SUMMIT软件应用及数据处理

SUMMIT软件一打开SUMMIT软件1双击电脑桌面上的SUMMIT软件的快捷键，显示出SELECTDATABASE对话框。2从下拉菜单中选择MOFLOXDP，与主机进行连接。也可以用该软件进行离线数据的分析。二创建一个新的数据库数据库是方案，样本以及数据的集合，打开一个新的数据库后会出现一个工作区，在工作区里可以创建直方图和点图，也可以打开已有的方案。1打开SUMMIT软件，点击NEW出现CREATEDATABASE的对话框。2选择要保存数据库的文件夹，输入名字，点击SAVE。进入到SUMMIT软件主屏。1主菜单2控制面板3额外菜单4额外菜单5工作区6工具栏控制面板软件中的大部分操作可以通过控制面板进入，上面有几个按钮，每个按钮代表一个菜单，在它下面还有次级菜单。三INSTRUMENTTab，当连接到自动进样是会出现，手动进样没有。四AquisitionTab可以定义将要获取的文件类型，可以设置样本运行的信息，看到样本运行的统计。获取样本面板可以显示合保存一个样本的信息。如下图

修改样本的信息：1点击上图1号位的蓝色图标，选择EDITVIEW，该区域就可以进行修改了。再点击一次EDITVIEW就可以回到以前状态。2在VALUE栏下，改变信息。3选择ADDKEYWORD，可以增加NAME，VALUE，键入新信息，点击OK。选择参数在建立直方图和点图之前要选择用于实验的参数。1点击AcquisitionTab，在左下方出现AcquisitionParameter的面板。2双击Disable单词，选择想要进行收集的参数。H=线形高度信号L=对数高度信号A=线形面积信号W=脉冲宽度LA=对数面积打开已有的方案选择FILE〉PROTOCOL〉LOAD，选择一个已经保存过方案，点击OPEN。建立新方案1选择FILE〉PROTOCOL〉NEW，会出现一个新的工作区。2确保已经选择好了参数。3创建点图和直方图。改变方案在方案工具栏上，从下来菜单中选择一个新方案。（只要当前数据库中的方案才会出现在下拉菜单中）。获取数据点击键盘上的F2键开始收集数据，再按一次F2，停止收集。（如果使用自动上样，先确证一下InstrumentTab下的设置。保存获取的数据点击F3键保存，输入文件名。也可以点击Acquisition下拉菜单，选择AutoSave，则获取停止后自动保存。循环模式（CycleMode）只显示收集过程中最近的数据，主要用于仪器调校。1点击Acquisition下拉菜单，选择CycleAmount，设置数据循环的数目，点击OK。2点击Acquisition下拉菜单，选择Cycle或点击屏幕右侧的CycleMode图标。3重新进行获取，循环模式生效。五SortTab用于设置分选门。建立或修改分选门在设置分选门之前要获取要分选的样本数据，设置一个或多个区域来定义用于分选的细胞群。1在SortLogicandStatistic面板上，点击菜单图标，选择NEWDecision。2双击要建立或修改的液流，进行修改。六SampleTab显示选择样本的参数，该状态下可以进行数据的颜色补偿。数据的颜色补偿在Compensation的面板上，点击菜单图标，选择AutoLoadfromSample，当打开一个数据文件时会自动出现CompensationMatrix。单染样本自动补偿向导1上阴性对照或同型对照样本，调节电压。2上单染的对照样本，保存数据文件。3把所有单染样本的文件放到实验文件夹中。4点击SampleTab。5建立用于校正补偿的点图，进行补偿的参数要放到X轴上。6点击点图上左上角的蓝色图标，然后点击下拉菜单下的AutoCompensate7在Compensation的面板上，点击菜单图标，选择AutoCompensate，出现AutoCompSample对话框。在Gate中选择合适的门，在Experiment中选择包含单染样本文件的文件夹，然后选择所有用于补偿的文件，点击OK。8这时就会创建一个新的标有AutoComp的工作区，显示第一组点图。每一张点图都会把单染的荧光通道放在X轴上，而需要进行补偿的参数放在Y轴上。显示默认的自动补偿的Dim和Bright区域，如果选择了门关联，它会应用到每个点图上。AutoCopmensate向导会出现。9检查每一张点图的%His统计。如果Dim或Bright区域的含量低于5%，拖拽门的位置，使Dim和Ｂright区域的含量大于５％。10当所有点图上的所有区域的含量都大于５％，在AutoCompensate对话框内点击Next，就会出现下一组点图。11重复第9步，直至所有单染样本都进行了补偿。当自动补偿完成，适当的补偿数值就会出现在补偿矩阵中。应用VisiComp观察补偿结果VisiComp可以显示0和负值，因此可以确证自动补偿的结果，并对补偿进行微调和校正。1预先加载所有需要继续补偿的样本文件。2创建所有的图形，区域和门关联。3在Compensation的面板上，点击图标，选择VisiComp。4可以选择自动补偿向导建立图形，也可以手动设置需要进行补偿的图形。5点击Compensation的面板上的图标，选择AdjustVisiComp。可以调整VisiComp线性区域的宽度，利用滑动条或输入合适的值完成调整。（VisiComp线性区域的宽度应用到所有图形上，因此在调整宽度之前要显示所有的数据，对一个参数合适并不意味着对另一个参数也合适。需要调整一个对所有图形都合适的宽度。当关掉VisiComp，负值区的高度和宽度会变成0）。6创建区域和门关联完成分析。增加或去掉FCS关键字1在SampleProperties面板上点击图标，选择Add/RemoveKeywords。2选择要显示的关键字，在前面打勾，点击OK。七HistogramTab创建直方图和点图在创建直方图前要选择合适的参数。1点击HistogramTab，如果要创建单参数直方图，双击X轴的某个参数，直方图的框架就会在在工作区出现。如果要创建双参数点图，在X轴某个参数上点一下，在Y轴上某个参数上点一下，在工作区上就会出现点图的框架。1HistogramTab2X轴参数3Y轴参数最大化点图和直方图在直方图的标题栏双击，图形就会最大化，再双击就会还原。改变轴参数要改变点图或直方图上显示的参数，右击需要改变的轴，选择新的参数。改变轴标记要改变点图或直方图上显示的标记，右击需要改变的轴，选择ParameterProperities。可以在LongName中输入诸如荧光素，标志物或者抗体等信息，输入的信息会显示在轴上。创建直方图上的区域在单参数直方图上点右键，选择Bar，建立线门，在双参数点图上点右键可以创建矩形，椭圆型，多边形或十字区域。通过拖拽改变区域的大小和位置，一旦创建了区域，图的下面就会有统计结果显示。要删除区域，在区域上点右键，选择Select。重命名区域在需要进行重命名的区域内点右键，选择Properties。会出现对话框，输入新的名字，点击OK。复制粘贴区域在需要复制的区域内点右键，选择Copy，在下一张上，点右键，选择Paste。自定义统计显示点击直方图上左上方的图标，选择Statistics〉EditDisplay，显示出EditColumns对话框，在所需要的统计结果前面打勾。也可以通过拖拽改变统计的排序。如果要应用到所有的图形中，可以在对话框下面的框里打勾。手动调整标尺点击屏幕右侧的标尺上下的按钮改变数据的显示标尺。等高图点击直方图上左上方的图标，选择Display〉Contour。在EnableContour前面打勾，下面的下拉菜单即可以进行等高线运算。直方图输出到WORD中点击直方图上左上方的图标，选择Copy〉WindowasBitmap。打开WORD把直方图的图片粘贴到文件中。CopyasGraphic不包括直方图边框和统计。多文件显示1点击SampleTab，点击菜单图标，选择Duplicate，这样就会复制现有方案中的直方图和点图。所有复制的版本以不同颜色显示。可以手动排列图形，也可以在工作区的白色空白区点右键，选择ArrangeWindows.2要打开其他的样本，在主菜单下选择New〉Sample,点击样本名字拖拽到模板中。创建叠加图1点击HistogramTab,点击下拉菜单图标，选择Overlay。双击需要进行叠加的参数。2点击Overlay图形的左上方菜单，选择AddData，指针的样子会改变。3在需要加到Overlay上的直方图上点一下，即可以加到Overlay上。八GateLogicTab显示和调整门逻辑关系，改变门的颜色。设置门逻辑关系在需要设立门的区域上点击右键，从菜单中选择SetGate，指针的样子就会改变，在需要设置门关联的图上单击，在最后一张图上双击完成门关联设置，这时就会建立门逻辑关系。要去除门关联，则点击图形左上方的菜单，选择Ungate。设置连续门逻辑关系1打开一张点图，关联到R1区域。2在点图上创建R2区域。3在R2上点右键，点击SetGate。会出现一个Combineregionandgate

?的对话框。4点击Yes，激活连续门关联，点击NO，则只选择已经指定的门。5在需要关联的图上单击或双击应用门关联。GateLogicBuilderGateLogicBuilder位于GatingTab的左上方，可以定义门的逻辑关系。1点击GateLogicBuilder面板的左上方的菜单，再点击New建立一个新门。2在Expression列，双击文本区，Editga