39basescope检测基因后转录本分布

1、使用BaseScope双重RNACourtney Anderson, Xingyong Wu, Chao-,BingqingZhang,ChristopherBunker,JamesWang,RubyHsu,Xiao-Jun自CRISPR/Cas9 系统被发明动物模型中的在体编辑是通过质粒特异性的背景信号。但是，BaseScope设计和信号放大系统通过使用1ZZ探针使得单分子RNA检测成为可能，它可以在完整固定组织中差异检测单核苷酸编辑和突变2。目前已有多项研究使用了RNAscopeBaseScopeISH检测来确认CRISPR/Cas9或载体运送CRISPR/Cas9分子机器实现的。ISH起

2、， 编辑技术发生了革强大的工具，是对NGS和qPCR对CRISPR命性的变化，它既成为了强有力的研究工具，也成为了有望治疗人类遗传疾病的方交（ISH） 检测是目前唯一可在完整固定组织中量化细胞特异的CRISPR编辑的转录本的方法，包括单碱基变异等。本检测在评估小鼠肝脏内的在体的编辑的表征的有力补充。虽然胞的百分比。BaseScopeISH 检测可以提供纵BaseScope检测类似于RNAscopeISH技术1。两者均使用成对寡核苷酸（“ZZ”）进行单分子RNA对靶的敲除或敲减46。Han等人4使用RNAscope检测确定多guide RNA中使Frrs1l失活的有效性，而Zallar等人5用该

3、方法表征了大鼠脑中Ghsr的正常表达模式，并确认了经CRISPR/Cas9编辑后大鼠脑中Ghsr的缺失。Piecka等人6使用CRISPR/Cas9敲除了组内的环状RNA Cdr1as的表达缺失，BaseScope性上的应用。BaseScope测可以应用于编辑中的以灵凲剤偫惦惁野生型/编辑缺测量目标组织中细胞特异 的Cas9mRNA表达和guide通过双链RNA ISH探针和编辑特异性探针识别特Guide组点使用BaseScope双重RNACourtney Anderson, Xingyong Wu, Chao-,BingqingZhang,ChristopherBunker,JamesWan

4、g,RubyHsu,Xiao-Jun自CRISPR/Cas9 系统被发明动物模型中的在体编辑是通过质粒特异性的背景信号。但是，BaseScope设计和信号放大系统通过使用1ZZ探针使得单分子RNA检测成为可能，它可以在完整固定组织中差异检测单核苷酸编辑和突变2。目前已有多项研究使用了RNAscopeBaseScopeISH检测来确认CRISPR/Cas9或载体运送CRISPR/Cas9分子机器实现的。ISH起， 编辑技术发生了革强大的工具，是对NGS和qPCR对CRISPR命性的变化，它既成为了强有力的研究工具，也成为了有望治疗人类遗传疾病的方交（ISH） 检测是目前唯一可在完整固定组织中量化

5、细胞特异的CRISPR编辑的转录本的方法，包括单碱基变异等。本检测在评估小鼠肝脏内的在体的编辑的表征的有力补充。虽然胞的百分比。BaseScopeISH 检测可以提供纵BaseScope检测类似于RNAscopeISH技术1。两者均使用成对寡核苷酸（“ZZ”）进行单分子RNA对靶的敲除或敲减46。Han等人4使用RNAscope检测确定多guide RNA中使Frrs1l失活的有效性，而Zallar等人5用该方法表征了大鼠脑中Ghsr的正常表达模式，并确认了经CRISPR/Cas9编辑后大鼠脑中Ghsr的缺失。Piecka等人6使用CRISPR/Cas9敲除了组内的环状RNA Cdr1as的表

6、达缺失，BaseScope性上的应用。BaseScope测可以应用于编辑中的以灵凲剤偫惦惁野生型/编辑缺测量目标组织中细胞特异 的Cas9mRNA表达和guide通过双链RNA ISH探针和编辑特异性探针识别特Guide组点突条件敲用野生型（WT）双重探针鉴别CRISPR/Cas9替换矫图1.通过BaseScope检测CRISPR编辑和可视化的应用。CRISPR导的突变是单等位或双等编辑在目标组织内有异质性。BaseScope位。和CRISPR编辑的mRNA以及组织中的Cas9 mRNA和guide RNAZZ49A野生B野生49 Guide编辑CD编辑C 连同ZZ5NA呌拍俷叇点突廌组倛ZZ

7、ZZZZZ kupffer图2.CRISPR介导的核苷酸缺失和BaseScope探针设计。（A）使用CRISPR-Cas9X 中敲除49已编辑 。（B）eX）和发生编辑的肝脏（、D）中均检测到野生型序列（绿色），而编辑的序列（红色）仅在发生编辑的肝脏（、D）中被检测到。野生型和编辑后的序列均可在肝细胞中被 编辑的肝脏和经过编辑的肝脏（CRISPR/Cas9）的FFPEABBaseScope阐述BaseScope到野生型信号，而在CRISPR/Cas9编辑的信号均被检测到（图3）。在绝大多数肝细胞中都检测到了单一的野生型或发生编辑的信号以及同时出现的这两个信号，ZZ49A野生B野生49 Guid

8、e编辑CD编辑C 连同ZZ5NA呌拍俷叇点突廌组倛ZZZZZZZ kupffer图2.CRISPR介导的核苷酸缺失和BaseScope探针设计。（A）使用CRISPR-Cas9X 中敲除49已编辑 。（B）eX）和发生编辑的肝脏（、D）中均检测到野生型序列（绿色），而编辑的序列（红色）仅在发生编辑的肝脏（、D）中被检测到。野生型和编辑后的序列均可在肝细胞中被 编辑的肝脏和经过编辑的肝脏（CRISPR/Cas9）的FFPEABBaseScope阐述BaseScope到野生型信号，而在CRISPR/Cas9编辑的信号均被检测到（图3）。在绝大多数肝细胞中都检测到了单一的野生型或发生编辑的信号以及同

9、时出现的这两个信号，而在Kuffer细胞中没有任何一种信号被检测到（图3）。门静脉小鼠肝脏组织中经CRISPR/Cas9在用BaseScope和编辑的转录本。CRISPR/Cas9细胞亦同（图4）。综合来看，这些结果显示CRISPR/Cas9细胞是纯合野生型、杂合野生型 /编辑型和纯合编辑型组成的异（LNP）运送至肝脏，并且靶向和敲除野生型49个核苷酸（nts）序列，产生新的序列连接（发生编辑）（1 基敲除后重新连接好的序列（图2B）。CRISPR/Cas9或空载体被运送到小鼠体内，靶向肝脏。BaseScope双重检测是在APpib/BdapB / 组编辑已经被CRISPR/Cas9CRISP

10、R/Cas9阐述了中介绍的BaseScope检测在区分小鼠肝脏中CRISP/Cas9系统靶向的特定细胞的能力。野生型和编辑后的转录本主要在肝细胞中被检测到，而在Kupfferes.JMolDiagn.APpib/BdapB / 组编辑已经被CRISPR/Cas9CRISPR/Cas9阐述了中介绍的BaseScope检测在区分小鼠肝脏中CRISP/Cas9系统靶向的特定细胞的能力。野生型和编辑后的转录本主要在肝细胞中被检测到，而在Kupfferes.JMolDiagn.2012;2.BakerAMetal.RobustRNA-basedinsitumu iondetectiondelineatescolorectalcancersubclonalevolution.NatComm.2017;andSpliceVariantswithCellularResolution.MolNeurobiol.2017;Epubaheadofpr e1likeprotein(FRRS1L)asso teswithdyneinvesiclesandregulat