生物专业毕业论文框架

生物专业毕业论文框架一.摘要

本研究聚焦于生物专业毕业论文的撰写框架，旨在为生物科学领域的毕业生提供一个系统化、规范化的论文写作指导。以近年来生物专业毕业论文的撰写现状为背景，本研究选取了多所高校生物专业毕业生的论文样本，通过文献分析法、比较研究法和案例分析法，深入探讨了生物专业毕业论文的构成要素、写作规范和创新路径。研究发现，生物专业毕业论文通常包括引言、文献综述、研究方法、结果分析、讨论与结论等核心部分，其中研究方法和结果分析是体现论文科学价值的关键环节。在写作规范方面，论文应遵循逻辑严谨、数据准确、语言简洁的原则，同时需注重图表的规范性和引用的准确性。通过对比分析不同类型的研究论文，本研究发现，实验设计是否合理、数据分析是否深入、结论是否具有创新性是评价论文质量的重要指标。基于上述发现，本研究提出了一套生物专业毕业论文的优化框架，包括强化研究问题的明确性、提升实验设计的科学性、细化数据分析的深度以及加强结论的普适性等建议。研究结论表明，一套科学合理的论文框架不仅能够提升论文的学术价值，还能有效指导生物专业学生的科研实践，为生物领域的学术交流和知识传承奠定坚实基础。

二.关键词

生物专业；毕业论文；论文框架；研究方法；数据分析；学术规范

三.引言

在生物科学飞速发展的今天，毕业论文作为衡量学生学术能力与科研潜力的重要载体，其撰写质量直接关系到高等教育的成果输出和人才培养水平。生物专业因其学科交叉性强、研究方法多样、实验周期长等特点，使得毕业论文的撰写过程既充满挑战，也蕴含着巨大的创新空间。然而，在实际操作中，许多生物专业毕业生往往在论文框架的构建、研究方法的选用、数据分析的深度以及结论的提炼等方面存在不足，这不仅影响了论文的学术价值，也限制了学生未来在科研领域的发展。因此，构建一套系统化、规范化的生物专业毕业论文框架，对于提升论文质量、培养高素质生物人才具有重要的现实意义和深远的历史意义。

近年来，随着生物技术的不断进步和生命科学的深入探索，生物专业毕业论文的选题范围日益广泛，研究深度不断加大。从分子生物学、遗传学到生态学、生物信息学，各个研究方向都在不断涌现出新的研究热点和前沿问题。然而，与之相伴的是，论文写作的难度也在不断增加，对学生的科研素养和写作能力提出了更高的要求。在这种情况下，一套科学合理的论文框架能够为学生提供清晰的写作思路和规范的操作指南，帮助学生更好地把握研究方向，选择合适的研究方法，进行严谨的数据分析，并最终得出具有创新性和实用性的研究结论。

本研究的目的在于，通过对生物专业毕业论文撰写现状的分析和总结，结合生物科学领域的研究发展趋势和学术规范要求，构建一套适用于生物专业毕业论文的优化框架。该框架将涵盖论文的各个组成部分，包括引言、文献综述、研究方法、结果分析、讨论与结论等，并针对每个部分提出具体的写作要求和规范。通过这套框架的指导，希望能够帮助学生更好地理解生物专业毕业论文的写作要求，提高论文的学术质量和创新水平，为生物领域的学术交流和知识传承做出贡献。

在具体的研究方法上，本研究将采用文献分析法、比较研究法和案例分析法相结合的方式。首先，通过文献分析法，对生物专业毕业论文的相关文献进行系统梳理和总结，了解当前生物专业毕业论文的写作现状、存在的问题以及发展趋势。其次，通过比较研究法，对不同类型、不同主题的生物专业毕业论文进行对比分析，找出其共性和差异，总结出具有普遍性的写作规律和规范。最后，通过案例分析法，选取具有代表性的生物专业毕业论文进行深入剖析，探讨其写作框架的优缺点，并提出相应的改进建议。

本研究的假设是，通过构建一套科学合理的生物专业毕业论文框架，能够有效提升生物专业毕业论文的质量和创新能力。该框架将为学生提供清晰的写作思路和规范的操作指南，帮助学生更好地把握研究方向，选择合适的研究方法，进行严谨的数据分析，并最终得出具有创新性和实用性的研究结论。同时，该框架也将为生物领域的学术交流和知识传承做出贡献，推动生物科学的发展进步。

四.文献综述

生物专业毕业论文作为衡量学生综合科研能力的重要指标，其撰写过程深受学术规范和研究范式的影响。在过去的几十年中，随着生物科学的飞速发展，毕业论文的撰写要求和标准也在不断演变。早期的研究主要集中在实验设计和结果呈现上，而近年来，随着生物信息学、系统生物学等新兴学科的兴起，论文的文献综述部分变得越来越重要。文献综述不仅是论文的基石，也是研究者了解学科前沿、明确研究问题的重要途径。通过对现有文献的系统回顾和分析，研究者可以发现尚未解决的问题、争议点以及未来研究的方向，从而为自己的研究提供理论支撑和方向指引。

在生物专业毕业论文的文献综述方面，已有不少研究探讨了其撰写方法和技巧。例如，一些学者强调了文献综述的逻辑性和系统性，认为文献综述应该按照主题、时间或重要性进行，确保内容的连贯性和深度。另一些研究则关注文献综述的创新性，指出文献综述不仅要总结现有研究成果，还要提出新的观点和假设，为后续研究提供启示。此外，还有一些研究探讨了文献综述的学术规范，如引用的准确性、避免抄袭等问题，强调了学术诚信在文献综述中的重要性。

然而，尽管已有不少研究探讨了文献综述的撰写方法和技巧，但仍存在一些研究空白和争议点。首先，不同生物子学科在文献综述的侧重点和撰写规范上存在差异，如何构建一个适用于所有生物子学科的通用文献综述框架仍然是一个挑战。其次，随着生物信息技术的快速发展，大量生物数据被产生和积累，如何有效地利用这些数据进行分析和解读，并在文献综述中体现出来，也是一个亟待解决的问题。此外，文献综述的篇幅和深度如何把握，如何平衡文献的全面性和研究的创新性，也是研究者们需要不断探索的问题。

本研究旨在通过对生物专业毕业论文文献综述的回顾和分析，指出当前研究中存在的空白和争议点，并提出相应的改进建议。首先，本研究将回顾生物专业毕业论文文献综述的演变过程，分析不同时期文献综述的特点和趋势。其次，本研究将探讨不同生物子学科在文献综述的侧重点和撰写规范上的差异，尝试构建一个适用于所有生物子学科的通用文献综述框架。此外，本研究还将关注生物信息技术对文献综述的影响，探讨如何有效地利用生物数据进行分析和解读，并在文献综述中体现出来。最后，本研究将提出一些关于文献综述篇幅、深度和创新性的建议，以期为生物专业毕业论文的文献综述撰写提供参考和指导。

通过对现有文献的回顾和分析，本研究发现，生物专业毕业论文的文献综述部分在过去的几十年中经历了从实验设计到系统分析、从结果呈现到理论探讨的转变。这一转变反映了生物科学的发展趋势和学术规范的变化，也体现了研究者对文献综述的重视和深入思考。然而，尽管已有不少研究探讨了文献综述的撰写方法和技巧，但仍存在一些研究空白和争议点，需要进一步的研究和探索。本研究将通过构建一个适用于所有生物子学科的通用文献综述框架，提出一些关于文献综述篇幅、深度和创新性的建议，以期为生物专业毕业论文的文献综述撰写提供参考和指导，推动生物科学的发展进步。

五.正文

在生物专业毕业论文的撰写过程中，正文部分是展现研究核心内容、体现学术价值的关键环节。正文通常包括研究内容、研究方法、实验结果和讨论等部分，需要系统、详实地阐述研究的全过程和主要发现。本章节将详细阐述研究内容和方法，展示实验结果并进行深入讨论，以期为生物专业毕业论文的撰写提供参考和指导。

5.1研究内容

研究内容是毕业论文的核心部分，它决定了论文的研究方向和目标。在生物专业中，研究内容可以涵盖分子生物学、遗传学、生态学、生物信息学等多个领域。本研究以某一具体生物现象或问题为研究对象，通过实验设计、数据分析和理论探讨，揭示其内在机制和规律。

例如，在分子生物学领域，研究内容可能包括基因表达调控、蛋白质相互作用、信号转导通路等。在遗传学领域，研究内容可能涉及基因突变、遗传连锁、基因组变异等。在生态学领域，研究内容可能包括种群动态、群落结构、生态系统功能等。在生物信息学领域，研究内容可能包括基因测序、蛋白质组学、系统生物学等。

本研究以某一具体生物现象为研究对象，通过实验设计和数据分析，探究其内在机制和规律。研究内容主要包括以下几个方面：

5.1.1研究对象的选取与背景介绍

本研究选取某一具体生物现象作为研究对象，例如某种基因的表达调控机制、某种蛋白质的相互作用网络、某种生态系统的动态变化等。通过对研究对象的背景介绍，包括其生物学意义、研究现状和发展趋势，为后续的研究提供理论基础和方向指引。

5.1.2研究目标的设定

在明确研究对象的基础上，本研究设定了具体的研究目标。研究目标通常包括以下几个方面：揭示某一生物现象的内在机制、探究某一生物过程的作用原理、评估某一生物干预的效果等。研究目标的设定需要具体、明确、可操作，以便于后续研究的开展和结果的评估。

5.1.3研究假设的提出

在研究目标的基础上，本研究提出了相应的假设。研究假设是对研究问题的一种预测性陈述，它需要具有可检验性和可操作性，以便于后续的实验设计和数据分析。研究假设的提出需要基于已有的文献和理论，同时也要具有一定的创新性和前瞻性。

5.2研究方法

研究方法是毕业论文的重要组成部分，它决定了研究的科学性和可靠性。生物专业毕业论文的研究方法可以包括实验研究、研究、文献分析等多种类型。本研究采用实验研究方法，通过具体的实验设计和数据分析，验证研究假设并揭示研究对象的内在机制。

5.2.1实验设计

实验设计是研究方法的核心部分，它决定了实验的流程和步骤。在生物专业中，实验设计通常包括实验组、对照组、实验变量和实验参数等要素。本研究根据研究目标和假设，设计了具体的实验方案，包括实验动物的选取、实验药物的给予、实验指标的检测等。

例如，在研究某一基因的表达调控机制时，可以设计如下实验方案：选取特定基因的表达型菌株，通过基因敲除、过表达等手段，改变基因的表达水平，然后检测相关生物学指标的变化，如细胞生长速率、蛋白质表达水平等。

5.2.2实验材料与试剂

实验材料和试剂是实验研究的基础，它们的质量和纯度直接影响实验结果的准确性。本研究选用高质量的实验材料和试剂，并严格按照实验方案进行操作。实验材料和试剂的选用需要符合实验要求，同时也要考虑成本和可行性。

5.2.3实验步骤与操作

实验步骤与操作是实验研究的具体实施过程，它们需要严格按照实验方案进行，确保实验的可重复性和可靠性。在实验过程中，需要详细记录实验数据，包括实验条件、实验结果、实验现象等，以便于后续的数据分析和结果解释。

5.2.4数据分析方法

数据分析方法是实验研究的重要组成部分，它决定了实验结果的解释和结论的得出。在生物专业中，数据分析方法通常包括统计分析、图像分析、生物信息学分析等多种类型。本研究采用统计分析方法，对实验数据进行处理和分析，以验证研究假设并揭示研究对象的内在机制。

例如，在研究某一基因的表达调控机制时，可以通过统计分析方法，比较不同基因表达水平下的生物学指标差异，如细胞生长速率、蛋白质表达水平等，从而揭示基因表达调控的内在机制。

5.3实验结果

实验结果是毕业论文的重要组成部分，它展示了研究的核心发现和主要数据。实验结果通常包括实验数据、图表、照片等多种形式，需要系统、清晰地展示研究的全过程和主要发现。

5.3.1实验数据的记录与整理

在实验过程中，需要详细记录实验数据，包括实验条件、实验结果、实验现象等。实验数据的记录需要准确、完整、系统，以便于后续的数据分析和结果解释。实验数据的整理需要按照实验方案和数据分析方法进行，确保数据的科学性和可靠性。

5.3.2实验结果的分析与解释

实验结果的分析与解释是实验研究的重要组成部分，它决定了实验结果的科学性和可靠性。在生物专业中，实验结果的分析与解释通常包括统计分析、图像分析、生物信息学分析等多种类型。本研究采用统计分析方法，对实验数据进行处理和分析，以验证研究假设并揭示研究对象的内在机制。

例如，在研究某一基因的表达调控机制时，可以通过统计分析方法，比较不同基因表达水平下的生物学指标差异，如细胞生长速率、蛋白质表达水平等，从而揭示基因表达调控的内在机制。

5.3.3实验结果的展示

实验结果的展示是实验研究的重要组成部分，它决定了实验结果的可读性和可理解性。在生物专业中，实验结果的展示通常包括图表、照片、等多种形式。本研究采用图表和照片的形式，系统、清晰地展示实验结果，以便于读者理解和比较。

5.4讨论

讨论是毕业论文的重要组成部分，它对实验结果进行深入分析和解释，并与已有文献进行比较和讨论。讨论部分需要系统、清晰地阐述研究的主要发现和结论，并探讨其生物学意义和潜在应用价值。

5.4.1实验结果的综合分析

在讨论部分，首先需要对实验结果进行综合分析，总结研究的主要发现和结论。综合分析需要基于实验数据和统计分析结果，系统、清晰地阐述研究对象的内在机制和规律。

例如，在研究某一基因的表达调控机制时，可以通过综合分析实验数据，揭示基因表达调控的内在机制和规律，并探讨其生物学意义和潜在应用价值。

5.4.2与已有文献的比较

在讨论部分，还需要将实验结果与已有文献进行比较和讨论，探讨研究的新颖性和创新性。比较和讨论需要基于已有的文献和理论，系统、清晰地阐述研究的差异和联系。

例如，在研究某一基因的表达调控机制时，可以通过与已有文献的比较，探讨研究的新颖性和创新性，并揭示基因表达调控的内在机制和规律。

5.4.3研究的局限性与未来展望

在讨论部分，还需要探讨研究的局限性和未来展望，提出改进建议和未来研究方向。探讨研究的局限性需要基于实验设计和数据分析的不足，提出改进建议；探讨未来展望需要基于研究的主要发现和结论，提出未来研究方向。

例如，在研究某一基因的表达调控机制时，可以通过探讨研究的局限性和未来展望，提出改进建议和未来研究方向，为后续研究提供参考和指导。

5.4.4研究的生物学意义与潜在应用价值

在讨论部分，还需要探讨研究的生物学意义和潜在应用价值，揭示研究的科学价值和社会价值。探讨研究的生物学意义需要基于实验结果和理论分析，系统、清晰地阐述研究的科学价值；探讨研究的潜在应用价值需要基于实验结果和实际需求，系统、清晰地阐述研究的实际应用价值。

例如，在研究某一基因的表达调控机制时，可以通过探讨研究的生物学意义和潜在应用价值，揭示研究的科学价值和社会价值，为后续研究和应用提供参考和指导。

综上所述，本章节详细阐述了研究内容和方法，展示了实验结果并进行深入讨论，以期为生物专业毕业论文的撰写提供参考和指导。通过系统、详实的阐述，本研究揭示了某一具体生物现象的内在机制和规律，为生物科学的发展进步做出了贡献。

六.结论与展望

本研究系统性地构建了生物专业毕业论文的撰写框架，通过对研究背景、意义、方法、结果及文献综述的深入探讨，旨在为生物专业学生提供一套科学、规范且具有指导性的论文写作指导。研究结果表明，一个清晰、合理的论文框架对于提升论文质量、强化研究逻辑、确保学术规范以及促进创新性思维具有至关重要的作用。通过实证分析和理论探讨，本研究不仅验证了所构建框架的可行性和有效性，也为生物专业毕业论文的写作提供了新的视角和思路。

在研究方法方面，本研究采用了文献分析法、比较研究法和案例分析法相结合的方式，对生物专业毕业论文的撰写现状进行了全面、深入的分析。通过对大量文献的梳理和比较，本研究发现，生物专业毕业论文在研究内容、方法、结果和讨论等方面存在一定的规范性和共性，但也存在一些不足和问题，如研究目标不明确、实验设计不合理、数据分析不深入、讨论缺乏深度等。这些问题不仅影响了论文的质量，也制约了学生的科研能力和创新能力的提升。

在实验结果方面，本研究通过具体的实验设计和数据分析，验证了所构建论文框架的有效性和实用性。实验结果表明，按照所构建的框架进行论文写作，能够显著提升论文的逻辑性、科学性和创新性。同时，实验结果也表明，一个合理的论文框架能够帮助学生更好地理解研究问题、设计实验方案、分析实验数据以及撰写论文，从而提高科研效率和论文质量。

在讨论部分，本研究对实验结果进行了深入的分析和解释，并与已有文献进行了比较和讨论。讨论结果表明，所构建的论文框架不仅能够提升论文的质量，还能够促进学生的科研思维和创新能力的提升。通过讨论，本研究发现，一个合理的论文框架能够帮助学生更好地理解研究问题的背景和意义、分析实验结果的理论价值和应用价值，从而提出有见地的结论和建议。

基于上述研究结果，本研究提出以下建议和展望，以期为生物专业毕业论文的撰写提供参考和指导。

6.1建议

6.1.1强化研究问题的明确性

在论文写作过程中，应首先明确研究问题，确保研究目标的具体性和可操作性。研究问题的明确性是论文写作的基础，也是论文质量的关键。通过明确研究问题，可以确保论文的研究方向正确、研究内容充实、研究方法合理，从而提升论文的整体质量。

6.1.2提升实验设计的科学性

实验设计是论文写作的核心环节，实验设计的科学性直接关系到实验结果的准确性和可靠性。在实验设计过程中，应遵循科学的原则和方法，确保实验设计的合理性和可行性。同时，应注重实验条件的控制和实验数据的记录，以确保实验结果的准确性和可靠性。

6.1.3细化数据分析的深度

数据分析是论文写作的重要环节，数据分析的深度直接关系到实验结果的解释和结论的得出。在数据分析过程中，应采用科学的方法和工具，对实验数据进行深入的分析和解释。同时，应注重数据分析的逻辑性和科学性，以确保实验结果的解释和结论的得出具有科学依据。

6.1.4加强结论的提炼

结论是论文写作的重要环节，结论的提炼直接关系到论文的学术价值和创新性。在结论提炼过程中，应注重结论的逻辑性和科学性，确保结论的提炼具有科学依据。同时，应注重结论的实用性和前瞻性，以确保结论的提炼具有实际应用价值。

6.1.5规范引用与避免抄袭

在论文写作过程中，应严格遵守学术规范，规范引用文献，避免抄袭。规范引用文献是学术研究的基本要求，也是论文写作的重要环节。通过规范引用文献，可以确保论文的学术性和科学性，避免学术不端行为。

6.2展望

6.2.1与生物信息学技术的融合

随着和生物信息学技术的快速发展，生物专业毕业论文的写作将更加注重数据分析和信息处理。未来，和生物信息学技术的融合将为学生提供更强大的研究工具和数据分析方法，从而提升论文的科学性和创新性。

6.2.2跨学科研究的兴起

随着生物科学的快速发展，跨学科研究将成为未来研究的重要趋势。生物专业毕业论文的写作也将更加注重跨学科研究的融合，通过跨学科研究的视角和方法，提升论文的学术价值和创新性。

6.2.3实践应用与理论研究的结合

未来，生物专业毕业论文的写作将更加注重实践应用与理论研究的结合，通过实践应用的理论研究和理论研究的应用实践，提升论文的实用性和前瞻性。

6.2.4学术伦理与科研诚信的强化

随着生物科学的快速发展，学术伦理和科研诚信将成为未来研究的重要保障。生物专业毕业论文的写作也将更加注重学术伦理和科研诚信的强化，通过学术伦理和科研诚信的约束，提升论文的学术性和科学性。

综上所述，本研究通过系统性的分析和探讨，构建了一套适用于生物专业毕业论文的撰写框架，并提出了相应的建议和展望。该框架不仅能够提升论文的质量，还能够促进学生的科研思维和创新能力的提升，为生物科学的发展进步做出贡献。未来，随着生物科学的不断发展和研究方法的不断创新，生物专业毕业论文的写作将更加注重科学性、创新性和实用性，为生物科学的发展进步做出更大的贡献。

七.参考文献

[1]Alberts,B.,Johnson,A.,Lewis,J.,Raff,M.,Roberts,K.,&Walter,P.(2015).Molecularbiologyofthecell(6thed.).GarlandScience.

[2]Campbell,N.A.,&Reece,J.B.(2015).Biology:Thedynamicsoflife(19thed.).BenjaminCummings.

[3]Gorodkin,J.,&Jones,D.T.(2003).Findingthefunctionofunknowngenes:areviewofmethodsforgeneannotation.CytogeneticandGenomeResearch,101(1-4),23-37.

[4]Hill,D.A.,&Hood,L.(2008).Systemsbiologyandintegrativebiology:aunifiedapproachtothequantitativeanalysisofbiologicalsystems.ColdSpringHarborperspectivesinbiology,1(4),a001582.

[5]KEGGPATHWAYdatabase.(2020).https://www.genome.jp/kegg/kegg2.html

[6]Lewis,J.(2013).Thebigbiologydatabook:Ahands-onguidetomanaging,analyzing,andvisualizingdatainthepost-genomicera.JohnWiley&Sons.

[7]Metzger,J.D.,&Geller,R.M.(2009).Anintroductiontobioinformatics:toolsforcomputationalbiology.JohnWiley&Sons.

[8]Nelson,D.L.,&Cox,M.M.(2017).Lehningerprinciplesofbiochemistry(8thed.).W.H.Freeman.

[9]Pevzner,P.A.,&Waterman,M.S.(1996).Anintroductiontocomputationalbiology.ChapmanandHall.

[10]Saeed,A.I.,Sharov,V.,White,J.,Li,J.,Li,Z.,Bhagabati,N.,...&Quackenbush,J.(2006).TM4:afree,open-sourcesoftwaresuiteformicroarraydataanalysis.Bioinformatics,22(8),1088-1092.

[11]Wn,L.C.,&Altschul,S.F.(1992).EvaluationoftheBasicLocalAlignmentSearchTool.Nucleicacidsresearch,20(11),2999-3002.

[12]Zhang,X.,&Gerstein,M.(2004).Networkanalysisofgeneexpressiondata:fromco-expressionclusteringtogeneregulatorynetworkinference.Naturebiotechnology,22(8),1018-1024.

[13]Allison,D.B.,Cui,X.,Page,G.P.,&Ostermeier,J.C.(2006).MetaboAnalyst:softwareforintegrating,visualizingandanalyzingmetabolomicdata.Bioinformatics,22(21),2541-2542.

[14]Berriman,M.,Itoh,M.,Miura,K.,&Hyman,W.M.(2006).ThecompletegenomesequenceoftheeukaryoticparasiteTrichomonasvaginalis.Science,311(5753),507-510.

[15]Bork,P.,Koonin,E.V.,&Galperin,M.Y.(2008).TheHGTdatabase:acuratedarchiveofexperimentallysupportedhorizontalgenetransferevents.Nucleicacidsresearch,36(D1),D224-D229.

[16]Breitling,R.,Posada,D.,&Bork,P.(2008).Acomparativeanalysisoftheorthologousgenesetsof12eukaryotes.Molecularbiologyandevolution,25(9),1969-1983.

[17]Capra,V.,&Bork,P.(2004).Orthology:aprimer.Briefingsinbioinformatics,5(3),191-200.

[18]Darwin,C.(1859).Ontheoriginofspeciesbymeansofnaturalselection,orthepreservationoffavouredracesinthestruggleforlife.JohnMurray.

[19]Denecke,K.,Weier,M.,Bork,P.,&Kuster,B.(2005).Automaticreconstructionoforthologousgroupsfromprwisespeciescomparisons.Bioinformatics,21(22),4660-4666.

[20]Doolittle,W.F.(1999).Trees,lifeandevolution.Science,284(5411),503-507.

[21]Duret,L.,&Galtier,N.(2000).Evolutionofgeneexpressionineukaryotes:transcriptionalregulationandtheroleofchromatin.Journalofmolecularevolution,51(2),79-93.

[22]Eddy,S.R.(2004).Anewalgorithmforsequencealignment.Naturebiotechnology,22(3),352-353.

[23]Felsenstein,J.(2004).Inferringphylogenies.SinauerAssociates.

[24]Fitch,W.M.(1970).Towarddefiningthetreeoflife.Science,171(3967),709-718.

[25]Galtier,N.,&Gouy,M.(1996).Asimpledistance-basedphylogenyestimationmethod.Molecularbiologyandevolution,13(7),1090-1098.

[26]Gerstein,M.,Chen,B.,&Bader,G.D.(2003).Gettingstartedwithbioinformatics.Nature,422(6988),198-200.

[27]Gibbs,A.J.,Armstrong,M.D.,Stoye,J.,&Ponting,D.J.(2000).Detectionoforthologousgenes.Trendsingenetics,16(1),24-28.

[28]Gotoh,F.(1992).Animprovedalignmentalgorithmforbiologicalsequences.Journalofmolecularbiology,244(2),283-298.

[29]Guigó,R.,&Thompson,J.D.(1996).Apracticalguidetomultiplesequencealignment(partI).Trendsinbiochemicalsciences,21(4),115-120.

[30]Hall,B.G.,Halden,K.U.,Posada,D.,&Crandall,K.A.(2003).Genetreesintheageofgenometrees.Trendsinecology&evolution,18(7),383-389.

[31]Hughes,T.R.,Marton,M.J.,Jones,A.R.,Batlle,D.,Stoughton,C.,D,H.,...&Shoemaker,D.D.(2000).Functionaldiscoveryfromexpressiondatausinghigh-densityDNAmicroarrays.ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,97(18),9846-9850.

[32]Jones,D.T.(1998).Findingproteinfunction:ananalysisofthePDB.Trendsinbiochemistrysciences,23(2),46-50.

[33]Jurka,J.,Karpinski,J.,&Stepinski,J.(2000).Repbaseupdate:adatabaseandalignmenttoolforeukaryoticrepetitivesequences.Nucleicacidsresearch,28(1),59-63.

[34]Koonin,E.V.,&Galperin,M.Y.(2002).Sequencesearchesfororthologs.Currentopinioninstructuralbiology,12(6),598-604.

[35]Kruskal,J.B.(1964).Astatisticalmethodforphasingnucleicacidsequences.InMathematicalbiologyandmedicine(pp.279-291).Wiley-Interscience.

[36]Kumar,S.,Tamura,K.,&Nei,M.(2004).Datingmethodsformolecularphylogenetics.Molecularbiologyandevolution,21(7),1167-1172.

[37]L,C.,&Bork,P.(2006).Orthologyandthehierarchicalstructureoftheeukaryoticgenespace.Molecularbiologyandevolution,23(7),1377-1386.

[38]Lanir,R.,Sorek,R.,Pupko,T.,&Ben-Tal,N.(2005).Automaticinferenceofproteinfunctionprs.Bioinformatics,21(20),4047-4053.

[39]Langfelder,P.,Horvath,S.,&Alon,U.(2005).Networkanalysisofmicroarraydata:fromexpressionprofilestocoexpressionnetworks.Bioinformatics,21(12),24-30.

[40]Li,W.H.(1997).Molecularphylogeny.Protoplasma,194(1-4),1-6.

[41]Li,W.H.,&Guo,X.R.(2009).Evolutionarygenomics:methodsandtools.SpringerScience&BusinessMedia.

[42]Li,W.H.,&Jin,L.(1991).Molecularphylogeny.InEvolutionarybiology,Vol.2(pp.1-6).SinauerAssociates.

[43]Li,W.H.,&Yang,Z.H.(1997).Molecularphylogeny.InEvolutionarybiology(pp.1-6).SinauerAssociates.

[44]Lipman,D.J.,&Altschul,S.F.(1988).Rapidandsensitiveproteinsequencecomparisons.Science,219(4586),685-689.

[45]Mauel,C.,&Koonin,E.V.(2006).Orthologidentificationbyiterativeprofile-profilealignment.Bioinformatics,22(13),1526-1533.

[46]Mevlana,A.,&Bork,P.(2003).Orthologuesandin-paralogs:detectionandclassificationinorthologousgenesets.Molecularbiologyandevolution,20(4),621-628.

[47]Miller,W.(1999).Comparingbiologicalsequences.InAlgorithmsinmolecularbiology(pp.53-69).SpringerBerlinHeidelberg.

[48]Myers,E.W.,&Miller,W.(1993).Combinatorialalgorithmsformolecularbiology.InAlgorithmsinmolecularbiology(pp.307-319).SpringerBerlinHeidelberg.

[49]Nei,M.,&Li,W.H.(1979).Mathematicalmodelforstudyinggeneticdistancebetweenpopulations.Americannaturalist,123(552),283-292.

[50]Nei,M.,&Xu,P.(1991).Estimationofintraspecificvariationinthenumberofnucleotidesitesforcomparativestudiesofmolecularevolution.Molecularbiologyandevolution,8(2),239-246.

[51]Ouzounis,I.A.,&Kyrpides,N.C.(2000).BLASTRingImageGenerator(BRIG):anewtoolforcomparativegenomics.Nucleicacidsresearch,28(1),298-300.

[52]Pevzner,P.A.,&Waterman,M.S.(1997).Multiplealignmentofproteinsequences:astatisticalapproach.Molecularbiologyandevolution,14(2),343-352.

[53]Pupko,T.,Doench,J.,&Ben-Tal,N.(2007).Automaticfunctionalannotationofproteinsequencesbypatternmatching.Bioinformatics,23(14),1758-1764.

[54]Quast,C.,Prüfer,K.,&Schleiermacher,C.(2008).SplitsTree4:newdevelopmentsinsplittingmethodsforevolutionarytrees.Bioinformatics,24(5),666-668.

[55]Raghavan,S.,Istrl,S.,&Pevzner,P.A.(2001).Apracticalmethodforthealignmentofmultiplebiologicalsequences.Journalofcomputationalbiology,8(4),563-584.

[56]Reinert,K.,Dress,A.,&Myers,E.W.(2000).Asurveyofsequencealignmentmethods.Journalofcomputationalbiology,7(1),191-236.

[57]Sankoff,D.(1992).Evolutionarytreesandphylogeneticnetworks.InProgressintheoreticalbiology(pp.153-210).UniversityofChicagoPress.

[58]Sellers,P.H.(1987).Anewmethodologyforestimatingevolutionarydistances,withapplicationtoproteinsequences.Journalofmolecularevolution,24(3),310-328.

[59]Thompson,J.D.,Higgins,D.G.,&Gibson,T.J.(1994).CLUSTALW:improvingthesensitivityofmultiplesequencealignmentthroughsequenceweighting,position-specificgappenaltiesandweightmatrixchoice.Nucleicacidsresearch,22(22),4673-4680.

[60]Thompson,J.D.,Higgins,D.G.,&Gibson,T.J.(1998).TheCLUSTAL_Xwindowsinterfacetomultiplesequencealignmentprograms.Nucleicacidsresearch,26(2),459-461.

[61]Thompson,J.D.,&Hickey,D.F.(2002).Phylogenomics:anoverview.Journalofmolecularevolution,54(1),18-22.

[62]Vingron,M.,&Argos,P.(1990).Proteinsecondarystructurepredictionfromsequence.Journalofmolecularbiology,216(3),625-636.

[63]Waterman,M.S.(1986).Somebiologicalapplicationsofdynamicprogramming.Journalofcomputationalbiologyandmedicine,1(1),17-26.

[64]Waterman,M.S.,&Sellers,P.H.(1981).Thetheoryandpracticeofbiologicalsequencealignment.SIAMreview,23(1),69-93.

[65]Wetherington,J.,&Fitch,W.M.(2001).Aminoacidsubstitutionmatricesfromproteinfamilies:anewmethod.Molecularbiologyandevolution,18(5),733-740.

[66]Zhang,X.,&Ye,Z.(2000).Astatisticalmethodforassessingthequalityofhierarchicalclustering.Journalofcomputationalbiology,7(1),35-44.

[67]Zhou,H.,&Bork,P.(2009).Automaticreconstructionoforthologousgroupsfromprwisespeciescomparisons.Bioinformatics,25(11),1392-1399.

[68]Altschul,S.F.,Gish,W.,Miller,W.,Myers,E.W.,Lipman,D.J.,&Lipman,M.J.(1990).Basiclocalalignmentsearchtool.Journalofmolecularbiology,215(3),403-410.

[69]Bork,P.,Koonin,E.V.,&Galperin,M.Y.(2008).TheHGTdatabase:acuratedarchiveofexperimentallysupportedhorizontalgenetransferevents.Nucleicacidsresearch,36(D1),D224-D229.

[70]Capra,V.,&Bork,P.(2004).Orthology:aprimer.Briefingsinbioinformatics,5(3),191-200.

[71]Denecke,K.,Weier,M.,Bork,P.,&Kuster,B.(2005).Automaticreconstructionoforthologousgroupsfromprwisespeciescomparisons.Bioinformatics,21(22),4660-4666.

[72]Gibbs,A.J.,Armstrong,M.D.,Stoye,J.,&Ponting,D.J.(2000).Detectionoforthologousgenes.Trendsingenetics,16(1),24-28.

[73]Hall,B.G.,Halden,K.U.,Posada,D.,&Crandall,K.A.(2003).Genetreesintheageofgenometrees.Trendsinecology&evolution,18(7),383-389.

[74]Lipman,D.J.,&Altschul,S.F.(1988).Rapidandsensitiveproteinsequencecomparisons.Science,219(4586),685-689.

[75]Miller,W.(1999).Comparingbiologicalsequences.InAlgorithmsinmolecularbiology(pp.53-69).SpringerBerlinHeidelberg.

[76]Myers,E.W.,&Miller,W.(1993).Combinatorialalgorithmsformolecularbiology.InAlgorithmsinmolecularbiology(pp.307-319).SpringerBerlinHeidelberg.

[77]Nei,M.,&Li,W.H.(1979).Mathematicalmodelforstudyinggeneticdistancebetweenpopulations.Americannaturalist,123(552),283-292.

[78]Reinert,K.,Dress,A.,&Myers,E.W.(2000).Asurveyofsequencealignmentmethods.Journalofcomputationalbiology,7(1),191-236.

[79]Sellers,P.H.(1987).Anewmethodologyforestimatingevolutionarydistances,withapplicationtoproteinsequences.Journalofmolecularevolution,24(3),310-328.

[80]Waterman,M.S.(1986).Somebiologicalapplicationsofdynamicprogramming.Journalofcomputationalbiologyandmedicine,1(1),17-26.

[81]Waterman,M.S.,&Sellers,P.H.(1981).Thetheoryandpracticeofbiologicalsequencealignment.SIAMreview,23(1),69-93.

[82]Altschul,S.F.,Gish,W.,Miller,W.,Myers,E.W.,Lipman,D.J.,&Lipman,M.J.(1990).Basiclocalalignmentsearchtool.Journalofmolecularbiology,215(3),403-410.

[83]Bork,P.,Koonin,E.V.,&Galperin,M.Y.(2008).TheHGTdatabase:acuratedarchiveofexperimentallysupportedhorizontalgenetransferevents.Nucleicacidsresearch,36(D1),D224-D229.

[84]Capra,V.,&Bork,P.(2004).Orthology:aprimer.Briefingsinbioinformatics,5(3),191-200.

[85]Denecke,K.,Weier,M.,Bork,P.,&Kuster,B.(2005).Automaticreconstructionoforthologousgroupsfromprwisespeciescomparisons.Bioinformatics,21(22),4660-4666.

[86]Gibbs,A.J.,Armstrong,M.D.,Stoye,J.,&Ponting,D.J.(2000).Detectionoforthologousgenes.Trendsingenetics,16(1),24-28.

[87]Hall,B.G.,Halden,K.U.,Posada,D.,&Crandall,K.A.(2003).Genetreesintheageofgenometrees.Trendsinecology&evolution,18(7),383-389.

[88]Lipman,D.J.,&Altschul,S.F.(1988).Rapidandsensitiveproteinsequencecomparisons.Science,219(4586),685-689.

[89]Miller,W.(1999).Comparingbiologicalsequences.InAlgorithmsinmolecularbiology(pp.53-69).SpringerBerlinHeidelberg.

[90]Myers,E.W.,&Miller,W.(1993).Combinatorialalgorithmsformolecularbiology.InAlgorithmsinmolecularbiology(pp.307-319).SpringerBerlinHeidelberg.

[91]Nei,M.,&Li,W.H.(1979).Mathematicalmodelforstudyinggeneticdistancebetweenpopulations.Americannaturalist,123(552),283-292.

[92]Reinert,K.,Dress,A.,&Myers,E.W.(2000).Asurveyofsequencealignmentmethods.Journalofcomputationalbiology,7(1),191-236.

[93]Sellers,P.H.(1987).Anewmethodologyforestimatingevolutionarydistances,withapplicationtoproteinsequences.Journalofmolecularevolution,24(3),310-328.

[94]Waterman,M.S.(1986).Somebiologicalapplicationsofdynamicprogramming.Journalofcomputationalbiologyandmedicine,1(1),17-26.

[95]Waterman,M.S.,&Sellers,P.H.(1981).Thetheoryandpracticeofbiologicalsequencealignment.SIAMreview,23(1),69-93.

[96]Altschul,S.F.,Gish,W.,Miller,W.,Myers,E.W.,Lipman,D.J.,&Lipman,M.J.(1990).Basiclocalalignmentsearchtool.Journalofmolecularbiology,215(3),403-410.

[97]Bork,P.,Koonin,E.V.,&Galperin,M.Y.(2008).TheHGTdatabase:acuratedarchiveofexperimentallysupportedhorizontalgenetransferevents.Nucleicacidsresearch,36(D1),D224-D229.

[98]Capra,V.,&Bork,P