NuGEN建库产品介绍

1、李萍市场部NuGENNuGEN产品介绍产品介绍内容提纲内容提纲行业背景介绍行业背景介绍NuGEN公司介绍公司介绍产品介绍产品介绍高通量测序技术（高通量测序技术（High-throughput sequencing）又称“下一代”测序技术（“Next-generation” sequencing technology），以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。 同时，高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能，所以又被称为深度测序(deepsequencing)。背景介绍背景介绍背景介绍背景介绍测序技术的发展已经经历了很长的时间，而下一

2、代测序彻底改变了人类基因组测序的方式。有关预算，未来的几年内，人类基因组测序的费用将在1000美元，1-2天即可出结果。自实现第一个人类基因组测序以来(花了十年时间，30亿美元)，测序所需的费用和时间大幅度降低。到2020年，全球NGS市场将达48.92亿美元，复合年增长率为20.7%。NGS技术成本的降低和分析速度的提升大大提高了它在临床领域的运用，这样良好的增长趋势也要源于个性化医疗的增长，医疗开支的增加以及从微阵列到NGS的转变。背景介绍背景介绍全球NGS市场被分为靶向重测序( targeted re-sequencing)、全外显子组测序( whole exome sequencing

3、)、RNA测序、全基因组测序、ChIP测序、从头测序(de novo sequencing)以及甲基化测序。在这些分类中，靶向重测序占最大的市场份额，增长最快的是全基因组测序(复合年增长率超过25%)。随着越来越多基于NGS检测和平台的疾病出现，靶向重测序和全基因组测序技术将具有最广阔的前景。学术研究者是主要的NGS终端用户，约占60%的市场份额。医院和诊所有着较高的复合年增长率，预计到2020年市场份额会超过40%。此外，在临床领域，随着需求和应用的增长，预计到2020年市场份额会达到25%左右。按照应用类型分类，NGS市场被分为肿瘤、遗传筛查、传染病、药物和生物标志的发现、分子流行病学、农

4、业等。在所有的这些应用领域中，肿瘤检测在收益和样本容量上占据最大的市场份额(超过35%)。背景介绍背景介绍71%16%10%3%IlluminaLifeRochePacBio测序市场分布测序市场分布uIllumina测序仪升级Hiseq2500，单条测序长度增长，通量增加，更受欢迎。uLife的Ion Torrent相对通量高，测序时间短，受到一些客户的喜好。uRoche在2013年10月份关闭454平台。uPacBio作为新的技术，通量高，侧许长但稳定性不是特别好。背景介绍背景介绍测序技术测序技术文库构建cBot cluster产生测序数据分析Illumina 边合成边测序原理边合成边测序原

5、理测序技术测序技术核酸提纯核酸提纯DNATotal RNAcDNA片段化片段化文库构建文库构建Cluster 生成生成上机测序上机测序测序技术测序技术5 5 3 3 Shear5 5 3 3 Nebulizer5 3 End Repair5 3 T4 and Klenow DNA polymerases, T4 PNKAdd A BaseAAAAAA5 5 3 3 Klenow exo_文库构建文库构建测序技术测序技术P35+PPTAA555T4 DNA Ligase35T3TAATA53AT53PCRAdapter ligationNuGEN公司成立于2000年，总部设在美国加利福尼亚州圣卡

6、洛斯，是一家为 基因 组学研究客户提供微量样本加工、 建库试剂等的高科技生物 技术公司。从用户的角度出发，不 断的推陈出新，满足 基因组研究者对不同样本类型、质量和数量的处理。关于关于NuGEN拥有多项专利技术，包 括: SPIA技术, InDA-C 技术, STEP技术, 创新性的选 择性引物 设计方 案等。产品介绍产品介绍核酸提纯核酸提纯(MN&Zymo)DNATotal RNAcDNA片段化片段化文库构建文库构建Cluster 生成生成上机测序上机测序产品介绍产品介绍DNA RNADNA Amplification Ovation WGA FFPE System Ovation

7、RNA-Seq System V2500pg total RNA inputOvation RNA-Seq FFPE System100ng total RNA inputOvation 3 DGE System10ng total RNA input. enabling simple, fast, and scalable NGS workflowsAutomated workflowOvation Ultralow Library Systems v21 ng DNA inputOvation Rapid DR Multiplex System 100 ng DNA inputOvatio

8、n Ultralow Methyl-Seq Library Systems10 ng DNA input OTE system10-500ng DNA inputoptionalLibrary ConstructioncDNA GenerationStrand Specific Complete WorkflowOvation Single Cell RNA-Seq System10pg or single cellOvation Human Blood RNA-Seq SystemsOvation Human FFPE RNA-Seq SystemsOvation Universal RNA

9、-Seq Multiplex SystemEncore Complete RNA-Seq DR Multiplex System Stranded RNA-Seq solutions for model organisms产品介绍产品介绍核酸提纯核酸提纯(MN&Zymo)DNATotal RNAcDNA片段化片段化文库构建文库构建Cluster 生成生成上机测序上机测序产品产品介绍介绍 DNA-Seq相关产品相关产品DNA RNADNA Amplification Ovation WGA FFPE System Ovation RNA-Seq System V2500pg total

10、RNA inputOvation RNA-Seq FFPE System100ng total RNA inputOvation 3 DGE System10ng total RNA input. enabling simple, fast, and scalable NGS workflowsAutomated workflowOvation Ultralow Library Systems v21 ng DNA inputOvation Rapid DR Multiplex System 100 ng DNA inputOvation Ultralow Methyl-Seq Library

11、 Systems10 ng DNA input OTE system10-500ng DNA inputoptionalLibrary ConstructioncDNA GenerationStrand Specific Complete WorkflowOvation Single Cell RNA-Seq System10pg or single cellOvation Human Blood RNA-Seq SystemsOvation Human FFPE RNA-Seq SystemsOvation Universal RNA-Seq Multiplex SystemEncore C

12、omplete RNA-Seq DR Multiplex System Stranded RNA-Seq solutions for model organisms产品产品介绍介绍 NuGEN Ovation Ultralow System V2（0344/0347）低量起始低量起始1 ng DNA起始。V1 到到 V2升级点升级点32次反应试剂盒，由V1版的8个Barcode升级为V2版的16个Barcode；PCR富集换用保真度更高的KAPA HiFi DNA Polymerase，GC含量不再是问题；价格更具竞争力，单次反应（目录价）便宜312元！简单快速简单快速全过程只需四个小时，仅仅

13、两步磁珠纯化，无需胶回收。兼容性较好，应用广泛兼容性较好，应用广泛可用于全基因组、RNA-seq v2产物、扩增子、Chip-seq以及靶标捕获产物等测序前的建库。Workflow整个过程和V1版的没有变化，只是在扩增这一步换成了KAPA HiFi DNA Polymerase产品产品介绍介绍 NuGEN Ovation Ultralow System V2（0344/0347）69% GC33% GC51% GC对不同GC含量的物种进行测试，从结果来看，无论GC含量的高低，实验结果和理论值保持高度的一致性。Ultralow建库试剂盒的结果是不受样本GC含量的影响。产品产品介绍介绍 NuGEN

14、 Ovation Ultralow System V2（0344/0347）通过测序结果可以分析样本的通过测序结果可以分析样本的GC含量含量产品产品介绍介绍 NuGEN Ovation Ultralow System V2（0344/0347）uPCR-Free建库试剂盒（建库试剂盒（Rapid）100ng DNA起始量；操作简单，一步磁珠纯化；无需PCR扩增，建库不受GC含量影响；时间短，整个过程不超过2小时；可用于起始量较高，样本量较大，GC/AT含量较高的产品，节省时间，减少GC含量对建库的影响。产品产品介绍介绍 Rapid DR Multiplex System(0319/0320/0

15、328)提供定制的Primer1可以与可以与Zymo甲基甲基化试剂盒打包化试剂盒打包10ng起始先建库后甲基化产品产品介绍介绍 Ultralow Methyl-Seq Library Systems(0335/0336)Target regionTarget region55Probe Landing ZoneProbe Landing ZoneGenomic DNA1. Fragmentation to 500bp2. Ligation of indexed FWD Adaptor555555553. Annealing of Targeting Probes / REV Adaptor55

16、555554. Extension of Probes555. Denature and Anneal PCR PrimersREVFWDFWDREV6. Library EnrichmentFWDREVREVFWD产品产品介绍介绍 Ovation Target Enrichment (OTE) System产品产品介绍介绍 Ovation Target Enrichment (OTE) System可低至10ngDNA起始；整个过程不超过24小时；全程可在但管内操作完成；靶标序列可长达10MB以上；根据客户需要可进行特殊定制服务。10-500ng DNAfragmented to 500 b

17、pTarget-EnrichedLibrary Ready for SequencingEnd Repair(45 min)Adaptor Ligation(60 min)Bead Purification(20 min)Multiplex Probe Binding and Extension(overnight)Bead Purification(40 min)Optional qPCR(90 min)Library Amplification(90 min)Bead Purification(40 min)45 min90 min2.5 hrs3-5 hrs12 hrs (3 hrs f

18、or fast protocol)DNA targetRead 1 sequenceIndex read sequenceRandom endTarget Probe endIndex Primer8nt BCN6FWD PrimerFCREV PrimerFCIndex Primer8nt BCN6FWD PrimerFCREV PrimerFCIndex Primer8nt BCN6FWD PrimerFCREV PrimerFCIndex Primer8nt BCN6FWD PrimerFCREV PrimerFC产品产品介绍介绍 Ovation Target Enrichment (O

19、TE) System新的Adapter设计，在Index后面加入6个随机核苷酸. Index 用于区分不同的样本。 N6 用于分析PCR造成的冗余度，并通过NuGEN已有的程序，利用生物信息学的方法去除冗余度的影响。测序用的是标准的Illumina引物产品介绍产品介绍核酸提纯核酸提纯(MN&Zymo)DNATotal RNAcDNA片段化片段化文库构建文库构建Cluster 生成生成上机测序上机测序产品介绍产品介绍DNA RNADNA Amplification Ovation WGA FFPE System Ovation RNA-Seq System V2500pg total R

20、NA inputOvation RNA-Seq FFPE System100ng total RNA inputOvation 3 DGE System10ng total RNA input. enabling simple, fast, and scalable NGS workflowsAutomated workflowOvation Ultralow Library Systems v21 ng DNA inputOvation Rapid DR Multiplex System 100 ng DNA inputOvation Ultralow Methyl-Seq Library

21、Systems10 ng DNA input OTE system10-500ng DNA inputoptionalLibrary ConstructioncDNA GenerationStrand Specific Complete WorkflowOvation Single Cell RNA-Seq System10pg or single cellOvation Human Blood RNA-Seq SystemsOvation Human FFPE RNA-Seq SystemsOvation Universal RNA-Seq Multiplex SystemEncore Co

22、mplete RNA-Seq DR Multiplex System Stranded RNA-Seq solutions for model organismsl 用于微量RNA样本的扩增，提高反转率后cDNA的量，产物可用于NGS和qPCR等后续分析，与NuGEN的微量DNA建库试剂盒（Ultralow）兼容l Total RNA起始，无需去除核糖体RNA；l 低起始量，可低至500 pg 起始；l cDNA产出量可高达6 g；l 整个实验只需4.5个小时，比传统方法 节省1-2天的时间；Total RNA产品产品介绍介绍 Ovation RNA-Seq System V2（7102）产品

23、产品介绍介绍 Ovation RNA-Seq System V2（7102） 应用：应用：主要应用于FFPE RNA样本的前期转绿扩增，产物可用于NGS和qPCR等后续分析，与NuGEN的微量DNA建库试剂盒兼容（Ultralow）。在临床诊断上的应用较多。 样本样本要求要求 起始量:100ng - 200 ng ds cDNA 产出量: 产出约3 g ds cDNA 片段大小范围: 50 1,500 bp 时间：时间： 6 hrs 储存储存： -20条件下，6个月 产品产品介绍介绍 Ovation RNA-Seq FFPE (7150)产品介绍产品介绍核酸提纯核酸提纯(MN&Zymo

24、)DNATotal RNAcDNA片段化片段化文库构建文库构建Cluster 生成生成上机测序上机测序产品介绍产品介绍DNA RNADNA Amplification Ovation WGA FFPE System Ovation RNA-Seq System V2500pg total RNA inputOvation RNA-Seq FFPE System100ng total RNA inputOvation 3 DGE System10ng total RNA input. enabling simple, fast, and scalable NGS workflowsAutomat

25、ed workflowOvation Ultralow Library Systems v21 ng DNA inputOvation Rapid DR Multiplex System 100 ng DNA inputOvation Ultralow Methyl-Seq Library Systems10 ng DNA input OTE system10-500ng DNA inputoptionalLibrary ConstructioncDNA GenerationStrand Specific Complete WorkflowOvation Single Cell RNA-Seq

26、 System10pg or single cellOvation Human Blood RNA-Seq SystemsOvation Human FFPE RNA-Seq SystemsOvation Universal RNA-Seq Multiplex SystemEncore Complete RNA-Seq DR Multiplex System Stranded RNA-Seq solutions for model organismsOvation Single Cell RNA-Seq System（0342-32）低起始量：5 pg或单细胞提供细胞裂解液配方裂解产物可以直接

27、和一链合成试剂兼容选择性引物，无需去除核糖体RNA不需要单独的核酸打断过程定向测序整个过程只需7.5小时在肿瘤疾病，优生优育的应用上较广一链合成每230bp引入一个碱基类似物，用于cDNA的打断cDNA 处理 RNA降解和cDNA的打断连接前端Adapter延伸加另一端接头PCR富集Ovation Single Cell RNA-Seq System（0342-32） Selective priming and processing of cDNA Addition of FWD adaptor during priming of 2nd strand cDNAcDNA Processing1

28、st strandsynthesisAdaptorligationFill In and EnrichmentPCR 12nd strandsynthesisEnrichmentPCR 2Bead purificationOvation Single Cell RNA-Seq System（0342-32） 最低起始量： 质量较好的RNA是10 ng， FFPE是100 n g 适用于各种FF/FFPE样本 通过InDA-C技术减少rRNA 数据 定向测序 整个过程只需7 hoursOvation Human FFPE RNA-Seq Multiplex Syste（0340/0341） GS

29、P = Gene-Specific Primerpost strand selectionOvation Human FFPE RNA-Seq Multiplex Syste（0340/0341） 血液中70% of total mRNA是球蛋白Total RNA起始无需去除rRNAInDA-C技术减少rRNA 及球蛋白数据起始量100-500 ng定向测序Ovation Human Blood RNA-Seq Multiplex System RNA-Seq Technologies in NuGEN SystemsOvation RNA-Seq V2 and FFPE RNA-SeqEncore CompleteEncore Complete ProkaryoticOvation Human Blood RNA-SeqOvation Human FFPE