多基因联合建树图解教程引用高老师

1、多基因联合建树图解教程（引高老师原创）工具】（引用高老师原创）MAFFT（多序列比对及序列排序）、SequenceMatrix（多源数据合并）、PAUP（同质性检验）、Mrbayes（支持分源数据集建树）【流程】1.序列比对及排序在MEGA中打开序列进行逐一进行多重比对，并对序列名称进行排序。排序的目的主要是避免后续序列串联拼接时发生错位，如上图所示，点击MEGA比对浏览器界面的左上角"Species/Abbrv"即可进行升序/降序排列，最后导出Fasta格式的多重序列比对文件。才,1MmM!豆二mFBFrFMS-iwj-wwi-tFwpio-e-IT.M卓4.即7一冠工九

2、3赫“*$1：.X：S4H1ILLi"“51四LL1：F_.耳信834#*3，i词19一工才工.1=1二二审曰陋:jarnwrE中Q力:3;fDU*SWKdS尸XTrans：-1-1、卜，DH*MUffKtEITIWWIH*5也孤1遍一切后加1Mg亮gE卜,.药f坛:933孑.：闪中,4w，w|DW3.jutnO4”副Fiplan-n?54r?.ftrtlIvLa£*£e,-cRHgrj-ne-nkeb5cgwMEtr也叼吟HripCm*1PrmnSrtquffictfI2.序列合并运行SequenceMatrix,在菜单上依次点击“Import"-&q

3、uot;AddSequence”-选择待目的序列，如下图:,-SequcnccMotr1.71AfileCrlat&n£j<porlWnGeqjerceah仲t*columnIlaMMnFkcfenlif4>laMOftFinddifaitt0Kdi«Mnri>«导出过程会提示是否将空位标记为问号，建议选择选择“全否”。逐一添加不同基因的多重比对序列后，同样点击菜单栏上方的“Export”导出nexus文件的合并序列文件，这里注意不同基因的前后顺序。导出的nexus带序列长度的标识，建议用PAUP等软件对序列文件进化格式化，建议保存为no

4、n-interleaved的nexus文件。3 .同质性检验）两种方法的参考脚本:同质性检验(Testingforhomogeneity(1)不相合长度差异检验(Incongruencelengthdifferencetest,ILDTest)beginset;CHARSET01P1=1-825;CHARSET02HC=826-2220;CHARSET03Vpg=2221-2784;charpartitiongenes=gene1:01P1,gene2:02HC,gene3:03VPg;end;BeginPAUP;logfile=ildtest.log;hompartpartition=gen

5、esnreps=100/start=stepwiseaddseq=randomnreps=10savereps=norandomize=addseqrstatus=nohold=1swap=tbrmultrees=yes;logstop;End;(2)同质性检验(Partitionhomogeneitytest,PHT)beginsets;charpartitionfavored=1:1-825,2:826-2220,3:2221-2784;end;beginpaup;hompartpartition=favorednreps=100search=bandb;end;这里仅演示ILDTest检

6、验，将上述参考文件添加在第2步得到合并的nexus文件尾，如下图添加脚本完毕，在PAUP中打开添加脚本后的nexus文件，运行如下图所示当异质性检验完成后，同一目录下会生成一个日志文件(*.log),即为检验结果，如下图所示，p值0.01远小于数据集可联合与不可联合的阈值0.05，表明这些数据集最好不要联合分析但后来相关的研究表明，即使p值小于0.01,数据集照样可以联合分析。4 .联合多基因建树4.1 数据不分区(Nopartition):即合并后的数据集视为一体，只计算整体的核甘酸替换模型，操作方法如单基因的系统发育重建，此文不再赘述。4.2 数据分区(Partition):即合并的数据集

7、中，针对每个基因分别对应的核昔酸替换模型。目前支持分区的软件有RaxML、Mrbayes和BEAST等。以下为Mrbayes的参考脚本:beginmrbayes;CHARSET01P1=1-825;CHARSET02HC=826-2220;CHARSET03VPg=2221-2784;CHARSET04CP=2785-3585;partitiongene=4:01P1,02HC,03VPg,04CP;setpartition=gene;lsetapplyto=(1)nst=6rates=propinv;lsetapplyto=(2)nst=6rates=invgamma;lsetapplyto=(3)nst=6rates=gamma;lsetapplyto=(4)nst=6rates=propinv;Prsetapplyto=(all)statefreqpr=d