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文档简介
儿科诊疗知识图谱构建技术框架
1范围
本文件给出了儿科诊疗知识图谱构建技术的总体框架,规定了面向儿科诊疗知识图谱构
建的数据采集与整理、知识建模与表示、知识获取、知识更新与管理等环节的参与方和相关
技术的一般性建议。在本文件的基础上进行适当修改和扩充也可以用于其他临床医学学科的
诊疗知识图谱构建。
2规范性引用文件
本文件参考《GBT42131-2022人工智能知识图谱技术框架》和《T/AII007-2023儿科
诊疗知识表示》。
3术语和定义
下列术语定义适用于本文件
3.1
知识knowledge
通过学习、实践或探索所获得的认知、判断或技能
[来源:GB/T23703.2-2010,2.1]
3.2
对象object
知识图谱组织的基本单元,可以是实体、实体组合和两个对象连接成的关系本身
3.3
实体entity
直接从文档中提取的原始文本表达的对象
3.4
实体类型entitytype
一组具有相同属性的实体或对象集合的抽象
3.5
知识元素knowledgeelement
描述某一事物或概念的不必再分且独立的知识单位
3.6
联系association
两个或多个对象间语义上的关联
[来源:ISO13374-2:2007,B.2.2.4,有修改]
3.7
知识图谱knowledgegraph
以结构化形式描述的知识元素及其联系的集合
3.8
知识单元knowledgeunit
按照一定关系组织的一组知识元素的集合
3.9
本体ontology
表示实体类型以及实体类型之间关系,实体类型属性类型及其之间关联的一种模型。
注:又称本体模型
[来源:ISO/IEC21838-1:2021,3.14,有修改]
3.10
1
图式schema
本体模型的规范化表达
[来源:GB/T5271.28-2001,28.02.07,有修改]
3.11
关系relation
对象、实体类型、对象组合、实体类型组合间的联系
3.12
实例instance
某个实体类型或关系类型的具体范例
3.13
术语terminology
某个实体在临床医学上的标准表达形式,每个对象均对应到唯一的术语
3.14
属性attribute
一类对象中所有成员公共的特征
[来源:GB/T40216-2021,3.1.2]
3.15
知识表示knowledgerepresentation
利用机器能够识别和处理的符号和方法描述人类知识的活动。
3.16
知识建模knowledgemodeling
构建知识图谱的本体及其形式化表达的活动
注:知识建模活动可包括实体类型定义、关系定义及属性定义。
3.17
知识获取knowledgeacquisition
从不同来源和结构的输入数据中提取知识的活动
注:知识获取的数据源通常按数据组织结构的维度可分为结构化数据、半结构化数据、
非结构化数据(如纯文本、音频和视频数据等)。
3.18
知识融合knowledgefusion
整合和集成知识单元(集),并形成拥有全局统一知识标识的知识图谱的活动。
3.19
知识存储knowledgestorage
设计存储架构,并利用软硬件等基础设施对知识进行存储、查询、维护和管理的活动。
注:常见的知识存储方式分为:基于关系数据库的存储方式、基于图数据库的存储方式、
基于资源描述框架(RDF)数据库的存储方式。
3.20
知识计算knowledgecomputing
基于已构建的知识图谱和算法,发现/获得隐含知识并对外提供知识服务能力的活动。
注:知识计算可分为统计分析、推理计算等。知识的统计分析是对知识图谱蕴含知识结
构及其特征的统计与归纳;知识的推理计算是从已有的事实或关系推断出实现知识图谱隐性
知识的发现与挖掘。
3.21
知识溯源knowledgeprovenance
2
在知识图谱全生存周期中追踪原始数据向知识转化的活动。
3.22
知识演化knowledgeevolution
随本体模型、数据资源等变化产生的新知识对原有知识的、补全更新或重组的活动。
注:通过知识计算得出的补全知识也可触发知识演化。
3.23
知识标注knowledgeannotation
人工在标注软件上进行知识获取并对知识进行存储和展示的活动。
3.24
标注规范annotationstandard
确定了知识图谱图式和知识标注流程的文件或标准
3.25
预标注pre-annotation
利用算法处理输入数据并自动执行知识标注过程的活动。人工对预标注结果进行修改。
3.26
知识校对knowledgeverification
人工对预标注结果和初步知识标注结果进行二次审查和修改的活动。
3.27
覆盖度coverage
描述输入数据对临床上各种情况的覆盖程度。
3.28
循证等级Evidencebasedlevel
用于评估证据质量的一种体系,根据不同的来源和研究类型,可以分为不同的等级。
4技术内容
4.1整体架构
儿科诊疗知识图谱构建整体技术架构如图1所示,目标是提供构建儿科诊疗知识图谱
的规范化路径。主要步骤包括儿童诊疗数据采集与整理、儿科诊疗知识建模与表示、儿科
诊疗知识获取和儿科诊疗知识图谱更新与管理。
3
图1儿科诊疗知识图谱构建整体技术框架
4.2儿科诊疗数据采集与整理
儿科诊疗数据主要来自儿科教材(如《儿科学》、《小儿内科学》、《小儿传染病学》
等)、儿科诊疗指南共识、儿科药品说明书和儿科患者(简称患儿)诊疗病历等。
数据采集:主要依靠人工收集、爬虫爬取、临床诊疗业务系统抽取等方式。
数据筛选:主要依据儿科教材的权威性、内容质量、覆盖度和受众面,儿科诊疗指南共
识的循证等级(如STAR评级等),儿科药品说明书的内容完整性,患儿诊疗病历的标准化
程度(包括患儿的标准化程度和诊疗数据的标准化程度)。
数据清洗:主要完成错误的修正和一些格式信息的删除。
数据管理:则需根据原始数据类型采用文件和数据库等形式进行存储与管理。
4.3儿科诊疗知识建模与表示
本体建模要求:需满足业务需求,并符合应用场景。确保实体、关系、属性、事件和推
理规则等的准确表示,并方便扩展和维护。
本体建模方法:考虑到儿科诊疗知识的专业性强、形式复杂等特点,宜采用自顶向下为
主,自底向上为辅的建模方式。由儿科临床医学和信息学资深专家共同配合制定。
本体建模流程:图2给出了儿科诊疗本体建模流程,图左侧是自顶向下建模方法,图
右侧是自底向上建模方法。从儿科诊疗业务需求出发,结合已有医学领域本体(如
UMLS、SNOMED-CT、OMAHA、ICD-10等),筛选符合需求的儿科诊疗概念,并进行
适当修改和补充,完成儿科诊疗概念构建。在儿科诊疗概念的基础上,建立概念的层次关
系,并进一步确定儿科诊疗实体属性、实体关系等的类型。根据儿科诊疗概念层次关系、
实体类型和关系类型等,确定事件、规则等的表示方式,形成儿科诊疗知识表示。在儿科
诊疗数据上对儿科诊疗实体、属性、关系、事件、推理规则等进行适当验证,如发现冲
突,则根据冲突情况,对儿科诊疗知识本体进行适当调整。经过多轮迭代,形成儿科诊疗
本体和知识表示。儿科诊疗知识表示参看团体标准《T/AII007-2023儿科诊疗知识表
4
示》。
图2儿科诊疗本体建模流程图
4.4儿科诊疗知识获取
知识获取要求:需根据知识表示,在合理事件内准确并全面地获取各种表现形式的实体、
关系、属性、事件和推理规则等各类知识,并方便扩展和维护。
获取方法:通常采用人机结合的方式,儿科专家负责各类知识的人工标注和校对,信息
学专家负责设计基于规则和基于机器学习的自动标注方法。
获取流程:图3给出了儿科知识获取流程,大致可以分为三大步、五小步。三大步包
括:儿科诊疗知识标注规范建立,术语标注以及实体、属性、关系、事件和规则等标注。两
个标注步骤均可以包含预标注和人工标注或校对两个小步骤。各步骤详细描述如下:
(a)儿科诊疗知识标注规范建立:依据儿科诊疗知识表示,结合儿科诊疗数据,开发
高效的标注系统,由临床领域专家和知识图谱技术专家共同指定标注规范,其中包括标注说
明和标注示例。儿科诊疗知识标注规范详情请参看附件1。标注系统需具备标注角色分级管
理功能和标注内容维护管理功能
(b)儿科诊疗术语标注:为提高儿科诊疗知识图谱构建效率,宜先对儿科诊疗术语进
行标注。以已有医学领域术语(如UMLS、SNOMED-CT、OMAHA、ICD-10等)为主要基
础,通过完全匹配,在儿科诊疗数据中查找出现过的医学领域术语作为儿科诊疗参考术语库。
临床专家参照而儿科诊疗知识标注规范,对儿科诊疗参考术语库进行人工审核和扩充,形成
儿科诊疗术语库。
(c)儿科诊疗实体、属性、关系、事件和规则标注:先根据儿科诊疗术语库,通过基
于匹配的方法对儿科诊疗数据进行实体、属性、关系、事件和规则等的预标注,儿科专家对
预标注进行人工审核,审核后加入儿科诊疗知识图谱。利用人工标注数据,采用多子任务管
道式抽取方式或多子任务联合抽取方式训练儿科诊疗知识抽取模型,用于儿科诊疗数据的机
器自动标注,随后经儿科专家人工校对后加入儿科诊疗知识图谱。这里的多个子任务包括儿
科诊疗实体和属性识别、儿科诊疗实体和属性标准化、儿科诊疗实体和属性及实体和实体关
系抽取、儿科诊疗事件抽取以及儿科诊疗规则抽取。在多子任务管道式抽取方式中,就儿科
诊疗实体和属性识别而言,通常采用判别式序列标注方法(如BERT+BiLSTM+CRF等);
就儿科诊疗实体和属性标准化而言,通常采用基于深度语义表示交互匹配方法(如
BERT+CNN+Ranking等);就儿科诊疗实体和属性识别及实体和实体关系抽取而言,通常
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采用基于分段深度语义表示的分类方法;就儿科诊疗事件抽取而言,通常采用将关系抽取任
务扩展为多关系联合抽取任务的方式;就规则抽取而言,通常采用基于不同遍历顺序的生成
方法。在联合抽取方式中,考虑到多个任务输出形式的多样性,一方面可以设计一个将多个
子任务管道式抽取方式中的每个子任务模型联合学习方法,也可以采用面向多个子任务的生
成式方法。
可通过用于评估多位标注员对相同数据进行标注时的一致性(Inter-RaterAgreement)的
指标(即Kappa值)对儿科诊疗知识人工标注质量进行评估,通常选一定数量具有代表性的
数据让2-3位专家同时进行标注,一般认为Kappa值大于0.75表示标注具有较好的一致性,
Kappa值小于0.4则表示一致性较差。对于每位专家的标注,根据其是否被标注者和审查者
标出构造如下表格:
表1Kappa值计算相关变量(以两位标注着为例)
标注员2标出标注员2未标出总计
标注员1标出푛11푛12푛1·=푛11+푛12
标注员1未标出푛21푛22푛2·=푛21+푛22
总计푛·1=푛11+푛21푛·2=푛12+푛22푛=푛·1+푛·2
根据表格计算相对观察一致性:
푛11+푛12
푝표=
푛11+푛12+푛21+푛22
计算偶然一致性的假设概率:
푛·1∗푛1·+푛·2∗푛2·(푛11+푛21)∗(푛11+푛12)+(푛12+푛22)∗(푛21+푛22)
푝푒=2=2
(푛11+푛12+푛21+푛22)(푛11+푛12+푛21+푛22)
则一致性得分为:
푝−푝1−푝
퐾푎푝푝푎=표푒=1−표
1−푝푒1−푝푒
模型标注质量使用精确率、召回率和F1指标评估,分别计算实体、属性、关系、事件
和规则等的。
精确率Precision:度量预测知识中正确的占比。
푇푃
푃푟푒푐푖푠푖표푛=
푇푃+퐹푃
푇푃——真阳性:模型预测并实际在人工标注中出现的对象数量。
퐹푃——假阳性:模型预测但没有在人工标注中出现的对象数量。
召回率Recall:度量预测知识对正确知识覆盖的程度。
푇푃
푅푒푐푎푙푙=
푇푃+퐹푁
퐹푁——假阴性:在人工标注中出现但模型没有预测出的对象数量。
F1指标F1-score:综合度量知识预测结果的精确性和完整性。
2푃푟푒푐푖푠푖표푛∗푅푒푐푎푙푙2∗푇푃
퐹1==2∗=
11
+푃푟푒푐푖푠푖표푛+푅푒푐푎푙푙2∗푇푃+퐹푃+퐹푁
푃푟푒푐푖푠푖표푛푅푒푐푎푙푙
6
图3儿科诊疗知识获取流程
4.5儿科诊疗知识更新与管理
儿科诊疗知识图谱存储:儿科诊疗知识图谱依据其结构采用关系数据库或图数据库存
储。存储的内容包括儿科诊疗术语、实体和属性、实体和属性关系、事件和规则等,它们之
间相互关联和引用。儿科诊疗术语库需存储团体标准《T/AII007-2023儿科诊疗知识表示》
所定义的各种对象的标准形式、类型和对应的ID;儿科诊疗实体和属性需要存储其数据来
源、在数据中的位置索引、实体/属性类型、对应的标准术语和自身ID;儿科诊疗实体和属
性关系需要存储其数据来源、关系类型、关系所连接的诊疗实体和属性对应的标准术语和自
身ID。儿科诊疗事件需要存储其数据来源、各组成部分在数据中的位置索引、各组成部分
的了类型、对应的标准术语和自身ID;儿科诊疗规则需存储其数据来源、条件组合对象、
关系组合对象、它们对应的标准术语和自身ID。为方便知识图谱更新,所有内容需存储构
建时间和版本信息。需要指出的是,考虑到儿科诊疗知识图谱存在组合对象,不能采用传统
的关系数据库和图数据库进行存储,应将原始图谱处理成关系数据库或图数据库所支持的格
式再存入。可采用数据库本身带有的显示功能对知识图谱进行显示,也可以有针对性地自研
图谱展示模块。
儿科诊疗知识图谱查询:通常包括两种查询方式,即数据库查询语句查询和自然语言查
询。前者根据儿科诊疗知识图谱存储数据库类型确定对应查询语句形式。如关系数据库则通
常采用SQL等语句进行查询,图数据库则通常采用SPARLQ等语句进行查询。自然语言查
询则需要构建自然语言到查询语句转换的模型或利用基于深度语义表示的知识库查询技术
来实现。
儿科诊疗知识图谱更新条件:在儿科诊疗数据来源(如儿科教材如《儿科学》、《小儿
内科学》、《小儿传染病学》等、儿科诊疗指南共识、儿科药品说明书和儿科患者诊疗病历
等)发生更新(如文件版本更新)时更新。
儿科诊疗知识图谱更新方法:从更新后的儿科诊疗数据中抽取出对应的诊疗实体、属性、
关系、事件和规则,并添加到原有的图谱中,新增实体和关系和原有实体关系具有不同的时
间和版本信息,查询时指定时间或版本信息,或默认查询最新版本的知识即可。
儿科诊疗知识图谱更新流程:采用4.4节所述方法从更新后的儿科诊疗数据来源中抽取
出各类新的儿科诊疗知识,并对原始儿科诊疗知识图谱进行更新.
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附件一:多层次、细粒度儿科医学知识表示和标注规范
多层次、细粒度儿科医学知识表示和标注规范
为更精细地表达医学知识,在《儿科医学知识表示和标注规范》的基础上对实体进行了
细化和扩展,并在常规知识图谱之外引入一新概念——对象。对象是实体和关系的基类,一
条三元组关系本身是对象,实体是对象,对象的组合还是对象。通过引入对象这一概念,实
现了“实体-关系-规则-事件”的统一表示。
实体层次内容链接
关系层次内容链接
本规范含有的实体类型及其层次如下表:
URL
数据类型数值
文本
疾病
临床所见体征
症状
频率
体位
空间方位
阶段
时间
年龄
指标检验项
不确定性
临床所见限定词:用
性质
限定词:如各类于限定临床所见实体
发展性
形容词和动词,类型
概念:所有实形态学修饰
用于修饰
体类型的基类批准文号
剂量
剂型
药物限定词:用于限药物本位码
定药物实体类型药物处方分类
给药途径
药品规格
包装规格
组织机构
物质药物制剂
生物形态结构
动物人
物理实体
植物
生物细菌
微生物病毒
真菌
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器械
文献资料
科室
能量
性别
活动
物理条件
就诊类型
手术
临床路径
操作检验
检查
其他
实体定义与示例如下:
1.数据类型(datatype)
定义:顶层概念,包含URL、文本、数值。
参考:UMLSDataType(C1609081)
(a)URL(uniformresourcelocator)
含义:描述统一资源定位符的数据类型。
示例:
参考:UMLSURLDataType(C3272380)
(b)数值(number)
含义:表示价值、数量或标识等数字的数据类型。
示例:16ml、10ml/10mg
参考:UMLSNumbers(C0237753)
(c)文本(text)
定义:描述由若干字符构成的数据(字符串)的数据类型。
示例:“HelloWorld”。
参考:UMLSText(C1527021)
2.临床所见(clinicalfinding)
定义:疾病诊治过程中,用以描述病人状态的概念集合,是关于患者(或研究对象)状
态的断言,包括发现、疾病、障碍、观察、评估、结论、推论等。
参考:SNOMEDCTClinicalfinding
(a)疾病(disease)
定义:机体在一定原因的损害性作用下,因自稳调节紊乱而发生的异常生命活动过
程。疾病是一定的原因造成的生命存在的一种状态,在这种状态下,人体的形态和
(或)功能发生一定的变化,正常的生命活动受到限制或破坏,或早或迟地表现出
可觉察的症状,这种状态的结局可以是康复(恢复正常)或长期残存,甚至导致死
亡。
参考:SNOMEDCTDisease(C0012634)、中华医学百科全书的概念
示例(连续实体):
①急性上呼吸道感染(upperrespiratorytractinfection,URTI,简称上感),是包括
鼻腔、咽或喉部急性炎症的总称,它不是一个疾病诊断,而是一组疾病的总称。
②维生素A缺乏症是指机体所有形式和任何程度的维生素A不足的表现。
③水痘最常见并发症为脓胞疮、丹毒、蜂窝组织炎,甚至由此导致脓毒症等。
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④急性肾小球肾炎(acuteglomerulonephritis,AGN):可分为:
Ⅰ.急性链球菌感染后肾小球肾炎(acutepoststreptococcalglomerulonephritis,
APSGN);Ⅱ.非链球菌感染后肾小球肾炎(non-poststreptococcal
glomerulonephritis)
(b)体征(sign)
定义:
医生在诊察患者时发现的迹象和现象等,如脉象变化、心脏杂音等,通常需要通过
一些检验检查发现。右下腹麦氏点反跳痛是诊断阑尾炎的阳性体征;角弓反张、颈
项强直是诊断破伤风的阳性体征。
参考:SNOMEDCTSign、中华医学百科全书的概念
示例文本1:
病毒性感染时白细胞计数正常或偏低,淋巴细胞比例升高;细菌性感染时,白细胞
总数和中性粒细胞比例增多,有核左移现象。
相关标注实体1:
白细胞计数正常
白细胞计数偏低
淋巴细胞比例升高
白细胞总数增多
中性粒细胞比例增多
核左移
示例文本2:
体检可见鼻腔黏膜充血、水肿、有分泌物,咽部轻度充血。
相关标注实体2:
鼻腔黏膜充血
鼻腔黏膜水肿
鼻腔黏膜有分泌物
咽部充血
咽部轻度充血
(c)症状(symptom)
定义:
病人自己向医生陈述(或是别人代述)的痛苦表现的类型,如头疼、腹痛、鼻塞、
恶心、呕吐等。
参考:SNOMEDCTSymptoms(C1457887)、中华医学百科全书的概念
示例:
消化性溃疡在新生儿期常表现为呕血、黑便。
示例文本:
急性病毒性喉炎多由鼻病毒、流感病毒、副流感病毒及腺病毒等引起。临床特征为声嘶、
发声困难、咳嗽时疼痛,常有发热、咽痛或咳嗽。体检可见喉部水肿、充血,局部淋巴
结轻度肿大和触痛,可闻及喉部的喘鸣音。
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相关标注实体(连续+非连续):
急性病毒性喉炎——疾病
声嘶——症状
发声困难——症状
咳嗽时疼痛——症状
发热——症状
咽痛——症状
咳嗽——症状
喉部水肿——体征
喉部充血——体征
局部淋巴结肿大——体征
局部淋巴结触痛——体征
喉部喘鸣音——体征
3.频率(frequency)
定义:某概念对象在一段时间内发生次数,如“3天一次”。
参考:SNOMEDCTFrequencies(timepattern)(C0439603)
示例:
首次使用前加凉开水,振摇,至60毫升刻度线。临用前摇匀口服。成人及12岁以上儿
童一次15-20毫升,一日3-4次。
4.体位(bodyposition)
定义:表示人的身体姿态的类型,如“躺卧”。
参考:SNOMEDCTBodyposition(C1262869)
5.空间(space)
定义:位置、地点等空间相关的类型,如:骨关节内、口周、踝关节入路,也表示地点
如“北京”。
参考:SNOMEDCTSpatialandrelationalconcepts(C0587374)
(a)方位(direction)
定义:特指上下左右内外,如“右侧”、“左侧”。
参考:SNOMEDCTDirection(C0449738)
6.时间(time)
定义:
事件发生的时间点或时间段。时间点不止是“xx年xx月xx日”,也可以用事件来标记,
如“饭后”。
参考:SNOMEDCTTime(C0040223)
(a)阶段(phase)
定义:一个可区分的部分,一系列事件或发展过程中的一个阶段,例如疾病过程中
的任何不同方面或阶段;一个周期的一部分。如“青年期”、“恢复期”。
参考:SNOMEDCTPhase(C0205390)
示例:
患者吸入含有百日咳鲍特菌的气溶胶后,百日咳鲍特菌吸附到呼吸道纤毛上皮细胞
并在细胞内进行增殖,经过一段时间的潜伏期后,进入典型百日咳的3个临床阶段:
卡他期、痉咳期和恢复期。
(b)年龄(age)
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定义:儿童年龄(段),如“3岁”,“3-5岁”。也可以扩展到成人年龄、动物年龄等。
参考:SNOMEDCTAge(C0001779)
示例:
2~3d后鼻涕变稠,常伴咽痛、流泪、味觉减退、呼吸不畅、声嘶等。
7.指标(index)
定义:一种用于将变量相互比较或与某个参考数字进行比较的数字刻度,如“血压”、“体
重”。
参考:UMLSIndex(C0918012)
(a)检验项(testitem)
定义:需要取人体组织并在在实验室环境下进行检验才能得到的指标,如“红细胞沉
降率”。
参考:UMLStestitems(C0871509)
其他均标注为“指标”。
8.不确定性(uncertainty)
定义:表示不确定性的修饰词,如“无”、“可能”、“大概”、“不”。
参考:SNOMEDCTUncertainty(C0087130)
9.性质(property)
定义:该属性用于指定正在观察或测量的固有质量、功能、配置或过程特征的类型,如
“恶性”、“良性”,“肥厚性”。
参考:SNOMEDCTProperty(qualifiervalue)(C1264636)
10.发展性(developmental)
定义:表示概念对象(多为临床所见)发展性的类型,如“急性”、“慢性”。
参考:SNOMEDCTDevelopmental(qualifiervalue)(C0458003)
11.形态学修饰(morphologicaldescriptors)
定义:表示生物形态结构特点的类型,如“溃疡”、“水肿”。
参考:SNOMEDCTMorphologicaldescriptors(C0456953)
12.批准文号(licensenumber)
定义:药物的国家批准文号,如“国药准字H20031342”。
参考:UMLSdruglicensingregulation(C0683690)
13.剂量(dosage)
定义:表示一次给药、服用或吸收的药剂(如物质或能量)量的类型,通常出现在指南
和药物说明书中。如“3ml/d”。
参考:SNOMEDCTDosage(C0178602)
示例:
首次使用前加凉开水,振摇,至60毫升刻度线。临用前摇匀口服。成人及12岁以上儿
童一次15-20毫升,一日3-4次。
14.剂型(doseform)
定义:表示药物制剂形态的类型,如“片”,“溶液”。
参考:SNOMEDCTBasicDoseForm(C4544372)
15.药物本位码(drugstandardcode)
定义:表示用于唯一标识按照药物注册管理办法批准上市的与特定生产企业、药物名称、
剂型、制剂规格等信息对应的药物编码。
参考:UMLSFDANationalDrugCode(C1708005)
示例:
13
必存的药物本位码是86901594000387。
16.药物处方分类(drugprescription)
定义:
指处方药与非处方药分类管理制度中的分类,这是国际上通行的一种药物管理模式,按
照药物的安全性和有效性依其品种、规格、适应症、剂量及给药途径不同,对药物分别
按出发要和非处方药进行管理的一种制度。
参考:SNOMEDCTDrugPrescriptions(C0033081)
17.给药途径(routeofdrugadministration)
定义:表示药物和人体接触作用的途径,如“口服”,“注射”。
参考:SNOMEDCTDrugAdministrationRoutes(C0013153)
18.药品规格(drugspecification)
定义:表示药品单位剂型中主药含量的类型,如“每片含纯阿司匹林25mg”。
参考:UMLSDrugProductSpecification(C4522171)
19.包装规格(packagespecification)
定义:表示药品的包装容量的类型,如“100mg/片”。
参考:SNOMEDCTPackageDosingUnit(C1704710)
20.组织机构(agencies)
定义:由人类形成的社会或法律组织,如中华医学会。
参考:SNOMEDCTAgencies(C0237463)
21.物质(material)
定义:一切生物以外的客观实体。药物是物质的子类。
参考:SNOMEDCTMaterials(C0520510)
(a)药物制剂(PharmaceuticalPreparations)
定义:用以治疗疾病的物质。
参考:SNOMEDCTPharmaceuticalPreparations(C0013227)
示例:
及时静脉输入抗菌药物,一般给予青霉素、大环内酯类或头孢菌素类等,严重者予
以2种以上抗生素。
示例:
本品主要成份为布洛芬,辅料为:聚乙二醇6000、鲜橙浊、苯甲酸钠、羧甲基纤维素钠、
聚山梨酯80、蔗糖。化学名称为2-(4-异丁基苯基)丙酸。
布洛芬标注为“药物制剂”。
22.生物形态结构(bodystructure)
定义:指生物从微观到宏观“细胞→组织→器官→系统→人体”的结构,如“心脏”、“肌肉”、
“淋巴细胞”、“口腔上皮组织”、“循环系统”。
参考:SNOMEDCTBodystructure(C1268086)
示例:
体检可见鼻腔黏膜充血、水肿、有分泌物,咽部轻度充血。
23.生物(organism)
定义:表示活着的生命个体,包括所有植物、动物和微生物。
参考:SNOMEDCTOrganism(C0029235)
(a)动物(animal)
定义:有膜细胞壁的活生物体,需要氧气和有机食物,能够自主运动,与植物和微
生物不同。
14
参考:SNOMEDCTAnimals(C0003062)
①人(persons)
定义:表示不同的人或人群,如“孕妇”、“婴儿”,或具体的某个人。
参考:SNOMEDCTPersons(C0027361)
示例1:多于夏季发作,儿童多见,偶见于成年人。
示例2:急性起病,以上呼吸道卡他症状、咽干、咽痒为临床表现,可合并发
热、头痛,咽炎患者可出现咽痒、咽痛。
(b)植物(plants)
定义:任何通常由无机物质合成食物的生物体,都有纤维素细胞壁,对刺激的反应
缓慢且往往是永久性的,缺乏专门的感觉器官和神经系统,也没有运动能力,如“树
木”、“草”。
参考:SNOMEDCTPlants(C0032098)
(c)微生物(microorganism)
定义:包括细菌、病毒、真菌等在内,涵盖了有益跟有害的众多种类的一类生物的
统称。
参考:SNOMEDCTMicroorganism(C0445623)
①细菌(bacteria)
定义:表示单细胞原核微生物的类型,主要由细胞壁、细胞膜、细胞质、核质
体等部分构成,有的细菌还有荚膜、鞭毛、菌毛等特殊结构,缺乏细胞核、细胞
骨架以及膜状胞器。细菌通过细胞分裂繁殖,并表现出三种主要形式:圆形或
球菌、杆状或细菌性,以及螺旋或螺旋体。绝大多数细菌的直径大小在0.5~5μ
m之间。
参考:SNOMEDCTBacteria(C0004611)、中华医学百科全书的概念
②真菌(funguses)
定义:表示一种真核生物的类型。在生物学分类上真菌属于藻菌植物中真菌超
纲。微生物中只有真菌具有真正的细胞核和完整的细胞器,故又称真核细胞型
微生物。最常见的真菌是各类蕈类,另外真菌也包括霉菌和酵母。
参考:SNOMEDCTFungi(C0016832)、中华医学百科全书的概念
③病毒(virus)
定义:表示病毒的类型。病毒(virus)是一种可以利用宿主细胞系统进行复制的微
小,无完整细胞结构的亚显微粒子。病毒不具细胞结构,无法独立生长和复制,
但病毒可以感染所有的具有细胞的生命体,具有遗传、复制等生命特征。
参考:SNOMEDCTVirus(C0042776)、中华医学百科全书的概念
24.器械(instrument)
定义:表示用于诊断、治疗或预防疾病的医疗器械,如“探针”、“CT”。
参考:SNOMEDCTClinicalinstrument(C5574858)
示例:
胃肠镜检查是一种能够对患者的胃部、食管以及十二指肠进行直接观察的诊断方式。
25.文献资料(document)
定义:一般为相关疾病的指南或药物说明书或病历的名字。
参考:SNOMEDCTDocuments(C1301746)
26.科室(hospitaldepartment)
定义:医院科室,如“妇科”、“急诊科”。
15
参考:SNOMEDCTHospitalDepartments(C0019961)
27.能量(energy)
定义:表示用于诊断、治疗或预防疾病的含有特殊能量的物质的类型。
示例:一般无需行X线检查,如需鉴别肺炎时可考虑。
28.性别(gender)
定义:包含人类的男性、女性等的类型。(“性别”不再单独标注)
参考:SNOMEDCTGender(C0079399)
29.活动(activity)
定义:包含“跑步”、“行走”等日常活动的类型。
参考:SNOMEDCTPhysicalactivity(C0026606)
30.物理条件(physicalcondition)
定义:包含温度、湿度和颜色等的类型。
参考:UMLSGeneralphysicalcondition(C1142435)
31.临床路径(clinicalpathway)
定义:指针对某一疾病或情况建立一套标准化治疗模式与程序,是一个有关临床治疗的
综合模式,以循证医学实践和指南为指导来促进治疗组织和疾病管理的方法。最终起到规范
医疗行为,减少变异,降低成本,提高质量的作用。通常用于标注组合类型或表达临床路径
的纯文本。
参考:UMLSClinicalPathway(C0282654)
32.就诊类型(visittype)
定义:指病人就医行为的类型,包括门诊、住院、急诊等。
33.操作(operation)
定义:泛指各种操作方法。
参考:UMLSOperationActivity(C3241922)
(a)手术(surgicaloperation)
定义:指医生用医疗器械对病人身体进行的切除、缝合等治疗的方式。
参考:SNOMEDCTOperativeSurgicalProcedures(C0543467)
示例:
①少数患者选择肝脏移植。
②对血红蛋白H病和中间型β地中海贫血,脾切除应在5~6岁以后施行并严格
掌握适应证。
(b)检查(examination)
定义:指通过医疗仪器设备证实患者具有某种疾病或出现某种症状而采取的检查手
段、过程或者检查项目,为临床诊断、治疗提供依据等。
参考:SNOMEDCTPhysicalExamination(C0031809)
示例:
M型超声心电图可以显示右心房、右心室增大及室间隔的矛盾运动。
(c)检验(laboratorytest)
定义:任何涉及在实验室环境中测试或操作血液、尿液或其他身体物质样本的程序,
如“血常规检查”。
参考:SNOMEDCTLaboratoryProcedures(C0022885)
示例1:
对新诊断的肾病患者需检测抗核抗体、抗-dsDNA抗体。
示例(非连续)1:
16
检测抗核抗体(标准名称:抗核抗体检查)
检测抗-dsDNA抗体(标准名称:抗ds-DNA抗体检查)
示例2:
根据病史、流行病学、鼻咽部的症状体征,结合外周血常规可做出临床诊断,一般
无需病因诊断。
手术、检验、检查以外的操作均标注为“操作”。
示例:
严重急性扁桃体炎、急性喉炎、急性会厌炎等出现呼吸困难的表现,存在窒息风险者:
保持呼吸道通畅:"吸氧、雾化吸入,减轻黏膜水肿。
以上红色实体全部标注为操作。
34.其他(others)
定义:任何不在以上对象类型中的均归类为“其他”。
对象:
所有对象(实体、组合、关系)都具有对象说明、标准名称、多媒体资料、标准ID四
个基本属性。对象说明是标注员用于补充说明该对象的文本,标准名称是该对象应该链接到
的唯一名称;标准ID是该对象链接到的标准对象ID;多媒体资料是为构建多模态知识图谱
所补充的图像、音频等信息,如咳嗽对象的多媒体资料可以是一段咳嗽音频的URL。
在标注系统中,实体是最底层的对象,除了对象基本属性外还具有实体类型和字符位置
两个额外属性。字符位置包含该对象在原始文本中的起始和终止字符位置对,非连续实体拥
有多个字符位置对。
在标注系统中,A与B的组合,写作“[A,B]”,表示将A与B作为一个整体,大多
数时候表示逻辑与关系。组合除对象基本属性还具有组合成员属性,一个组合的所有成员相
互之间没有顺序。
在标注系统中,二元关系用于连接两个对象。一个具体的(对象-关系-对象)三元组本
身也是一个对象,它除对象基本属性还具有头对象、尾对象、关系类型、核心对象四个额外
属性,其中头对象又称为关系的定义域,尾对象又成为关系的值域。当该关系与其他对象产
生联系时,其核心语义由核心对象表达。
对象可以嵌套,嵌套和分开表示是等价的(见示例5、示例6)。
对象在医学文本中的表达即是医学术语,对象是医学术语在计算机中的存储方式。
17
18
本规范含有的关系类型及其层次如下表:
子类
标准名称
基本信息标准ID
多媒体资料
知识来源
临床表现
发生原因
结果
评价
严重程度
健康评分
操作权重
发生位置
位置修饰
作用位置
发生时间
时间修饰持续时间
后发于
使用物理实体
使用/执行修饰
使用/执行方法
目标物质/生物
关系:所有关系成分
的基类有效成分
禁忌药物
药物/物质修饰
耐药对象
生产厂家
商品名
高发地区
修饰
流行于
发病率
传染病学修饰
死亡率
传播途径
潜伏期
易感人群
适用人群
人群修饰
禁忌人群
注意人群
注意症
适应症
症状修饰
禁忌症
不良反应
治疗方式
临床路径修饰
预防方式
19
诊断方式
发展为
执行
鉴别诊断
关系定义如下:
1.子类(subclass)
定义:描述两个类型之间的父类与子类之间的关系。所谓子类由某个类的对象实例集合
的子集所形成的类。前者称为该子类的父类。可用于表示疾病与疾病分型之间的关系等。
参考:SNOMEDCTSubclass(C0445604)、《计算机科学技术名词》(第三版)
定义
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