上机实习二：数据格式和数据转换(bioedit和readseq)

1、u 序列检索序列检索（NM_015013 NM_015013 ）u BioeditBioedit软件介绍和部分功能使用软件介绍和部分功能使用u 序列格式转换序列格式转换u 序列比对序列比对上机实习上机实习 核酸序列的基本分析方法核酸序列的基本分析方法u 序列检索序列检索u BioeditBioedit软件介绍和部分功能使用软件介绍和部分功能使用u 序列格式转换序列格式转换u 序列比对序列比对Bioedit软件介绍和部分功能使用软件介绍和部分功能使用 Bioedit软件的菜单 File：文件菜单 Edit：编辑菜单 Sequence: 序列菜单 Alignment： 排列菜单 View：视图菜单

2、 Accessory Application：应用程序菜单 RNA：RNA序列分析菜单 World wide web：网络菜单 Options：选项菜单 Window：窗口菜单 Help：帮助菜单 Lasergeneu 分子量（分子量（molecular weightmolecular weight） 1. 确定确定DNA序列的分子量和碱基组成序列的分子量和碱基组成v 单链单链DNA（single strand DNA，ssDNA）v 双链双链DNA（double strand DNA，dsDNA）u 碱基组成（碱基组成（compositioncomposition）v 各种碱基数量各种碱基数

3、量v 各种碱基比例各种碱基比例u 分析举例分析举例在本地计算机上利用在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析工具进行分析打开要分析序列的文件并打开要分析序列的文件并copy序列，在序列，在BioEdit分析工分析工具的具的“File”栏目选择栏目选择“New from Clipboard”粘贴序列粘贴序列选择选择被粘贴序列被粘贴序列的名称，在的名称，在“Sequence”栏目点击栏目点击“Nucleic AcidNucleotide Composition”文字文字分析结果和分析结果和图形图形结果结果 2. 序列变换序列变换AAAAATGGCCATGGGTCCACACGCAGTGAGATG

4、AATGCTAGATCTCACGAGA AAAAATGGCCATGGGTCCACACGCAGTGAGATGAATGCTAGATCTCACGAGA 原始原始DNA序列序列TTTTTACCGGTACCCAGGTGTGCGTCACTCTACTTACGATCTAGAGTGCTCTTTTTTACCGGTACCCAGGTGTGCGTCACTCTACTTACGATCTAGAGTGCTCT互补序列互补序列（complement)AGAGCACTCTAGATCGTAAGTAGAGTGACGCACACCTGGGTACCGGTAAAAAAGAGCACTCTAGATCGTAAGTAGAGTGACGCACACCTGGG

5、TACCGGTAAAAA反向序列反向序列（reverse)TCTCGTGAGATCTAGCATTCATCTCACTGCGTGTGGACCCATGGCCATTTTTTCTCGTGAGATCTAGCATTCATCTCACTGCGTGTGGACCCATGGCCATTTTT反向互补序列反向互补序列（reverse complement)AAAAAUGGCCAUGGGUCCACACGCAGUGAGAUGAAUGCUAGAUCUCACGAGAAAAAAUGGCCAUGGGUCCACACGCAGUGAGAUGAAUGCUAGAUCUCACGAGARNA序列序列u DNADNA序列之间变换序列之间变换u DN

6、ARNA序列之间变换序列之间变换v 分析方法（举例）分析方法（举例）在本地计算机上利用在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析工具进行分析打开要分析序列的文件并打开要分析序列的文件并copy序列，在序列，在BioEdit分析工分析工具的具的“File”栏目选择栏目选择“New from Clipboard”粘贴序列粘贴序列选择选择被粘贴序列被粘贴序列的名称，在的名称，在“Sequence”栏目点击栏目点击“Nucleic AcidComplete”获得互补序列、获得互补序列、“Nucleic AcidReverse Complete”获得反向互补序列、获得反向互补序列、“Nucleic A

7、cidDNA-RNA”获获得得RNA序列序列在在“Edit”栏目选择栏目选择“Copy Sequence to clipboard (Fasta Format)”将获得的序列粘贴到另一个文件将获得的序列粘贴到另一个文件u DNA蛋白质序列之间变换蛋白质序列之间变换AAAAATGGCCATGGGTCCACACGCAGTGAGATGAATGCTAGATCTCACGAGAAAAATGGCCATGGGTCCACACGCAGTGAGATGAATGCTAGATCTCACGAG K N G H G S T R S E M N A R S H E K N G H G S T R S E M N A R S H

8、 E阅读框阅读框 1K M A M G P H A V R K M A M G P H A V R * * M L D L T R M L D L T R阅读框阅读框 2K W P W V H T Q K W P W V H T Q * * D E C D E C * * I S R I S R阅读框阅读框 3v 分析方法翻译全长分析方法翻译全长DNA序列（举例序列（举例1）在本地计算机上利用在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析工具进行分析打开要分析序列的文件并打开要分析序列的文件并copy序列，在序列，在BioEdit分析工分析工具的具的“File”栏目选择栏目选择“New from

9、 Clipboard”粘贴序列粘贴序列选择选择被粘贴序列被粘贴序列的名称，在的名称，在“Sequence”栏目点击栏目点击“Nucleic AcidTranslate Frame 1”获得氨基酸序列获得氨基酸序列分析分析结果结果v 分析方法翻译选择的分析方法翻译选择的DNA序列区段（举例序列区段（举例2）在在SRS检索主页（检索主页（http:/srs.ebi.ac.uk）点击）点击“Tools”在在Tool网页网页选择选择“Nucleic ToolsNucleic Translation Transeq”，点击，点击“Launch”在在Transeq网页网页选择阅读框和遗传密码类型，选择阅读

10、框和遗传密码类型，输入编输入编码区码区，粘贴序列，粘贴序列分析分析结果结果v 分析方法翻译选择的分析方法翻译选择的DNA序列区段，显示序列区段，显示DNA和和氨基酸序列（举例氨基酸序列（举例3）在在SRS检索主页（检索主页（http:/srs.ebi.ac.uk）点击）点击“Tools”在在Tool网页网页选择选择“Nucleic ToolsNucleic Translation ShowseqN”，点击，点击“Launch”在在ShowseqN网页网页在在“display format”栏目选择栏目选择“one frame translation”、选择阅读框和遗传密码类型，、选择阅读框和遗

11、传密码类型，输入编码区输入编码区，粘，粘贴序列贴序列分析分析结果结果3.分析限制性内切酶（分析限制性内切酶（restriction endonuclease）消化）消化位点位点u 展示展示DNA序列的酶切位点图序列的酶切位点图u 可选择限制性内切酶可选择限制性内切酶u 分析方法（举例）分析方法（举例）在本地计算机上利用在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析工具进行分析打开要分析序列的文件并打开要分析序列的文件并copy序列，在序列，在BioEdit分析工分析工具的具的“File”栏目选择栏目选择“New from Clipboard”粘贴序列粘贴序列选择选择被粘贴序列被粘贴序列的名称，在

12、的名称，在“Sequence”栏目点击栏目点击“Nucleic AcidRestriction Map”分析分析结果结果在在“Create Restriction Map”页面中选择限制性内切酶种页面中选择限制性内切酶种类、选择阅读框等后点击类、选择阅读框等后点击“Generate Map”4. DNA序列格式修饰序列格式修饰u 根据需要展示根据需要展示DNA序列序列v 10个碱基一列个碱基一列，每行每行n列列v 用用数字刻度数字刻度显示每个碱基位置显示每个碱基位置v 用用颜色颜色显示不同碱基显示不同碱基v 在序列左侧在序列左侧标注序列名称标注序列名称v 分析方法（举例）分析方法（举例）在本地

13、计算机上利用在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析工具进行分析打开要分析序列的文件并打开要分析序列的文件并copy序列，在序列，在BioEdit分析工分析工具的具的“File”栏目选择栏目选择“New from Clipboard”粘贴序列粘贴序列选择选择被粘贴序列被粘贴序列的名称，在的名称，在“File”栏目点击栏目点击“Graphic View”在在“BioEdit Sequence Alignment Editor”页面中页面中选择各种参数修饰序列选择各种参数修饰序列u 序列检索序列检索u BioeditBioedit软件介绍和部分功能使用软件介绍和部分功能使用u 序列格式转换序列格式转换u 序列比对序列比对核酸序列的分析方法核酸序列的分析方法DNA序列格式转换序列格式转换u 根据需要转换根据需要转换DNA序列序列v SeqVerter 1.3v ForCon 1.0v Readseq 2.1.22 /molbio/readseq/ 6. 上机操作上机操作v 分别在分别在Genbank数据库中检索数据库中检索NM_015013 ，并查，并查看该序列的文本（看该序列的文本（flat file）文件内容）文件内容;v 试比较试比较Genbank和和EMBL格式中主要字段的异