CANOCO之CCA排序中文完整

1、Canoco for Windows 4.5之CCA排序以下为软件使用的详细步骤，具体探讨如何使用Canoco for Windows 4.5软件包完成Canonical Correspondence Analysis (CCA) 分析，软件包的大部分程序都将在步骤中涉及，鉴于分析中所采用的公用数据集，大家可以基于Canoco测试版重做这些分析。 (提醒： Canoco测试版默认安装路径为C:Canoco，如果您在别的地方重新安装，请恰当的调整文件夹路径。) 步骤共划分为四个过程: 借助WCanolmp导入电子表数据借助Canoco for Windows进行CCA排序借助CanoDraw画出

2、排序图修正CanoDraw 排序图一、借助WCanoImp导入电子表数据1.打开路径C:CanocoSamplesdune_env.xls中的Excel文件，当然也可以使用其他可读形式。在Excel表中，要选择整个矩形区域的数据，包括第一行（含变量名称）和第一列（含样本名称），然后复制数据到剪贴板（也可使用Excel中的EditCopy菜单命令），之后，从快捷菜单中打开Canoco for Windows的子菜单WCanoImp（见图1）。图1 从快捷菜单中打开WCanoImp2.此时，WCanoImp程序已经开始运行，这里我们选择保存数据为Condensed格式（如果数据包括很多0值的话，而

3、且这对于物种数据还很常见，那么浓缩格式可以节省文件空间）。核对以下选项后，就可以点击保存按钮了（见图2）。图2 WcanoImp的文件保存3.此时出现一个文件选择框，选择文件路径为C:CanocoSamples，同时输入文件名 duneenv2.dta，此时不要输入duneenv.dta，因为这个文件已经存在，如果你保存的话将会覆盖（当然前提需要你的确认），之后，点击“Save”按钮。4.之后弹出一个小型窗口，可以输入一段描述性的文字（最多80 字节），此时由WCanoImp生成的一段文字被突出显示（蓝色阴影），可以默认，也可以通过输入文字直接替换。然后点击“OK”按钮，有提示框提醒“你的文件

4、成功创建”，最后再次点击“OK”按钮后，又回到WCanoImp窗口，可以关闭。二、借助Canoco for Windows进行CCA排序1.从快捷菜单中打开Canoco for Windows的子菜单（见数据导入第1个步骤），此时选择Canoco for Windows项，打开的时候会有日期提醒（已转换系统日期的除外），关闭后继续。此时，Canoco for Windows的工作区还是空的，在开始分析之前，我们必须创建一个新的项目，如可以通过工具栏上的“New project”快捷键创建（图3）。图3 Canoco for Windows新项目的创建2.点击“New project”按钮之后，

5、会出现新的项目窗口（Project View）和登录窗口（Log View），同时项目建立向导也会自动启动（以下主要是对各向导页面的说明）。CCA试图通过环境数据解释物种关系，如果我们想同时分析物种数据（主数据）、环境数据（从数据）以及相应的梯度关系，则必须首先选择第一个向导页的复选框（图4），确认后点击向导页下方的“Next”按钮。图4 数据关系的选择3.下一页，主要是选择2个文件作为排序结果的储存部分（Canoco结果文件）。但由于前一页的选择，所以两个选项（协变量和补充性环境变量）是非激活的。此时，你可以直接在默认路径中输入文件名，也可以使用“Browse”按钮去查询数据文件所在（图5）

6、，原则上应该按照下图填写路径，除非你的Canoco安装目录不在C:Canoco。图5 数据文件的选择4.点击“Next”按钮后，向导页出现了分析方法的选择，这里选择CCA，当然你也可以尝试单击向导页右上方的“？”按钮，点击后你的鼠标变成一个问号标志，放到任何一个标签上面都可以得到具体信息，如想获得整个向导页的说明，则可以点击向导页底部的“Help”按钮。5.下一页，需要选择分类排序的比例，此时保持默认值，如想更清楚了解这一选择，你也可以尝试阅读“Help”文本。6.继续下一页，给我们提供物种数据转换的几种方法，对于我们的数据，物种数值大体处于对数比例，因此我们保持默认的“不转换”，继续点击“N

7、ext”。7.这一页 “数据编辑选择” （图6）是数据分析的核心部分，通过选择特定的复选框，你可以通过分析移除某些样本、物种或是环境变量，改变它们的比重或是让它们作为补充成分。此外，你也可以通过Define Interactions（原始环境变量的动力和产量）扩展解释变量。但在步骤中，为尽量保证我们的展示简单，我们没有选择任何一个复选框且忽略了大部分的向导页说明。图6 数据编辑选择8.下一页允许进行环境变量的预选，除了手动预选之外，也可以借助CANOCO 3.x的自动预选，它可以为个体解释变量的微量和受制约的影响提供快速的概括（见 The Package: The Canoco for Win

8、dows module）。在此时说明中，我们依然保持默认状态（即使不采用预选），继续点击“下一步”。9.下一页“Global Permutation Test”主要涉及蒙特卡洛置换检验，我们将为之展示Canoco for Windows最简单的置换检验。首先选择左边页的最后一个选项“Both above tests”，同时让排列数和排列类型选择保持默认状态（图7）。图7 Global Permutation Test10.下一页，继续保持默认设置。当然也可以采取违背最简排序方法（自由排列），如通过协变量分析，确定已有样本/实验设计的程序结构，因此那些来自不同结构的样本并没有在排列中转换，可见T

9、he Package: The Canoco for Windows module以获取更多信息。 11.最终页终于出现了，这里友情提醒，此时你或许需要回头检查下当初的选择并按照要求进行修正，当然也可以在排序分析完成后检查，最后能重复和提高已有分析结果，如果确定的话，点击“Finish”按钮。12.这样，一个标题为“Canoco Project”的文件保存对话框出现了，需要你输入一个名字并保存，比如我们把文件tutorial.con保存路径为C:CanocoSamples（图8）。 图8 con文件的保存13.点击“OK”按钮之后，已有项目得以保存，界面又回归到Canoco for Windo

10、ws 工作区，同时项目窗口被突出显示，而登录窗口成为背景（图9）。14.点击项目窗口中的“Analyze”按钮，计算过程（包括蒙特卡洛排序）呈现在弹出（pop-up）窗口，在这个窗口消失之后，你又将回到Canoco for Windows工作区，此时登录窗口填满了分析的主要结果。若想检查排序结果，可通过点击窗口查看，当然也可以点击F3或点击转换工具栏按钮。图14 Canoco for Windows主界面15.在登录窗口，你可以看到蒙特卡洛排序检验、排序总体情况以及一些附加信息，这些信息在Canoco for Windows中有细致展示（图15），也可借助右手边的“scrollbar”收起登录

11、窗口。 图15 登录窗口的详细信息三、借助CanoDraw画出排序图1.有两种方法打开CanoDraw，一是从快捷菜单中打开Canoco for Windows的子菜单（见数据导入第1个步骤），此时选择CanoDraw项；二是在项目窗口执行“ProjectCanoDraw”命令。刚开始的时候，CanoDraw for Windows基于现有的活动项目（.con file）、排序结果和输入数据文件创建了一个新的项目，此时需确认项目名称（和Canoco project一样，但以cdw作为扩展名），点击“保存”按钮，然后从ProjectNominal variables子菜单中选择环境变量，同时选择

12、SF, BF, HF, NM 变量（图16）2.为创建图表，从CreateBiplots and Joint Plots子菜单中选择“Species and env.variables”项（图17），最终生成排序图。用“File”子菜单中的“Save”命令保存，并给与命名，当然，在本文的后一部分，将主要介绍如何修正排序图。图16 CanoDraw中的变量选择图17 排序图的生成四、修正CanoDraw 排序图1.原则上，对排序图的修正，可以通过选择图表的不同部分（如符号、标签、线条、箭头）来完成。但是在很多分析中，因为排序图初次建立时的选择是比较恰当的，所以对图表的修正往往事倍功半。2.如果想

13、修正的话，可通过使用“View”菜单中的“Visual Attributes”命令。选择后，会弹出如下会话框，首先应选择菜单左边的图表类型，然后尝试改变初始图表分布（图18）。 图18 CanoDraw图形修正菜单3.以上的修订命令适用很广泛，基本可适用于所有基于Canoco分析所创建的CanoDraw项目，但还有一些特别的设置方法，如“ProjectSettings”命令，通过此方法，你可以选择个体是否贴上标签，一个图表究竟建立怎样的属性等等（图19）。图19 Project Settings 具体分布4.为表明图表中物种间差异，我们不妨来改变物种标签的颜色，既然物种的特征符号为蓝色，那么我

14、们不妨让它们的标签亦为蓝色，而原始标签默认为黑色。通过左键点击其中一个物种的标签，一个红色框就出现在标签的周围，把鼠标放在这个框内并点击右键，一个系列菜单就出现了（图20）。图20 图形修正的右键菜单5.从这些菜单中，选择第一个“Select Suchlike”命令，这样CanoDraw就选择了该物种所有剩下部分的标签，因为它们采用的是同样大小和型号的字体，如果你想选择图中的所有物种而无视它们的差异，那么可以选择菜单中第二个“Select Similar”命令。6.现在点击F5（或者选择ViewProperties Sheet命令），然后会出现下图所示对话框（图21）。 图21 标签色彩修改（

15、属性）对话框（一）7.这是CanoDraw图表修正的核心，允许你改变一个或多个选择对象的属性，之前所有关于图表的属性选项此时都处于激活状态，举例来说，在我们的分析中，Color、line、Fill和Font页就是激活的，但Symbol页因为对标签没有意义而没有被激活。此时我们选择颜色页的蓝色按钮，然后点击“Apply”（见上图）。8.请注意，在改变图表的选择或转换到另外CanoDraw 项目时，你没有必要关掉这个属性表，你可以简单的转换边上的窗口，还可在CanoDraw窗口内点击某些部位，比如你可以点击物种Symbol并通过“Select Suchlike”命令再一次选择它们，点回属性表并选择

16、Symbol页，此时Symbol页就是激活的。再比如，此时你可以改变symbol type从“Up-triangle”到“Star”，同时增加特征值到0.015等等（图22）。图22标签色彩修改（属性）对话框（二）9.在我们的图表中，很多物种的标签在某些地方存在重叠，我们可以重新调整它们的位置从而让它们可读，但同时要保证它们symbols的正确性。为达到这个效果，我们首先用“ViewZoom”的命令放大图形的比例，一般放大100%是最合适的，但具体多少取决于你屏幕分辨率，此时你应该可以看到图标左上角部分，如图23所示。图23 图表放大后示意图10.通过点击非叠加部分（屏幕上的“odo”），选择如图的“Ant odo”标签，把鼠标定位在红色框内，左键点击不放并拖拽，此时你会看到一个“幽灵