用MEGA作进化树[2]

1、用MEGA2做进化树的步骤（图示）1打开程序如下图所示:2、MEGA2只能打开meg格式的文件，但是它可以把其他格式的多序列比对文件转换过来，我们在这里用aln格式（Clustal的输出文件）转换 meg文件。点File:Convert to MEGA Format.打开转换文 件对话框如下图所示:3、选择文件和转换文件对话框，选择aln文件，点0K如下图所示:4、转换好的meg文件，点存盘保存 meg文件，meg文件会和aln文件保存在同一个目录如下图所示:3、选择文件和转换文件对话框，选择aln文件，点0K3、选择文件和转换文件对话框，选择aln文件，点0Kmeg5、关闭转换窗口，回到主窗

2、口，现在点面板上的"Click me to activate a data file ”打开刚才的文件 如下图所示:6、选择meg文件，点"打开”如下图所示:OK就行了7、程序会自动识别序列的类型，如果识别错误，请手工选择数据类型。然后点如下图所示:8、数据输入之后的样子，窗口下面有序列文件名和类型如下图所示:9、现在终于可以开始做 Bootstrap验证和进化树了， MEGA的主要功能就是做 Bootstrap验证的进化 树分析，Bootstrap验证是对进化树进行统计验证的一种方法，可以作为进化树可靠性的一个度量。各种算法虽然不同，但是操作方法基本一致，我们在此以UPG

3、MA方法为例进行演示。点下图所示的菜单项。如下图所示:10、会弹出如下的对话框，在此你可以选择计算参数。如下图所示:在此默11、Distanee Options标签页中的 Models可以下拉，其中有若干个计算距离的方法可以选择， 认泊松校验(Poisson Correetion)作为计算距离的方法。如下图所示:12、Include sites标签页中可以选择处理空缺或者缺失数据的方法，在此也用默认方法如下图所示:13、系统进化树的测试方法，可以选择用Bootstrap，也可以选择不进行测试。重复次数(Replications)通常设定至少要大于100比较好，随机数种子可以自己随意设定，不会影

4、响计算结果。设定完成，点0K,开始计算。如下图所示:Analysis Preferences2£JDistance Options | Includeiites Iest 时 PlogenvReplication?500Random Seed64238 "T est of Inferred Phy lag 已呻C None(* :BootstrapHraiBimramHinirC Interior Branch TestC Four CFusler Analvsi$ UKX Cancel? Help14、经过一番计算之后（这个过程所耗时间和序列的数量和长短成正比），程序就会

5、产生这么一个树，该窗口中有两个属性页，一个是原始树，一个是 bootstrap验证过的一致树。树枝上的数字表示 bootstrap验证中该树枝可信度的百分比。如下图所示:-jnjaJ23； free EKplorerFile Image Subtree View Compute HelpOriginaii tree Bootstrap ccnsertsus IresAnalysis Preferences2£JAnalysis Preferences2£J15、可以在Image菜单中把图片保存为 emf格式，或者直接copy到剪贴板。如下图所示:16、保存emf文件，这种格式