《生物地理学》(研究生)全册配套完整课件

生物地理学

Biogeography《生物地理学》(研究生)全册配套完整课件参考教材GlobalBiogeography,1995

Biogeography,1998SpeciesRichness:PatternsintheDiversityofLife,2009BigQuestionsinEcologyandEvolution,2009主要参考杂志NatureSciencePNASEcologyLettersEcologyEvolutionAmericanNaturalistConservationBiologySystematicBiologyGlobalEcologyandBiogeographyJournalofBiogeographyEcographyDiversityanddistributionsMolecularEcology(Phylogeography)MolecularPhylogenyandEvolutionTrendsinEcologyandEvolutionAnnualReviewofEcology,Evolutionandsystematics1.生物地理学导论

第1周生物地理学导论2.基础知识介绍 第2周自然地理基础知识；物种分布的基础知识 第3周生物群落的地理学3.生物地理学基础 第4周扩散与迁移 第5周物种的形成和灭绝 第6周地球的变迁 第7周第四纪冰川与生物地理4.进化生物地理学 第8周物种的多样化 第9周生物谱系的重建 第10周学生专题讲座 第11周生物区系发展史的重建5.生态地理学 第12周岛屿生物地理学：物种分布格局 第13周岛屿生物地理学：岛屿群落的组成与进化 第14周描述生物地理学、生态地理学定律以及纬度梯度 第15周学生专题讲座6.保护生物地理学与学科前沿 第16周生物多样性与物种灭绝 第17周保护生物地理学与人类地理学 第18周生物地理学前沿课程安排考试与成绩出勤率：10分（18周），不到一次扣２分（提前请假例外）课外沟通情况:15分；每次35分钟，每人2次（带着生物地理学问题，具有一定见解）期末闭卷考试：75分加分情况：能运用生物地理学知识，在老师指导下，独立开展生物地理学研究，基本达到SCI收录国际刊物上发表文章水平的加15分四个QuestionQ1:你如何理解生命科学基本框架？

Q2:你如何看待它们在社会发展中的应用？Q3:你如何理解“做学问、先学做人”？Q4:你能用一句话总结“怎样才是一名合格的大学生”？

第一章生物地理学导论

WhatisbiogeographyLifevariesfromplacetoplace热带雨林热带稀树草原（萨瓦纳）热带稀树草原（萨瓦纳）上的斑马和黑斑羚-坦桑尼亚红树林湿地

长江河口盐沼湿地亚热带常绿阔叶林落叶林针叶林针叶林针叶林极地苔原高原苔草及藏羚羊戈壁与戈壁植物沙漠胡杨林珊瑚礁与热带鱼类-南沙群岛生物地理学的定义生物地理学是生态、进化、古生物、地质学等多门学科的基础之一。著名生物地理学家MarkV.Lomolino,BrettR.Riddle,RobertJ.Whittaker,JamesH.Brown(2010)认为：

“Fewpatternsinecology,evolution,conservationbiologymakesenseunlessviewedinanexplicitgeographiccontext”“Biogeographyisthegeographyofnature”，它从全球视野认知当今地球生物多样性的空间分布格局，以及形成这种格局的生态与进化成因，为生物多样性保护与管理提供科学依据。ThefundamentalquestionofBiogeographyHowandwhydoesbiologicaldiversityvaryoverthesurfaceoftheearth生物地理学要回答的一些主要问题为什么一个种（或属、科、目等）的分布局限于其现有的分布范围？食人鲛Carcharodon

carcharias俗称大白鲨

theNewWorld:NearcticPalaearctictheOldWorld:Neotropical,Ethiopian,OrientalandAustralian什么因子决定了某物种能在现有分布地生存？又是什么因子阻止其向其他地点迁移定居？

气候、地形、种间相互作用等因素在限制物种分布范围的过程扮演了怎样的角色？青藏高原及南亚的海拔分布图沿着各种地理梯度（山脚到山顶、戈壁到海岸），各种生物是如何相互替代的？

一个物种是如何达到到其现有的分布范围的？

某一个物种最近的亲缘种（closestrelatives）是什么？它分布在哪里？它的祖先（ancestors）分布在哪里？北美西部更格卢鼠属(Dipodomys)各种历史因素（如大陆漂移、更新世冰川、全球气候变化等）是如何影响物种的分布的？三叠纪白垩纪渐新世古新世更新世冰川（北美）为什么分布于大的隔离区域（比如澳洲、新喀里多尼亚岛，马达加斯加岛）的动植物相对其他区域具有很大的特色？新喀里多尼亚岛为什么有一个物种的部分近缘种分布在同一区域，而另一些近缘种则分布在地球的另一面？

为什么热带的物种数要比温带和寒带的物种多？（物种分布的纬度梯度）

孤立岛屿上面的物种是如何迁移上去的？为什么在大部分情况下，孤立岛屿上的物种数比相同生境的大陆上相同面积的区域包含的物种数少？

………………

复旦大学生物地理、宏生态与生态信息研究小组主要研究方向:

通过研究物种多样性、地理分布范围与个体大小三者间的关系，整合生物地理学、生态学与系统发育生物学的理论方法研究我国生物多样性的空间格局与过程，为我国生物多样性的保护提供科学理论与对策研究背景:全球物种多样性的分布格局一直是生态学与进化生物学家感兴趣的研究命题。当前，全球变化引起生物多样性迅速下降，生物多样性与区域生态安全已经引起各国政府的重视。随着全球物种多样性的下降，分析和鉴别什么是决定物种数的因素越来越成为研究热点大尺度的生物多样性格局研究系统发育学在生态学中的应用研究

重大科学问题描述并分析中国脊椎动物物种多样性、特有种多样性、濒危物种多样性的空间分布格局及其形成机制，鉴定脊椎动物多样性关键地区，预测全球变化对生物多样性分布的影响，为我国功能区划分考虑脊椎动物多样性的信息提供决策依据

生态地理学：中国脊椎动物多样性的自然格局；决定这种格局的主要生态因子；中国山地脊椎动物多样性的自然格局及其形成机制；全球变化对中国生物多样性分布的影响历史地理学：中国脊椎动物多样性特有化与起源中心；中国山地脊椎动物物种形成模式；保护生物地理学：中国濒危脊椎动物多样性的自然格局；鉴定中国脊椎动物多样性的关键地区；挑选优先保护地区宏生态学：中国脊椎动物分布幅度、体形大小的分布格局及其形成机制拟开展研究内容ApproachestoBiogeographyHistoricalBiogeography

（EvolutionaryBiogeography）–Reconstructtheorigins,dispersal,andextinctionsoftaxaandbiotasEcologicalBiogeography–AccountsforthepresentdistributionsintermsofinteractionsbetweenorganismsandtheirphysicalandbioticenvironmentsPaleoecology–Bridgesthegapbetweenthesetwofields,investigatingtherelationshipsbetweencommunities(abundance,distribution,anddiversityofspecies)andabioticconditions(climate,soils,waterquality,etc.).ConservationBiogeography-Workontheprotectionandrestorationofnaturalenvironments生物地理学与其他学科的关系生物地理学是一门复合型学科，其许多理论和研究数据来自于生态学、种群生物学、生物系统学、进化生物学和地球科学，因此，生物地理学与相关学科间的界限并不明显生物地理学的基本原则与其它生物学科不同，生物地理学的研究问题或理论几乎不可能以可控实验来解决或验证。同天文学与地质学一样，这一事实给生物地理学研究带来了很大的挑战基本研究方法：比较观察

观察→提出理论→新的独立观察结果验证理论假设历史生物地理学研究：

当涉及历史因素时，生物地理学家将接受一个基本假设，即均变论（uniformitarianism）或现实论（actualism）

均变论（uniformitarianism）：由英国地质学家Hutton（1795）与Lyell（1830）提出，其理论认为：地球起源至今，作用于地球的基本的物理和化学过程是保持不变的

但在之后的理论发展中，均变论发生了演变，认为地球起源至今，各种作用过程的平均强度保持恒定，而且各种地质和生物变化总是一个渐变的过程

科学家认可支配各种过程的自然定律是永恒不变的这一假说，但不愿接受均变论其他的内容现实论（actualism）：为了避免均变论不被认同的内涵，现实论被提出（Gould1956）。该学说认为：在漫长的历史时期中，物种形成、扩散和灭绝过程的内在机制是恒定不变的。这一假说在生物地理学研究中已经被广泛接受。现代生物地理学的特点一门观察的科学

由于生物地理学研究的对象处于宏观的时间和空间尺度，因此生物地理学很少进行实验，更多地进行观察，不仅观察不同地区的生物分布状况，还要观察自然或人为干扰引起的变化一门整合的科学

尽管生物地理学家也进行野外实地考察，但生物地理学的绝大部分数据来自于整合前人的野外观察资料、博物馆的标本数据以及其他科学出版物中的数据。而其他大部分学科的数据主要来自科学家自己的课题组的实验结果一门合作的科学

生物地理学是一门复合科学，生物地理学工作者应该了解相关学科的基本知识。但是生物地理学工作者不可能精通所有的相关学科，因此，生物地理学家往往同许多其他相关学科（如统计学、进化生物学、生态学、地理学、古生物学等等）的科学家进行紧密地合作。这样才能更好地解决生物地理学问题生物地理学的发展和现状早期发展

在19世纪和20世纪前期，许多伟大的科学家都兼具生物地理学家的身份，但他们并不把自己称为“生物地理学家”。这些科学家包括CharlesDarwin,AlfredRusselWallace,JosephDaltonHooker,GeorgeGaylordSimpson,ErnestMayr,RobertMacArthur,EdwardO.Wilson等等“生物地理学”概念的提出

在20世纪五十年代和六十年代，各种书籍和论文中开始经常出现“biogeography”的字样，“生物地理学”这一概念逐渐被人们所接受

1973年，第一本生物地理学专业期刊JournalofBiogeography诞生。之后，这本杂志的规模、领域和影响力逐渐上升

至1991年，第二本生物地理学专业期刊GlobalEcologyandBiogeography诞生，这本杂志现在是生物地理学与宏生态学的领导性刊物

其他刊物，如DiversityandDitributions与Ecography也开始关注生物地理学领域现代生物地理学的兴起

三个事件的发生标志着现代生物地理学的兴起，分别是生物地理学基本原则的转变、生物地理学研究中新技术的使用以及人类对于自己对地球环境影响的关注生物地理学基本原则的转变

在很长的时间内，生物地理学一直是一门描述性科学，同传统的分类系统学关系密切。但当生物地理学开始建立并验证生物地理学假说时，标志其基本原则发生了变化，开始成为一门现代科学。在这一时期，各种新的数学理论进入了生物地理学的研究过程新技术的使用

生物地理学研究主要关注于宏观的空间和时间尺度，巨大的分析尺度与海量的原始数据限制了它的发展。但生物地理学迅速吸收了新的科技革命的技术成果，实现了快速发展：

1.计算机的出现使生物地理学研究可以进行真正的宏观尺度分析。计算机硬件和软件的飞速发展也带动了生物地理学的快速发展，包括仿真模型（simulationmodeling）、地理信息系统（geographicinformationsystems,GIS）、各种统计方法（如多变量分析、地统计方法等）

2.卫星、潜水器、陆基信息收集系统（ground-baseddatacollectionsystems）扩大了生物地理学数据采集的范围、采集速度和数据量

3.放射性同位素、稳定同位素以及分子生物学技术使科学家对地球和生物发展历史的推断的准确度迅速上升，推动了历史生物地理学的发展人类对于自己对地球环境影响的关注

20世纪六十与七十年代，人类开始密切关注环境问题。起初，科学家与公众的注意力集中于小范围的问题，如城市空气污染、土壤污染等等。到了八十年代，全球性的问题得到了关注，包括温室效应、臭氧层空洞、生物多样性锐减、外来物种入侵等等。基于这些关注，生物地理学研究得到了大力推动。第一章生物地理学导论

（续）生物地理学的历史生物地理学可以大致划分为四个历史阶段

-探索时期

-19世纪

-20世纪上半叶

-自20世纪五十年代至今探索时期大约250年前，生物学家仅发现了相当于现在发现物种数1%的物种随着18世纪的欧洲探险家在世界范围内的探索活动，不断有新的物种被发现和记录，生物地理学也因此被迅速地建立起来当时的探索活动大都在“神”的名义下推动，同时，人们还认为：地球、气候、物种都是永恒不变的最早的生物地理学家们（当时他们往往自称“博物学家”或“地理学家”）从世界各地带回了物种标本或记录，同时，他们也越来越意识到：

1.生物学家需要发展一套标准化的系统来对越来越多的物种进行分类

2.“诺亚方舟已经越来越放不下所有这些被发现的物种了”，同时也无法理解“这些适应于不同环境的物种当时是如何在诺亚方舟上共存的”Noah’sArkCarolusLinnaeus(1707-1778)

-建立了双名法命名体系，沿用至今

-相信物种永恒不变

-提出“PardisicalMountain”假设，试图解释同出自诺亚方舟的“不变”的物种如何适应现在地球各地的生境GeorgesBuffon(1707-1788)

-指出Linnaeus假说中的两个问题

-Buffon相信人类是神创的，但动物是地球自己产生的

-提出假设：物种原先在气候比较温和时生活在欧洲西北部的一个区域

-两个关键点：气候是动态变化的；物种会“improved”或“degenerated”

-Buffon’sLaw：环境相似但相互隔离的区域有着不同的兽类和鸟类组成SirJosephBanks

-进行了三年的环球探险，采集了3600份植物标本，其中超过1000种是首次发现（相对于Linnaeus的SpeciesPlantarum中记载的6000种物种）

-Bank和其他探险家的贡献：证实并推广了Buffon’sLaw；使人类更深刻地理解了自然界的复杂性JohannReinholdForster(1729-1798)

-根据植物物种组成对全世界的生物地理区划（bioticregions）作出第一次系统阐述

-发现Buffon’sLaw不仅对兽类和鸟类成立，对植物也成立，且对各生物地理区划都成立

-发现岛屿群落的物种数少于大陆，且岛屿物种数与可获得的资源呈正相关

-发现植物多样性随纬度上升而下降KarlLudwigWilldenow(1765-1812)

-描述了欧洲的植物亚区（floristicprovinces）

-对植物起源提出假设：植物不是单点起源的（或在洪水后幸存），而是有许多起源地点即许多高山。这些高山在古代拥有不同的植物群落，洪水退去后这些植物扩散到世界各地AlexandervonHumboldt(1769-1859)

-“植物地理学之父”

-将Buffon’sLaw推广到植物和大部分陆生动物

-在Forster发现的植物纬度地带分布基础上提出了植物的垂直地带分布

-首先使用了等压线和等温线来研究植物群落与气候之间的关系

AugustinP.deCandolle(1778-1841)

-指出物种之间存在竞争关系

-强调生物地理区划或亚区与本地生境之间的概念差异

-发现岛屿群落的物种数不仅受到岛屿面积的影响，还受到其他因素（岛屿年龄、火山作用、气候、隔离度等）的影响19世纪的生物地理学在19世纪早期，生物地理学的三大主题已经建立：

-生物区系间的区别

-生物区系的起源和传播

-影响生物区系（或当地生物群落）的物种类型和种数的因素19世纪的生物地理学AdolpheBrongniart(1801-1876)CharlesLyell(1797-1875)两人被称为“地质学与古植物学”之父19世纪的生物地理学Brongniart与Lyell通过研究化石证据发现许多适应于热带生活的生物曾经活跃于现在处于温带的欧洲北部Lyell指出海平面曾发生变化，地球表面也曾因为山脉的隆起和沉降而发生变化，并推测地球的气候变化与海平面变化有关但Lyell坚信物种不是变化的，至少已存在的物种中不会诞生新物种。而且除去物种绝灭期，地球上物种多样性是保持恒定的19世纪的生物地理学Lyell建立了均变论（uniformitarianism），以代替之前用灾难来解释地球及其上生物变化的理论Lyell与其他地质学家如JamesHutton(1726-1797)还指出地球的历史应远长于之前认为的数千年

19世纪的四位英国科学家CharlesDarwinJosephDaltonHooker19世纪的四位英国科学家PhilipLutleySclaterAlfredRusselWallaceDarwin提出了进化论，认为物种进化的动力在于自然选择，并出版了OriginofSpecies

与此同时，Wallace基于自己的研究，也独立提出了类似的理论Darwin同Wallace的研究提供了理解物种适应力和分布情况随时间发生的变化的理论基础Darwin指出，生物区系的多样化和适应性源于自然选择，而生物区系的传播及最终的区系隔离则源于物种的远距离扩散Hooker是Darwin的好友与支持者，在Darwin思考进化论与撰写OriginofSpecies给予其极大的帮助但是Darwin试图用跨越大洋远距离扩散来解释遥远地域的岛屿上的植物群落形成时，Hooker表示反对Hooker认为达尔文的远距离扩散理论不足以解释南半球生物区系的形成，他相信这些区系是通过原本存在的陆地联系而扩散形成，之后这些陆地联系因为地质或气候原因而发生断裂以现在的观点来看，Hooker对南半球植物间的亲缘关系的认识是正确的，但其解释有所偏差Hooker是历史生物地理学的奠基者之一，他发展与应用了许多现在被称为“隔离分化生物地理学”（vicariancebiogeography）的原理Hooker注意到当岛屿的隔离度上升时，物种数下降而生物区系的差异上升。同时他指出，物种多样性最丰富的地区是那些环境因素多样性最丰富的地区Sclater是一名出色的鸟类学家，他首先描述了2科135属1067种鸟类Sclater根据相似度与不相似度，通过分析雀形目鸟类数据，将全球划分为六个生物地理区划。尽管这一划分比较粗糙，但已呈现现今六大生物地理区划的雏形Wallace被称为“动物地理学之父”，他提出了大量动物地理学的基本概念和原则Wallace还根据脊椎动物的分布得到了一幅详细而准确的生物地理区划图，图中还标出了各亚区（subregions）Wallace在进行生物地理区划研究时，发现东印度群岛的巴厘岛与龙目岛之间有很明显的生物区系间隔，这一间隔被称为“华莱士线”（Wallace’sline）19世纪生物地理学的其他发现C.Bergmann

-Bergmann’srule：对于恒温动物来说，处于寒冷气候区的个体倾向于拥有更大的体型，从而获得较小的表面积-体积比以减少热量散失J.A.Allen

-Allen’srule：在恒温动物中,生活在寒冷地区的个体，其耳、吻、首、肢、翼和尾等突出的部分显有缩短的倾向，从而减小身体表面积以减少热量散失D.S.Jordan

-Jordan’slawofvertebrae：离赤道越远，硬骨鱼的椎骨就越小、数量也越多

1860年，E.W.Hilgard指出气候因子和植物直接相关。这是因为不同的气候条件下，岩石转成的土壤的pH值、矿物组成、结构等因素都不同。C.HartMerriam在1894年指出：植被类型和组成随海拔升高发生的变化等价于随纬度升高发生的变化。他将这些由类似植物组成的区带称为“生物区”（lifezones）JeanLouisRodolpheAgassiz

-首先发展出了关于冰河时期及其对全北区生物地理影响的完整理论

-被称为“冰河学之父”海洋及其生物区系

-CharlesLyell在他的PrinciplesofGeology一书中讨论了海藻的分布

-EdwardForbes在其著作中将海洋划分为9个水平（纬度）区划，再根据深度细分为5个区

-Forbes指出，同陆地上的纬度地带性和海拔地带性一样，海洋中也存在深度地带性；他还指出，同陆地上的气候、土壤与海拔对应，海洋生物受到气候、水化学与深度的影响JamesDwightDana发现可以用等海面最低温度线（isocrymes）来解释海洋生物的分布PhilipSclater在其于1897年发表的论文中根据海洋哺乳动物的分布将海域划分为6个生物地理区划20世纪上半叶从1900到19世纪六十年代，古生物学的发展对生物地理学的发展起到了一定的推动作用许多生物地理学家关注于各种生物类群的起源中心，由于缺乏足够可靠的化石数据，他们往往使用现有的物种数据，而且其论证过程现在看来是循环论证的从20世纪早期开始，科学家开始将物种的形态变异与环境特征相联系。之后，他们进一步将生理与遗传变异同物种的分布情况相联系这样，到了20世纪四十年代，进化生物学家开始根据Darwin的理论从物种的地理分布探讨物种形成机制ErnstMayr在研究物种形成机制过程中做出了重要贡献，他总结了生物学的物种概念：

物种是一个同其他种群发生生殖隔离的种群在20世纪上半叶，生物地理学家还通过数据整合得到了大量生物类群的分布格局。这些研究结果使生物地理学成为一门可以向其他学科（如进化生物学、生态学和保护生物学）提供另一视角的科学ErnstMayer(1893-1969)Mayermademajorcontributionstothefieldsofsystematics,evolution,andhistoricalbiogeography.Hedevelopedthebiologicalspeciesconceptwhichstatesthataspeciesisdefinableasagroupofpopulationsthatisreproductivelyisolatedfromallothersuchgroups.20世纪五十年代至今过去的40多年间，4大科学进展推动了生物地理学研究：

-板块构造和大陆漂移学说被接受

-系统发育学方法的发展

-新的生态地理学研究方法

-探索限制物种分布的因素AntonioSnider-Pelligrini在1858年首先提出了板块构造和大陆漂移假说经过长期的争论，终于在地质学证据确凿的情况下，科学界在20世纪60年代末接受了板块构造和大陆漂移学说这一学说的证实，导致历史生物地理学的革命，许多原有的结论得到了重新解释从20世纪60年代开始，生物学家致力于应用系统发育学分类来了解一个生物类群中各成员的亲缘关系和进化历史这些尝试促进了生物地理学家对生物区系以及区系之间关系的理解随着新的系统发育学方法的应用，隔离分化（vicariants）成为了生物地理学研究的中心自20世纪五十年代开始，生物地理学家开始关注决定生物多样性的过程（processes）生态学家则开始关注竞争、捕食和共生对物种分布的影响在上述生物生态地理学的研究中，RobertH.MacArthur与EdwardO.Wilson对岛屿生物多样性的研究最有影响力RobertH.MacArthur(1930-1972)PublishedwithE.O.WilsonIslandBiogeography.Oneofthemostinfluentialmodernecologists.E.O.Wilson(1929–Present)BooksOnHumanNature(1978)wonthePulitzerPrizeBiophilia(1984)suggeststhathumanattractiontootherlivingthingsisinnateConsilience(1998)urgeswiderintegrationofthesciencesTheDiversityofLife(1992)TheAnts,withBertHölldobler(1990;PulitzerPrize)TheFutureofLife(2002)当一部分生物地理学家关注于物种间的相互作用的时候，另一部分生物地理学家则开始研究非生物因素他们认为环境因子在限制物种分布上有重要作用，从而决定了不同区域的生物多样性的差异地理信息系统（GIS）的出现与空间统计方法（即地统计方法）的应用极大地推动了这方面研究小结从1900年开始，生物地理学研究发表的论文数量呈现指数增长。这一增长大部分来自于过去三十年到现在为止已经出现了至少四本生物地理学专业期刊，以及一个新的学会——国际生物地理学会中国主要宏观动物学与水生生物学力量1930s,静生生物研究所,秉子，动物学之父，曾任教于复旦大学中国科学院：藻类：饶钦止、黎尚豪（中国科学院水生生物研究所）、曾呈奎（中科院青岛海洋研究所）无脊椎动物：陈义（南京大学）、王家辑、沈蕴芬、梁彦龄（中科院水生生物研究所）沈家瑞、宋大祥（中科院动物研究所）、刘瑞玉（中科院青岛海洋研究所）、尹文英（中科院植生所）鱼类：伍献文、刘建康、陈宜瑜、曹文宣（中国科学院水生生物研究所）两栖爬行:刘承钊、胡淑琴、赵尔宓、费梁（中国科学院成都生物研究所）、张孟文（复旦）鸟类：郑作新（中国科学院动物研究所）、郑光美（北京师范大学）兽类：寿振黄（中国科学院动物研究所）、潘文石（北京大学）发育系统学（Phylogeny）：施立明、张亚平（中国科学院昆明动物所）动物地理学：张荣祖（中科院地理所）人类生物地理学：金力(复旦大学）关于如何完成研究生学业的几点看法报告人：傅萃长指导导师：朱作言院士、研究员研究的第一步：团队精神与创新精神朱老师:

做事先做人胡适:

做人，有事变没事（团队精神）做事，没事变有事（创新精神）如何评判是否合格的大学生与研究生钱三强：

大学毕业，能够自学未知的知识硕士研究生毕业，能够查阅文献进行述评博士研究生毕业，能够独立开展科学工作，并找到一生为之奉献的领域研究生阶段是最为重要的科学训练过程

科学命题的选择研究背景研究目的研究内容研究方法与技术路线研究结果讨论小结研究展望文献查阅

初查阅读分析跟踪扩大知识面

文献初查：利用各种电子数据库，重点推荐WebofScience关键点：是否文献已经查全，要做到没有漏掉一篇重要文献

文献阅读第一步：对自己收集的文献通过阅读其摘要进行简单归纳第二步：真正读懂自己认为最重要的一篇文献建议进行解剖式阅读：

(a)Introduction

写作方式：大中小向读者介绍研究意义、背景与目的ScienceorNature:Introduction中每句话都有出处(b)Results写作方式：客观真实的叙述先看图表：图表是统计学最基本的手段，好的图表是应该让读者一目了然第二步：配合文字进一步理解作者获得哪些结果。同时注意作者是如何准确的来描述自己的结果，并注意其结果的放置顺序向读者介绍研究内容与研究结果(c)MaterialandMethods

向读者介绍作者是如何利用各种手段来实现自己的研究结果

阅读时应与各项研究内容结合，了解取得什么样的结果需要什么样的方法

写作方式：详细清晰的向读者介绍自己的研究方法建议每个同学在开始做研究前应该参照leadingscientist的文章把自己的研究方法用英文写好，然后翻译成中文，以供做oralpresentation使用(d)Discussion

向读者介绍各项研究结果说明了什么科学问题，着重可靠性与创新性以及进一步研究的科学问题

阅读时应与各项研究内容结合，着重了解作者是如何来讨论自己的研究结果。

写作方式：小中大作者认为不重要的结果先讨论，作者认为重要的结果后谈(d)Conclusion

该部份不是每篇文章都有。如有，主要是作者对自己所取得的重要结果再一次的复述，有些还提示下一步的科学挑战(E)Title了解作者是如何来确定标题的(F)Abstract

用最简洁的语言向读者介绍自已的研究目的与重要研究结果及其解决的科学问题（D)Authors请注意谁是联系作者，来自哪个国家，属于leadingscientist吗?关键点：能够基本复述作者的故事,即研究背景、研究目的、研究方法、研究结果、

建议：刚进实验室的同学，其第一个读书报告可选择CellorGenesandDevelopment上的一篇文章向大家报告其研究背景、目的、方法、结果与讨论

文献分析一致的观点：规律及其机制矛盾的观点：有待进一步实验证实未解决的问题：有待创新方法去解决新问题的提出：创新思维,i.e.Idea国际上：哪些人是leadingscientists，分别主攻哪个方向这些人往往是审稿专家

国内：Whoistheleadingscientist?主攻哪个方向

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SpecialMonograph——良好扎实的基础知识是科学创新的根本源泉“华罗庚非常强调基本功的重要性。首先，他舍得在基础知识上多花工夫，他说“在中学时，别人花一小时，我就花两小时。而到工作时，别人花一小时解决的问题，我有时就可能用更少的时间去解决了”。他多次对我们讲过，他花了整整两年去念了Weyl的《群表示论》一书，一直到他认为真正念懂了，并且化成了自己的语言—矩阵，然后作为工具研究多复变函数，写了《典型域上调和分析》一书。“基本功要练成什么样呢？”他说“要练得很熟，熟了才能有所发明和发现，熟能生巧，在练基本功时最忌讳好高婺远，不要怕粗活，不要轻视点滴工作。轻视困难和惧怕困难是孪生兄弟，往往会出现在一个人身上，例如有人轻视复杂的计算，实际上是惧怕计算。我看见过不少青年，眼高手低，浅尝辄止，匆匆十年，一无成就。”

著名数学家冯克勤先生：回忆做华罗庚研究生的日子

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由于我对微观生物学不十分熟悉，仅依2004年

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JOURNALOFEXPERIMENTALBIOLOGY(IF=2.3)MOLECULARREPRODUCTIONANDDEVELOPMENT(IF=2.3)

我国最好的JournalsSCIENCEINCHINASERIESC-LIFESCIENCES(IF=0.48)CHINESESCIENCEBULLETIN

(IF=0.68)PROGRESSINNATURALSCIENCE

(IF=0.49)CellResearch(IF=1.9)英文写作过程第一步：应该清楚通过自己的研究结论是什么?Writetheconclusionstoyourpaper.Everalargepaperorthesischapterwillnothavemorethanfiveorsixsubstantialconclusions.Eachconclusionmustbesuccinct,andoccupyonesentenceandlessthantwolines.Theconclusionsaswrittenherewillnotenterintothefinalworksotheydonotneedmodificationssuchas"however"and"thatis.“第二步：写结果Writeonlytheresultsnecessarytomaketheconclusionsyoupresented.第三步：写材料与方法Writeonlythemethodsnecessarytounderstandhowtheseresultswereobtained第四步：写讨论Writethediscussion,whichshouldpresentonlyadditionalinformation(e.g.,literature)thatmodifies,extends,confirms,orcontradictstheconclusionsbasedonyourresults第五步：写前言Writetheintroduction,whichwillhaveonlytheminimuminformationnecessarytopresentthequestionstowhichtheconclusionsaretheanswerWithinthetitleandthefirstpageofapaper--it'sfirst250words–youneedtotellme1.Whattheproblemis.2.Whyit'sinterestingandimportantandWhatyou'vedonetoclarifytheproblem,answeritsquestions第六步：Abstract最后：Title注意事项：a.重要文献一定要引用，其中原创性文献与最新进展文献一定要引用，同时最好多引用leadingscientists的文章b.写作时少用或不用副词或形容词c.引用文献一般不少于50篇d.多用一些自己领域的行话，不要自己创造术语e.IntroductionandDiscussion中的句子应该有出处OralPresentationOralpresentation是自己文章的高度浓缩，因而其顺序亦与文章结构相似

介绍研究背景，提出科学问题介绍研究目的介绍研究内容介绍研究方法介绍研究结果（口头加入讨论）小结与下一步研究设想听众：积极的反应，提出各种问题，锻炼自己提问能力报告人：认真准备每张幻灯片，让每位听众能够听懂硕博连读学生的时间安排讨论（仅表达我的一点建议）

作为博士研究生的师兄应该分担导师的一些任务，主动与刚进实验室的师弟妹交流，使他们迅速了解做研究的整个过程，并在实验过程中给予积极帮助硕士生在导师的帮助下，选好科学命题后，开始做实验，当完成第一篇文章，了解整个研究的过程后。应该迅速地对自己所研究领域进行全面的述评，找到自己领域的科学问题所在，提出创新思维，争取从第三年开始能够做出在TopJournals

发表的科研成果

我们实验室有着良好的科学氛围，Niceteacher,朱老师一直鼓励大家学习英语，在Seminar中勇跃发言。让我记忆犹新的是朱老师邀请了世界上最好的鱼类遗传与发育学家来为大家做报告。目的就是让大家在攻读硕士或博士学位期间能够获得很好的训练，望各位师弟妹能够很好的珍惜在基因组的这段经历

小结加强自身基础知识的积累，大量阅读TopJournals的科学知识，不断对自己所涉及领域进行述评，找到科学问题，结合自身研究工作，做出能在TopJournals上发表的文章谢谢大家联系地址：上海市邯郸路220号复旦大学生物多样性科学研究所Email:CZFU@orcuizhangfu@TEL于如何完成研究生学业的几点看法(ii):如何训练独立开展科研工作的能力傅萃长副教授复旦大学生命科学院生态与进化生物系教育部生物多样性与生态工程重点实验室思维模式的转换学生：积极主动的提出问题并尝试独立解决问题；导师：引导学生独立解决科学问题；鼓励学生勇于科学地思考问题；文献查阅与整理的重要性查阅：关心主题的第一篇原创文章；关心主题的权威综述文章；关心主题的权威专著2.整理：根据自己爱好对文献进行归纳；根据归纳的主题寻找问题导师：你可否关注“……”学生：应对扩大知识面的重要性生态学重要刊物:(基础理论研究）美国生态学会(TheEcologicalSocietyofAmerica,ESA):(三大期刊）Ecology(IF=4.104)

:developnewconcepts,testecologicaltheory,orleadtoanincreasedappreciationforecologicalphenomena.

Ecologicalapplications(IF=3.287):

developthebasicscientificprinciplesonwhichenvironmentaldecision-makingshouldrest,discusstheapplicationofecologicalconceptstoenvironmentalproblemsolving,policy,andmanagement.3.EcologicalMonographs(5.016):

publishescomplex,multi-facetedstudiesthatdemandgreaterlengththanthosepublishedinEcologyorEcologicalApplications.Thesearenotmerelylongpapers,butmusttellatrulycomplicatedscientificstorywithmultiplecomponents.ArticlesforEcologicalMonographsaregenerallyover50manuscriptpages(16printedpages).

美国博物学家学会（TheAmericanSocietyofNaturalists):TheAmericannaturalist

（IF＝4.476)：maintaineditspositionasoneoftheworld'smostrenowned,peer-reviewedpublicationsinecology,evolution,andpopulationandintegrativebiologyresearch.Whileaddressingtopicsincommunityandecosystemdynamics,evolutionofsexandmatingsystems,organismaladaptation,andgeneticaspectsofevolution,ANemphasizessophisticatedmethodologiesandinnovativetheoreticalsyntheses--allinanefforttoadvancetheknowledgeoforganicevolutionandotherbroadbiologicalprinciples

英国生态学(BritishEcologicalSociety,BES)JournalofAnimalEcology(IF=3.342):Theleadinginternationaljournalforanimalpopulationandcommunityecology

JournalofEcology

(IF=3.397):

hasbeenthemostimportantinternationaljournalforplantecologistssinceitsfirstissuein1913

JournalofAppliedecology

(IF=3.266):isamajorinternationaljournalwithadistinctnichethatcombinesthehigheststandardsofecologicalsciencewithdirectrelevancetoenvironmentalmanagementFunctionalEcology(IF=2.718):FunctionalEcologypublishesshort,originalpapersinawiderangeofecologicaltopics,butparticularlyemphasisingthefieldsofphysiological,biophysicalandevolutionaryecology.

北欧生态学会(NordicEcologicalSociety,NES)

Oikos(IF=2.901):publishesoriginalandinnovativeresearchonallaspectsofecology.Emphasisisontheoreticalandempiricalworkaimedatgeneralizationandsynthesisacrosstaxa,systemsandecologicaldisciplinesEcography(IF=2.84):

publishespapersfocusedonwidespatialandtemporalpatternsinecology.Thisincludesparticularlystudiesofbiodiversity,biogeographyandecologicalconservation.Studiesinlandscapeecology,ecologicalgeneticsandhistoricalecologyarewelcomedinthecontextofexplainingpresentecologicalpatterns

其他重要生态学刊物：GlobalEcologyandBiogeography

(IF

=3.242):

focusesontheemergingfieldofmacroecology:thestudyofbroad,consistentpatternsintheecologicalcharacteristicsoforganismsandecosystems.Thejournalemphasizesstudiesthataddressgeneralecologicalhypotheses,exploredandtestedusingdataofbroadgeographic,taxonomic,ortemporalscope

JournalofBiogeography(IF=2.329):

Papersdealingwithallaspectsofspatial,ecologicalandhistoricalbiogeographyareconsideredforpublication

DiversityandDistributions(IF=2.109):

DiversityandDistributionsisajournalofconservationbiogeographywhichpublishespapersonawiderangeofthemesrelatingtothestudyofbiodiversity

Oecologia(IF=2.899):

isapeer-reviewedjournalfromSpringerVerlagthatpublishesecologicalresearchofinternationalinterest.Ecosystems(IF=3.283):

Thestudyandmanagementofecosystemsrepresentthemostdynamicfieldofcontemporaryecology.Ecosystemresearchbridgesfundamentalecologyandenvironmentalecologyandenvironmentalproblem-solving,andspansboundariesofscale,disciplineandperspective.

EcologyLetters(IF=3.914):

isaforumfortheveryrapidpublicationofthemostnovelresearchinecology.Manuscriptsrelatingtotheecologyofalltaxa,inanybiomeandgeographicareawillbeconsidered,andprioritywillbegiventothosepapersexploringortestingclearlystatedhypotheses.

GlobalChangeBiology(IF=4.333):

GlobalChangeBiologyexiststopromoteunderstandingoftheinterfacebetweenallaspectsofcurrentenvironmentalchangeandbiologicalsystems,includingrisingtroposphericO3andCO2concentrations,climatechange,lossofbiodiversity,andeutrophication.

LimnologyandOceanography(IF=3.024):topromotetheinterestsoflimnology,oceanographyandrelatedsciences,tofostertheexchangeofinformationacrosstherangeofaquaticscience,andtofurtherinvestigationsdealingwiththesesubjects

LandscapeEcology(IF=2.092):

focusesontheformation,dynamics,andconsequencesofspatialheterogeneityinnaturalandhuman-dominatedlandscapes

ConservationBiology(IF=3.672):hasbecomethemostinfluentialandfrequentlycitedjournalinitsfield.Naturecallsthistitle"requiredreadingforecologiststhroughouttheworld."Thejournalcontinuestopublishgroundbreakingpapersandremainsinstrumentalindefiningthekeyissuescontributingtothestudyandpreservationofspeciesandhabitats.

进化生物学重要刊物:(基础理论研究）Evolution(IF=3.719):(TheSocietyfortheStudyofEvolution)presentingsignificantandoriginalresultsthatextendourunderstandingofevolutionaryphenomenaandprocesses

EvolutionaryBiology(IF=3.500):JournalofEvolutionaryBiology

(IF=2.893):

(TheEuropeanSocietyforEvolutionaryBiology):Itcoversbothmicro-andmacro-evolutionofalltypesoforganismsEvolutionaryEcology(IF=3.215):isaconceptuallyorientedjournalofbasicbiologyattheinterfacebetweenecologyandevolution

SystematicBiology(IF=10.257):

(SocietyofSystematicBiologists)allitsaspectsoftheory,principles,methodology,andpractice,forbothlivingandfossilorganisms,withemphasisonareasofcommoninteresttoalltaxonomistsregardlessofindividualspecialization

Claditics(IF=4.414):(WilliHennigSociety)publisheshighqualityresearchpapersonsystematics,encouragingdebateonallaspectsofthefield,fromphilosophy,theoryandmethodologytoempiricalstudiesandapplicationsinbiogeography,coevolution,conservationbiology,ontogeny,genomicsandpaleontologyGenomeResearch(IF=10.382):

isaninternational,monthly,peer-reviewedresearchjournalthatfocusesonlarge-scalegenomicstudiesthatpresentnoveldataofbiologicalsignificancefromallorganismsMolecularBiologyandEvolution(IF=6.333):

(TheSocietyforMolecularBiologyandEvolution),publishesresearchattheinterfacebetwe