单基因病遗传分析流程及典疑难案例骆驼君

单基因病遗传分析流程及经典疑难案例分享骆驼君0无创产前DNA检测技术（NIPT）13三体综合征18三体综合征21三体综合征1染色体片段缺失/重复的检测√面部特征

小头畸形，唇裂/腭裂，失聪等√个体发育

发育迟缓，侏儒，肥胖，发育不良，四肢肥短等√智力发育

智力低下，学习和交流障碍，行为障碍等√其他并发症

心血管疾病，神经系统疾病，骨骼内脏发育缺陷，性腺发育异常等。2NIPT对染色体片段缺失/重复的检测编号测序结果PDB12AR02423dupchr3(132725827-199384518)66.66MPDD13BR00034dupchr3(162646537-199384518)36.74MPDB12AI00622delchr4(164386077-191250465)26.86MP0101HK67

delchr4(180071039-191250465)11.18Mb,dupchr7(612355-17257368)16.65MPDP11AR00275-2delchr4(p16.3-p15.31)18.55M12P140ZHD036HYQ19delchr5(p15.33-p15.1)16.06M13P038miH11001delchr5(4884163-21072596)16.19M13P073miH05010del(chr5(601922-14449828)13.85M13P369miH34056dupchr12(604279-12741891)12.14M,delchr17(77596462-81055816)3.46M12P052ZHD014LXY

dupchr14(q24.3-q32.33)28.46M,delchr18(p11.32-p11.22)9.01M13P371miH34058

dupchr15(23364118-87384548)64.02M,delchr15(96390313-102497596)6.11MPDB12AL00626dupchr18(483517-14400897)13.92M

PDB13DG00031delchr18(60451741-76112719)15.66MPDB13AJ00051delchr18(483517-14400897)13.92MPDP12AR03458-3delchrX(111,031,309-123,373,623)12.34M3已知疾病致病基因DEC/DGV数据库记录情况文献报道

区分单基因疾病or多基因疾病/综合征OMIM-Disease：疾病区域定位（criticalregion、关键基因或主要致病基因）、遗传方式

致病基因重复/缺失：全基因or部分外显子or其他区域OMIM-Gene：致病基因区域、遗传方式、主要突变类型UCSC/NCBI-Gene：基因exon/intron等所在的染色体位点综合参考该变异片段在患者和正常人数据库中的记录情况

遗传分析数据库、OMIM和Google的文献报道情况检出区域（染色体片段or基因区域）、变异类型Case-control的检出情况，患者的临床表型分析指南

根据解读规则和受检者主诉，结合上述情况，判定CNV致病性

已知致病、疑似致病、VUS、疑似良性…染色体微缺失/微重复遗传分析流程4常用染色体微缺失/微重复数据库56案例-致病变异报出Case1M，3d主诉：哭声像猫叫，母亲孕四周肌注黄体酮。检测结果：del(5p13.3p15.33,30.65M)阳性-已知致病del(5p13.3p15.33).seq[GRCh37/hg19](10,429-30,664,113)×1本次检出区域包含了“CriduChatSyndrome”[1]报道区域（Chr5：10001-12533304）的绝大部分，且覆盖其主要致病基因：CTNND2、TERT。该变异为已知致病变异。

“CriduChatSyndrome”又名猫叫综合征(5P-综合征)，其主要临床表现为：音调高亢、猫哭似的哭声或细小微弱的哭声，哭声单调；低出生体重，生长受损，严重的发育迟缓和学习障碍，严重的运动障碍；特征性面容；部分会合并先天性心脏病或肾脏疾病。个体间临床表现具有差异性。解读：1）OMIM-Disease无已知疾病，OMIM-Gene>10个；2）DEC有多例case致病记录、DGV数据库覆盖该区域少部分；3）google查找片段区域del(5p13.3p15.33)，大量检索信息显示关键词“Cri-du-Chat/5pDeletionSyndrome”7案例-致病可能性提示Case2B超孕18w，羊水样本无主诉检测结果：del(1q21.1,199.99K);dup(11p13,274.16K);dup(21p11.1p11.2,293.14K)阴性-附录提示致病可能dup(11p13).seq[GRCh37/hg19](31,808,403-32,082,564)×3

结合文献报道的情况，该变异为疑似致病变异。该变异存在导致疾病发生的可能性，建议医生结合临床症状进行判断。PAX6PAX6基因功能异常关联疾病“Aniridia”等疾病，呈常染色体显性遗传，表现为各种眼部异常，如双侧视神经缺损、视神经发育不全、视网膜脱离、虹膜缺损、视力不良、白内障、青光眼、Peters畸形、角膜混浊、先天性眼球震颤等。4）文献：PMID21271670：在1名表现为癫痫、发育迟缓，小头畸形和轻微的眼部异常（轻度眼睑下垂、斜视、内眦赘皮）患儿中检出chr11:31705076-31870663片段重复变异，该区域包含PAX6基因。PMID8689689：在小鼠中转染并表达PAX6基因，结果发现该基因的过量表达导致小鼠的眼睛发育异常，包括小角膜、平而不规则的虹膜、视网膜异常、无感光层等。PMID24787241：在1名表现为无虹膜和其他眼部异常的患者中检出c.95_105dup11杂合重复突变。解读：1）OMIM-Disease无已知疾病；2）OMIM-Gene：检出区域覆盖PAX6基因的部分5’-UTR至3’-UTR末端；3）DEC有相近片段致病记录，DEC覆盖该区域大部分。8单基因病KRT5,KRT14,PLEC,ITGB4,LAMB3,COL17A1,LAMC2,LAMA3,ITGA6FBN1GPR143,MITF,OCA2,SLC45A2,TYR,TYRP1,HPS1,AP3B1,HPS3,HPS4,HPS5,HPS6,DTNBP1,BLOC1S3,BLOC1S6TGM1,ALOX12B,ALOXE3,ABCA12,CYP4F22,NIPAL4,FLG,STS,KRT1,KRT10,SPINK5DMD9LAMB3p.Ile706Ter/p.Ile706TerLAMB3p.Ile706TerLAMB3p.Ile706Ter单基因病案例之：大疱性表皮松懈症10基因突变命名法则11拷贝数变异（CNV）SGCBEX2DELHomPCDH15EX14_21DELHetDMDEX8_44DUPHet12遗传分析：对原始数据的认识基因名称参考序列核苷酸变化氨基酸变化基因亚区基因型染色体位置Rs号基因型频率功能改变引物设计突变深度Readsratios13筛选样本编号筛选频率筛选突变功能SNP筛选途径14文献检索及下载SLC26A4;c.1334T>G;p.Leu445Trp15文献阅读16致病位点的艺术性判定

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vus171819新旧指南对比分析20高通量报告撰写21验证报告撰写-中英文版22经验积累的重要性23案例124先证者母亲父亲先证者母亲父亲假基因的家系质谱结果真基因的家系质谱结果25案例22627案例32829[1]WittmannJ等在一项澳大利亚新生儿筛查项目中，在1例Niemann-Pick病患儿中检出SMPD1基因(c.880C>A(p.Q294K)/c.1550A>T(p.E517V)复合杂合突变。30人工选择性进化瓦登伯革氏症候群先证者胎儿先证者胎儿31遗传分析小工具大型机Reads画图软件Seqman峰图比对软件Sift软件预测Polyphen软件预测Alamut综合性软件等等32遗传分析数据库HGMD数据库NCBISNPNCBIGENENCBIBooksLOVD数据库ExPaSy数据库DEAFNESS数据库VISION数据库Genecard数据库OMIM数据库等等33遗传分析数据库含位点详情、判定结果及相应的参考文献，已是全球最大的遗传病诊断分析数据库6