CN119403569A 使用交变电场和CRISPR-Cas系统治疗病症和疾病的系统和方法 （诺沃库勒有限责任公司）

2024.12.20PCT/IB2023/0562752023.06.16WO2023/248085EN2023.12.28使用交变电场和CRISPR-Cas系统治疗病症公开了用于在受试者中诱导细胞凋亡以及场的施加和成簇规律间隔短回文重复序列2至少一对换能器阵列，用于在将所述换能器阵列施加于至少一种细胞和/或将所述换2.根据权利要求1所述的方法，其中所述CRISPR相关核酸内切酶选自Cas3、Cas9、4.根据权利要求3所述的试剂盒，其中所述靶DNA序列是肿(BRCA1)、乳腺癌2蛋白(BRCA2)、BRCA2的伴侣和定位子(PALB2)、结节性硬化症复合物15.根据权利要求3所述的试剂盒，其中所述靶DNA序列是功能基因突变的肿瘤学获得，36.根据权利要求3所述的试剂盒，其中所述靶DN(HSV)、人疱疹病毒8(HHV_8)、人嗜T淋巴细胞病毒_1(HTLV_1)、梅克尔细胞多瘤病毒7.根据权利要求1至6中任一项所述的试剂盒，其中所述CRISPR_Cas系统呈由sgRNA和8.根据权利要求1至7中任一项所述的试剂盒，其9.根据权利要求1至8中任一项所述的试剂盒，其中13.根据权利要求1至12中任一项所述的试剂盒，其中所述sgRNA和CRISPR相关核酸内14.根据权利要求1至13中任一项所述的试剂盒，其中所述sgRNA和编码CRISPR相关核酸内切酶的基因中的至少一者经修饰以包括细胞穿透肽序列。15.根据权利要求1至14中任一项所述的试剂盒，其中所述sgRNA和CRISPR相关核酸内16.根据权利要求1至15中任一项所述的试剂盒，其中所述交变电场被配置为以约17.根据权利要求1至16中任一项所述的试剂盒，其中所述交变电场被配置为以至少18.根据权利要求1至17中任一项所述的试剂盒，还包括至少一种装置和/或至少一种19.用于权利要求21至60中任一项所述的方法的成簇规律间隔短回文重复序列420.成簇规律间隔短回文重复序列(CRISPR)相关蛋白(CRISPR_Cas)系统在根据权利要(1)向所述至少一种细胞施加交变电场持续一段时间，其中所述交变电场的施加下调(2)将所述至少一种细胞暴露于成簇规律间隔短回文重复序列(CRISPR)相关蛋白22.根据权利要求21所述的方法，其中所述CRISPR相关核酸内切酶选自Cas3、Cas9、23.根据权利要求21或22所述的方法，其中所述24.根据权利要求23所述的方法，其中所述靶DNA序列针对选自以下的基因中的突变：25.根据权利要求23所述的方法，其中所26.根据权利要求21至25中任一项所述的方法，其中所述CRIS27.根据权利要求21至26中任一项所述的方法，其中所述CRISPR_Cas系统的至少一种28.根据权利要求21至27中任一项所述的方法，其中所述CRISPR_Cas系统的至少一种530.根据权利要求21至29中任一项所述的方法，其中所述CRISPR_Cas系统的至少一种31.根据权利要求21至30中任一项所述的方法，其中所述CRISPR_Cas系统的至少一种32.根据权利要求21至31中任一项所述的方法，其中所述s酶或编码其的基因通过不同的递送载体施用。33.根据权利要求21至32中任一项所述的方法，其中所34.根据权利要求21至33中任一项所述的方法，其中所述s35.根据权利要求21至34中任一项所述的方法，其中所述交变电场以约100kHz至约36.根据权利要求21至35中任一项所述的方法37.根据权利要求21至36中任一项所述的方法，其中所述至少一种细胞是生物组织的一部分，并且其中所述方法还包括检查所述生物组织的样品并鉴定所述样品中的所述靶(1)向所述受试者的至少一部分施加交变电场持续一段时间，其中所述交变电场的施(2)向所述受试者施用成簇规律间隔短回文重复序列(CRISPR)相关蛋白(CRISPR_Cas)39.根据权利要求38所述的方法，其中所述CRISPR相关核酸内切酶选自Cas3、Cas9、642.根据权利要求41所述的方法，其中所述靶DNA序列是肿(BRCA1)、乳腺癌2蛋白(BRCA2)、BRCA2的伴侣和定位子(PALB2)、结节性硬化症复合物143.根据权利要求41所述的方法，其中所述靶DNA序列是功能基因突变的肿瘤学获得，44.根据权利要求41所述的方法，其中所述靶DNA序列(HSV)、人疱疹病毒8(HHV_8)、人嗜T淋巴细胞病毒_1(HTLV_1)、梅克尔细胞多瘤病毒45.根据权利要求38至44中任一项所述的方法，其中所述CRISPR_Ca46.根据权利要求38至45中任一项所述的方法，其中所述CRISPR_Cas系统的至少一种747.根据权利要求38至46中任一项所述的方法，其中所述CRISPR_Cas系统的至少一种49.根据权利要求38至48中任一项所述的方法，其中所述CRISPR_Cas系统的至少一种50.根据权利要求38至49中任一项所述的方法，其中所述CRISPR_Cas系统的至少一种51.根据权利要求38至50中任一项所述的方法，其中所述s酶或编码其的基因通过不同递送方法施用。52.根据权利要求38至51中任一项所述的方法，其中所53.根据权利要求38至52中任一项所述的方法，其中所述s54.根据权利要求38至53中任一项所述的方法，其中所述交变电场之后约24小时至约48小时施55.根据权利要求38至54中任一项所述的方法，其中施加所述交变电场的所述一段时56.根据权利要求38至55中任一项所述的方法，其中57.根据权利要求38至56中任一项所述的方法，其中所述交变电场以约100kHz至约58.根据权利要求38至57中任一项所述的方法60.根据权利要求38至59中任一项所述的方法，其中所述方法还包括检查来自所述受试者的样品并鉴定所述样品中的所述靶DNA8使用交变电场和CRISPR_Cas系统治疗病症细胞瘤(GBM)，并且可以例如通过OPTUNES系统(泽西岛圣赫利尔的Novocure有限公司上的换能器阵列。些电极通过一层导电医用凝胶耦合到受试者的皮肤(例如但不限于用于治疗GBM的受试者[0007]已经表明TTFields延迟DNA损伤修复机制，特别是负责修复双链因和蛋白表达下调(Giladi等人(2017)RadiationOncology,12(1):206；Karanam等人(2017)CellDeathDis,8(3):e2711；Mumblat等人(2021)InternationalJournalofRadiationOncology,Biology,Phy[0008]成簇规律间隔短回文重复序列CRISPR相关核酸酶蛋白(称为CRISPR_Cas9)是一种CRISPR_Cas9的工作机制是通过识别具有针对关注的特定序列的单向导RNA的DNA元件，然9复机制(Richardson等人(2018)NatureGeneti[0010]在通过示例性语言和结果详细解释发明构思的至少一个于本领域技术人员显而易见的所有这些类似的替换和修改被认为是在由所附权利要求限等)的使用仅用于区分两个或更多个项的目的，并不意味着暗示例如一个项相对于另一项一定都指相同的实施例。此外，对一个或多个实施例或示例的所有引用应被解释为对权利要求而言是非限制性的。 元件或方法步骤。领域技术人员将理解，通常对任何组合中的项或术语的数量没有限制，除非从上下文中显而易见。列所指定的位点的双链断裂处产生平端。CRISPR相关核酸内切酶需要crRNA和tracrRNA二已经患有特定病症/疾病/感染的个体以及处于获得特定病症/疾病/感染的风险中的个体通技术人员基于本文提供的信息使用常规实[0033]现在转向本发明概念，提供了用于诱导细胞凋亡和/或治疗或减少受试者中至少电场(例如但不限于TTFields)延迟DNA损伤修复机制，特别是负责修复双链DNA断裂的机列)中有效诱导细胞凋亡的能力为患者提供了一种治疗选择，与全身性疗法例如(但不限细胞中的至少一种DNA损伤修复途径。至少一种细胞还暴露于成簇规律间隔短回文重复序少一种细胞中的靶DNA序列杂交的向导序列；以及(ii)CRISPR相关核酸内切酶或编码其的交变电场的施加下调受试者的至少一部分中的至少一种DNA损伤修复途径。还向受试者施[0037]根据本发明，可用于产生交变电场的任何类型的导电或非导电电极和/或换能器第US2019/0307781号和第US2019/0308[0041]可以施加交变电场持续足以下调细胞/受试者的至少一部分中的至少一种DNA损NatureReviewsMolecularCellBiology,20:490–507；Xu等人(2020)ComputStructBiotechnolJ.,18:2401–2415；Nidhi等人(2021)IntJTakaraBioUSA,Inc.(SanJose,CA)、ThermoFisherScientific(Waltham,MA)、IntegratedDNATechnologies,Inc.(Coralville,IA)、GenScriptBiotechCorp据本发明可以使用的Cas核酸内切酶的非限制性示例包括Cas3、Cas9、Cas12、Cas12a、[0045]根据所用的特定Cas核酸内切酶，CRISPR_Cas系统的sgRNA将含有特定于Cas核酸内切酶的特异性序列，该序列被核酸内切酶识别并向导核酸内切酶在靶DNA序列中进行序的sgRNA完全在本领域普通技术人员的知识范围内，因此认为没有必要对其进行进一步描[0048]·涉及癌基因中功能基因突变的肿瘤学获得的癌症(例如(但不限于)，参见Kontomanolis等人.(2020)AnticancerResearch,40(11):6009_6015；Frank等人(1998)JournalofClinicalOncology16:7:2417_2425)和/或肿瘤抑制基因中的功能突变缺失[0050]·感染，其中CRISPR_Cas系统的sgRNA针对来自感染性微生物(例如但不限于细菌、寄生虫、真菌或病毒)的一个或多个基因/序列——例如，参见Hu等人(2014)BioMedT5和T6位置的HIV前病毒的LTR区域(Ebina等人(201[0051]·代谢综合征，例如(但不限于)遗传性酪氨酸血症(Pankowicz等人(2016)Nat的特征在于由于亨廷顿蛋白中CAG重复扩增而发生的脑纹状体神经元的缺失(例如(但不限[0053]在特定的(但非限制性的)实施例中，靶DNA序列针对选自以下的基因中的突变：失的磷酸酶和张力蛋白同源物(PTEN)、Ras关联结构域家族(RASSF)、ADP_核糖基化因子磷酸3_激酶(PIK3CA)、端粒酶逆转录酶(TERT)、ETS变异转录因子1(ETV1)、β_连环蛋白或以其它方式设想的用于递送CRISPR_Cas系统货物的任何递送机制/途径施用于细胞/受[0058]sgRNA和CRISPR相关核酸内切酶(或编码其的基因)可以通过单一递送载体递送，性实施例中，CRISPR_Cas系统可以作为由sgRNA和核酸内切酶肽或蛋白质形成的核糖核蛋过一种或多种含有sgRNA序列和/或编码核酸内切酶序列的DNA质粒来递送。在其它非限制Cas系统的一种或两种组分通过直接物理递送以裸的形式递送。在进一步的非限制性实施[0059]在某些非限制性实施例中，CRISPR_Cas系统和/或递送载体的一种或两种组分可[0060]CRISPR_Cas系统的组分可以通过本领域已知的或本文设想的任何递送机制/途径[0061]交变电场可施加于受试者的任何部位，这将导致下调细胞/受试者的所需部位中[0063]在一个非限制性实施例中，该方法进一步包括检查样品并鉴定样品中靶DNA序列的步骤。该步骤可以在交变电场施加和CRISPR_Cas系统施用步骤中的一者或两者之前和/[0068]本发明的某些非限制性实施例涉及包括交变电场产生系统的任何部件的试剂盒第US2019/0307781号和第US2019/0308016号)以及一种或多种本文公开或以其它方式设想阵列，用于在将换能器阵列施加于至少一种细胞和/或将换能器阵列放置于受试者上时在任何序列。明书、关于何时和如何施用CRISPR_Cas系统的说明书、和/或关于何时激活和关闭与施用[0071]可任选地存在于试剂盒中的各种附加部件/试剂的性质将取决于特定的治疗形这种性质的试剂盒可用于本文所述或设想的任[0078]说明性实施例2。根据权利要求1的方法，其中CRISPR相关核酸内切酶选自Cas3、中的突变：p53、视网膜母细胞瘤(Rb)、10号染色体上缺失的磷酸酶和张力蛋白同源物合物2(TSC2)、神经纤维瘤病1型(NF1)、肝激酶B1(LKB1)、E2F1、KLF5、叉头盒03a类[0081]说明性实施例5。根据说明性实施例3的方法，其中靶DNA序列是来自微生物的基因，该微生物选自人乳头瘤病毒(HPV)、乙型肝炎病毒(HSV)、人疱疹病毒8(HHV_8)、人嗜T淋巴细胞病毒_1(HTLV_1)、梅克尔细胞多瘤病毒至少一种组分通过至少一种基于DNA或RN相关核酸内切酶或编码其的基因通过不同的递送[0089]说明性实施例13。根据说明性实施例1至12中任一项的方法，其中sgRNA和编码CRISPR相关核酸内切酶的基因中的至少一者经修饰以包括细胞穿透[0091]说明性实施例15。根据说明性实施例1至14中任一项的方法，其中交变电场以约生物组织的一部分，并且其中该方法还包括检查生物组织样品并鉴定样品中的靶DNA序列失的磷酸酶和张力蛋白同源物(PTEN)、Ras关联结构域家族(RASSF)、ADP_核糖基化因子(HPD)、fms相关酪氨酸激酶3(FLT3)、c_KIT、BRAF、磷脂酰肌醇_4,5_二磷酸3_激酶统以由sgRNA和核酸内切酶肽或蛋白质形成的核糖核蛋白(RNP)复合统的至少一种组分通过至少一种基于DNA或送方法施用sgRNA和CRISPR相关核酸内切酶或编码其[0108]说明