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1、寻找真核生物基因有无内含子及cDNA 序列By :xiaoji (1510073316-qq 真核生物基因组上存在内含子和外显子,在表达时,一般在提取RNA 后,反转录为Cdna ,之后以此为模板扩增目的基因序列,可以实现在原核生物中表达(暂不考虑糖基化等蛋白修饰过程。但是,并不是所有的基因内部都存在内含子,因此也就不需要进行RNA 提取及反转录操作,那该怎样判断一个真核基因内部有无内含子呢,在确定有内含子的条件下,cDNA 是获得目的基因的关键,那么又该如何确定cDNA 序列呢。步骤1-你需要确定要扩增的基因,然后进入NCBI 网站,选“Gene ”选项进行查找。步骤2-输入想要获取的基因(

2、示例中为cel61a ,点击确定获取搜索结果。 步骤3-获得搜索结果。查找自己的目的基因,点击序列号(Name/GneneID“Gene”模式下搜索基因进入详细目录。 步骤4-获得目的基因详细信息。进入“Genomic regions, transcripts, and products”初步查看在基因组上该基因是否有内含子;外显子个数内含子在基因组上的位置步骤5-初步确定是否存在内含子。在左上角的文字说明里可以看到“Exon count 2”可知有两段外显子,则确定存在一个内含子;Graphics中可以看到,基因中存在间隔,中间一部分没有加粗显示,说明是内含子,之后要确定内含子的确定位置及找

3、到cDNA序列,点击Genebank进入基因序列界面;基因在基因组上的位置步骤6-基因详细信息界面;mRNA序列位置(间隔序列,说明存在内含子进入蛋白氨基酸序列界面步骤7-将页面向下浏览,在mRNA序列部分会显示内含子位置,mRNA序列位置1-218bp,273-1351bp,则中间间隔部分为内含子。下方CDS序列显示cDNA在基因组上的位置,比mRNA位置略短。之后点击CDS区protein_id链接,进入氨基酸序列界面; 步骤8-氨基酸序列界面,点击CDS右下角会出现提示信息; 步骤9-点击CDS后出现的提示信息(右下角,点击下方“Display”部分的GenBank进入cDNA序列界面;cDNA序列步骤10-获得cDNA序列;cDNA序列位置(从ATG开始点击可以进入引

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