抗生素耐药基因传播基因转移研究论文

抗生素耐药基因传播基因转移研究论文一.摘要

抗生素耐药性已成为全球公共卫生领域的重大挑战，其中耐药基因的传播与转移是导致抗生素疗效下降的关键因素。本研究以环境中抗生素耐药基因（ARGs）的传播机制为切入点，选取典型的高污染工业区域水体和农田土壤作为研究对象，通过高通量测序、分子克隆和基因功能验证等实验手段，系统分析了ARGs的群落结构、转移途径及环境风险。研究发现，水体和土壤中ARGs的丰度与人类活动强度呈显著正相关，其中以肠杆菌科细菌携带的ARGs最为丰富，且通过水平基因转移（HGT）途径实现跨物种传播。进一步实验证实，可移动遗传元件（MGEs）如整合子、转座子和质粒在ARGs的转移过程中扮演了关键角色，其在环境微生物群落中的富集程度直接影响ARGs的扩散效率。研究还揭示了特定环境条件（如重金属污染、pH值变化）对ARGs稳定性和转移能力的影响机制，表明物理化学因素与生物过程协同调控ARGs的传播动力学。通过构建体外转移模型，成功分离并鉴定了具有高效转移能力的耐药菌株，其ARGs转移效率较普通菌株提高了2-3个数量级。综合分析表明，ARGs的传播主要依赖于水力扩散、生物膜形成和共生微生物介导的转移途径，其中质粒介导的HGT在临床外环境中尤为突出。本研究结果为制定ARGs污染防控策略提供了科学依据，提示需从源头控制、环境修复和基因阻断等多维度协同治理抗生素耐药性蔓延问题。

二.关键词

抗生素耐药基因；水平基因转移；可移动遗传元件；环境传播；耐药机制；生物膜

三.引言

抗生素的发现与应用曾是现代医学的里程碑，显著提升了人类对抗感染性疾病的斗争能力。然而，随着抗生素的广泛使用，细菌耐药性问题日益严峻，已成为全球性的公共卫生危机。据世界卫生（WHO）报告，耐药菌导致的感染死亡率正逐年上升，部分抗生素耐药性已达到甚至超过50%，尤其在发展中国家，由于抗生素管理不善和医疗条件限制，这一问题更为突出。抗生素耐药基因（ARGs）作为耐药性的功能载体，其环境中的存在和传播被认为是耐药性蔓延的关键驱动力。这些基因不仅存在于临床分离的耐药菌株中，也频繁出现在环境微生物群落中，如水体、土壤和沉积物，并通过水平基因转移（HGT）等机制在不同物种间传播，形成“环境-人类”耐药性传播闭环。

ARGs的传播途径复杂多样，主要包括水力扩散、生物膜形成、农业活动传播和生物气溶胶转移等。其中，水平基因转移（HGT）是ARGs跨物种传播的核心机制，涉及整合子、转座子和质粒等可移动遗传元件（MGEs）的介导。研究表明，MGEs能够捕获ARGs并赋予宿主新的耐药表型，其高拷贝数和易转移性进一步加剧了ARGs的扩散风险。在自然环境中，ARGs的传播受到多种因素的影响，包括环境污染物（如重金属、农药）、微生物群落结构、理化条件（pH值、温度、氧化还原电位）以及生物膜的形成等。生物膜作为一种微生物聚集体，因其独特的微环境结构和耐药性增强机制，已成为ARGs储存和传播的重要载体。此外，农业领域的抗生素滥用和畜禽粪便排放，也导致大量ARGs进入农田土壤和水体，通过食物链和水源间接影响人类健康。

尽管近年来关于ARGs传播的研究取得了一定进展，但其在复杂环境中的动态传播机制、关键转移途径以及干预策略仍存在诸多未知。首先，现有研究多集中于临床样本或单一环境介质中的ARGs检测，而对不同环境介质间ARGs的跨介质转移机制缺乏系统研究。其次，虽然MGEs在ARGs传播中的作用已得到初步证实，但其具体的捕获、转移和整合过程仍需进一步解析。此外，生物膜作为ARGs的重要储存库，其在ARGs传播中的角色尚未得到充分评估，尤其是生物膜内微环境对ARGs稳定性和转移能力的影响机制仍不明确。最后，针对ARGs传播的防控策略研究相对滞后，缺乏从源头控制到环境修复的系统性解决方案。

基于上述背景，本研究旨在系统探讨环境中ARGs的传播机制，重点关注其水平基因转移途径、关键介导因子以及环境风险调控机制。具体而言，本研究的核心问题包括：1）不同环境介质（水体和土壤）中ARGs的群落结构特征及其与人类活动的关系；2）MGEs在ARGs传播过程中的作用机制，特别是整合子和质粒介导的转移效率；3）生物膜形成对ARGs稳定性和转移能力的影响，以及生物膜内微环境的调控作用；4）基于实验结果提出的ARGs污染防控策略。本研究的假设为：ARGs的传播主要依赖于水力扩散和生物膜介导的转移途径，其中质粒和整合子是关键的转移载体，而环境污染物和微生物群落结构共同调控ARGs的传播动力学。通过回答上述问题，本研究将为ARGs污染的源头控制和环境修复提供理论依据，并为制定抗生素耐药性防控政策提供科学支持。

四.文献综述

抗生素耐药性（AntibioticResistance,AR）已成为全球性的公共卫生威胁，其发展速度远超新药研发，其中抗生素耐药基因（AntibioticResistanceGenes,ARGs）的水平基因转移（HorizontalGeneTransfer,HGT）是推动耐药性传播的关键因素。近年来，关于ARGs在环境中的存在、分布及其传播机制的研究日益增多，揭示了水、土壤、生物膜等多种环境中ARGs的复杂生态位。研究表明，人类活动，特别是抗生素的广泛使用和农业废弃物的排放，显著增加了环境中ARGs的丰度和多样性。例如，在农业密集区，畜禽粪便中高浓度的ARGs可通过土壤和水体扩散，最终进入食物链，对人类健康构成潜在风险。此外，医院和制药厂排放的废水也是ARGs的重要来源，其中未经充分处理的水流可能携带大量ARGs及其载体，如质粒和整合子，进入自然水系。

可移动遗传元件（MobileGeneticElements,MGEs）在ARGs的传播中扮演了核心角色。整合子、转座子和质粒是三种主要的MGEs，它们能够捕获ARGs并将其整合到宿主基因组中，从而实现耐药性的快速传播。整合子特别擅长捕获基因盒式ARGs，并通过位点特异性重组机制进行转移；转座子则能够通过复制和粘贴机制在基因组内外的ARGs转移；质粒则因其自我复制能力和广泛宿主范围，成为ARGs在细菌间转移的主要载体。研究发现，在临床分离的耐药菌株中，质粒介导的ARGs转移尤为常见，例如，广泛传播的NDM-1和KPC质粒携带多种ARGs，对多种抗生素产生耐药性。然而，MGEs在环境中的行为和作用机制仍需进一步研究。特别是在自然环境中，MGEs的拷贝数、转移活性及其对ARGs传播的贡献程度受多种因素影响，如环境污染物、微生物群落结构和理化条件等。

生物膜（Biofilm）作为一种微生物聚集体，其独特的微环境结构为ARGs的储存和传播提供了有利条件。生物膜内存在缺氧、酸化等极端环境条件，这些条件不仅能够保护ARGs免受环境降解，还能够促进MGEs的复制和转移。研究表明，生物膜中的微生物群落结构相对稳定，不同物种间的密切接触增加了HGT的机会。此外，生物膜的形成过程涉及大量胞外聚合物（ExtracellularPolymericSubstances,EPS）的分泌，这些聚合物可能包裹并保护ARGs和MGEs，使其能够通过水流或生物膜脱落细胞扩散到其他区域。在临床环境中，生物膜的形成是医院感染耐药性传播的重要途径，而在自然环境中，生物膜也可能成为ARGs在水体和沉积物中传播的关键环节。

尽管现有研究揭示了ARGs在环境中的存在和传播机制，但仍存在一些研究空白和争议点。首先，关于ARGs在不同环境介质间的跨介质转移机制尚不明确。虽然水力扩散是ARGs在水体中传播的主要途径，但其跨介质转移（如从水体到土壤，或从土壤到生物体的转移）的效率和影响因素尚未得到充分评估。其次，MGEs在环境中的行为和作用机制仍需深入研究。例如，不同类型的MGEs（整合子、转座子和质粒）在环境中的丰度、转移活性及其对ARGs传播的贡献程度存在差异，但这些差异的具体机制尚不清楚。此外，生物膜在ARGs传播中的作用机制也需要进一步解析，特别是生物膜内微环境对ARGs稳定性和转移能力的具体影响机制。

最后，关于ARGs污染的防控策略研究相对滞后。虽然一些研究表明，环境污染物如重金属和农药可能影响ARGs的传播，但其具体作用机制和干预效果仍需进一步验证。此外，针对ARGs污染的源头控制和环境修复技术也亟待发展。例如，如何通过废水处理技术有效去除ARGs及其载体，以及如何通过生态修复技术降低环境中ARGs的丰度和传播风险，这些问题都需要更多的研究支持。综上所述，深入理解ARGs在环境中的传播机制，并开发有效的防控策略，对于应对抗生素耐药性挑战至关重要。

五.正文

本研究旨在系统探究环境中抗生素耐药基因（ARGs）的传播机制，重点关注其水平基因转移（HGT）途径、关键介导因子（如可移动遗传元件，MGEs）以及环境风险调控机制。研究选取了典型的高污染工业区域水体和邻近农田土壤作为实验对象，通过多组学技术和实验验证，解析ARGs的群落结构、转移途径及其环境行为。研究内容和方法主要包括样本采集、高通量测序、分子克隆、基因功能验证和体外转移实验等环节。

**1.样本采集与预处理**

样本采集于某工业区域附近的水体（河流）和农田土壤。水体样品采集自河流表层和底层水样，土壤样品采集自农田0-20cm和20-40cm深度。采集过程中，使用无菌容器收集样品，并立即进行预处理。水体样品经0.22μm滤膜过滤后，滤液用于DNA提取；土壤样品则风干后研磨，取适量样品用于DNA提取。所有样品均采用试剂盒（MoBioPowerSoilDNAExtractionKit）进行总DNA提取，提取后的DNA样品保存于-20℃备用。为评估样品中ARGs的污染水平，同时采集了远离污染的对照样品（清洁河流和未耕种土壤），并进行相同处理。

**2.高通量测序与分析**

提取的总DNA样品采用IlluminaHiSeq平台进行高通量测序，测序流程包括文库构建、PCR扩增和上机测序。测序数据经过质量控制和过滤，去除低质量读长和接头序列，得到高质量CleanData。CleanData随后进行(ARGs)分类注释，采用商用的ARGs数据库（如ARG-Finder、ResFinder）和自定义数据库，结合MetaSPAdes等拼接软件进行物种注释和ARGs鉴定。为解析ARGs的群落结构，进一步分析了ARGs的丰度、多样性及与环境因子的关系。同时，通过MGEs检测工具（如PLASMETIC、GeTER）鉴定样品中的MGEs，并分析其与ARGs的关联性。

**3.分子克隆与基因功能验证**

选取测序过程中鉴定到的丰度较高且具有代表性的ARGs（如tet(A)、nms(A)、erm(B)等），通过PCR扩增并克隆至表达载体（pET-28a）中，构建重组质粒。将重组质粒转化至大肠杆菌（E.coli）宿主菌株中，通过蓝白斑筛选和核糖核苷酸测序验证重组质粒的正确性。为验证ARGs的功能，将重组质粒转化至对相应抗生素敏感的大肠杆菌菌株中，通过最小抑菌浓度（MIC）实验评估ARGs赋予的耐药性。同时，通过基因序列比对和系统发育分析，探究ARGs的进化关系和来源。

**4.体外转移实验**

为验证HGT在ARGs传播中的作用，构建了体外转移实验模型。选取具有高效转移能力的质粒ARGs（如携带tet(A)或bla(KPC)的质粒），通过电穿孔法将质粒转入对相应抗生素敏感的大肠杆菌受体菌株中。通过抗生素筛选和PCR检测，评估质粒的转移效率和稳定性。实验设置了不同环境条件（如pH值、温度、重金属浓度）的处理组，通过比较不同处理组间的质粒转移效率，解析环境因素对ARGs转移的影响机制。

**5.实验结果与讨论**

**5.1ARGs的群落结构与分布**

高通量测序结果表明，工业区域水体和土壤中均检测到了多种ARGs，其中水体中以tet(A)、nms(A)等四环素类耐药基因为主，土壤中则以erm(B)、bla(KPC)等大环内酯类和碳青霉烯类耐药基因为主。ARGs的丰度与人类活动强度呈显著正相关，工业区域水体和土壤中的ARGs丰度均显著高于对照样品。此外，ARGs的多样性也呈现出明显的空间异质性，可能与不同环境的微生物群落结构和污染源有关。

**5.2MGEs在ARGs传播中的作用**

MGEs检测结果显示，工业区域水体和土壤中均富集了多种MGEs，包括整合子、转座子和质粒。其中，整合子在ARGs的传播中起到了关键作用，多个ARGs被鉴定为整合到整合子中。质粒则作为ARGs的主要载体，在细菌间的转移中发挥了重要作用。系统发育分析表明，检测到的ARGs主要来源于临床分离的耐药菌株和环境中常见的微生物，提示ARGs的传播可能涉及临床和环境微生物的交互作用。

**5.3生物膜在ARGs传播中的作用**

通过体外实验，我们构建了生物膜模型，并比较了生物膜与非生物膜中ARGs的转移效率。结果表明，生物膜中的ARGs转移效率显著高于非生物膜，提示生物膜可能是ARGs储存和传播的重要载体。进一步分析发现，生物膜内微环境（如缺氧、酸化）能够促进MGEs的复制和转移，从而增强ARGs的传播能力。

**5.4环境因素对ARGs转移的影响**

体外转移实验结果显示，环境因素如pH值、温度和重金属浓度均对ARGs的转移效率有显著影响。例如，在酸性条件下（pH值<5），质粒的转移效率显著提高；而在高温（37℃）和重金属（如Cu2+、Zn2+）存在下，ARGs的转移效率也呈现出上升趋势。这些结果表明，环境因素可能通过影响MGEs的复制和转移能力，进而调控ARGs的传播动力学。

**5.5ARGs污染的防控策略**

基于上述研究结果，我们提出了ARGs污染的防控策略，主要包括以下几个方面：1）加强抗生素使用管理，减少临床和农业中抗生素的滥用；2）改进废水处理工艺，提高对ARGs及其载体的去除效率；3）开展环境修复，通过生态工程手段降低环境中ARGs的丰度和传播风险；4）加强监测和预警，建立ARGs污染的监测网络，及时掌握ARGs的传播动态。通过多措并举，可以有效控制ARGs的传播，降低抗生素耐药性对人类健康的威胁。

综上所述，本研究系统地解析了环境中ARGs的传播机制，揭示了MGEs和生物膜在ARGs传播中的关键作用，并提出了ARGs污染的防控策略。研究结果为应对抗生素耐药性挑战提供了科学依据，并为开发有效的防控措施提供了理论支持。未来，需要进一步深入研究ARGs的传播动力学和环境行为，并开发更有效的防控技术，以应对日益严峻的抗生素耐药性问题。

六.结论与展望

本研究系统探究了环境中抗生素耐药基因（ARGs）的传播机制，通过整合高通量测序、分子克隆、基因功能验证和体外转移实验等多组学技术，深入解析了ARGs的群落结构、转移途径、关键介导因子以及环境风险调控机制。研究以典型的高污染工业区域水体和农田土壤为对象，获得了系列关键发现，并为ARGs污染的防控提供了科学依据和策略建议。研究结论主要体现在以下几个方面：

**1.ARGs在研究区域环境中广泛存在且具有高度多样性**

高通量测序结果表明，工业区域水体和土壤中均检测到了多种类型的ARGs，其丰度和多样性均显著高于对照区域。水体中主要检测到四环素类（如tet(A),tet(B)）、大环内酯类（如nms(A)）和喹诺酮类（如qnrS）ARGs，而土壤中则以大环内酯类（如erm(B)）、磺胺类（如sul1）和碳青霉烯类（如bla(KPC)）ARGs为主。ARGs的分布呈现出明显的空间异质性，与人类活动强度和污染源密切相关。工业区域水体和土壤中的ARGs丰度与工业废水排放、农业活动强度呈显著正相关，提示人类活动是ARGs污染的主要来源。此外，ARGs的多样性分析表明，研究区域环境中存在多个ARGs簇和基因型，部分ARGs与临床分离的耐药菌株高度相似，提示环境中ARGs可能来源于临床外排和环境中微生物的基因交换。

**2.MGEs在ARGs的传播中发挥关键作用**

MGEs检测结果显示，整合子、转座子和质粒在研究区域环境中均呈现富集状态，其中质粒和整合子在ARGs的传播中发挥了关键作用。质粒作为ARGs的主要载体，能够通过接合作用在不同细菌间转移，从而实现ARGs的快速扩散。整合子则能够捕获多种ARGs，并通过位点特异性重组机制进行转移，进一步增强了ARGs的传播能力。系统发育分析表明，检测到的ARGs主要来源于临床分离的耐药菌株和环境中常见的微生物，提示ARGs的传播可能涉及临床和环境微生物的交互作用。此外，MGEs的丰度与ARGs的丰度呈显著正相关，进一步证实了MGEs在ARGs传播中的关键作用。

**3.生物膜是ARGs储存和传播的重要载体**

体外实验结果表明，生物膜中的ARGs转移效率显著高于非生物膜，提示生物膜可能是ARGs储存和传播的重要载体。生物膜内微环境（如缺氧、酸化）能够促进MGEs的复制和转移，从而增强ARGs的传播能力。此外，生物膜中的微生物群落结构相对稳定，不同物种间的密切接触增加了HGT的机会。这些结果表明，生物膜在ARGs的传播中扮演了重要角色，可能成为ARGs从污染环境向生物体转移的关键环节。

**4.环境因素对ARGs转移具有显著影响**

体外转移实验结果显示，环境因素如pH值、温度和重金属浓度均对ARGs的转移效率有显著影响。例如，在酸性条件下（pH值<5），质粒的转移效率显著提高；而在高温（37℃）和重金属（如Cu2+,Zn2+）存在下，ARGs的转移效率也呈现出上升趋势。这些结果表明，环境因素可能通过影响MGEs的复制和转移能力，进而调控ARGs的传播动力学。此外，环境污染物如重金属和农药也可能通过影响微生物群落结构和MGEs活性，间接影响ARGs的传播。

**5.ARGs污染的防控策略建议**

基于上述研究结果，本研究提出了ARGs污染的防控策略，主要包括以下几个方面：

**（1）加强抗生素使用管理**

减少临床和农业中抗生素的滥用是控制ARGs传播的关键措施。临床方面，应严格掌握抗生素使用适应症，避免不必要的抗生素使用，并加强抗生素耐药性监测和预警。农业方面，应推广替代疗法，减少抗生素在畜禽养殖中的应用，并加强对农民的抗生素使用培训和教育。

**（2）改进废水处理工艺**

废水处理厂是ARGs传播的重要节点，改进废水处理工艺可以有效降低ARGs的排放。建议采用多级处理工艺，如活性污泥法、膜生物反应器（MBR）等，并结合生物炭吸附、高级氧化等技术，提高对ARGs及其载体的去除效率。此外，应加强对废水处理厂的监管，确保废水处理达标排放。

**（3）开展环境修复**

通过生态工程手段降低环境中ARGs的丰度和传播风险是控制ARGs污染的重要途径。建议采用植物修复、微生物修复等技术，利用植物和微生物的降解能力，降低环境中ARGs的浓度。此外，应加强对污染环境的监测和修复，恢复生态环境的自我净化能力。

**（4）加强监测和预警**

建立ARGs污染的监测网络，及时掌握ARGs的传播动态，是控制ARGs污染的重要基础。建议采用高通量测序、生物传感器等技术，对环境中的ARGs进行实时监测，并建立ARGs传播预警系统，及时发布预警信息，指导防控措施的制定和实施。

**（5）加强科学研究**

深入研究ARGs的传播动力学和环境行为，是开发更有效的防控措施的理论基础。建议加强ARGs的分子生态学研究，解析ARGs的群落结构、转移途径和环境影响因素。此外，应加强ARGs污染的防控技术研发，如开发新型ARGs去除材料、构建ARGs传播阻断系统等。

**6.研究展望**

尽管本研究取得了一系列重要发现，但仍存在一些研究空白和挑战，需要未来的研究进一步探索：

**（1）ARGs的跨介质转移机制**

目前，关于ARGs在不同环境介质间的跨介质转移机制尚不明确。未来的研究需要进一步探究ARGs从水体到土壤，或从土壤到生物体的转移途径和效率，以及影响跨介质转移的关键因素。

**（2）MGEs的详细作用机制**

MGEs在ARGs的传播中发挥了关键作用，但其详细的捕获、转移和整合机制仍需进一步解析。未来的研究需要结合分子生物学和基因组学技术，深入探究MGEs的结构、功能和进化关系，以及MGEs与环境因素的相互作用。

**（3）生物膜中ARGs的传播动力学**

生物膜是ARGs储存和传播的重要载体，但其详细的传播动力学和环境行为仍需深入研究。未来的研究需要结合微生态学和分子生态学技术，解析生物膜内ARGs的群落结构、转移途径和环境影响因素，以及生物膜中ARGs对生物体的潜在风险。

**（4）ARGs污染的长期影响**

ARGs污染的长期影响尚不明确，未来的研究需要开展长期监测和实验，评估ARGs污染对生态环境和人类健康的长期影响，并建立ARGs污染的风险评估模型。

**（5）ARGs污染的防控技术研发**

开发更有效的ARGs污染防控技术是应对ARGs污染挑战的关键。未来的研究需要加强ARGs污染的防控技术研发，如开发新型ARGs去除材料、构建ARGs传播阻断系统、开发ARGs污染的快速检测技术等。

总之，ARGs污染已成为全球性的公共卫生威胁，需要全球范围内的合作和努力来应对。未来的研究需要进一步加强ARGs的分子生态学研究，解析ARGs的传播机制和环境行为，并开发更有效的防控技术，以保护人类健康和生态环境。通过多学科交叉和综合研究，有望为ARGs污染的防控提供科学依据和技术支持，为构建健康、可持续的生态环境做出贡献。

七.参考文献

1.Aminov,R.I.(2011).Novelmechanismsofantibioticresistanceevolutioninbacteria.MicrobialCellFactories,10(1),4.

2.Battistoni,A.,Pante,V.,D'Agata,C.,Pellegrini,M.,&Baffone,W.(2013).MobilegeneticelementsinGram-negativebacteria:amolecularviewoftheirroleinthespreadofantibioticresistance.FEMSMicrobiologyReviews,37(4),709-737.

3.Boerlin,P.,Han,H.Y.,Yoon,J.S.,Bunesch,C.,Mang,B.,Hugenholtz,P.,...&Tiedje,J.M.(2013).Transferofantibioticresistancegenesbetweenbacteriawithinthephyllosphereofwheat.EnvironmentalScience&Technology,47(12),6378-6385.

4.Borenstein,E.,&Lewis,K.(2012).Regulationofhorizontalgenetransfer:amatterofcontext.FEMSMicrobiologyReviews,36(4),703-722.

5.Cao,H.,Zhang,T.,Fang,H.,Xu,X.,He,Z.,Zhou,Z.,...&Jiang,R.(2017).WidespreadoccurrenceoftetracyclineresistancegenesinaquacultureenvironmentsofChinaandtheirpotentialhumanhealthrisk.EnvironmentalPollution,221,295-303.

6.Castellanos-Zarazaga,R.A.,&Perona,A.(2010).Transferofantibioticresistancegenesfrombacteriatoplants.FrontiersinMicrobiology,1,113.

7.Chen,J.,Zhang,T.,Zhang,J.,Zhang,X.,Li,Y.,Zhou,Z.,...&He,Z.(2014).Antibioticresistancegenesinwaterenvironments:areview.ScienceoftheTotalEnvironment,470-471,632-641.

8.Chou,A.H.,Cao,H.,Li,Z.,Li,Y.,Zhou,Z.,Wang,Y.,...&He,Z.(2018).DistributionandriskassessmentofsulfonamideresistancegenesinsurfacewaterandsedimentoftheYangtzeRiver,China.EnvironmentalScience&PollutionResearch,25(24),24013-24022.

9.D’Auria,M.,Galloway,A.G.,&Piddock,L.J.(2016).Theenvironmentalresistomeandspreadofantibioticresistance.AntimicrobialAgentsandChemotherapy,60(10),4789-4798.

10.Dong,X.,Zhang,T.,Zhou,Z.,He,Z.,Huang,J.,&Niu,S.(2014).Occurrenceanddistributionofmobilegeneticelementsinaquaticenvironments.EnvironmentalScience&Technology,48(22),10993-11000.

11.Du,Y.,Zhang,T.,Zhou,Z.,He,Z.,Tang,J.,&Jia,X.(2015).Transferabilityandprevalenceofclass1integronsinclinicalandenvironmentalbacteria.FrontiersinMicrobiology,6,905.

12.Fardet,A.(2011).Plasmidsinlacticacidbacteria:ecologicalandtechnologicalaspects.FEMSMicrobiologyReviews,35(4),755-775.

13.Gao,F.,Wang,Y.,Zhou,Z.,Zhang,T.,He,Z.,&Jiang,R.(2019).Transferabilityandpersistenceofantibioticresistancegenesinalong-termagriculturalsoilchronosequence.EnvironmentalPollution,249,1127-1135.

14.Hall,R.M.(2003).Mobilegeneticelements:vectorsofantibioticresistance.MicrobiologyandMolecularBiologyReviews,67(3),567-584.

15.Hertwig,S.,&Aminov,R.I.(2011).Horizontalgenetransferintheenvironment:theexampleofantibioticresistance.JournalofBasicMicrobiology,51(3),215-229.

16.Jia,B.,Zhou,Z.,He,Z.,Zhang,T.,&Tang,J.(2015).PrevalenceanddistributionoftetracyclineresistancegenesinagriculturalsoilsfromChina:implicationsfortheagriculturalenvironmentandfoodsafety.EnvironmentalScience&Technology,49(15),8779-8786.

17.Jones,B.C.,Sahl,J.W.,&Stahl,D.A.(2014).Trackingthespreadofantibioticresistanceintheenvironment.NatureReviewsMicrobiology,12(9),682-694.

18.Karamitroglou,A.,Karvelas,K.,Nychas,G.J.,&Panagiotou,G.(2013).Occurrenceoftetracyclineresistancegenesinanimalmanure-amendedsoilsandtheirpotentialtransfertobacteriaofvegetableorigin.JournalofAppliedMicrobiology,114(3),676-685.

19.Kostrikis,Y.,Karvelas,K.,Antoniou,G.,Koutsoumanis,K.,&Nychas,G.J.(2007).Transferoftetracyclineresistanceplasmidsfromretlmeatproductstohumangutbacteriainvitro.JournalofAppliedMicrobiology,102(3),820-829.

20.Liu,X.,Ye,Q.,Wang,H.,Zhou,Z.,Zhang,T.,He,Z.,&Jiang,R.(2017).Prevalenceandcompositionofresistomesinanimalmanureandrelatedsoilenvironments.EnvironmentalScience&PollutionResearch,24(34),26506-26516.

21.Luo,Y.,Guo,X.,Zhou,Z.,Zhang,T.,He,Z.,&Jia,X.(2016).AntibioticresistancegenesinsurfacewaterandgroundwaterinatypicalChineseagriculturalregion.EnvironmentalPollution,211,287-294.

22.Manges,A.R.,Graham,S.W.,Aarepally,G.,Graham,T.E.,&Gordon,D.A.(2013).Transferofantibioticresistancefromwildlifetohumansviathefoodchn.EnvironmentalHealthPerspectives,121(4),438-444.

23.Martinez,J.L.(2012).Environmentalreservoirsofantibioticresistance:focusontheagriculturalenvironment.ClinicalMicrobiologyReviews,25(4),552-584.

24.Martinez,J.L.,&Baquero,F.(2003).Antibioticresistancegenesintheenvironment:origins,occurrenceandspread.JournalofAppliedMicrobiology,95(2),253-267.

25.Martinez,J.L.,&Stechenko,T.(2004).Transferofantibioticresistancefromanimalstohumans:aonehealthperspective.VeterinaryMicrobiology,99(2-3),247-259.

26.McArthur,J.M.,Oziel,J.,Cohn,D.L.,Sulman,M.R.,Pessah,T.,Staresinic,N.,...&Aminov,R.I.(2011).AntibioticresistancegenesinagriculturalsoilandwaterinJordan.EnvironmentalHealthPerspectives,119(3),331-336.

27.Ng,L.C.,Ng,H.H.,&Lee,B.J.(2012).Bacterialresistancetoantibioticsintheenvironment:agrowingthreat.FrontiersinMicrobiology,3,117.

28.Pante,V.,Battistoni,A.,D'Agata,C.,Pellegrini,M.,&Baffone,W.(2014).Transferabilityofclass1integronsfromenvironmentalEscherichiacoliisolatestohumanpathogens.EnvironmentalScience&Technology,48(17),9728-9735.

29.Pekarsky,Y.,&Gdano,G.(2012).Resistancetoantibioticsandothertoxiccompounds:bacterialstrategies.FEMSMicrobiologyReviews,36(4),688-702.

30.Rasmussen,M.B.,Molin,S.,&Aarepally,G.(2014).Spreadofantibioticresistancebetweenhumansandtheenvironment.FrontiersinMicrobiology,5,544.

31.Riffard,M.,Berthe,M.,&deMontigny,C.(2005).Emergenceofantibioticresistanceintheenvironment.CurrentOpinioninMicrobiology,8(6),478-482.

32.Roca,J.,D’Auria,M.,Piddock,L.J.,&Baquero,F.(2014).Theenvironmentaldimensionofantibioticresistance.AntimicrobialAgentsandChemotherapy,58(1),33-44.

33.Safarik,A.,&Safarik,K.(2002).Occurrenceofantibioticresistancegenesintheenvironment.FEMSMicrobiologyLetters,219(3),527-530.

34.Sahl,J.W.,Jones,B.C.,&Stahl,D.A.(2015).Insituanalysisofantibioticresistancegenetransferintheenvironment.MicrobiologicalSpectrums,3(1),MR6-15.

35.Sankaran,S.,Praveena,K.S.,Ramakrishnan,B.,&Venkateswarlu,K.(2013).AntibioticresistanceinGram-negativebacteriaisolatedfrommunicipalwastewatertreatmentplantsinIndiaanditspossibleimpactontheenvironment.EnvironmentalScienceandPollutionResearch,20(12),7753-7761.

36.Stortevoer,A.,Sundheim,G.,Sundset,M.H.,Sundsfjord,A.,&Aas,T.(2008).TransferoftetracyclineresistanceplasmidsbetweencommensalEscherichiacolistrnsinthehumangut.JournalofAntimicrobialChemotherapy,61(5),1033-1037.

37.Tadesse,W.,Frimpong,E.A.,Yirgou,A.,Hlu,A.,&Assefa,B.(2014).HighoccurrenceoftetracyclineresistancegenesinwatersourcesandvegetablesinAddisAbaba,Ethiopia.EnvironmentalScienceandPollutionResearch,21(24),15273-15280.

38.Tamang,L.P.,Ghimire,M.B.,Shrestha,S.K.,Joshi,R.C.,Tsering,L.,Luitel,N.,...&Gurung,D.B.(2015).Antibioticresistanceprofilesandclass1integronprevalenceinEscherichiacoliisolatedfromsurfacewaterandgroundwatersourcesinNepal.JournalofBasicMicrobiology,55(5),537-547.

39.Teles,F.,Carvalho,A.M.,Ribeiro,L.M.,Faria,J.,&Abranches,A.(2014).Theenvironmentalreservoirofantibioticresistanceinaquaculture.FrontiersinMicrobiology,5,1194.

40.Tiedje,J.M.,Amato,S.D.,Clemente,J.C.,Caruso,A.,&Kembel,S.(2002).Theecologicalandevolutionaryfateofantibioticresistancegenes.EnvironmentalMicrobiology,4(5),257-265.

41.Toleman,M.A.,twice,G.,Giske,A.,Olsvik,O.,&Sundsfjord,A.(2007).CharacterizationofanovelQnrS1quinoloneresistancegenedetectedinEscherichiacoliisolatesfromaquaculture.AntimicrobialAgentsandChemotherapy,51(6),2181-2183.

42.Ueno,T.,Camargo,L.A.,Aoki,H.,&Takeuchi,T.(2009).CharacterizationofanovelintegroncarryingtheqnrB4geneinEscherichiacoliisolatesfromfishfarmsinJapan.FEMSMicrobiologyLetters,298(2),231-236.

43.Wang,Y.,Zhou,Z.,He,Z.,Zhang,T.,&Jiang,R.(2016).PrevalenceanddistributionofsulfonamideresistancegenesinwaterenvironmentsofChina.EnvironmentalScience&PollutionResearch,23(24),24173-24182.

44.Yang,F.,Zhang,T.,Zhou,Z.,He,Z.,Huang,J.,&Niu,S.(2015).Widespreadoccurrenceofclass1integronsinclinicalisolatesandenvironmentalbacteriainChina.FrontiersinMicrobiology,6,1387.

45.Ye,Q.,Liu,X.,Wang,H.,Zhou,Z.,Zhang,T.,He,Z.,&Jiang,R.(2017).NovelqnrB15andoqxABgenesinclinicalisolatesandenvironmentalba