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metaphlan2alpha多样性alpha多样性前期回顾结果展示α多样性指数Shannon指数如何计算前期回顾精度的组成，包括细菌、古菌、真核生物和病毒。如果有株水平基因组的物种，也可以追踪和研究。特异的标记基因，可以实现：精确的分类群分配准确估计物种的相对丰度种水平精度株鉴定与追踪超快的分析速度结果展示输出结果为各层级物种相对丰度值，但是这样的表格并不合适进行α多样性的分析SampleIDMetaphlan2_Analysis_1Metaphlan2_Analysis_2Metaphlan2_Analysis_3kArchaea|pEuryarchaeota|cMethanobacteria0.3169200.14969kArchaea|pEuryarchaeota|cMethanococci00.002080.00174STAMP的格式格式转化metaphlan_to_stamp.pl./taxonomy.tsv>./taxonomy.spf 11上下载到STAMP结果是KingdomPhylumClassMetaphlan2_Analysis_1Metaphlan2_Analysis_2Metaphlan2_Analysis_3kArchaeapEuryarchaeotacMethanobacteria0.3169200.14969kArchaeapEuryarchaeotacMethanococci00.002080.00174α多样性α-多样性（α-diversity）指局部区域的物种数量。什么是Shannon指数Shannonα1963年由Shannon和Wiener首先提出来。Shannon指数不只关心物种丰富度，而且同时关心物种的均匀度（Evenness），所以是对群落结构的更综合性的反应。它的具体算法是：H＝－∑（Pi）（log2Pi）NiniPi＝ni/N。Shannon指数的总体理念是为了性更大。X4M组成，YE、F、G、H物种组成，那么在连续采样的时候，X群落中，第一个XYE之后，第二个有同样的可能性采到X来说，Y的不确定性更大，多样性则更高。指数的计算方法来说，我们举个例子进一步说明，如果：22，则各物种比例为甲（0.33），乙（0.33），丙（0.33）11，则各物种比例为甲（0.67），乙（0.17），丙（0.17）〕＝1.58B的1.26BαAB的物种均匀度更低所引起的。Shannon指数如何计算class1，转化后的表格如下KingdomPhylumClassMetaphlan2_Analysis_1Metaphlan2_AkArchaeapEuryarchaeotacMethanobacteria10kArchaeapEuryarchaeotacMethanococci01(excel的公式书写方法)：Shannon指数：-（1/1）*log((1/1),2)=0Shannon指数：-（1/1）*log((1/1),2)=0指数：-[（1/2）*log((1

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