三个STR位点在傣族人群中的遗传多态性

1、三个STR位点在傣族人群中的遗传多态性【摘要】目的了解云南傣族3个STR位点遗传多态性分布。方法应用多重PCR技术对HUMCSF1PO、HUMTPOX和HUMTH01 3个STR基因座进行分析，采用高分辨率的聚丙烯酰胺凝胶电泳分离、银染法显影技术，对云南傣族上述3个基因座进行遗传多态性调查。结果CSF1PO位点，观察到7个等位基因，15个基因型；TPOX位点，观察到7个等位基因，18个基因型；TH01位点，观察到6个等位基因，17个基因型。结论上述3个短串联重复序列基因座基因频率分布与Hardy-Weiberg平衡吻合良好。【关键词】短串联重复序列CSF1PO位点TPOX位点TH01位点云南傣

2、族识别率 DISTRIBUTION OF THREE STR LOCI IN DAI ETHNIC GROUP IN CHINAShen Hong*【Abstract】ObjectiveThis study was conducted to investigate the distribution of three STR loci in Dai ethnic group.MethodsMultiplex amplifications of CSF1PO, TPOX and TH01 were carried out. Using denaturing polyacrylamide gel e

3、lectrophoresis and silver staining the authors investigated the distribution of allele frequencies of CSF1PO, TPOX and TH01 loci in Dai ethnic group living in Yunnan province.Results7 alleles and 15 genotypes of CSF1PO locus, 7 alleles and 18 genotypes of TPOX locus, 6 alleles and 17 genotypes of TH

4、01 locus were observed.ConclusionThe allele distribution of the loci is in good agreement with the Hardy-Weinberg equilibrium.【Key words】Short tanden repeatCSF1PO locusTPOX locusTH01 locusDai ethnic groupDiscrimination power短串联重复序列(short tanden repeat,STR)是由3至7个碱基对作为核心单位串联重复形成的一类DNA序列1，由核心重复单位数目的变化构

5、成了STR基因座的遗传多态性，在人类基因组中，每15kb就有1个STR基因座14，聚合酶链式反应分析时，STR等位基因片段大小一般为100500bp。1991年，Edwards等2报道了STR多位点的多重PCR，而用CSF1PO，TPOX和TH01 3个STR多位点进行傣族人群复合扩增，但由于涉及到一系列反应条件优化，近年来STR-PCR方法技术上的改进使其在应用范围上更为扩大，扩展了DNA分析在遗传学、人类学及法医学上等领域中的应用。我们采用从血液中提取DNA，同时复合扩增CSF1PO、TPOX和TH01等3个位点，应用高分辨性的聚丙烯酰胺凝胶电泳分离，银染法显影，对傣族的CSF1PO、TP

6、OX和TH01的位点进行等位基因频率调查，获了满意的结果，现报告如下。1材料和方法1.1样本110份血样采自云南省玉溪地区的无血缘关系的傣族个体，所取血样在-20保存备检。1.25方法进行。2结果与讨论短串联重复序列由于其在人类基因组中的广泛分布和巨大的变异度，一直引起人类遗传学、法医学研究工作者的重视。1989年，Litt6、Tautz7以及Weber8等连续报道了STR位点的应用文章。在1991年，Edwards等1报道了STR多位点的复合扩增。STR-PCR方法在技术上的改进使其在应用范围上更为扩大，但由于STR多位点复合扩增涉及到一系列反应条件优化，目前已有这方面的报道，而用CSF1P

7、O，TPOX和TH01 3个STR多位点进行傣族人群复合扩增国内尚未见报道，因为复合扩增方法可以简捷地从同一DNA标本中迅速获得较多的位点量，是多态研究的较佳方法。我们用血样中提取的DNA样品与DNA定量标准同时电泳估计样品中的DNA含量，用4ng样品DNA做CSF1PO，TPOX和TH01的复合扩增，结果110个样品均获成功，谱清晰。本研究表明，CSF1PO，TPOX和TH01 3位点的复合扩增是灵敏的，一滴血的DNA就足够进行3个位点复合扩增。这对法医学和群体遗传研究标本取样带来极大的便利。我们的研究获得了云南省傣族的CSF1PO，TPOX和TH01位点的扩增片段长度多态性的结果，基因型分

8、布见表1、2，经吻合度检验，观察数与期望值十分接近，符合Hardy-Weinberg平衡定律。CSF1PO位 ，观察到9个等位基因(814)，15个基因型。杂合度为70.0%，TPOX位点，观察到7个等位基因(814)，18个基因型，杂合度为65.5%，TH01位点，观察到6个等位基因(69、3和10)，17个基因型。杂合度为73.6%。3个位点的总个人识别率达0.9972，这一识别率在法医学个人识别和亲子鉴定中有极为重要的应用价值。表1云南傣族CSF1PO，TPOX和TH01 3个位点基因型分布Tab 1Genotypes Distribution of CSF1PO, TPOX and T

9、H01 Loci in DaiCSF1PO Locus(CSF1PO位点)TPOX Locus(TPOX位点)TH01 Loucs(TH01位点)Genotype(基因型)N.Obs(观察数)N.Exp(期望值)Genotype(基因型)N.Obs(观察数)N.Exp(期望值)Genotype(基因型)N.Obs(观察数)N.Exp(期望值)8-1110.668-82825.536-610.338-1210.658-9812.046-733.829-1011.098-1067.716-811.209-1111.318-113229.396-944.589-1221.298-1224.326-9

10、.321.3610-1098.188-1310.967-71111.1410-112019.648-1410.487-867.0010-121919.369-911.427-92826.7310-1322.739-1041.827-9.387.9511-111211.789-1196.937-1032.2311-122123.249-1221.028-811.1011-1353.2810-1010.588-998.4012-121211.4510-1134.448-9.342.5012-1333.2310-1210.659-91516.0312-1410.2911-1178.649-9.399

11、.5411-1222.509-1042.6711-1310.569.3-9.311.4212-1210.18Total(合计)110108.18110109.01110108.10210.201，df=8，P0.25；2=4.325，df=11，P0.25；2=9.752，df=11，P0.25 表2云南傣族CSF1PO，TPOX和TH01位点的等位基因频率分布Tab 2Allele frequency distribution of CSF1PO,TPOX and TH01 in DaiCSF1PO Locus(CSF1PO位点)TPOC Locus(TPOX位点)TH01 Locus(TH

12、01位点)Genotype(基因型)Allelefrequency(等位基因)Genotype(基因型)Allelefrequency(等位基因)Genotype(基因型)Allelefrequency(等位基因)80.009180.498060.054590.018290.127070.3182100.2727100.028080.1000110.3273110.333090.3818120.3227120.01209.30.1136130.0455130.0020100.0318140.0045140.0045Total(合计)1.00000.99990.9999比较不同种族人群CSF1P

13、O，TPOX和TH01基因分布存在很大的差异，云南傣族与非洲黑人、高加索人和墨西哥人在这3个位点的等位基因频率之差异，分析不同民族之间的基因位点差异，对一个民族的迁移、亲缘研究具有重要的意义，一些STR位点与某些疾病的易感性有密切的关系，因此这些位点的差异对于基因诊断、基因治疗有重要的意义。 本项目由国家自然科学基金(39760035)资助作者单位：650021昆明，云南省红十字会医院(沈洪)，昆明市妇幼保健医院(邹苹)；云南省人民医院(杨燕)；云南高级人民法院司法鉴定科学技术研究所(邹浪萍)；昆明医学院(申滨)参考文献1Edwards AA, Civitello, Hammond HA,et

14、 al. DNA typing and genetic mapping with trimeric and tetrameric tandem repeats. Am J Hum Genet, 1991,49(5)746-756.2Polymoropoulos MH,Rath DS, Xiao H,et al. Tetranucleotide repeat polymorphism at the human cfes/fps proto-oncogene(FES).Nucleic Acids Res, 1991, 19(5)4018-4027.3Polymoropoulos MH,Rath D

15、S,Xiao H. Tetranucleotide repeat polymorphism at the human tyrosine hydroxylase gene(TH).Nucleic Acids Res,1991,19(2)3753-3757.4Lins AM,Sprecher CJ,Puers C.Multiplex sets for the amplification of polymorphic short tandem repeat loci-silver stain and fluorescence detection. Biotechniques, 1996, 20(6)882-889.5邹浪萍.CSF1PO，TPOX和TH01基因座复合扩增及其在苗族人群中的基因频率分布.中国法医学杂志，1997，12(3)148-151.6Litt M, Luty JA. A hypervariable microsatellite revealed by in vitro amplification of a dinucleotide repeat within the cardiac muscle actin gene. Am J Hum Genet, 1989,44(3)397-401.7Tautz D.Hypervariability of