NTSYS软件ISSR以及SSR数据处理使用说明

生物专家12Ntsys2.1软件使用具体说明为解决大家在学习中遇到的问题，我总结了一下具体的使用方法，具体结果如下：假设需要具体的文件可以在我的文库下载:一.数据处理方法：excel5/95格式数据0/1数据，输入excel中，格式如下图：1表示数据格式为rectangulardatamatrix，1212行〔本例中表示12个个体30表示数据共30列〔本例中表示30个位点0表示无缺失数据〔1表示，缺失值可用-999或其它数字代替。格式及数据输入正确后，点击另存为excel5/95格式，命名为aflp01.xls。NTedit数据编辑器翻开所保存的文件file>openfileinagrid，在文件类型中选择excel格式，找到要分析的文件并翻开，查看是否有错误，或需要修改的地方，没有问题后，保存为.nts格式。：txt格式数据另一种数据处理方法，首先在excel中得到数据，如以下图〔留意：第一行与第一种方法不同，1表示数据格式为rectangulardatamatrix；12B12行〔12个B表示Beginningofeachro30L表示共30列〔本例中表示30label表示列标签，0表示无缺失。或者如以下图格式〔112L30L0，解释略；其次行为每行的行标签；第三行为每列的列标签；第四行起为数据主体：生物专家12格式及数据都处理好之后，点文件另存为，保存为文本文件.txt格式。txtntsys进展分析〔只要格式正确，ntsystxt文件进展分析，而不用再转换或保存成.nts格式。：直接承受NTedit进展数据的输入和保存对于数据量不大的数据，可以直接承受NTedit进展数据的输入，如下图：数据输入好后，点击file>savefile将数据保存.nts格式。二.计算遗传距离矩阵或相像性矩阵〔distancematrixorsimilaritymatrix〕0/1数据和定性数据：翻开ntsys软件，在similarity模块中选择simqual，inputfile中输入要分析的文件名称aflp01.ntcoefficient选择dicoutput命名输出文件名称如aflp01-dice。之后点compute，得到相像性矩阵。注：1本例中由于个体是按行排列的，所以要在Byrows进展勾选〔x表选中个体是按列进展排列的，则不勾选。系数可依据要求选择不同的系数，如DICE，J，SM，PHI等。DICE，J只能得到相像性矩阵，可以承受1-dice1-J系数得到距离矩阵。4.simqual0/DNA数据则承受simgend进展遗传距离计算，对于定量数据或间隔数据则承受simint计算距离矩阵。三.聚类分析〔clustering〕SAHN进展upgma聚类分析clustering模块中的SAHN，inputfile选择相像性矩阵文件，如Aaflp01-dice.nts，outputfile命名输出文件的名称，如Baflp01-dice-upgma.ntupgmincaseofties选择find或者warcompute得到结果，在程序左下角可以看到图标，点击即可得到聚类结果。生物专家12Upgma聚类结果如下图，在该图中可点击options菜单对聚类图的文字格式和线条样式等进展修改，以得到满足的图片。Cophenetic相关性检验Upgma聚类分析之后，为了检验聚类结果的好坏，一般要进展copheneticcorrelation分析，操作如下：在clustering模块中选择Coph，如以下图，inputtree中输入聚类分析得到的结果文件如B aflp01-dice-upgma.nt在输出文件中命名C aflp01-coph.nt点击得到cophenetic值文件。计算完成后在graphics模块中选择MxComp，在inputfile1〔x〕中选择相像性矩阵文件，如A aflp01-dice.nts，在inputfile2〔y〕中选择coph计算得到的文件，如C aflp01-coph.nts，numberofpermutation可选择1000次，或不选。点击compute。matrixcomparisoncorrelationtest结果，如下面的两个图所示〔相关性系数为r=0.842，说明聚类结果较好。upgma聚类分析batch上述的分析步骤可以承受batch进展批处理分析，命令如下〔将下面的命令保存到文本*.ntb格式：“Computeadistancematrix*simqualo=aflp01.ntsr=dice.ntsc=diced=row“Doaclusteranalysisofthedistancematrix*sahno=dice.ntsr=tree.ntscm=upgma生物专家12“Displayphenogram*treeo=tree.nts“Computecopheneticvalues*copho=tree.ntsr=coph.nts“Computethecopheneticcorrelation*mxcompx=coph.ntsy=dice.ntsNJ聚类分析-Njoin得到距离矩阵：SimqualDICEJ相像性矩阵，但进展NJ聚类分析是，需要距离矩阵数据，可以承受1-相像性矩阵的方法得到距离矩阵〔承受exceltransf1-矩阵的操作，只有矩阵-1的操作，似乎也没有负值变成正值的操作〕simgendsimintDIST、欧式或其它距离矩阵之后进展NJ分析；或者承受其它的分析软件如Genalex软件得到距离矩阵用于ntsys分析。ntsysclustering模块，选择Njoin命令，inputfile中输入距离矩阵文件，命名保存的treegraph文件，incaseofties中选择find，maximumno.tiedtrees中的数字不能小于OTUs的个数。点击compute，即得到nj聚类树。四. PCoA分析或PCA分析4.1PCoA分析在得到相像性或距离矩阵之后，在output&transf模块中选择Dcenter命令，input和output中分别输入要分析的数据和结果文件的名称。点击compute进展分析，将数据进展Dcenter转换。之后在ordination模块中选择eigen，选择要分析的文件，如dcent.nts，numerofdimensions中选择3或者2〔分别得到三维或二维图形，命名eigenvactor和eigenvalue文件名称，点击compute，得到分析结果。分析完成后界面上会消灭图标，点击进去可查看二维和三维图形，并可进展修改保存等操作。eigenvactorgraphicsmod3dpcoa分析生物专家12图，inputfile中选择保存的eigenvactor文件，plotbyrows不选，进展分析，如以下图所示。mod3d分析时可以在plotsymbolinputfile〔1120L01；共1行，20列数据；0表无缺失，数据主体为1111111222222等，表示哪个个体定义的分组为12等等。plotplotoption中对各个分组显示承受的图标以及字体大小等参数进展修改，如下图。固然plotsymbolinputfile也可以不输入，即全部个体为同一分组。注：上述分析承受的是0/1或者定性数据，在承受数量或连续数据进展分析时，要先承受output&transf模块中的standsimint命令分析得到相像或不相像矩阵，然后采样Dcenter命令对数据进展中心化处理，之后在承受eigen命令进展分析。PCoA分析batch命令生物专家12五.相关性分析〔manteltest〕Manteltest可对两个矩阵的相关关系进展检验，这是由于对于某一特点的争论对象，会想了解不同描述间有没有相关关系〔如遗传距离与地理距离之间相关性，这时即可进展矩阵的相关性分析。具体操作如下：首先依据其它的软件如AFLPdatGenalex等软件依据地理位置计算地理距离矩阵〔例如X，翻开ntsys软件，依据simint命令计算遗传距离矩阵〔如Y，之后在graphics模块下选择MxComp，inputfile中选择要比较的距离矩阵文件，进展分析。分析结果如以下图所示：manteltest