SNP与人类疾病课件

单核苷酸多态与人类疾病

SNPsInHumanDiseases1单核苷酸多态与人类疾病

SNPsInHumanDise回顾理论课内容单核苷酸多态性及相关概念常用的SNP分型技术基于SNP的复杂疾病遗传定位方法12重要的SNP数据库资源342回顾理论课内容单核苷酸多态性及相关概念常用的SNP分型技术基3实习课内容1.利用HapMart网络平台提取中国汉族人群基因IL8上的SNP，并列出这些SNP各自所处的功能区域2.试结合第一章中对NCBI等重要的序列数据资源知识介绍，选取适当的限制性片段长度多态性方法用于IL8基因上SNP分型的内切酶3实习课内容1.利用HapMart网络平台提取中国汉族人群4实习课内容3.从本章给出的Haploview网络地址下载并安装最新的Haploview软件版本，研究一下可以输入的数据格式4.在Haploview中导入Hapmap格式IL8基因上的SNP基因型，从中提取能覆盖整个基因的最少量的TagSNP4实习课内容3.从本章给出的Haploview网络地址下载5为了培养大家独立操作的能力，老师给大家演示例子时用IL10基因，大家做习题的时候用IL8基因！5为了培养大家独立操作的能力，老师给大家演示例子时用61.利用HapMart网络平台提取中国汉族人群基因IL10上的SNP，并列出这些SNP各自所处的功能区域实习题1/（1）开打网页61.利用HapMart网络平台提取中国汉族人群基因IL1（2）输入设置：选择CHB、

在GENEFILTERS框中输入IL107（2）输入设置：选择CHB、7（3）输出设置：选择感兴趣的输出信息8（3）输出设置：选择感兴趣的输出信息83.结果导出：以界面和文件形式输出限定条件下IL10上的SNP位置、基因型、群体频率等信息93.结果导出：以界面和文件形式输出限定条件下IL10上的S10实习题22.试结合第一章中对NCBI等重要的序列数据资源知识介绍，选取适当的限制性片段长度多态性方法用于IL8基因上SNP分型的内切酶10实习题22.试结合第一章中对NCBI等重要的序列数据资限制性内切酶（restrictionenzyme），能识别双链DNA中的特定碱基序列，并切割双链DNA的核酸酶。常用于重组DNA技术的一类限制酶的识别位点为回文对称结构，它们的结合和切割都在这一特定的对称结构内11同一物种不同个体的DNA分子，用同一种限制性内切酶完全酶切后，出现分子量不同的同源等位基因片段，称为限制性片段长度多态性（restrictionfragmentlengthpolymorphism，RFLP）限制性内切酶（restrictionenzyme），能识别内切酶酶切示例BbuIGCATGCCGTACGGCATGC3’端突出NotIGCGGCCGCCGCCGGCGGCCGCCGG5’端突出HpaIGTTAACCAATTGGTTAACCAATTG平末端名称识别位点切割后分子末端类型5’5’5’5’5’5’3’3’3’3’3’3’粘性末端12内切酶酶切示例BbuIGCATGCGCATG3’端突出N13TTTCCC249bp254bp503bp电泳图模拟13TTTCCC249bp254bp503bp电泳图模1414优点：1.方法简单；2.容易操作；3.经费要求不高缺点：1.样品纯度要求较高和用量大；2.过分依赖于限制性内切酶的种类和数量；3.分析步骤繁琐、工作量大；4.分型容易出错、通量较小RFLP方法优缺点15优点：缺点：RFLP方法优缺点1516/index.html直接以IL8为例演示16/inde171718181919202021选取一个要研究的区域21选取一个要22利用软件分析该区域的限制性内切酶位点22利用软件分析该区域的限制性内切酶位点23设计引物PCR扩增目的片段EcoRI酶切聚丙烯酰胺凝胶检测23设计引物PCR扩增目的片段EcoRI酶切聚丙烯酰胺凝胶检24C等位EcoRI不能识别24C等位EcoRI25T等位EcoRI切割25T等位EcoRI26实习题33.从本章给出的Haploview网络地址下载并安装最新的Haploview软件版本，研究一下可以输入的数据格式/mpg/Haploview/index.php26实习题33.从本章给出的Haploview网络地址下载27实习题44.在Haploview中导入Hapmap格式IL10基因上的SNP基因型，从中提取能覆盖整个基因的最少量的TagSNP27实习题44.在Haploview中导入Hapmap格式28/28http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gHaploview软件直接分析基因的tagSNPIL10:Chr1,205,007,571-205,012,462Chr1,205007kb-205,012kb29Haploview软件直接分析基因的tagSNPIL10:在Haploview软件界面输入相应信息30在Haploview软件界面输入相应信息303131依据连锁不平衡（LD），基因内block情况32依据连锁不平衡（LD），基因内block情况32Tagger:寻找基因内的tagSNP33Tagger:寻找基因内的tagSNP33tagSNP34tagSNP3435/大家要是有时间的话，可以尝试在dbSNP数据库中进行SNP检索dbSNP数据库检索SNP35/结果显示，点击GeneView输入查询36结果显示，点击GeneView输入查询36选ingeneregion,显示IL10内所有的SNP；选cSNP,显示编码区域的SNP37选ingeneregion,显示IL10内所有的SNP注意：dbSNP数据库中SNP数量很大，有的没有经过验证，研究时仅作参考想想red、green区域的区别？38注意：想想red、green区域的区别？38rs12276917,missense,ValIle39rs12276917,missense,ValIl思考题

结合本章的介绍和前几章的知识，设计一个基于SNP的通路与疾病相关性的实验设计，并分析其可行性40思考题结合本章的介绍和前几章的知识，设计一个基于SNTHANKS！41THANKS！41单核苷酸多态与人类疾病

SNPsInHumanDiseases42单核苷酸多态与人类疾病

SNPsInHumanDise回顾理论课内容单核苷酸多态性及相关概念常用的SNP分型技术基于SNP的复杂疾病遗传定位方法12重要的SNP数据库资源3443回顾理论课内容单核苷酸多态性及相关概念常用的SNP分型技术基44实习课内容1.利用HapMart网络平台提取中国汉族人群基因IL8上的SNP，并列出这些SNP各自所处的功能区域2.试结合第一章中对NCBI等重要的序列数据资源知识介绍，选取适当的限制性片段长度多态性方法用于IL8基因上SNP分型的内切酶3实习课内容1.利用HapMart网络平台提取中国汉族人群45实习课内容3.从本章给出的Haploview网络地址下载并安装最新的Haploview软件版本，研究一下可以输入的数据格式4.在Haploview中导入Hapmap格式IL8基因上的SNP基因型，从中提取能覆盖整个基因的最少量的TagSNP4实习课内容3.从本章给出的Haploview网络地址下载46为了培养大家独立操作的能力，老师给大家演示例子时用IL10基因，大家做习题的时候用IL8基因！5为了培养大家独立操作的能力，老师给大家演示例子时用471.利用HapMart网络平台提取中国汉族人群基因IL10上的SNP，并列出这些SNP各自所处的功能区域实习题1/（1）开打网页61.利用HapMart网络平台提取中国汉族人群基因IL1（2）输入设置：选择CHB、

在GENEFILTERS框中输入IL1048（2）输入设置：选择CHB、7（3）输出设置：选择感兴趣的输出信息49（3）输出设置：选择感兴趣的输出信息83.结果导出：以界面和文件形式输出限定条件下IL10上的SNP位置、基因型、群体频率等信息503.结果导出：以界面和文件形式输出限定条件下IL10上的S51实习题22.试结合第一章中对NCBI等重要的序列数据资源知识介绍，选取适当的限制性片段长度多态性方法用于IL8基因上SNP分型的内切酶10实习题22.试结合第一章中对NCBI等重要的序列数据资限制性内切酶（restrictionenzyme），能识别双链DNA中的特定碱基序列，并切割双链DNA的核酸酶。常用于重组DNA技术的一类限制酶的识别位点为回文对称结构，它们的结合和切割都在这一特定的对称结构内52同一物种不同个体的DNA分子，用同一种限制性内切酶完全酶切后，出现分子量不同的同源等位基因片段，称为限制性片段长度多态性（restrictionfragmentlengthpolymorphism，RFLP）限制性内切酶（restrictionenzyme），能识别内切酶酶切示例BbuIGCATGCCGTACGGCATGC3’端突出NotIGCGGCCGCCGCCGGCGGCCGCCGG5’端突出HpaIGTTAACCAATTGGTTAACCAATTG平末端名称识别位点切割后分子末端类型5’5’5’5’5’5’3’3’3’3’3’3’粘性末端53内切酶酶切示例BbuIGCATGCGCATG3’端突出N54TTTCCC249bp254bp503bp电泳图模拟13TTTCCC249bp254bp503bp电泳图模5514优点：1.方法简单；2.容易操作；3.经费要求不高缺点：1.样品纯度要求较高和用量大；2.过分依赖于限制性内切酶的种类和数量；3.分析步骤繁琐、工作量大；4.分型容易出错、通量较小RFLP方法优缺点56优点：缺点：RFLP方法优缺点1557/index.html直接以IL8为例演示16/inde581759186019612062选取一个要研究的区域21选取一个要63利用软件分析该区域的限制性内切酶位点22利用软件分析该区域的限制性内切酶位点64设计引物PCR扩增目的片段EcoRI酶切聚丙烯酰胺凝胶检测23设计引物PCR扩增目的片段EcoRI酶切聚丙烯酰胺凝胶检65C等位EcoRI不能识别24C等位EcoRI66T等位EcoRI切割25T等位EcoRI67实习题33.从本章给出的Haploview网络地址下载并安装最新的Haploview软件版本，研究一下可以输入的数据格式/mpg/Haploview/index.php26实习题33.从本章给出的Haploview网络地址下载68实习题44.在Haploview中导入Hapmap格式IL10基因上的SNP基因型，从中提取能覆盖整个基因的最少量的TagSNP27实习题44.在Haploview中导入Hapmap格式69/28http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gHaploview软件直接分析基因的tagSNPIL10:Chr1,205,007,571-205,012,462Chr1,205007kb-205,012kb70Haploview软件直接分析基因的tagSNPIL10:在Haploview软件界面输入相应信息71在Haploview软件