NCBI中各符号代表的意思

1、GenBank中字符的意思Nucleotide 数据库分为三个子数据库：EST 表达序列标记数据库GSS :基因组测序序列数据库CoreNucleotide :包含所有未被以上两个子数据库收录的核苷酸序列MeSH： 查询缩写基因的全称3、RefSeq (Referenee Sequenee)序列接受号：(1) mRNA 记录(NM_*):e。go:NM_000492(2) 基因组的 DNA 重叠群(NT_*):e.go：NT_000347(3)完整的基因组或染色体(NC_*):eogo :NC_000907(4) 基因组的局部区域(NG_*):eogo :NG_000019(5)从人类基因组注

2、释、加工得到的序列模型( XM ,XP, or XR_*):eogo :XM_000483GenBank 记录中特性表中的主要关键词:关键词解释关键词解释misc_feature生物学特性无法用特性 表关键词描述的序列promoter转录起始区misc_differe nee序列特性无法用特性表 关键词描述的序列CAAT_sig nal真核启动子上游的 CAAT盒，与 RNA 结合相关con flict冋一序列在不冋的研究 中在位点或区域上有差 异TATA_sig nal真核启动子的 TATA 盒un sure序列不能确定的区域35_sig nal原核启动子中的一 35 框old_seque

3、nee该序列对以前的版本做 过修订10_sig nal原核启动子的 Pribow 盒variatio n包含稳定突变的序列GC_sig nal真核启动子的 GC 盒modified_base修饰过的核苷酸RBS核糖体结合位点gene已识别为基因或已命名 的序列区域polyA_sig nalRNA 转录本的剪切识别 位点misc_sig nal无法用信号特性关键词 描述的信号序列enhancer增强子关键词解释关键词解释atte nu ator与转录终止有关的序列CDS蛋白质编码序列termi nator转录终止序列sig_peptide编码信号肽的序列rep_origi n双链 DNA 复制起

4、始区tran sit_peptide转运蛋白编码序列misc_RNA无法用 RNA 关键词描述的 转录物或 RNA 产物mat_peptide编码成熟肽的序列prim_tra nscript初始转录本intron内含子precursor_RNA前体 RNApolyA_siteRNA 转录本的多聚腺苷 酸化位点mRNA信使 RNArRNA核糖体 RNA5 clip前体转录本中被剪切掉的5 端序列tRNA转运 RNA3 clip前体转录本中被剪切掉的3端序列scRNA小细胞质 RNA5 UTR5非翻译区sn RNA小核 RNA3 UTR3非翻译区sn oRNA加工和修饰 rRNA 的小exon外显

5、子核 RNA关键词解释关键词解释immuno globulin_relatedrepeat_ un it单个的重复元件C_regi on免疫相关蛋白上的不变区LTR长末端重复序列D segment免疫球蛋白重链的可变Satellite卫星重复序列区，T 细胞受体B链J_ segme nt免疫球蛋白重链、轻链以misc_bi ndi ng无法描述的核酸序列及 T 细胞a、B、丫的结结合位点合链N_ regi on插入重排免疫球蛋白片段primer_b ind复制、转录的引物结间的核苷酸合位点S_ regi on免疫球蛋白重链的开关区prote in_bind蛋白质结合区V_ regi on编码免

6、疫球蛋白的可变区STS测序标签位点N 末端的序列V_ segme nt编码免疫球蛋白的可变区misc_recomb无法用重组特性关键的序列词描述的重组事件repeat_regi on基因组中所包含的重复序iDNA通过重组所消除的列DNAmisc_structure无法用结构关键词描述的stem_loop发夹结构核酸序列高级结构或构型D_loop线粒体中 DNA 中的取代环 GenBank 记录中特性表中的限定词:限定词含义限定词含义/allele=给定基因的等位基 因/cod on _start=相对于序列第一个碱 基，编码序列密码子的 偏移量/bo un d_moiety=嵌合范围/co u

7、n try=DNA 样本的来源国/cell_type=获得序列的细胞类 型/db_xref=其他数据库信息的交 叉索引号/citati on=已被引用的参考文 献数/direct ion=DNA 复制方向/cl on e_lib=获得序列的克隆文 库/environmen tal_sample=序列直接从环境材料 中获得而没有指明来 源物种限定词含义限定词含义/excepti on=指明 DNA 序列未按通常的 生物学规律翻译，如 RNA 编辑/PCR_co nditi ons= 描述 PCR 的反应条件/freque ncy=在种群中发生变异的频率/pop_varia nt=获得序列的群体变

8、异种 名称/germli ne如果序列是 DNA 并来源于 免疫球蛋白家族，则表示 该序列来源于未重排 DNA/product=序列编码产物的名称/in serti on _seq=序列来源于某种插入兀件/an ticodo n=tRNA 反义密码子的位 置及它所编码的氨基酸/isolate=序列来源的生物个体/celline=获得序列的细胞系/lab_host=为扩增序列来源物种所用 的实验室宿主/chromosome=获得序列的染色体/macr onu clear指明 DNA 来源于染色体分 化的大核期评论及附加信息/clone=获得序列的克隆子/note=/codon=指出与参考密码子不

9、同 的密码子/orga nelle=获得序列的细胞器/EC_ nu mber=序列产物的酶学编号/sub_stra in=获得序列的来源微生物亚 种/tra nsl_table=描述在翻译中与通用密 码表不同的密码表/tissue_type=获得序列组织类型/usedi n=表明该特性在其他检索 中也被使用/tran slati on=按通用或指疋的密码子表 翻译的氨基酸序列/virion病毒颗粒限定词含义限定词含义/con s_splice=区分内含子剪切位点和“ 5 G.AG- 3 剪切位点/map=相关特性在基因图谱上的位置/cultivar=所获序列植物的栽培变种/mod_base=被

10、修饰碱基的简写/dev_stage=序列来源于某种生物的特 定发育阶段/nu mber=从 5T3注明遗传兀件的 顺序/evide nce=序列特性来源于实验还是 推理/orga ni sm=提供测序用遗传物质的物 种的科学名称/focus指出在记录中的来源特性 在其他物种中还有不同的 来源特性/phe no type=序列特性所导致的表型/fun cti on=序列所代表的功能/plasmid=获得序列的质粒名称/haplotype=序列来源于某种物种的单 倍体/protein_id=蛋白质的检索号/isolati on_sou-rce=描述序列来源物种的生 理、环境和地理信息/provir

11、al整合在基因组中的前病毒/label=序列特性的俗名/rearra nged如果序列是 DNA 并来源于免疫球蛋白家族，则表示该 序列来源于重排 DNA限定词含义限定词含义/rpt_family=重复序列/tran spos on=转座子/rpt_ un it=指明重复区域的重复元 件构成/variety=获得序列的生物 变种/serotype=同一物种的不同血清学 特征/pseudo假基因/sex=获得序列的物种性别/replace=表明特性间的间 隔序列已被替换/specime n_vou cher指明来源物种保存于什/rpt_type=重复序列的组织=么地方方式/strai n=获得序

12、列的菌珠/seque nced_m ol=获得序列的分子 类型/sub_species=获得序列的来源物种的 亚种/serovar=同一原核生物的 血清学特征/tissue_lib=获得序列组织库/specific_host=获得序列的天然 宿主/tran sge nic指明物种的来源特性是 否是转基因受体/sta ndard-name=特性的通用名称/tran sl_except=标明序列中未按指定密 码子表翻译的氨基酸的 位置/sub_cl one=获得序列的亚克 隆 BLAST1.blastn (n ucleotide blast)是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已 知序列

13、都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。2.blastp (protein blast)是蛋白序列到蛋白库中的一种查询.库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。3.blastx 是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列(一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白)，再对每一条作一对一的蛋白序列比对4.tblastn 是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与 blastx 相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对.5.tblastx 是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白(每条核酸序列会产生

14、6 条可能的蛋白序列)，这样每次比对会产生 36 种比对阵列。Accessi onMoleculeMethodNoteAC_123456Geno micMixedAlter nate complete geno micmolecule。This prefix is used forrecords that are provided to reflect analter nate assembly or annotation。Primarily usedfor viral, prokaryotic records。AP_123456ProteinMixedProte in products; a

15、lter nate proteinrecord。This prefix is used for recordsthat are provided to reflect analternate assembly or annotation。The AP_prefix was orig in ally designated for bacterial prote ins but thisusage was changed。NC_123456Geno micMixedComplete geno mic moleculesincluding genomes，chromosomes,orga nelle

16、s，plasmids.NG_123456Geno micMixedIn complete geno mic regi on;supplied to support the NCBI genomeanno tati on pipeli ne。Represe ntseither nontran scribed pseudogenes，or larger regi ons represe ntinga gene cluster that is difficult to annotate via automatic methods.NM 123456mRNAMixedTran script produ

17、cts; matureNM_123456789messenger RNA (mRN) tran scripts.NP_.123456ProteinMixedProtein products；primarilyNP_.123456789full-le ngth precursor products butmay in clude some partial prote insand mature peptide products。NR_123456RNAMixedNon cod ing tran scripts in cludi ngstructural RNAs, tran scribedpse

18、udoge nes, and others.NT_,123456Geno micAutomatedIn termediate geno mic assemblies ofBAC an d/or Whole Genome Shotgunsequenee data。NW _123456Geno micAutomatedIn termediate geno micNW _123456789assemblies of BAC or WholeGenome Shotgu n seque nee data.NZ_ABCD12345678Gen omicAutomatedA collecti on of w

19、hole genomeshotgu n seque nee data for a project.Accessi ons are not tracked betweenreleases。The first four charactersfollowing the underscore (e。g.ABCD ) ide ntifies a genome project。XM_123456mRNAAutomatedTran script products; modelXM_123456789mRNA provided by a genomeannotation process ; sequeneecorresp onds to the geno mic con tig.XP_,123456ProteinAutomatedProte in products; modelXP_.123456789prote ins provided by a genome annotati on process; seque nee corresponds to the geno mic eon tig.XR_.123456RNAAutomatedTran script products; model non-coding tran scripts provided by agenomeannotat