什么工具和数据及是否已经被别人克隆，应该采用什么工具和数据库？库？A. Blastn B.Bl

4、astp C.tblastn, D.tblastx, E. blastx F. nr G. EST H. nr/nt13第第2节节 Blast的应用的应用14主要的blast程序程序名程序名查询序列查询序列数据库数据库搜索方法搜索方法Blastn核酸核酸核酸核酸核酸序列搜索逐一核酸数据库中核酸序列搜索逐一核酸数据库中的序列的序列Blastp蛋白质蛋白质蛋白质蛋白质蛋白质序列搜索逐一蛋白质数据蛋白质序列搜索逐一蛋白质数据库中的序列库中的序列Blastx核酸核酸蛋白质蛋白质核酸序列翻译成蛋白质序列后和核酸序列翻译成蛋白质序列后和蛋白质数据库中的序列逐一搜蛋白质数据库中的序列逐一搜索。索。Tblas

5、tn蛋白质蛋白质核酸核酸蛋白质序列和核酸数据库中的核蛋白质序列和核酸数据库中的核酸序列翻译后的蛋白质序列逐酸序列翻译后的蛋白质序列逐一比对。一比对。TBlastx核酸核酸核酸核酸核酸序列翻译成蛋白质序列，再核酸序列翻译成蛋白质序列，再和核酸数据库中的核酸序列翻和核酸数据库中的核酸序列翻译成的蛋白质序列逐一进行比译成的蛋白质序列逐一进行比对。对。15具体步骤具体步骤1.登陆登陆blast主页主页 /BLAST/2.根据数据类型，选择合适的程序根据数据类型，选择合适的程序3.填写表单信息填写表单信息4.提交任务提交任务5.查看和分析结果查看和分析

6、结果1617rice18192021222324序列组成分析序列组成分析25序列组成分析序列组成分析26序列组成分析序列组成分析27A/G/C/T的组成，尤其是的组成，尤其是G+C含量的预测（进化？探针设计？）含量的预测（进化？探针设计？）28蛋白分子量和等电点蛋白分子量和等电点29蛋白分子量和等电点蛋白分子量和等电点30蛋白分子量和等电点蛋白分子量和等电点31 只要进行基因工程利用必须用到各种限制性内切酶如 GGATCC BamHI323334亚细胞定位亚细胞定位http:/35亚细胞定位亚细胞定位36信号肽预测信号肽预测http:/genome.cbs.dtu.dk/services/Si

7、gnalP/3738功能域domain: http:/smart.embl-heidelberg.de/3940练习练习: :最近我从水稻分离了一下最近我从水稻分离了一下cDNA序列：序列： TTAAGATAGTTGTGATCATCTCCAAGCTTAGCTAATTAAGCTACTAGTGGCCATGGCGGTGGAGGCGGTTCTTGAGGCGTCGAGAAGTAGTAGTGAGGAGGAGGCGGAGGTGATCGTCACGCACGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGAGGAGGAGGAGGACAGGTGGAGGGGTGGGGGAAGCGGAAGCGGTCGCGGCGGCGGCGACCGCAGCTGCCGCCCTCCGAGGAGGAGTACCTCGCGCTCTGCCTCCTCATGCTGGCGCGCGGGCGACGCGACGGCGACGACGTGGCGGCGTCGGCGTCGGCGGCGGCGGCGGCGGTGGAGCACCGGTGCTCCGTCTGCGGCAAGGCGTTCGCGTCCTACCAGGCTCTCGGCGGCCACAAGGCCAGCCACCGGAAGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGCCATGGTCGACGACGACGAGGTGGTGGTGGAGACGAAACCGGCGGCTATCGCGACGCCGTC (1) 上述序列长度多少? GC含