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文档简介

1、分子内坐标输入以含H20的高斯输入格式为例:# p HF/ST0-3GWater en ergy 0 1OH 1 0.956H 1 0.956 2 104.5计算的最基本格式如上例所示，第一行表示计算方法和基组，然后空一行，第三行表示名称，然后空一行，蓝色的一行两个数字分别表示分子电荷和自旋 多重度，红色部分为分子内坐标。在分子内坐标系中，分子中每个原子的相对位置是用与它成键的另一原子间键长、该键与另一化学键间的键角，以及后者与和它有一条公共边的另一键角所成的二面角来确定。可以理解为原子在空间的相对位置，取分子中的一个原子作为参考原子逐步确定其他原子的位 置。需注意：键长的默认单位为？；0o&

2、lt; 键角< 1800。二面角的定义为包含原子 A、1、2的平面与包含原子1、2、3的平面所成的夹角，其取值区间为-1800, 180o。二面角所取的正负符号由右旋法则”确定。用“右旋法则”确定二面角的正负时，取包含参考3个原子的平面为基准面、参考原子2指向参考原子1的位矢方向为基转轴的正方向。若被定义的原子A与参考原子1、2构成的平面位于基准面的逆时针方位，则其二面角参量为正号，否则为负号。以上是关于内坐标的解释，我们在输入分子内坐标时大多依靠软件（chem3D和gaussview）进行。下面以甲烷为例说明：首先使用chem3D画一个甲烷分子；然后另存为格式为 gjf使用记事本打开保

3、存的文件，如果是内坐标表示完成；如果显示的是笛卡尔坐标如下鼻扫/摊护心t夕rw+Efile t savefl SP TestNo Tig1-1.5344830*293103CL OOODOO-0.4T7031-0. 054120o.oooooo-L 559578L 4058200.000000-2.050G15-0. 0896090.908756-2.060615-CL 0£9o0-0. 903795文伴旧烷虽卫 唱式口 住初 粵朗阿关掉文件，再使用 gauss view打开文件后，右击，选择tM+ORhnnuhSavaTh_NfV hfEMI文件储存类型选择 Gaussian Input Files (*gjf), write Cartesians (表示的是笛卡尔坐标)前面 不打勾。保存的文件即为甲烷的内坐标。丈肚匸静拓：伫 SB AO乍 Seaui=cannectivL ty sp testMo ritU0 1c11.11299980HI1.1129952109.46Q9E332H11.113000032IO?. 470017323 -119, 99899323ClH11.

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