真菌脂肪酶的生物信息学研究

真菌脂肪酶的生物信息学研究学号：姓名：指导教师：背景介绍实验准备工作二级结构预测与三级结构建模分子对接结论一级序列相关信息测定展示内容：背景介绍真菌霉菌酵母覃菌反应方程式酯的水解RCOOR1+H2O→RCOOH+R1OH酯的合成RCOOH+R1OH→RCOOR1+H2O酯交换反应RCOOR1+R2COOR→R2COOR1+RCOOR醇解反应RCOOR1+R2OH→RCOOR2+R1OH酸解反应RCOOR1+R2COOH→R2COOR1+RCOOH真菌脂肪酶脂肪酶(EC3.1.1.3.)是分解三脂酰甘油的水解酶类,全称为三脂酰甘油酰基水解酶。背景介绍真菌脂肪酶脂肪酶的活性中心是丝氨酸（Ser）残基，Ser可与天冬氨酸（Asp）、组氨酸（His）、谷氨酸（Glu）中的两个组成的三元组催化中心。褶皱假丝酵母的活性中心为His(449)-Ser(209)-Glu(341)，而米黑根毛酶的活性中心则是Ser(144)-His(267)-Asp(203)。脂肪酶已经应用到了很多领域，如食品、医药、农药、生物传感器、环境卫生、洗涤、化妆品、香水、皮革等。背景介绍生物信息学主要研究生物系统中的信息现象、信息流及其相互作用和调控规律,是一门理论与实践应用并重的学科。生物信息学蛋白质组学基因组学生物信息学应用能源领域农业领域食品领域环境领域生物医学实验准备工作1.安装软件及网页工具2.下载蛋白质信息运行环境Cygwin64、Python3.3准备工具ChemBio3D2012、ChemBioDraw2012一级序列测定BLAST2.2.29+、Bioxm2.6、MEGA4.1、Cobalt、ClustalW2、protscale、NCBI数据库二级结构测定Sopm三级结构测定Swissmodel、Autodock4、MGLTools1.56、PDB数据库一级序列相关信息测定基本信息提取褶皱假丝酵母圆柱假丝酵母疏棉状嗜热丝孢菌沙门柏干酪青霉米黑根毛霉米根霉解脂假丝酵母尖孢镰刀菌黑曲霉白地霉等电点4.854.945.324.404.777.446.326.854.115.42氨基酸数目549548291276363392406345297563Ser45282122385123302942His576667137513Asp31341920192425171836Glu13101211163218131420最多的氨基酸种类和数目Leu59Gly56Gly28Ala30Ser38Ser51Phe31Ala40Ala36Leu54一级序列相关信息测定疏水性预测褶皱假丝酵母圆柱假丝酵母疏棉状嗜热丝孢菌沙门柏干酪青霉米黑根毛霉米根霉解脂假丝酵母尖孢镰刀菌黑曲霉白地霉GRAVY值0.0440.129-0.150-0.046-0.061-0.127-0.320-0.1010.111-0.176一级序列相关信息测定Blast对齐白地霉褶皱假丝酵母圆柱假丝酵母沙门柏干酪青霉疏棉状嗜热丝孢菌解脂假丝酵母米根霉黑曲霉尖孢镰刀菌米黑根毛霉白地霉116441837620.418.1

17.3

17.3褶皱假丝酵母418111884516.918.520.8

16.916.9

圆柱假丝酵母387870111617.317.7

18.1

沙门柏干酪青霉20.416.917.356722765.1106214182122疏棉状嗜热丝孢菌17.718.518.122760195.9125290198126解脂假丝酵母

20.8

65.195.985361.271.675.149.7米根霉

18.110612561.2807115110313黑曲霉17.316.9

21429074.3115607195125尖孢镰刀菌

16.9

19921587.4126209712119米黑根毛霉17.3

12212650.1325124102750一级序列相关信息测定多重序列对齐一级序列相关信息测定进化树构建二级结构预测与三级结构建模二级结构预测α310螺旋πβ折叠β转角弯曲区域无规线团模糊区域其它褶皱假丝酵母29.69%\\21.86%9.11%\39.34%\\圆柱假丝酵母29.74%\\25.18%10.58%\34.49%\\疏棉状嗜热丝孢菌31.96%\\22.68%11.00%\34.46%\\沙门柏干酪青霉30.43%\\28.99%10.51%\30.07%\\米黑根毛霉28.37%\\20.39%10.47%\40.50%\\米根霉23.47%\\23.72%11.74%\41.07%\\解脂假丝酵母29.06%\\22.41%8.62%\39.90%\\尖孢镰刀菌32.75%\\25.51%11.88%\29.86%\\黑曲霉40.07%\\20.54%8.42%\30.98%\\白地霉32.68%\\21.49%9.41%\36.41%\\二级结构预测与三级结构建模三级结构建模分子对接准备工作分子对接主要操作过程分子对接月桂酸的对接图分子对接月桂酸结合位点分子对接配体结合位点分子