蛋白质同源建模评价

1、同源建模模型评定结果第1页modeller同源建模后，使用chimera对模型做了1500步最速下降法，得到最终模型。在使用该模型前，需要对所得到模型进行评定；第2页 最终同源结构模型需要经过评定来确保其结构特征符合其生理生化规律。这包含检验角度异常性，键长，紧密接触面等。另一个检验蛋白质结构模型质量方法是固定性考虑这些立体化学特征。这种方法可经过编辑试验得到蛋白质结构空间特征和相互作用能统计谱，来发觉模型错误。经过比对统计参数与构建模型，能够知道哪些区域折叠正常，哪些是异常。惯用评定程序有：Procheck 检测惯用生理化学参数；WHAT IF 检验化学正确性；ANOLEA 使用统计算方法；

2、 Verify3D Verify3D 使用统计计算方法。注意 ANOLEA 和Verify3D 即使都使用统计方法，但它们阈值不一样，而且分数高低代表含义也不一样：ANOLEA 分数越低模型越正确，而Verify3D 中分数越高越正确。第3页在线评定网址：Errat：/ERRATv2/What-if: http:/swift.cmbi.ru.nl/servers/html/index.html工具比较全一个网址：/SAVES/Molprobity ：/index.php第4页点击进入第二个网址，这个网址含有PROCHECK,WHT_CHECK,ERRAT,VERIFY_3D,PROVE等几个工

3、具；第5页将同源建模所得pdb文件进行上传，并运行，即可得到所要结果：其中ERRAT，得到打分值与使用ERRAT自己网址分值是相同。在这里展示一下单独ERRAT得到评定结果：第6页Errat平均打分值为91，同源结果打分值为89.3，略微偏低。第7页Procheck结果：第8页Procheck所得到Ramachandran图：其中红色区域represent the residues in most favoured regions；黄色区域represent the residues in additional allowed regions；浅黄色区域represent the residu

4、es in generously allowed regions；白色区域则是disall区域。第9页其它几个工具结果：第10页Verify3D 图像曲线：第11页除以上惯用方法外，Molprobity 也是一个结构评定方法：Molprobity是个在线模型分析工具，地址为：/index.php 几乎全部蛋白结构在发表之前都会经过这个工具检测，当前成为结构生物学中一个比较全方面蛋白结构检测工具。 第12页步骤一：上传文件步骤二：加氢原子 第13页步骤三：开始检测模型 第14页步骤四：选择要分析参数,普通采取默认值第15页第五步：查看结果,这里有图形分析和详细表格分析。图形分析讲形象地告诉你那些部位残基存在问题；表格分析则给出详细残基编号。第16页第17页以得到同源建模结果为例：图形分析结果： 说明：途中红色部分为较为严重过近接触 atom clashes绿色为不合理二面角紫色球为不合理Cb橘黄色