materials studio教程帮助文件翻译

1、欢迎欢迎使用 Materials StudioMaterials Studio 是一个采用服务器/客户机模式的来世界最先进的材料模拟和建模技术。环境，它为你的 PC 机带Materials Studio 使你能够容易地创建并研究分子模型或材料结构，使用极好的制图能力来显示结果。与其它标准 PC整合的工具使得容易共享这些数据。Materials Studio 的服务器/客户机结构使得你的 Windows NT/2000/XP，Linux 和UNIX 服务器可以运行复杂的计算，并把结果直接返回你的桌面。Materials Studio 采用材料模拟中领先的十分有效并广泛应用的模拟方法。Accelr

2、ys 的多范围的结一个集量子力学、分子力学、介观模型、分析工具模拟和统计相关为一体容易使用的建模环境。卓越的建立结构和可视化能力和分析、显示科学数据的工具支持了这些技术。无论是使用高级的运算方法，还是简单地利用 Materials Studio 增强你的，你都可以感到自己是在用的一个优秀的世界级材料科学与化学计算或系统。易用性与灵活性Materials Studio 可以在 Windows 98,Me，NT，2000 和 XP 下运行。用户界面符合微软标准，你可以交互控制三维图形模型、通过简单的结果，这一切对 Windows 用户都很熟悉。框建立运算任务并分析Materials Studio

3、的中心模块是 Materials Visualizer。它可以容易地建立和处理图形模型，包括有机无机晶体、高聚物、非晶态材料、表面和层状结构。Materials Visualizer也管理、显示并分析文本、图形和表格格式的数据，支持与其它字处理、电子表格和演示的。Materials Studio 是一个模块化的环境。每种模块提供不同的结构确定、性质预测或模拟方法。你可以选择符合你要求的模块与Materials Visualizer 组成一个无缝的环境。你也可以把 Materials Visualizer 作为一个单独的建模和分子图形的行。包来运如果你安装了 Materials Studio 的

4、其它模块，运算既可以运行在本机，也可以通过网络运行在主机上。这取决于你建立运算时的选择和运算要求。MaterialsStudio 的客户机/服务器模式支持服务器端运行在 Windows NT/2000/XP，Linux 或UNIX 下，使得你可以最大化利用计算资源。效率和交流所以的研究都可以从Materials Studio 强大功能中获益。这份文档的“演示”部分给出了一些简单的分子和材料的模型。这能使你获得对材料的更好的理解并能创建优秀的图形。与其它 Windows的协同工作使得能容易地拷贝粘贴这些图形到其它文档。结构和性质的数据能容易地从电子表格和数据库中导入导出。Materials St

5、udio 帮助你显示和共享数据。Materials Visualizer 也可以安装在研究部门、生产部门、工程部门和部门来在不同部门享工作。设计更好的材料Materials Visualizer 极大地提高了计算材料学的易用性。它在一个灵活易用的软件环境中为化学家、材料科学家和工程师带来了有力的方法。它使交流有关材料结构与性质和求解化学与材料工业中临界问题的观点变得简单直观。最近更新Materials Studio2.2 版更新许多的重要新特征出现在 Materials Studio2.2 版中，尤其发布了增强的量子力学工具，Materials新的介观模型模块，全新的经典模拟能量计算引擎，还有

6、很多Visualizer 功能的升级。结构和新的产品MesoDyn。MesoDyn 是一个模块。装软凝聚态物质介观结构动态组装，现在是 Materials Studio 的Materials Studio 版本中的 MesoDyn 是对在 Cerius2 版本功能上的一个大的升级。MesoDyn 现在能被用来解决形成动力学、自组装动力学和相界偏析等主要的工业问题，这些对高聚物、化学、电子、药物缓释、制药、生物技术和其它工业有意义。MesoDyn 的使用者第一次能在介观尺度上明确包括静电作用建模。新的积分选项提供了对模板积分计算的显著改进。使用对称多处理器进行并行模拟也会提高性能。复杂的 vol

7、umevisualization 选项允许用户创建 MesoDyn的介观结构的极好的静态和动画图象。Forcite。Forcite 是 Materials Studio 中新的原子模拟工具，它可用于能量计算和分子与周期系统的几何优化。Forcite 采用全新的算法，可以调用 Dreiding、UFF（通用力场）和 COMPASS等力场。Forcite 优化周期系统时可以考虑对称性，这对检晶仪很有利。使用 UFF 力场可以研究金属茂合物等无机系统。Forcite 仅在客户端使用。Reflex。X-Cell，一个新的粉末法索引工具，已被加入 Reflex 功能中，这是分子结晶学会发展的一个里程碑，

8、代表了索引技术的一次飞跃发展。X-Cell 可以揭示粉末衍射图案蕴含的结构，这已被证实用其它方法很难索引。X-Cell 在 2003 年 7 月。Reflex 的另一个革新是能和模拟的和试验的衍射图案一起独立显示出由 Pawley orRietveld refinement 造成的背景贡献。Materials Studio 模块的提高Dmol3。此版本的 Dmol3 在 Windows 和 Linux IA32 系统中性能有 3-4提高。在所有平台上并行性能都有所提高。这使 Dmol3 成为世界上最快的从头计算代码之一。新增的 Handy-Tozer 功能使科学家能模拟氢键结合系统，获得准确的

9、分子结构和热力学数据，这使得 Dmol3 成为制药业的一个很重要的工具。V。作为 Accelrys 从头计算和分子动力学连接工具，V现在包含两个半经验方在预筛选、fast geometry法MNDO/d 和AM1*。AM1*设计用来处理过渡金属元素。V过渡态搜索计算方面是一个优秀的工具，可用于均相催化等许多科研领域。附加的过渡态搜索功能使确定合适的过渡态搜索初始结构变得容易。CASTEP。使用最近建立的线性响应理论，CASTEP 现在有能力计算声子频率。声子频率可用来显示声子散射曲线和声子密度状态，就像电子能带结构和状态点密度。另外，热力学量，如 能和 Debye 温度也可以计算出来。这对 C

10、ASTEP 技术是一个很大的进步，开创了精确计算固体系统热力学性质的道路。通过计算 Mulliken charges，CASTEP 用户可以作 populationysis，包括每个角动量分量的 partial charges 和 Mulliken bond populations。PDP。PDP 现在支持运行 Tru64 UNIX 系统的 Compaq Alpha 服务器。Materials Visualizer 的改进队列系统。Materials Studio 的所以模块都通过第队列软家支持串行工作提交。2.2版本支持一下队列：Generic NQS（Nwtwork Queuing Sys

11、tem），3.50.9 版.OpenPbs（Portabatch System），2.3.16 版.LSF（Load Sharing Facility），http:.注意：此版本的 Materials Studio 只在SGI 计算机上运行 IRIX 操作系统时才支持 NQS。除串行工作提交，Dmol3、CASTEP 和 MesoDyn 支持运行 PBS Linux 架构的 MPI 并行工作和运行 PBS 或 LSF 的对称多处理器。但是，Windows 下 LSF 不支持 MPI 并行处理。计划支持其它的队列系统，以便定制其它方法的插件。电荷工具。Materials Visualizer 包

12、含新的电荷工具，Gasteiger 和Qeq。这些工具可以根据结合性和负电性给原子系统 数电荷。现在 Forcite 支持的UFF 和 Dreiding 两个力场与电荷赋值方法无关。密堆积Materials Visualizer 包含新的测量和监视密堆积结果的工具。客户端自动存盘。客户端 Materials Studio 添加了自动存盘功能。这可以减小客户端硬件错误造成的影响。Polymer buildolymer builder 已经提高了易用性。网关。本版本 Materials Studio 可以通过连到网关。改变Materials Studio 支持的有一下变化：CASTEP 和 Dmo

13、l3 现在支持el Itanium 64 位处理器。所以Materials Studio 模块都支持Red H外，其它都要求安装 PBS。inux。除了Dmol3、CASTEP 和Mesodyn支持新的的 SGI IRIX6.5.15 和 6.5.16版 Red Hinux7.3Red HRed Hinux Advanced Serverinux 7.2 forel Itanium不再支持的Windows NT Worksion 4.0 SP4 and SP5Windows NT Server 4.0 SP4 and SP5Windows NT Server, EntSGI IRIX 6.5.

14、4 to 6.5.9rise Edition 4.0 SP4 and SP5Red Hinux 6.2 and 7.0, and 7.1系统库文件变化对于 IRIX 系统，从以前版本 Materials Studio 升级时需要 SCSL Scientific Library 3.5。 Materials Studio 安装光盘包含这个完整的库文件，但必须单独安装。硬件要求变化客户端最低 CPU 要求为el Pentium II 或兼容处理器。改变在 Windows 和UNIX 下版的 Accelrys License Pack5.2 版，都会作为 MaterialsStudio 安装过程的一

15、部分自动安装。安装过程中检测到的先前版本的 License Pack 会自动升级到版。从 Materials Studio 2.1 开始，Accelrys License Pack 用来管理 Materials Studio 的。由于这种提高，在 UNIX 和 Windows下，你可以和 Accerlys 其它使用 License Pack 的产品共享，这些产品包括 Discover Studio、Cerius2、Insight Materials Studio 简介Materials Studio 特点Materials Studio 有一系列适合材料建模特点。Materials Visua

16、lizer 为 Materials Studio 提供了的建模能力和基础。Materials Visualizer 包括以下特点：模型三维可视化，有很多显示样式、参数和测量工具。草画和编辑分子模型，包括金属有机化合物。构造晶体。构造高聚物。构造表面、层、真空板状结构。分子和周期系统的对称性寻找及编辑工具。图形、图表和电子表格形式显示数据。使用 Materials Studio 工程进行数据处理。高质量打印输出。管理监视服务器计算工作的工具。另外还有集成到 Materials Studio 中的独立产品，它们建成了一个范围广泛的材料建模工具。Amorphous Cell非晶态材料的建模和性质的混

17、合物。，尤其适于高聚物、有机液体和它们CASTEP适用于固体材料的基于量子力学的第一原理平面波赝势。客户机/服务器结构注意。如果你要安装除 Materials Visualizer 以外的 Materials Studio 产品，必须阅读这段。客户机/服务器客户机组件，如 Materials Visualizer，请求服务器组件，如 Discover，作一些计算。当计算完成或达到一定的进度，结果从服务器传到客户机。客户机和服务器并不一定在同一台电脑上运行。Materials Studio 客户机/服务器结构怎样工作的？Materials Studio 使用了称之为Disconnected Se

18、rver 结构（DSA），DSA 使用HTTP 协议在客户机/服务器间传递信息，就是Web 的技术。客户机/服务器间的信息传递由称为网关的处理，它安装在服务器端。网关接受客户机的工作提交并传给安装在服务器上的代码，然后计算就开始了。网关也向客户机算进度和结构。计你可以在任何电脑上建立网关，无论是 UNIX，Windows 还是 Linux，在任何你喜欢的服务器上进行计算，如果 Materials Studio 服务器相关组件安装在那台电脑上。从客户机上很容易安装网关。如果有一台 PC 运行 Windows NT，2000 或者 XP 操作系统，你就可以在同一台电脑上运行客户程序和服务程序。下表

19、列出了客户机和服务器在不同操作系统下的要求：CntsServersion 4.0 - SP6aWindows 98Windows Millennium (Me) Windows NT Worksion 4.0 - SP6aWindows NT WorksWindows NT Server 4.0 - SP6aWindows 2000 Profesal, Server, Advanced ServerWindows 2000 Profesand SP2al - Retail, SP1 - Retail, SP1 and SP2Windows XP Home EditionWindows XP H

20、ome EditionWindows XP ProfesalWindows XP ProfesalCompaq ES/GS AlphaServers running Tru64 4.0F, 4.0G, 5.1 or 5.1ASGI IRIX - 6.5.10 -6.5.16Red H不再支持Red Hinux - 7.2 and 7.3 (el compatible)注意：Materials Studio 2.2inux 6.2 和 7.1，只支持 Red Hinux 7.2和 7.3。通过 Materials Studio 客户机/服务器结构，你可以从 PC 客户端向的 WindowsNT/

21、2000/XP、UNIX 或 Linux 服务器提交计算。工作可以在不连接模式下计算，这样他们与你 PC 上的资源无关。你可以在 PC 上注销，工作照样在服务器上运行。当你重新在 PC 上登录时，你可以看到计算进度或结果。这些计算也可以在运行Windows NT/2000/XP 的计算机上本机运行。客户机可以在任务运行时和它传递信息。例如在分子动力学模拟过程中，模型和图形可以动态更新，Discover 发送回来的信息可以显示在文本文件中。你可以按自己需要选择这些的结合。任务和服务器状态状态都可以浏览。Materials Studio 在哪里计算？Materials Studio 不同模块计算需

22、要的资源不同。计算可以分为两大类来考虑：A 类这些计算只需要很短的时间和很少的计算资源，它们并不经过网关或客户机/服务器结构。这类模块一直安装在客户端电脑里。B 类这类计算需要很长的时间和很多的计算资源，自然它们运行在的服务器上。它们以任务来运行，使用网关，由客户机/服务器结构控制。这类模块安装在运行UNIX/Linux 或 Windows NT/2000/XP 的服务器上。下表总结了此版 Materials Studio 每个模块所属计算种类和操作系统要求。Category Windows Windows Windows Windows WindowsTru64UNIXRed HatLinu

23、xModuleIRIX98MeNT2000XPMaterials VisualizerAmorphous CellCASTEP COMPASSDiscover DMol3 DPDEquilibria Forcite MesoDyn Reflex Reflex PlusV1 VN/A支持支持支持支持支持B支持支持支持支持支持支持B B B B B B AB A1,2 BA1支持支持支持支持支持支持支持?/center?/center?/center?/center支持支持支持支持支持支持支持?/center?/center?/center?/center支持支持支持支持支持支持支持支持支持支持支

24、持支持支持支持支持支持支持支持支持支持支持支持支持支持支持支持支持?/center ?/center ?/center ?/center?/center ?/center ?/center ?/center?/center ?/center ?/center ?/center?/center ?/center ?/center ?/center?/center?/center?/center?/center和 Reflex 的er Indexing 组件只能以 B 类计算通过网关进行。2 X-Cell 只能以 B 类计算通过网关进行。Materials VisualizerMaterials

25、Visualizer 是 Materials Studio 的模块，提供建模、分析和可视化的工具。清晰直观的用户界面提供了高质量的 Windows 标准环境，你可以添加任何其它的 MaterialsStudio 模块。Materials Visualizer 提供了快速直观的工具，使你能构造分子、晶体材料、表面、界面、层结构和高聚物的图形模型。你能、查看并分析这些模型。Materials Visualizer 也处理图表、表格和文本数据，提供基础和分析工具，以支持所以的 Materials Studio 产品。Materials Visualizer 也可以单独运行，来建立、显示和编辑结构。和

26、其它 Windows交换数据是你轻易共享和结构和数据。获得 Materials Visualizer 帮助Materials Visualizer 的帮助是 Materials Studio Studio 安装中都有。的部分，在所有 MaterialsAmorphous CellAmorphous Cell 是建立复杂无定型系统代表性模型并主要性质的一套计算工具。你能并研究的性质包括内聚能密度、状态方程行为、链堆砌和局部链运动。Amorphous Cell创建结构采用的方法是基于很好建立的产生包含链分子的疏松无序系统包含真实平衡构象。其它的特点有建立包含小分子和高聚物任意比例混合的系统、产生有

27、序向列相中间相和无定型材料厚板的专门功能，这适合于创建界面模型，用于研究粘着和润滑。获得 Amorphous Cell 帮助Amorphous Cell 是一个模块，你可以Amorphous Cell，Materials Studio安装进 Materials Studio。如果你已经安装了的目录栏会出现有关 Amorphous 的帮助。CASTEPCASTEP 最先由英国大学凝聚态理论小组开发，它采用密度泛函理论模拟很大一类材料固体、界面和表面的性质。CASTEP 基于总能量的平面波赝势理论，运用原子数目和种类来包括晶格参数、分子对称性、结构性质、能带结构、固态密度、电荷密度和波函数、光学性

28、质。高效并行版本可以模拟包含数百原子的大系统。获得 CASTEP 帮助CASTEP 是一个模块，你可以安装到 Materials Studio 中。如果你已经安装了CASTEP，Materials Studio 的目录中包括 CASTEP 的部分。Dmol3Dmol3 是独特的密度泛函理论量子力学，可以研究气相、溶液、表面和固体系统。由于它独特的静电学近似，Dmol3 一直是最快的分子密度泛函计算方法之一，使用非局域化的分子内坐标，可以快速优化分子和固体系统的结构。使用 LST/QST 算法和共扼梯度结合， Dmol3 可以有效地搜索过渡态，避免了耗时的黑塞矩阵的计算。过渡态搜索功能可以应用于

29、分子和周期系统。获得 Dmol3 帮助Dmol3 是和 Materials Studio 集成在一起的。一旦你安装了 Dmol3，Materials Studio帮助目录栏就包含 Dmol3 帮助的部分。PDP耗散系统粒子动力学（PDP）是动态模拟包含完备流体动力学相互作用的流体粒子。潜在的粒状粗糙性使得模拟了传统分子模拟所达不到的长度和时间（在相同硬件上）。Materials Studio 中的 PDP 的实现包括了由原子模拟继承来的输入参数的详细指令。从更详细的输入模拟中引出输入数据意味着系统潜在的化学性质没有丢掉，而是明确地包含在 PDP运行中。PDP 采用周期性边界条件来有效模拟无限系

30、统。封闭效应可以通过使用二维板观察出。LeesEdwards 边界条件可以用来模拟剪切系统。表面张力和临界胶束凝聚（criticalmicellar concentration）的性质也能获得，还有大量的可视化和数字输出。获得 PDP 帮助PDP 是一个模块，你可以并安装到 Materials Studio 环境中，如果你安装了 PDP，Materials Studio 的目录栏中会包含 PDP 帮助部分。DiscoverDiscover 提供了功能强大的原子模拟方法，适用于很大范围的分子和材料。Discover 是 Materials Studio 的“模拟引擎”。它集成了很大范围已被证明适

31、用于分子设计的分子力学和动力学方法。它使用精心设计的经验力场作为基础，可以有把握的计算最小能量构象、分子系系列构象和动态轨道。Discover 为Amorphous Cell 等模块提供了计算基础。周期性边界条件可以用来模拟固态材料，无论是晶态还是无定型态或者是溶液。使得能够提取模拟的相关结构。获得 Discover 的帮助万象的分析特点EuilibriaEuilibria 是用于确定有机分子和高聚物相图的强大模块。Equilibria 使用基于系综的蒙特模拟发为基础。这套工具可以计算纯组元在给定温度下汽液共存点、二元和三元系在任意给定温度和压强下汽液或液液共存点。临界常数工具可以根据补充的一

32、系列纯组元的共存点临界点。使用这个强大的工具，依据 Ising scaling law，从相图上已知的几个共存点就可以获得纯组元系统完整的相图。它也有计算任意给定温度下小分子的第二维里系数的功能。由于 Euilibria 完全集成在 Materials Studio 建模环境中，用户可以采用一下合理的模拟过程：首先画出组成分子自身，建立无定型原胞，接着进行蒙特图。获得 Equilibria 帮助模拟，最后计算完整相ForciteForcite 是分子力学模块，可以使用经典力学对任意分子和周期系统进行势能和几何优化计算。Forcite 支持 COMPAFF 和 Dreiding 力场。藉由力场的

33、广泛性，Forcite 原则上能处理任何材料。几何优化算法提供了最速下降发、共扼梯度发、准发和完全Rhapson 发，还提供了连续使用这些方法的灵巧方法。这使得可以准确地进行能量最小化计算。获得 Dorcite 帮助MesoDynMesoDyn 一直是研究大系统介观尺度的动态方法。这种算法动态地由化学势梯度和 Langevin 噪音造成地组元密度场变化。系统不同组元间通过计算的能量或者 Flory Huggins 参数的有效势来相互作用。它是牺牲原子水平上的细节换取大系统和长时间的。MesoDyn 可以容易地研究微相分凝（ microphase separation）、胶束偏聚（ micell

34、ar aggregation）和自组装等现象。确定几何行状地剪切和限制效应也可以研究。MessDyn 的应用包括：油漆和乳液、化妆品和其它个人用品、金属高聚物混合材料、表面活性剂的溶解、复杂药物缓释物质和很多其它方面。获得 MesoDyn 帮助ReflexReflex 提供快速交互的粉末衍射数据模拟。使用er Diffraction 工具，模拟结构以图形显示，便于理解。模拟结构可以直接和试验数据比较。模拟结果可以在结构改变后立即更新，以便和试验结构实时比较。可以进行 X 射线、中子和电子衍射模拟。er Index 工具可以自动或手动寻峰，使用TREOR90、DICVOL91、ITO15 或的X

35、Cell 程序索引并自动确定空间群。XCell 是一个单独模块中。的工具，可以安装在 Reflexer Refinement 工具运行你修改 Pawley refinement 和 Reitveld Refinement 来最优化粉末衍射模拟参数和晶体结构以便使模拟结果和试验结果尽可能一致。改变诸如衍射性质、辐射种类、配置函数和试样参数等变量是直接通过 Materials Studio框进行的。获得 Reflex 帮助Reflex PlusReflex Plus 是 Reflex 的高级版本，在标准 Reflex 功能上加入了有效的粉末衍射结构分析技术。它提供了从高质量粉末衍射数据中确定晶体结

36、构的完整功能。er Solver 的方法：Reflexer Indexing 工具根据试验的粉末衍射图案索引确定晶胞参数和所属晶类。在Reflexer Refinement 模块中的改进的 Pawley 程序精修晶胞参数、峰行状和背景参数，它也是减小可能所属空间群的有用工具。er Solve 方法搜索晶胞中可能的原子分子排列。它找到模拟结构尽可能与试验结构接近的结构。最后的结果精修由 Reflex 中的 rigidbody Rietveld Refinement 功能完成。获得 Reflex Plus 帮助VV是一个艺术级的半经验量子力学程序，用于模拟气相和溶液中的反应和性质。此程序已被优化的

37、高度数值稳定和快速，即使对大分子系统的计算也十分有效。V在几何和过渡态优化和静电学方面有很大改进。它可以模拟溶解作用，计算偶极矩、极化率、电荷密度、静电势、热力学性质和 13C 化学位移等性质。获得 VV帮助完全集成在 Materials Studio 环境中。你一旦安装了 V，Materais Studio帮助目录栏会有 V帮助部分。COMPASSCOMPASS 是支持凝聚态材料原子级模拟的功能强大的力场。COMPASS 代表 Condensed-phase Optimized Molecular Potentials for Atomistic Simulation Studies（原子模

38、拟研究的凝聚态优化分子势场）。COMPASS 是第一个参数化和被凝聚态性质验证了的从头计算力场，并加入了多种孤立系统模拟用的从头计算和经验的数据。因此，这种力场能精确同时在很大温度和压强范围内，很多种孤立系和凝聚态分子的结构、构象、振动和热力学性质。COMPASS 最近的改进在参数化了 45 种无机氧化物材料和包含有机无机材料混合系统界面。COMPASS 是一个独立的产品，你可以并安装进 Materials Studio。进一步信息你可以在 Accelrys 站点获得有关 COMPASS 的进一步信息。COMPASS Contents（需要）本地化Materials Studio 能识别并正确

39、处理不同地区的数据格式约定。例如：Materials Studio 运行在配置为英语地区的PC 上能正确地把 1,000 解释为“一千”。但是，如果配置为德国地区， Materials Studio 把 1,000 解释为“一点零零零”。一个例外是：由 Materials Studio 用户界口和服务程序产生的大多数文本文件和超文本文件总是以英语约定显示在屏幕上，而不管当前地区。这些显示是只读的，不会破坏原来数据。注意：演示部分的数据是以数据前请转换为当时格式。英语格式显示。如果你的系统配置为其它地区，在输入例如，如果系统配置为德国地区，演示部分要输入 5,000(五千)，你应该键入 5.00

40、0 。印刷上的约定Materials Studio 帮助使用以下印刷上的约定。描述界面元素的字用斜体。例如：选择 File | Prer setup，然后单击 Landsc你键入的字用蓝色。例如：键入 180，并按回车。到帮助系统之外的，如到互联网 URL 的 Accelrys Materials Studio homepage会在一个新的浏览器窗口中打开。，前有一个。例如：Accelrys 信息资源提供有关 Accelrys 公司的全部和信息。terials/包含Accerys 公司有关材料科学的全部产品和商业活动，包括产品细节、 产品、应用领域的背景信息、客户学习和Accelrys 公司的

41、科学合作细节。stomer/ 为 Accelrys 产品用户提供广泛的信息，包括常见问题的回答、获得支持的细节、用户组织和会议的信息和只对合作伙伴开放需要料。的资 提供Accelrys 站点与 Materials Studio 有关的所有产品和支持的快捷方式。其它信息资源Accelrys 的发起者MatHub，是网上计算材料科学的焦点。MatHub 由两部分组成页和一本杂志。页包括了材料建模和材料信息的背景信息、分子建模的历史、计算技术采用的理论的有关解释和建模在工业和教育上的应用的信息。也有其它的杂志刊出观点、评注和计算材料科学有关的当前信息。、科学引文。Materials Studio 界

42、面Materials Studio Visualizer 是符合微软标准的应用程序。它包含很多和其它微软产品相似的用户接口界面元素。其余的符合微软标准，但为 Materials Studio 所特有。下面显示了 Materials Studio 界面。s 提供有关 Visualizer令Modules的功能。Toolbars 提供调用模块和其它常用命令的快捷方式。，能增加 Materials Studio提供了调用模块的功能。模块可以单独Properties Explorer 是查看和编辑对象属性的接口。Project Explore 用来查看和处理属于 Materials Studio 工程

43、的文档。 Job Explore 可以便利地查看工程任务，你可以查看并处理它们。 Visualizer 底部的状态条显示有用提示和耗时操作的进度。s 包含用来建模的数据。3D Visualizer 提供三维模型文档的三维视图。这对显示和处理原子和介观尺度结构是很重要的。Chart Viewers 提供图形文档的视图，一般用来显示二维 x-y 坐标轴的数据。 Grid Viewers 显示表格文档视图，它是标准的电子表格的接口。Text Viewer 显示简单文本文件和复杂的超文本文件。框包含显示详细的选项的控件。鼠标广泛的用来交互控制文档。超文本帮助为你使用 Materials Studio

44、提供详细的帮助信息框警告错误发生或要求详细信息。文档Materials Studio 使用文档建模时创建和处理的数据。实际上，建模可被看作创建和编辑 Materials Studio 文档的过程。Materials Studio 文档可以通过导入很多标准格式创建，也可以使用 Materials Studio 自己的格式创建和保存文档。文档可以显示在相关的察看窗口或工程浏览窗口中。文档可以使用拷贝和粘贴与其它程序交互数据。现在 Materials Studio 使用一下四种不同的文档格式：3D 模型文档保存原子分子结构。 文本文档保存纯文本或 HTML 文件。图形文档保存数值结构和分析。表格文档

45、包含表格数据。三维模型文档三 维 模 型 文 档MaterialsStudio中 的 三 维 结 构 。三维模型文档，在三维视图中显示的靛蓝晶体结构Materials Studio 中三维模型文档有四种不同类别：三维原子文档：包含诸机分子、高聚物、有机金属化合物、框架结构和分子晶体等的原子结构。你可以使用 Materials Visualizer 中的 atomistic building tools 创建三维原子文档。三维原子动画：包含一系列相关的原子结构或框架。原子动画可以用 Animation 工具条的动画按钮控制放映。三维介观文档：包含介观结构。你可以在 Materials Studi

46、o 中创建空的三维介观文档，然后使用文件编辑工具从已存在的三维介观文档中拷贝内容。这些工具在 Edit菜单和 Standard 工具条。注意：不能在三维原子文档和三维介观文档之间拷贝粘贴。三维介观动画：包含一系列的相关结构结构或框架。三维介观动画可以使用Animation 工具条中的按钮控制。所有的三维文档都可以包含 volumetic data，如电荷密度和等值面等。它们一般在 Viewer 中显示。3D文本文档Materials Studio 中文本文档包含纯文本或超文本。它们用 Text Viewer 显示。文本文档，用 Text Viewer 显示的靛蓝粉末衍射指标结果。图形文档图形文

47、档包含二维数值数据，如 Materials Studio 产生的结果和导入的试验数据等。它们用 Chart Viewer 显示。图形文档，Chart Viewer 显示的靛蓝粉末衍射数据。表格文档Materials Studio 中表格文档表格数据。它们以 Grid Viewer 显示为电子表格的形式。表格文档，Grid Viewer 显示的靛蓝的粉末索引数据。查看器Materials Studio 包括几种查看器。每种是用来显示 Materails Studio 中一种文档。Materails Studio 中包括以下几种查看器：3D Viewer Chart Viewer Grid Vie

48、werText Viewer3D Viewer3D Viewer 高质量地重现创建或导入 Materials Studio 中的三维模型文档。使用 Materials Studio 工具条中的工具和菜单中的选项，你可以编辑、旋转、动画显示或给三维模型加注释。许多命令在快捷菜单中也有。在 3D Viewer 中右击鼠标，快捷菜单就会出现。3D Viewer 显示一种无机晶体结构Chart ViewerChart Viewer 用来显示一系列的由 Materials Studio 创建或从文件中载入的数据，如二维图形。你可以使用鼠标键盘贝等。图形数据的显示，包括删除、改变比例、打印、保存或者拷Ch

49、art Viewer 并选定了一个区域放大Grid ViewerGrid View 可以为数据提供电子表格形式的显示，这些数据可以由 Materials Studio 创建或从很多种类文件中导入。你可以选择数据并拷到其它程序中。Grid Viewer 显示多个选区。Text ViewerText Viewer 可以显示你创建或导入到 Materials Studio 中的文本文件或超文本文件。你可以把文本文件或超文本文件作为 Materials Studio 工程的一部分保存。在 Text Viewer 中，你可以编辑、剪切、拷贝、粘贴、删除、保存和打印文本文件或超文本文件。这些命令在快捷菜单

50、中也有。在 Text Viewer 中右击鼠标，快捷菜单中就有这些命令。菜单Materials Studio 中令在 Materials Studio 窗口上部的菜单条中。默认有一下菜单：File 菜单 Edit 菜单 View 菜单 Modify 菜单 Build 菜单 Tools 菜单 Modules 菜单 Windows 菜单 Help 菜单许多常用的菜单命令在工具条中也有，这种命令对于的工具条图标也显示在菜单命令的左边。一些命令也有快捷键，这些快捷键在菜单命令的右边显示出来。File 菜单File 菜单包含文件和工程操作令，如打开、保存、导入、打印。File 菜单它包含以下菜单项：Ne

51、w Project.：打开 New Project框，可以创建新的 Materials Studio 工程。Open Project.：打开 Open ProjectSave：在当前工程中保存当前文档。框，可以定位并打开 Materials Studio 工程。Save As：打开 Save AsImport.：打开 Import框，在当前工程中以新名字保存当前文档。 框，可以在当前工程中定位并导入文档。Import URL.：打开 Import URL框，可以使用 URL 定位并导入文档。Export.：打开 Export当前工程外保存当前文档。框，可以使用任何 Materials Stud

52、io 支持的导出文档格式在Page Setup.：打开 Page Setup框，包含以下选项卡：Page Layout 选项卡用来修改页边设置、页面方向、打印边界和特殊视图设置，这些设置在 Materials Studio 打印输出中用到。Header/Footer 选项卡用来编辑页眉页脚，这些会在每页上都出现。Pr Pr.：打开 Pr框，可以设置打印参数并打印当前文档。er Setup.：打开 PrSetup框，可以修改参数，包括纸张大小，打印分辨率等。Recent Files：显示九个最近使用的文档文件列表。 Pecent Projects：显示九个最近使用的工程文件列表。Exit：关闭

53、Materials Studio。如果有未保存的工作，将会在程序关闭前提示是否保存。Edit 菜单Edit 菜单包括编辑被选择的对象和使用剪贴板令。注意：本菜单的内容随着文档类型的不同而不同。表格文档的编辑菜单所有的编辑菜单都包含一下菜单项： Undo：撤销上一次动作。 Redo：重做上一次取消的动作。 Cut：剪切当前文档中选择的对象到剪贴板中。 Copy：拷贝当前文档中选择的对象到剪贴板中。 Paste：粘贴剪贴板中的内容到当前文档中。 Delete：删除当前文档中选择的对象。Select All：选择当前文档中的所以对象。三维模型文档的 Edit 菜单另外，当当前文档为三维模型文档时，E

54、dit 菜单还包括：Insert From：读入指定的文件内容到当前三维模型文档中。这个命令会加和分子或晶体结构中与体积有关的数据或从黑塞矩阵中读出数据。Atom Selection：打开 Atom Selection原子。框，可以按原子的性质不同来选择结构中的Edit Sets：打开 Edit Sets框，可以处理存在于三维模型文档中的原子集合。Find Patterns：打开 Find Patterns档中出现的结构模式。框，可以在当前三维模型文档中寻找在另一个文文本文档 Edit 菜单当文本文档处于活动状态时，Edit 菜单还包括：Find.：打开 Find框，可以在当前文档中搜索特定的

55、字符串。超文本文档 Edit 菜单当超文本文档处于活动状态，Edit 菜单还包括：Edit Mode：提示当前超文本文档处于编辑模式。在编辑模式中，你可以在Text Viewer中编辑、剪切、拷贝、粘贴、删除、保存和打印文件。Browse Mode：提示当前超文本文档处于浏览模式。浏览模式下文件以在 Web 浏览器中显示的方式显示。图形文档 Edit 菜单图表文档处于活动状态时，Edit 菜单还包括：Deselect All：全部不选择当前文档中的对象。Delete Graphs：打开 Delete Graphs框，可以删除指定图形。View 菜单View 菜单包括改变 Materials S

56、tudio 的显示外观的显示与否，工程日子和 3D Viewer 的显示参数。令，包括工具条、浏览器和状态栏注意：此菜单的内容随着活动文档类型的不同而不同。标准 View 菜单所以 View 菜单包括以下菜单项：Toolbars：显示所有 Materials Studio 的工具条列表，让你可以选择每一个工具条是否可见。Explorers：显示所有 Materials Studio 的浏览器列表，可以选择每一个浏览器是否可见。Sus Bar：设置状态栏是否可见。 Project Log：显示当前工程的工程日志。三维模型文档 View 菜单另外，当前文档为三维模型时，View 菜单还包括：Dis

57、play Style：打开 Display Style框，改变结构或选择的原子的显示样式。Display Options：打开 Display Options框，可以设置显示三维结构的显示参数。Lighting：打开 Lighting框，控制固体结构显示时的照明方式。Label：打开 Label框，建立性质并设置个性化文本。Modify 菜单Modify 菜单包括影响当前窗口显示对象的性质令。Modify 菜单它包括以下菜单项：Element Properties：打开 Element Properties示颜色、原子半径和原子质量。框，可以查看编辑元素性质，包括显Charges：打开 Cha

58、rges框，可以计算或设置原子电荷，定义电荷基团。Constras：打开 Edit Constras框，定义原子位置、晶格参数、相互距离、角度和转矩上的约束。Modify Element：显示常见元素列表和元素周期表，你可以改变选择原子的元素种类。 Modify Bond Order：显示不同的原子种类，可以改变所选原子的键种类。Modify Hybridization：显示一系列不同氢键选项，可以改变所选原子的氢键。 Adjust Hydrogen：计算所选原子或整体结构的氢原子数量和位置。Build 菜单Build 菜单包含建立高聚物、晶体、表面和分层结构令。Build 菜单它包括以下菜单

59、项：Build Polymers：显示以下建立高聚物的选项。建立高聚物选项Homopolymer：打开 Homopolymer框，建立不同取向和立构规整聚物链。Block Copolymer：打开Block Copolymer框，可以建立不同取向和立构规整度的嵌段共聚物和交替共聚物链。Random Copomer：打开 Random Copolymer构规整度和不同条件几率的无规共聚物链。框，可以建立不同取向、不同立Dendrimer：打开 DendrimerRepeat Unit：打开 Repeat Unit框，可以建立树状晶。框，包含从所选部分建立重复单元的选项。Branch Pos：打开

60、 Branch Poer框，可以在存在的重复单元上添加分支点或者修改已经定义的分子点。Bonds：提供 Bond Caculation键。框，可以使用指定条件计算当前三维模型中原子间的Close Contacts：提供 Close Contact Caculation维模型中原子间密堆积。HBonds：提供 Hydrogen Bond Caculation型中的氢键。框，可以使用指定条件计算当前三框，可以使用指定条件计算当前三维模Build Layers：打开 Build Layers框，可以由其它表面和晶体建立层状结构。Crystals：显示下面创建晶体选项：晶体选项Build/Rebuil