beast系列软件使用

个人初步总结第一步beauti软件设置nexus文件的参数最后文件的格式是,xml第二步runbeast软件最后的格式有,log刼.t「ee第三步tracer软件run设置第一步的参数的合理性第四歩TreeAnrotator「un最后文件的格式是XX_MCC.tree第五步FigTreeplayXX_MCC.treef表现构建的结祠个人详细使用：BEAUti1、File-—ImportData一翻开NEXUS（beauti软件的NEXUS文件与PAUP软件的有不同）文件翻开后显示为2、选择TaxonSets通过建立一套定义子集分类，这个窗口允许你建立分类单元内的子集序列数据。这也允许你去记录每个分类tMRCA子集最近的共同祖先，设置分布在相应分歧时间的分歧倍。最后tMRCAs在日志文件中应按单位相同规定你的DNA序列。这些分类单元可以代表不同的物种子集分析地理上孤立的多种群或者在一个物种。值得注意的是,建立一个分类单元不保证该子集集团将能够对其它属种单源推理分析。单击“+〃在左下角，创立几个分类群，重命名他们。在另一个中你可以看到一些有用的分类群，选择你所需要的分类群然后单击绿色的按钮，确使在MCMC分析的时候保持单源。最后可以得到类似：3、选择substitutionmodel这里主要是模型的选择substitutionmodel中主要为三个模型HKYGTRTN93根据模型构建来选择

Basefrequencies中Estimated/Emirical/Allequal三种估计，经验，设备可根据不同的获得方式来选择。SiteHeterogeneityModel中None/Gamma/Invariantsites/Gamma+Invariantsites,None(假定物种的进化保持相同的速率)Gamma〔物种的进化不是相同的速率〕Invariantsites(数据中的某些位点从未经受任何进化上的改变，其进化速率是相同的〕Partitionintocodonpositions中off/2partitions:positions(1+2),3/3partitions:positions1,2,3Basefrequencies中Estimated/Emirical/Allequal三种估计，经验，设备可根据不同的获得方式来选择。SiteHeterogeneityModel中None/Gamma/Invariantsites/Gamma+Invariantsites,None(假定物种的进化保持相同的速率)Gamma〔物种的进化不是相同的速率〕Invariantsites(数据中的某些位点从未经受任何进化上的改变，其进化速率是相同的〕Partitionintocodonpositions中off/2partitions:positions(1+2),3/3partitions:positions1,2,3off:分析不能转录成RNA的DNApartitions:positions(1+2),3:1,2段转录比拟慢，3段转录比拟快partitions:positionsl,2,3:3段都有自己的转录翻译速度CdiaParTlIiOASTifluii 口逝H TriilS!>i^MudcHQtCk.NtdifbTiEEbPr^rS <3&噌瀉心、MCMCSubilitjEiQHhtadalHKVLttirnMrd■'CaHivniNumberofCarihrndCa^egoricAP^rTCi^riMb*虹恤物4 Link.,!Uniink.pa-arncLEnUvilinkftubtCitulionrats[mj^e屈曰<Unlink,rdic1-ietH-bi^nekfmcnjEl亜三。；!、cuiHifip^slLJUnlinkbut#Frf 时讪E*有些(name下有两个以上〕这时需要选择DataPartitions的UnlinkSubstModels”4、选择clockmodel选择therelaxedmolecularclockmodels数据来自一个潜在的指数函数或对数正态分布。很多数据都是用到therelaxedmolecularclockmodelsIZLAM陌航11白n* TAmiMligkDcilftlTfJiR际隙站兩州4ClarkMnilFli Pndr^ □鹽rtE白n| hiCMfLlsckUnklRlime MveciJwCbEkNcdel bHruii HalepruimOocfe Clock-UicciimlUBdLmno.i i.口选择适宜的分子钟模型来估计速率的变化。5、tressTreepriors：我们比拟多的希望使用Yule模型，这是一个简单的模型通常是更适用于考虑序列不同的种类。6、Priors在有数据的情况下，改变设置trmc〔丨的Priors,其他的参数设置大概估计不出现红色即可。1&KAPan>G>on$ Stii 亍仲” QgkMo齢的 〒"虻|PrimI ■■时7 iwCmCPnorsF口r siamt-cs.FT|&rtoundDtkSMS(ffii-CiCHjJflirl-CWriipJNcrr*i!|&"3.5]皿"作】Effl-CiHICC^C知“龄iFIEHUrnftrt-CHirflpt»ft|rriHg榊卄“Wl*UEHgTree汗oriLISCm^asUtsQGhrtaron5戲rg倾p咤恰官门卩心订网DrinMteIrteCmg/lwnititiTcf网179,?uniumcstiEforuxanseiHoraiCfirconeferrlftfdotretdr1mac±..Fi*牡汕忙松口S■Cam™[Ca05,*01.ntitl-l.Q[D.«lHKTMifcrfinion-irjrKTe吒術siranfEtratnartitcnrinrulLHr>thfl#m引wenC6*■Linfarm|<l.ILin^ul-ft.2!j1丄]|b.FEfrei<erM.+E>ufpdrtlkm-firsthiH.hrsmartilohaTLnr^rm|C.1.Q00Inrnku.jID.l.OQOlQsmnasha吨narsraewonDamnonhrqiHatdtwirflha!^略pg■Glnrri <oingifcl-L,0WEHKTPirfiiiiarr-rjfls-wTi+cfl gf 七secordMlf.iie^dh&lfJrrqiMn£ci・昧岫p.il：[D.UbawwccxRhiLX,百粕■Unform|0.l.aDQInciil^O.3皿mwi副mrn占ibiap-E卩亀~日nrwue-ufpa-trijonsecondhafsucM.sbdw•ImMe何.i^l,ifita-C.]UnCUnr^liEFdgXjTEal昭同炬日CkxkSHlWOtpaEtlMUdd.mcjJiUwfafrn«l；rnftS-Lfi皿叫u龍廚qwiiriAKcdchxk皿日灿叫ErapMedo-l*U5HgTrptFfOf[Q.0|hekNhoi^hlofthatrn-rsfpaWMfiyult^rVijldCe*Unf-urm|dB«|.iFlfa-lC1丄前ralEibpELiicmpr-CLghSblflhuUtf口鈿血lfirIn-fttfnim时Emtanrm M«EMwhflM肝尊仲MEMlM匸腳Wn»■Unform卜。5ThttcHMbnce吧rdiejofe^MUonmedctiajned^wuhitwlf•UM呻TtwvarliEonin ofew«&tvH3^ itwwherettdaodpariElori7、MCMCLengthofchain：取决于数据大小和质量，系统默认为10,000,000Lengthofchain：Echostatetoscreenevery和logparametersevery：多少的马尔科夫链的参数显不在屏幕上和记录在日志文件中。前一个系统默认为10,000这个数值不要低于10,000,不然会有一大堆没用的数据出现在屏幕上，拖累了速度8输出创立XML文件Fwiu価e土 曹普區心卩呼T<革UanM 字"*KkK CicekMexfreitTree% QpwicwFMCMCIijpnsjlhQiiirfri:Fillnamtiwm.

RunningBEASTRunBEAST参加文件为新建好的XML文件B£ASTvlS.ABavesiar-EvcIuSonarvAnatysisSatTipllnigTrees

Vffrtionvl5.4.2aD2-2DWBEASTXWLpnmates-^rnlChcios弋FilWm.jRandomnumberseed:127OOS6443069ThreadpooltiieAutonnait^5riiirrKMlMlEU15riiirrKMlMlEU1□rur-GD.LJ1-min«12134imrulHiiiniL'^-Oirr^pilfl54古劣CA^nnrrj|i^rcupi•49J3XnnnalHWTUCiriMfl!34i&珂I5ZC蹈^ik.D^RMA4.5SM-2贖L.mu邪1z仲5、Nkm-™.flp]t-HPmm”»JS111.1S4rdMEEd比陋HlT.rSE-ZWZ.9孩EhaJLrraoeiue-fi<2Z.376Fk變&]；&11.364gird械Fkapa.ai4u贤[Ed口kfnqur-imD.177ILS如仲旧MJrtqu*規*2a庭加.泌■ti.?2j£-2仙.MA费CWdRET.rriqHWW5时Umi«EWuhiV]4573.314LKUJHtlfiJHJ5E-ZlkUsa^tvl>.WnW^i*AA璋:h.I'H[JM陪由吋0*4『：0喚rmi^ijriu-G.GJ5E-2IlBi41rkidiwf.d-mUiW'lnadl-EB94.T3I1%,iMOrYlfUtf.mALKB4HHUMM河| 2中紀ugi-CbSIFflEUHbb^V**AM±>giriJlD^nhrRr|/'J^rrt-UArglHAJ4m4iTiJbE*U&eB£ACL£libraryiFPreferuseofCPUPreferpreciskanSingle-ShowlistesfjvailjbleBEACLErciaurc«andQuitBEA£LF独』hilgh-perfianTiariCP■虹M础 IlhrdrvrKa.rc^nm.iki?u荘nfaddiEoral匚ornpulationalFesDurre^suchasgraphicsbeardsIImu^tbedownloadledandinsUHedundEpendentlyofBEAEThELU:;卩'SW占订丄鹽一」M. J-ECEtCfcO-!：EtRun完以后出现两个文件和XX.TreeAnalyzingtheresults使用Tracer软件翻开XX.log.txt查看结果TpioerTqentaiF4t iWK *□rmaMit.kqCDOOCNts.'.：■.SelectmeanRate去查看95%HPDTreeAnnotatorObtaininganestimateofthephylogenetictree=mcm亡貽氐/TreeAnnotatorObtaininganesti