linux操作基础及perl 编程基础

1、Linux操作基础及perl编程基础百迈客生物科技有限公司Linux基础知识Linux常用命令Perl编程基础Linux基础知识Linux常用命令Perl编程基础Linux的发行版 Red Hat: http:/ Fedora: Ubuntu: http:/ CentOS: Mandriva: http:/ SuSE: http:/ Debian: Slackware: http:/ Gentoo: 为什么要用Linux 开

2、放源代码，免费，拓展性好 极高的运行效率和良好的稳定性 优秀的开发环境 强大的批量处理能力 多任务、多用户的良好支持 完善的网络支持 丰富的软件支持BMK计算集群 Core：476 Mem：1360GB Storage：272TBLinux基础知识Linux常用命令软件安装简介远程登录 Windowsputty - ssh LinuxTerminal - sshssh username01 Mac OS XTerminal - sshssh username01远程登录远程登录Linux文件系统 目录用“/”表示分级 单独的“/”表示根目录 .* 为

3、隐藏文件或目录 . 表示当前目录，一般可省略 . 表示上一级目录 文件不一定需要扩展名Home directory 每个用户的个人空间，用户拥有最高权限 用户只能在家目录下创建和删除文件 所有用户的家目录都在/home下 用户家目录的路径为/home/usernameLinux命令行 Linux命令行的基本格式包括三部分：命令名 命令选项 命令参数常用命令ls(list) 作用：列出文件或目录 ls -a：列出所有文件，包括隐藏文件 ls -l ：列出文件的详细信息-rw-r-r- 1 liug liug 124 Apr 5 10:27 .bashrclrwxrwxrwx 1 liug liu

4、g 17 Apr 5 23:57 biomarker - /share/biomarker/drwxr-xr-x 4 liug liug 4096 Apr 5 10:27 .mozilla常用命令文件移动 cp (copy)cp file pathcp file1 file2cp file1 path/file2 mv (move)mv path1/file path2/filemv file1 file2常用命令文件移动 rm (remove)rm options file1 file2常用参数：-i删除前询问是否真的删除-f删除前不返回任何警告信息，直接删除-r递归式删除，可以删掉整个目录

5、 注意： rm删除的文件不能恢复，一定要慎用，尤其是-f参数。例如“ rm -rf * ”这样很容易造成误删的命令应该尽量避免使用。常用命令目录操作 mkdir (make directory) 创建目录 pwd (print work directory)显示当前路径 cd (change dircectory) 前往其他路径.当前目录.上一级目录/根目录家目录常用命令文件查看 cat ：显示文档的所有内容，往往与重定向配合使用，将多个文档串联起来。 more：分屏显示文件内容。显示过程中按“enter”显示下一行；按“space”显示下一页；按“b”键显示上一页；按“/”键可以执行查找功能

6、；按“q”键退出。 less -S：分列显示，通过左右键移屏, Ctrl+b前翻一页, Ctrl+f后翻一页。 head -n file：显示头几行，n默认为10。 tail -n file： 显示文件末尾几行，n默认为10。 grep “keyword” file：显示带有关键字的行。常用命令统计命令 wc (words count )统计文件的字节数、字数、行数。 du（disk usage） 文件大小统计du -sk dir df （disk free）磁盘空间统计df -h常用命令进程控制 toptop -u user只显示某一帐号的进程 ps（processes status）ps

7、-ef 显示所有帐号的进程详细列表 killkill -9 pid(kill -KILL pid) bg（background）/fg（foreground）将正在运行的命令转后台或者前台常用命令更改文件属性 chmod（change mode）chmod a o b file(s)a ：u g oo ：+ - =b ：r w xr ：可读w : 可写 x ：可执行eg:chmod g+rw file 增加文件组内可读写的权限chmod o=rx file 更改文件的权限，使其他用户可读可执行常用命令压缩和解压缩 gzip (gunzip) -.gz zip(unzip) -.zip tart

8、ar -cf bin.tar /usr/bintar -xf bin.tartar -tvf bin.tar只显示tar包的内容tar -zcf bin.tar.gz /usr/bintar -zxf bin.tar.gz常用命令特殊符号 |：管道符，将左边命令的标准输出传递给右边命令作为其标准输入。 ：重定向。 &：后台符，将一个命令直接放到后台运行。eg: $ blastall -p blastn -i query -d nr -o result &jobs查看运行情况，转到前台用命令fg %num常用命令其他命令 find dir -name file-amin n查找系

9、统中最后n分钟访问的文件-atime n 查找系统中最后n天访问的文件-cmin n查找系统中最后n分钟被改变的文件-ctime n 查找系统中最后n天被改变状态的文件-empty查找系统中空白的文件或目录常用命令帮助 man ( manual ) man 就是用来让使用者在使用时查询指令、系统呼叫、标准程序库函数、各种表格等的使用方法的。 man 的用法如下： man 命令(想要查询的命令)eg：$man lsLinux基础知识Linux常用命令Perl编程基础Perl语言简介 Perl是一种解释型语言，主要是适用于文本处理，它借取了C、sed、awk、shell scripting以及很多

10、其他程序语言的特性，其中最重要的特性是它内部集成了正则表达式的功能，以及巨大的第三方代码库CPAN。简而言之，Perl功能强大，使用简单。为什么生物信息学使用Perl 不同平台的兼容性好 开发效率高 优秀的正则表达式支持 非常强大的文本处理能力 丰富的库资源编程基础 变量及赋值变量及赋值 Perl中数据类型主要有变量、数组和哈希，分别用$、和%表示，赋值直接用“=”。例：$num=29,$string=“park”; #变量赋值 my num=(“1”,”2”,“3”); # 数组赋值 $num0=1；$num1=2 ；$num2=3; my %hash=(“a”=1,”b”=2,); #哈希

11、赋值 $hash$key=$value; # 哈希赋值输入输出输入输出,用文件句柄打开文件，用钻石操作符（）读入文本,用print 命令输出，注意文件读写完成后及时关闭句柄。open (IN,”$fIn”) or die $!;my $a=; #默认每次读入一行open (OUT,”$fOut”) or die $!;print OUT “$an”; # 将$a中的值输出到$fOut文件中close (OUT);close (IN);条件判断和循环条件判断和循环 If 判断 if () .else.If ($a1)$b=$a; 逻辑操作符，&、|if ($a2 & $a =10)$b=$a;if ($a=1 | $b1）$a-;$hash$a=