针对toxR基因建立的环介导等温扩增LAMP法检测副溶血

1、 1. 针对toxR基因建立的环介导等温扩增（LAMP）法检测副溶血性弧菌=Development of a toxR-based loop-mediated isothermal amplification assay for detecting Vibrio parahaemolyticus关键词 toxR基因；等温扩增（LAMP）技术检测；副溶血性弧菌本研究通过toxR建立了高特异、敏感的环介导等温扩增（LAMP）技术检测牡蛎中的副溶血性弧菌。根据已有的toxR序列设计了5对引物，使用36株副溶血性弧菌和其他39株菌株进行了特异性检测；使用ATCC 27969菌株，进行了灵敏度实验，梯度

2、稀释从108CFU/ml到0。该方法具有很好的特异性，纯培养中的检出限为47-470个细胞，是普通PCR的100倍；不用富集可以检测到每克牡蛎样品中的1.1×105个副溶血性弧菌细胞，达到普通PCR 100倍以上的灵敏度。纯培养和牡蛎样品中检测时的标准曲线表明细胞数量与荧光或浑浊度信号间有很好的线性关系。以后可以应用到生蚝中副溶血性弧菌的检测。（，2010）2. 基于16S-23S rRNA基因间隔区的PCR方法区分弧菌种=PCR-based method for targeting 16S-23S rRNA intergenic spacer regions among Vibri

3、o species关键词 基因；PCR；弧菌本研究开发了一种基于基因间隔区（IGS）可以对弧菌分型的新颖、快速的聚合酶链反应（PCR），该方法针对细菌染色体上的16S和23S rRNA基因间的间隔序列。利用毛细管电泳技术的优势进行了系统优化，解决了异源双链形成并实现了快速的重现分析。通过对69株典型的弧菌进行了系统验证，建立了48种弧菌基因间隔区分型数据库。通过几种聚类方法分析这些数据，都能够很好区分这69种类型的菌株，表明该PCR指纹方法能够在种的水平上很好区分弧菌。这种快速、可靠、高效的基因间隔区分型方法体系，特别是结合16S rRNA基因测序，不但能够在种的水平上区分、鉴定，而且在某些情

4、况下，可以达到亚种的水平。（，2010)3. 比较基因组分析表明弧菌的两个新种与霍乱弧菌密切相关 =Comparative genomic analysis reveals evidence of two novel Vibrio species closely related to V.cholerae 关键词 基因组测序；PCR；霍乱弧菌研究利用基因组测序鉴定两个弧菌新种：RC341和RC586。根据整个基因组的平均核苷酸值（ANI）、平均氨基酸值（AAI）、rpoB基因相似性，多基因序列分析（MLSA）和系统发育分析结果，新种与霍乱弧菌和拟态弧菌相似。在鉴别和选择性培养基上RC341和R

5、C586分别表现出与霍乱弧菌和拟态弧菌相似，但它们的基因组存在12至15的差别。RC341和RC586分别有2104（59）和2058（56）个开放阅读框与已研究的霍乱弧菌和拟态弧菌的主要基因组相似；两新种间有2926个相似；并发现了霍乱弧菌和拟态弧菌的毒力相关因子和毒力岛其中包括VSP-I和II。分析结果表明以前称为霍乱弧菌变种的这两种环境弧菌，是从霍乱弧菌和拟态弧菌进化分支上进化的新物种。 (，2010)4. 为什么细菌的次要染色体上的基因进化更快=Why Genes Evolve Faster on Secondary Chromosomes in Bacteria关键词 基因；染色体；

6、进化从伯克氏菌和弧菌两个属中选择由复染色体组成的细菌基因组，并量化了各属内同源基因的进化速率（dN 和dS）。次要染色体上同源基因的两个进化速率参数比在主要染色体上的要大。此外，发现在次要染色体上存在较弱的密码子使用偏好。更快的变异和通用密码子影响染色体定位，使得次要染色体上的基因在较少的复制下或特异基因的选择下，能够较快适应选择。使用复染色体和单染色体上共有的同源基因评价了这些选择。这些同源基因的调整分析表明本质上快速进化的基因存在于次要染色体上；但是，次要染色体的长期进化促进了置换速率。总之，细菌的次要染色体是进化区，在这里基因可能因为较少的使用，而保护较弱，从而进化更快。（，2010）5

7、. DNA腺嘌呤甲基化保证了霍乱弧菌的两个染色体在每一细胞周期只复制一次=DNA Adenine Methylation Is Required to Replicate Both Vibrio cholerae Chromosomes Once per Cell Cycle关键词 DNA腺嘌呤甲基化；霍乱弧菌；复制DNA腺嘌呤甲基化被广泛用于控制许多DNA过程，包括复制过程。在大肠杆菌中，甲基化用于沉默新合成的姊妹DNA的起点。SeqA：结合半甲基化DNA的蛋白质，介导基因沉默，从而限制每一细胞周期只复制一次。甲基化，不是复制所必要的，但当霍乱弧菌的两个染色体的复制起点用来驱动大肠杆菌质粒复

8、制时甲基化是必须的。研究发现：在大肠杆菌中，当oriI复制起点驱动染色体复制时不需甲基化，但依赖SeqA控制的每一细胞周期复制一次的模式时必须甲基化。同时发现，oriII复制起点需要SeqA控制每细胞周期复制一次和全甲基化以有效结合。在霍乱弧菌中甲基化的基本功能引起与SeqA的结合。oriII结构分析表明：它来源于质粒，但不同于质粒；oriII使用甲基化控制每一细胞周期染色体复制一次，但不控制质粒复制。(, 2010)6. 变化面前的海洋资源管理：从生态系统科学到基于生态系统的管理= Marine resources management in the face of change: from

9、 ecosystem science to ecosystem-based management 关键词全球海洋生态系统动力学；渔业管理；气候变化；生态科学海洋渔业管理正在快速进化以回应过度开发的迹象、气候变化的影响、多重用途的重视、海洋生态系统的保育需要。这章回顾了生态系统科学对这种变化及它通过渔业生态系统途径(EAF)实施的贡献。渔业生态系统途径(EAF)由需要指导以管理可以获得长远利益的生态系统。本章证明EAF提供了生态系统科学和渔业管理团体之间渐增的相互作用，而这种作用作为实现海洋资源持久性的关键步骤。（Marine Ecosystems and Global Change, 33：2

10、53-285，2010）7. 海洋生态系统和全球变化：融合= Marine ecosystems and global change: a synthesis 关键词全球海洋生态系统；动力学遗产；海洋食物网；气候由全球海洋生态系统动力学（GLOBEC）计划带来的优势可以从几个方面来概括：从GLOBEC科学中学到了什么、这个科学的主题现在摆脱了GLOBEC结果、还有它们今后对跨学科海洋生态系统研究进程的影响。在海洋生态系统相互作用的比例理解上基本的变化，食物网替换的观点，人类在海洋生态系统进程中的作用鉴别被强调。与比例和阈值相关的新兴主题，人类与生态变化的相互作用及在海洋生态系统模型上的进步为今

11、后建立GLOBEC计划而进行的研究提供了基础。从GLOBEC计划中汲取的经验强调并提供了许多挑战必将要解决的问题的方向以发展自然、社会、和经济科学间的综合研究计划。（Marine Ecosystems and Global Change, 90：323-412，2010）8. 海洋生态系统动力学：生态过程= Dynamics of marine ecosystems: ecological processes 关键词喂饲；生命周期；食物网；空间转化；控制；制度变化；目标物种海洋生态系统动力学研究重点是目标种在不同区域的生物物理相互作用，强调生物体对不同物理力量的反应。种群水平的进程被显示是重要

12、的，生态系统反应经常是生态系统特异的。生物事件的时令（例如春季开花，进入或停止休眠还有鱼类产卵）都是受环境变化影响 。一些物种可以适应它们喂饲模式和食物，但是由捕捞过重带来的死亡率的变化破坏了生物系统，使得它们越来越容易受到扰动。一些生物体可以迁离不适宜的条件以改变有着未知后果的不同生态系统的垂直和水平的联系。食物网营养控制随时间和空间变化，同样食物网结构也会变化，都在短期内通过制度变化完成，有时是不可逆的。整合生态过程、了解全球变化的潜在后果有一个不间断的必须条件，从生物地球化学到顶部掠食者。（Marine Ecosystems and Global Change, 41：179-219，2

13、010） 9. 北太平洋两种红乌贼(Ommastrephes bartramii)的资源量趋势=Abundance trends of two neon flying squid (Ommastrephes bartramii) stocks in the North Pacific 关键词资源量；动态因子分析；Ommastrephes bartramii；鱿鱼渔业北太平洋两种红乌贼(Ommastrephes bartramii)是中国，日本和台湾经济渔船队的目标种。每个种群的资源量差异已经被独立地调查，但是两个种群间的对比分析还很缺乏。两种乌贼的资源量趋势分析采用台湾的鱿鱼渔业1986年到2

14、006年的捕获数据来分析。单位努力量的月时间序列的捕获量和三个解释变量假定孵育地的海洋表面温度，南方涛动指数和船舶数量用动态因子进行分析以量化鱿鱼的资源量。最优化模型包含一个总趋势和三个解释变量。西北太平洋和东北太平洋种群展示了资源量上相反的趋势，同时结果说明了大规模环境因子，而不是地域因素，对海洋鱿鱼物种的资源量的影响更加关键。（， 2010）10. 鱿鱼和环境的关系：巴西东南部圣塞瓦斯蒂安岛手工鱿钓=On the relationship between squid and the environment: artisanal jigging for Loligo plei at S

15、27;o Sebastião Island (24°S), southeastern Brazil关键词单位努力量的渔获量；环境变量；小型渔业；巴西南部；时间序列鱿鱼（Loligo plei）集中在巴西湾东南部一个环绕着圣塞瓦斯蒂安岛(SSI) 一直以来以小型渔业为主的地方。海表面温度 (SST)，叶绿素-a(Chl a)，风速，浪高，雨量和月相都与捕捞记录及调查环境差异是否影响L. plei的捕获量的当地渔业调查结果相关。2005年至2009年的渔业依赖型日数据通过渔业合作社获得并与卫星和气象预报数据相匹配。 广义线性模型探索环境差异与渔获量和单位努力量的渔获量(cpue

16、)的差异的相关性。鱿鱼主要在SST较高，深度小于20米，叶绿素a和风速较小的区域被钓捕。从2005年到2008年Cpue 和每月捕获量下降，在2009年有小幅回升。渔业和环境数据间的相关很好地与海洋学知识联系，强调了这些知识融合以用于评估渔业的可能性（Oxford Journals， Life Sciences ICES Journal of Marine Science，67（7）：1353-1362，2010）11. 厄瓜多尔金枪鱼企业寻找除欧洲以外的其他市场=Ecuadorian Entrepreneurs Look For Other Markets Than Europe 关键词tu

17、na industry；Ecuadorean；MarketsCurrently the Ecuadorian tuna industry is facing very low catches of skipjack in the EPO. This causes low landings of skipjack by Ecuadorian vessels which meet the rules of origin to export to Europe under zero duty. In order to compensate for this lost business volume

18、to Europe, canneries are looking to expand in other markets, where they have no rules of origin obstacle. For these markets they can use imported skipjack tuna from the Western Central Pacific, caught by Korean and Taiwanese vessels.（El Telegrafo，Ecuador，.com/ ，2010） 12. 世界金枪鱼会议：金枪鱼渔业的现状及其未来的挑战=Worl

19、d Tuna Conference First Day: Today And Tomorrow Challenges 关键词tuna stocks，WCPFC，recovery，ChallengeThe 11th Infofish World Tuna Trade Conference, which takes place right now from 13-15 of September in Bangkok, Thailand, has brought tuna stakeholders from all over the world together. The first day was

20、 dedicated mainly to address the state of the world tuna stocks and some sectoral challenges the industry is or will be soon facing. （，2010） 1. 雄性和雌性家鸡细胞核DNA含量的差异=DNA Content Differences Between Male and Female Chicken (Gallus gallus domesticus) Nuclei and Z and W Chromosomes Resolved by Image Cytom

21、etry 关键词鸡红血细胞；性染色体；核DNA含量鸡红血细胞常被用作DNA含量测定的标准，但细胞学研究显示鸡的Z性染色体是W性染色体的2倍，这就导致公鸡（ZZ）和母鸡（ZW）的DNA含量有所区别。通过细胞图像分析技术和Feulgen染色发现，公鸡的细胞C值比母鸡的C值多0.09pg。因此我们建议在基因组大小比较分析中慎用鸡红血细胞C值作为标准。(Journal of Histochemistry and Cytochemistry, 58 (3): 229-235, 2010 2. 凡纳滨对虾血细胞防卫功能的研究=Flow Cytometric Analysis of Defense Func

22、tions of Hemocytes from the Penaeid Shrimp, Penaeus vannamei 关键词：凡纳滨对虾；血细胞；防卫功能本实验利用流式细胞术和荧光标记技术研究凡纳滨对虾血细胞的形态和功能。虾类的血细可分为透明细胞、半颗粒细胞和颗粒细胞3类。研究显示多颗粒的细胞比少颗粒细胞显示高荧光密度，且流式细胞术在研究虾类免疫系统和分析防卫机制有良好的应用前景。（Journal of the World Aquaculture Society, 41（1）： 92-105, 2010 ）3. 十足类甲壳动物核DNA含量变化与肌纤维细胞过度增长的关系=Nuclear DN

23、A content variation associated with muscle fiber hypertrophic growth in decapod crustaceans 关键词：十足类甲壳动物；DNA含量变化；多核肌肉组织有假说认为十足类甲壳动物过度增大的肌肉生长与细胞核数量和细胞核DNA含量有关。本实验对八种十足类甲壳动物的血细胞和肌肉纤维的核DNA含量进行分析，得到血细胞平均DNA含量为3.6-11.7pg，并利用血细胞C值推断甲壳动物幼体和成体的多核肌肉组织的核型。结果显示四个物种的成体肌细胞有更高的核倍性，三个物种的成体肌细胞则表现出低核倍性，这说明核细胞DNA含量和核区

24、大小并无系统性关联。（Genome, 53（3）：161-171，2010 ）4. 大型溞性别转换基因的序列差异性及其表达=Sequence divergence and expression of a transformer gene in the branchiopod crustacean, Daphnia magna 关键词大型溞 性别转换基因 性别决定 进化 结构域 基因表达环境变化会使大型溞的无性繁殖变为有性生殖，但环境的性别决定作用在分子学上仍有很多未知。本实验中我们克隆了大型溞的性别转换基因（dmagtra）并进行表达，发现其预测氨基酸序列中有典型的精氨酸-色氨酸富集区域，且有

25、高度保守的与Tra同源的180-205个残基。但dmagtra基因表达不具性别二态性，因此并不是大型溞性别决定基因。（Genomics，95：261-267，2010，5. 甲壳动物幼体选择栖息地的生态诱因与感觉机制=Ecological determinants and sensory mechanisms in habitat selection of crustacean postlarvae 关键词珊瑚礁；HPLC；定居信号动物通常是利用感觉刺激来定位、觅食、求偶的。本课题首次着重研究了甲壳动物幼体是通过感觉器官寻找其栖息地和辨别同类个体的。通过对9种甲壳动物进行水环境测试和生化分析，

26、发现其中有6种幼体能够主动、独立地区分、选择栖息地。而HPLC测试显示不同栖息地和不同物种内有不同的、独特的化学气味，这可能是幼体选择栖息地的生态诱因。（Oxford Journals, Life Sciences, Behavioral Ecology, 21（3）：599-560，2010）6. 蓝蟹眼柄外组织提取CHH前体蛋白的分子克隆及其基因表达的时空决定因素=Molecular cloning of a putative crustacean hyperglycemic hormone (CHH) isoform from extra-eyestalk tissue of the b

27、lue crab (Callinectes sapidus), and determination of temporal and spatial patterns of CHH gene expression 关键词甲壳动物高血糖蛋白；CHH；神经激素；蓝蟹甲壳动物高血糖激素是调节其多种生理活动的神经激素。本实验得到了蓝蟹胸神经节激素的克隆cDNA，它可以编码高血糖激素的前体激素原（CsCHH-2），该前体蛋白原的结构与蓝蟹眼柄处得到的CsCHH-1相似，两者的成熟多肽结构则出现差异。RT-PCR分析可知两者在蜕皮前、中、后期的表达量各有不同，这说明两者行使不同的生理功能。（，2010）1. 美国农业部科学家发布了可可树基