《转录组信息学》课程教学大纲

1、转录组信息学课程实验教学大纲课程代码：BIOI1022课程名称：转录组信息学英文名称：Transcriptome Bioinformatics实验室名称：生物信息实验室(404#4221)课程学时：90 实验学时：36一、本课程实验教学目的与要求通过对基因芯片数据，rna-seq，sage等转录组学高通量数据的分析，学会分析软件的使用，深入理解相关数据分析算法，解决生物学问题。二、主要仪器设备及现有台套数专业服务器1台教师用台式计算机2台学生用台式计算机30台教学示范用投影仪1台三、实验课程内容和学时分配序号实验项目名称目的要求实验内容学时分配实验类型每组人数必开、选开1基因芯片数据的归一化以

2、及预处理用相关软件进行基因芯片数据预处理和归一化从Genbank下载基因芯片数据，使用已有关键进行预处理和归一化3基础性1必开2基因芯片数据的差异表达基因筛选初步对基因芯片数据进行差异表达基因筛选利用已有软件对实验一处理好的基因芯片数据进行差异表达基因的筛选3基础性1必开3基因芯片数据的聚类分析对基因芯片数据进行聚类分析利用已有软件对实验一处理好的基因芯片数据进行聚类分析3基础性1必开4基因芯片数据中的分类实验用分类软件对基因芯片数据进行分类操作和预测利用已有软件对实验一处理好的基因芯片数据进行分类操作和预测9基础性1必开5基因芯片数据的特征选择与分类综合特征选择后进行分类利用已有软件对实验一

3、处理好的基因芯片数据进行特征选择和分类分析6基础性1必开6基因调控网络实验对基因芯片数据进行基因调控网络分析利用已有软件对实验二删选出的基因进行基因调控网络分析3基础性1必开7RNA-Seq数据处理使用相关软件对RNA-Seq数据处理从公开的数据库下载RNA-Seq数据，利用已有软件对该数据进行计算分析，筛选差异转录本6基础性1必开8sage数据处理使用相关软件对sage数据处理从公开的数据库下载sage数据，利用已有软件或自编程序对其进行计算分析，筛选差异表达基因3基础性1必开四、考核方式1、实验报告：电子文档提交2、考核方式（1）实验课的考核方式：实验报告（2）实验课考核成绩确定，实验课成

4、绩占课程总成绩的比例等：根据作业给出成绩，占总课程20%五、实验教材、参考书1、教材：Transcriptomics: Expression Pattern Analysis (Paperback)Virendra GomaseVDM Verlag36392148622、参考书：（1）生物信息学李霞人民卫生出版社9787117129381（2）The dictionary of genomics, transcriptomics and proteomics Gnter Kahl Weinheim : Wiley-VCH9783527320738（3）基因芯片数据分析与处理 李瑶化学工业出版社

5、7502585648计算机辅助药物发现实验教学大纲课程代码：BIOI1024课程名称：计算机辅助药物发现英文名称：Computer-aided Drug Discovery实验室名称：生物信息学实验室（404#4221）课程学时：90 实验学时：36一、本课程实验教学目的与要求药物设计学自始至终贯彻实践论的思想，是一门不断探索未知的新兴学科，也是适合培养药学专业学生创新思维和独立性的一门专业选修课程。通过教学使学生了解新药研究和开发的程序，熟悉新药（先导化合物）发现途径，掌握药物设计的理论和方法，了解学科的发展方向，熟悉运用计算机进行合理的药物设计的理论和知识，毕业后能适应 21 世纪我国新药

6、研究开发的需要。二、主要仪器设备及现有台套数 专业服务器1台教师用台式计算机2台学生用台式计算机30台教学示范用投影仪1台三、实验课程内容和学时分配序号实验项目名称目的、要求实验内容学时分配实验类型每组人数必开、选开1分子可视化学会使用可视化软件蛋白质和小分子在可视化软件中恰当显示6基础性1必开2蛋白质结构的优化掌握蛋白质结构优化的方法和原理在软件中对自选的蛋白质分子进行结构优化6基础性1必开3分子动力学模拟掌握动力学模拟的基本方法和步骤在动力学模拟软件中对自选蛋白质分子进行分子模拟基本操作6综合性1必开4小分子的构建和蛋白质的同源建模掌握同源建模的方法和原理对给定序列的蛋白质进行三维建模6综

7、合性1必开5分子对接及虚拟药物筛选掌握分子对接和虚拟筛选的基本方法对指定体系进行分子对接和虚拟筛选6设计性1必开6综合实验综合掌握药物设计的方法和步骤自选题目，综合运用所学实现计算机辅助药物设计6创新性1必开四、考核方式1、实验报告：每次实验结束前检查程序运行结果和数据库查询结果。2、考核方式：考试，考察（1）每次实验结束前检查程序运行结果，并记载成绩，定期检查编写程序清单的作业并记载成绩。（2）实验课成绩30%计入总成绩。五、实验教材、参考书1、教材：计算机辅助药物分子设计，徐筱杰主编，化学工业出版社，2004.82、参考书：（1）Molecular Modeling Principles and Applicationsby Andrew R. Leach, 2001（2）计算机辅助药物设计，陈凯先主编，上海科学技术出版社，2000年10月（3）药物设计学，姜凤超主编，化学工业出版社，2007年5月。（4）药物设计学