Gauss计算步骤

1、Gauss计算步骤1 Chemdraw画出相应结构式,注意方香性分子的结构应用 表示,分子结构完成之后与正常情况下画出分子相比拟,看 看有没有缺少C或者H原子.Chemical Formula; C17HeN04 Chemical Formula: CghlO42确认结构无误后,将芳香性分子粘贴到 Chem3D Ultra 8.0中ChemBio3D Ultra 12.0中无MOPAC且粘贴后分子容易出错3)点击 MOPAC minimize energytilt EnergyrohrrpD i spLay Every Ileirati o Recoird Eirery Itration Co

2、py Me asm (gm ent 5 to MessagesMminuin RMS|OooiTol Type Theory | Propert.! es | G-eneral |flethod： FM3WagClosed Sliell(He stri c te>KPropert i 生Jot Tyye | Theory T/Qpeifti$ | Gtnaral |of formation Gr&liMLt Ncrm Bl poleCh&jrg&sCosift'O Solvit ion in ate Electrostali c Potwrdial Nol

3、eculai- SurfMCi*sSpin DensityHyperfine Complies Co工Chtres. Nullikri4点击run之后,得到半经验计算构象5)点击 Gaussiancreate input fileJob Type | Theory | Properties | GeneralJob Minimize Energy Display Every Iteratio Record Every Iteration Copy Measurements to Messages 6 Do Not Calculate Force Constan Calculate Initia

4、l Force Consta Calculate Force Constants At Each I Use Tight Convergence Criteies GeneralJob Type Theory此处计算的是自由基负离子所以只能选择open shell, unrestrictedopenshell表示分别计算a和B电子,自由基阴离子net=L spin为2,自旋多重度=2S+L即单电子数目加1Job Type | Theory Properties | GeneralPropertySCF Energy RMS Force DipoleElectron Density Molecu

5、lar Surfaces Spin DensityHyperfine Coupling Cons Polari zabili ti esPopulationMulliken6点击create之后弹出保存按钮对话框,保存成文件7启动GaussView5.0, fileopen翻开刚刚保存的.gjf文件SJcalculate->Gaussian calculation setupTitlt：Keywords：Ch&rge/Hult.：AQIaideMradical anion# opt=tight ub31jrp/6-31 + g(d, p) nosy»a naxdisk=

6、10CB geo,二connectivi ty-1 2Gutss NBO Solvation | Add. Inp. Use RFO stepyi Use tight convergence criteriaMethod Title I Link 0 I GtntralUse Quadratic Macrostep此处选择 optimization,收敛标准选择 use tight convergence criteria_jnh Type Nethtd Ti Link «il Gelose| PRl | MclTrati ；皿 | kdl. Inf叵®i.；"遍

7、电巫晅Method； Gt-oujftd Stalls 卜 DFT. ,、UnrestriGtel ,B3LTT rBisi 5 Set： 671G 一 十 | “ | d *,p | * |)Charge：卜 1S>in" Doublet 卜|Method选择基态；charge=-1 , spin=2;选择极化函数+弥散函数口tie：AQlRiide-F*dical wi«n.K*ywr 1?* 力>t=七10 th!i31b/K-31 +e>)市面/klfltTRCIlm Ee/Md-l. .1 1 2I Job TypeMl-Etkoi.TitlaL

8、ink 0GeztftralKBO|FBCSoL-VElIi oilAdd- Inji.Jnl Title：U)7 m-i 且i - 74Job title用于给文件命名Title :AQTihI ler adLlajui oilKew#ird±：# op*=*i. g11t kAmiyp/E-31 +£型)nosjmia -B4UEd.il sIe= 10GB f:11rBi尸t. ： -1 7Joi Type Metked.抬L1eia 虱t aGexKi alGue2sNBCFDCAldL Xup.jUpti 叼胃 IditWem<iry Limit.Speci

9、fy. ./ | J.25NWJhhioLnl Vile：| Don'i i*m|v| |117 Tull Fithku4-vrl I a FlIh. Dm； I ivtLi：nd鼻,W-irki-r-Dim't useSli-u e 1 Pt 日工"33口土" Ep'-fteifj. . tt | 4此处memory limit用于指定计算所占内存大小,高斯使用默认的内存48M , 1MW=8 MB ; shared processors用于指定多核处理器,本实验室计算工作站可以选择4,高斯默认为1.般进行结构优化以及频率计算的时候不保存chkpo

10、int file文件,等单点能以及激发态计算的时候才保存chkpoint file文件Ti tl* ：AQlinid«"r adi cal uii onKeywords：律 opt.= tight ul>31yp/6-31 + g(d, p) nosyniB najcdiwklUGHJob Type Method Title Link 02 LUse Quadriticaiiy Conv&rgent §C? 口 Use Modified Rgdhuidmt Cocrdimat | y| 工安tore Sywimetiy| Use Counterpoi

11、 seWrite GtussiariL F.ragjn*nt0 Use M双Di£k=Chirge/Nylt. ：-1 2Guess NBOan Add. Inp.1 Ad.di tiond. Fr intWrits Conm«ct ivityCompute polarizabilitiesFT Write PUE Data一般ignore symmetry ,即忽略分子对称性,由于有时计算结果分子 对称性会发生变化；Use Maxdisk用于指定计算所用硬盘大小,默认 2G,一般都设置的比拟大一点,要不然计算可能出错,我一般用10G 或者20G,再后面的Guess 初始猜

12、想、NBO 成键轨道分析和 Solvation 溶剂化不用管.9参数设置完成,在检查一遍无错误后,点击editsave即保存Gaussian optimization 的 input 文件,文件类型 Gaussian input file .10点击save会弹出一个写字板文件信息,上面分别记载了计算的一 些设置以及原子坐标信息11关闭写字板文件,会弹出一个提交 Gaussian计算的对话框,点击 cancel.12启动 Gaussian 09, file open 翻开冈I才保存的 Gaussian input file 文件,再次确认计算指令信息无误后点击软件右上角的run按钮,即可进入计

13、算程序进行构象优化.13计算结束,得到高斯计算结果 Gaussian Output File,构象优化 是计算最耗时局部,一般大于10个小时.14)翻开 Gaussview, file open翻开构象优化得到的GaussianOutput File 文件,calculateGaussian calculation setup 进行下一步频率计算的参数设置.Titis：AQIini de_rcal wi«nfrequencyK*ywordE. * £req -b31nl/671*匕p IL口弓 nudisk=10GB geoa=co»ectidily Charjg

14、e/M,olt ：12Cfob Typtj th熄 TiQt Livdfi 0 Gmtrtl Gut» IBOSolv*licni Md. lap.Frfeqiieacy 三Coapute Ran an Default 卜 | | Compute VCD|_ Save Normsl ModesCoamute ROA Ho 自 Read Incident Lidtt Freis De£ault| Skip di«. of full. matris,Select Noirm«l Nodes Modes；$tnkuharnumi1c CrectiDnsSped

15、 fy Axilidi niuxii c Mu dew.1Compute projected frequenciesJob type选择frequency ,其他选择默认不进行改动,注意频率计算 必须和构象优化使用同一基组,要不然频率计算将失去意义.15同构象优化一样,参数设置完毕,点击edit,保存文件为Gaussian input file ,根据构象优化相同程序进入频率计算.16频率计算结束后,输出文件是 Gaussian Output File ,翻开 Gaussview, file open 翻开频率计算得到的 Gaussian Output File 文 件,点击Resultsvi

16、bration ,弹出如下对话框,检查有无虚频：Save Movie. , rM aJVUal 工 pl 鼻q ige eikt "0. QO£w登Str口匚七.后CancelCloseSEctrwillfrdt #Ft*136. SI256.410.0&2736 cL490.096443T.1T0.75E35127.490.1T306131.320.0001T146,0117,9436Q17X400.0035g203.330.034110214.G70 0002- St sx_10nAzimale VibjrsLtioil" ! £3忖 G1：MZ：V1 - Dbpla / Vibr