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文档简介

1、R语言CummeRbund上机安装CummeRbund打开R程序（以管理员确保电脑连接到输入以下命令行:> source("h3p://bio打开）e.R")> bioe("cummeRbund”)把执行路径改到di_out2文件夹下面，然后输入以下命令：> library(cummeRbund)> cu <-­Cuinks()EsHmated Overdispersion> dispersionPlot(genes(cu)MulHple SamplesDistribuHons of F

2、PKM Scores> csDensity(genes(cu)MulHple SamplesDistribuHons of FPKM Scores> csBoxplot(genes(cu)MulHple SamplesSignicantly Regulated Genes找出差异表达基因列表输入以下命令：> mySigGeneIds<-­getSig(cu,alpha=0.05,level='genes')> mySigGenes<-­getGenes(cu,mySigGeneIds)Heatmap> csHeatmap(mySigGenes,cluster='both')MulHple SamplesExpressionBarplot> expressionBarplot(mySigGenes)MulHple SamplesExpress

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