手把手教你构建系统进化树

1、如何构建系统进化树如何构建系统进化树YZU.TRY系统发生树（英文：Phylogenetic tree）又称为演化树（evolutionary tree），是表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关系 的 树 。 是 一 种 亲 缘 分 支 分 类 方 法（cladogram）。在树中，每个节点代表其各分支的最近共同祖先，而节点间的线段长度对应演化距离（如估计的演化时间）。 MEGA是一个关于序列分析以及比较统计的软件。现主要介绍使用Mega 6.0构建系统进化树的方法。供大家参考。用MEGA构建进化树有以下步骤：1、测序： 将克隆扩增测序得到的基因进行测序。2、NCBI上做Blast http

2、://blast/Blast.cgi 比对找到相似度最高的几个基因，将这几个基因的序列（Fasta格式文件）下载下来，或点击GenBank登录号，复制FSATA格式，整合在一个* *.txt.txt文档中。3、比对序列，比对结果转化为*.meg格式 用Mega 6.0的ClustalW做多序列联配，比对结果用*.meg格式保存。或者用Clustal X软件进行比对，比对结果保存为*.aln,再用Mega 6.0转化为*.meg格式。4、构建系统进化树 打开保存的*.meg格式文件，选择邻接法构建系统发育进化树。以外米缀蛾的cds为例，点击cds，出现下图

3、。点击FASTA，出现下图。该图为外米缀蛾的FASTA格式，如何保存见下图一般情况下点击该页的右上角有send 图标，选择后点击create file 即可下载。Txt可以打开。该图显示的是序列全长的FASTA格式下载。因为我采取基于氨基酸序列比对，所以选择coding sequences和fasta protein，下载编码区氨基酸序列。文件名未下载时不要更改，下下来之后再更改MEGA6MEGA6可以识别可以识别fastafasta格式文件。如图，将全格式文件。如图，将全部部- -基因基因.txt.txt重命名为全部重命名为全部- -基因基因.fasta.fasta选择打开方式为选择打开方式

4、为MEGA6，打开，打开全部全部-基因基因.fasta，自动跳出序列窗口，自动跳出序列窗口用用ClustalW做多序列联配做多序列联配以以.meg格式保格式保存结果存结果回到回到MEGA主窗口主窗口打开所保存的文件（打开所保存的文件（.meg）点击按钮打开文件窗口点击按钮打开文件窗口显示保守位点显示保守位点 显示变异位点显示变异位点回到回到MEGA主窗口构建进化树主窗口构建进化树当前打开的文件当前打开的文件选择邻接法建树选择邻接法建树选择选择Bootstrap检验检验设定完成，点设定完成，点computecompute，开始计算得到进化树构建的，开始计算得到进化树构建的结果。结果。双击文字，可以修改树枝后的名称，名称要么全部双击文字，可以修改树枝后的名称，名称要么全部斜体，要么全部不斜体斜体，要么全部不斜体，无法只让拉丁文斜体，无法只让拉丁文斜体双击文字，可以修改树枝后的名称，名称要么全部双击文字，可以修改树枝后的名称，名称要么全部斜体，要么全部不斜体斜体，要么全部不斜体，无法只让拉丁文斜体，无法只让拉丁文斜体系统发育进化树优化后，复制黏贴到WORD里