肺癌转化研究-组织获取和检测

u组织获取技术•手术•经支气管镜直接活检•经支气管镜相关技术(EBUS、TBNA、BAL等)•经皮肺穿刺u组织获取技术DiagnosticsTherapiesknowledgeDiseaseMolec.DiagnosticsTherapiesknowledgeDiseaseMolec.dataBiospecimenBiospecimensMed.data•生物样本库又称生物银行(biobank),生物样本体液或经处理过的生物理需要将其搜集的生物样本单独保存而建立的生物样本库(Biobank)；搜集的生物样本资源统一保存和分配使用；用；u第三方机构从社群中搜集大型的队列生物样本库(Biobank)，集aseNaseNlysislyzed*Othertypeofcancer(n=12);unknownpa8ent(n=77)u组织获取技术学因素为个体患者选择可用的药物割物单基因检测靶向治疗V2.0)学因素为个体患者选择可用的药物割物单基因检测靶向治疗V2.0)行多靶点检测物治疗基于临床与组织学的治疗(基于化合物的治疗):2.分子学诊断存档的FFPE标本具有代表性的技术：单个生物标志物检验：SangerDNA测序或焦磷酸测序•RT-SangerDNA测序或焦磷酸测序•RT-PCR单分子学检测为患者•FISH•IHC多靶点检验：•基于PCR的SNapShot•基于PCR大规模阵列SNP检测初始高通量技术：•SNP/CNVDNA微阵列未来的个体化治疗(个体化治疗)组资料为患者制订个体化未来的个体化治疗(个体化治疗)组资料为患者制订个体化•全基因组或外显子组捕获测序(DNA)•全或有针对性的转录测序(RNA)•表观遗传学分析NGS检测lMar测序法ArmsddPCRFirstFirstGeneraIonSequencingNextNextGeneraIonSequencing分子学诊断: PFS(月)OS(月)TKI化疗期临床中腺癌患者EGFR组分析JTOGLux-lung3Lux-lung6GGGGEEEAA364(0(072122))))(0.63-1.31)(0.66-1.17)EGFR突变人群中进II11.05.6(020033)))23.123.51.Mok,etal.NEJM2009;2.Hanetal.JCO2012.30(10).3,Maemondo,etal.NEJM2010;4.Mitsudomi,etal.LancetOncol2010;5.Zhou,etal.LancetOncol2011;6.WuYL,etal.AnnOncol.2015.7.Roselletal.LancetOncol2012.8.CHYang,etal.LancetOncol.2015.9.WuYL,etal.LancetOncol2014,SequistLVetalSciTranslMed2011;3(75):75ra26.YuHAetal.ClinCancerRes2013;19:2240-2247.分子学诊断:分子学诊断:•Rocelitinib开始治疗时12例患者有T790M+•13例活检样本•Rocelitinib耐药时7个肿瘤仍然保持为T790M+•3个肿瘤获得EGFR扩增•Rocelitinib耐药时6个肿瘤为T790M缺失•肿瘤变为T790M野生型•2个T790M野生型肿瘤转化为SCLCAZD9291的获得性耐药•15例AZD9291获得性耐药患者的cfDNA研究(所有患者在开始AZD9291治疗时均为T790M+)•15例中6例为获得性C797S突变•基因表型：EGFR外显子19缺失、T790M、C797S•15例中5例维持T790M+，无C797S•基因表型：EGFR外显子19缺失、T790M•15例中4例：T790M+缺失•基因表型：EGFR外显子19缺失ThressKSetal.NatMed2015;21(6):560-562.PiotrowskaZ,CancerDiscov2015;5(7):713-722.SodaMetalNature007;448(7153):561-566.ShawATetalJClinOncol2009;27:4247-4253.CamidgeDR,DoebeleRC.NatRevClinOncol2012;9:268-277.分子学诊断:100PROFILE1007：005-207.7个月0个月CI4 55克唑替尼化疗所以比较为P<0.001 脱发咳嗽呼吸困难乏力胸部肩或手臂其他部位总体生活疼痛疼痛疼痛质量50-5-10-150月)ShawAT,etal.NEnglJMed2013;368(25):2385-2394.分子学诊断:u组织获取技术S组织活检•组织获取困难•重复活检更困难•组织的有限性•肿瘤的异质性•无创、标本易得•重复获取容易•可动态检测•可克服异质性•敏感性较低•方法学要求高•解读注释难度较大•价格偏高多样和灵活的样本类型需求：血液、组织、细胞、DNA、RNA、体液、META……CONTROL外周血／癌旁组织外周血／癌旁组织somaticmutationDNA层面RNA层面CASE多细胞单细胞第三代测序仪研制的太平洋生物科学公司的单分子实时DNA测序纳米孔技术公司的纳测序技术等第三代测序仪研制的太平洋生物科学公司的单分子实时DNA测序纳米孔技术公司的纳测序技术等第一代测序2005年开始 第二代测序法ABISOLiD序革CancerGenomeAtlasResearchNetwork.Nature2012;489(7417):519-525.ncerGenomeAtlasResearchNetworkNature0 60090011.3(95%CI,7.4-15.2)2.1(95%CI,1.0-3.2)6.9(95%CI,5.5-8.4)Seq(+)ARMS(+)Seq(-)ARMS(-)Seq(-)ARMS(+)030060090012001500Seq(+)ARMSSeq(+)ARMS(+) Seq(-)ARMS(-) Seq(-)ARMS(+)CI,4.6-12.7)“从“从定性到定量”的检测变革——能更深入地了解NSCLC异质性，指导治疗方案选择ZhouQ,etal.JClinOncol2011;29:3316-3321.HindsonBJetalAnalChem4-8610.ZhuG,etal.JMolDiagn2015;17(3):265-272.0