CN119410741A 基于肿瘤类器官进行肉瘤高频新抗原功能验证的方法 （上海市同仁医院）

基于肿瘤类器官进行肉瘤高频新抗原功能本申请公开基于肿瘤类器官进行肉瘤高频行肉瘤高频新抗原功能验证的方法包括：分离的DC刺激CD8+T细胞，以获得新抗原特异性CTL；通过试剂盒测试新抗原特异性CTL，检测IFN_γ类器官_CTL细胞共培养体系以及设置未经负载候选新抗原DC刺激的患者PBMC原代T细胞作为对照组，测得类器官光镜摄片和肿瘤细胞死亡情2原，并建立肿瘤类器官_CTL细胞共培养体系以及设置未经负载候选新抗原DC刺激的患者2.根据权利要求1所述基于肿瘤类器官进行肉瘤高频新抗原功能验证的方法，其特征通过全自动血细胞采集仪从晚期软组织肉瘤患者采集分离将DC与候选新抗原多肽在37℃无血清的RPMI_1640培养基中孵育4h，则获得负载候选新抗3.根据权利要求1所述基于肿瘤类器官进行肉瘤高频新抗原功能验证的方法，其特征4.根据权利要求2所述基于肿瘤类器官进行肉瘤高频新抗原功能验证的方法，其特征5.根据权利要求1所述基于肿瘤类器官进行肉瘤高频新抗原功能验证的方法，其特征每隔15_20天传代一次，先用250_500μLTrypLEExpress在37℃下消化约10分钟，然后用6.根据权利要求5所述基于肿瘤类器官进行肉瘤高频新抗原功能验证的方法，其特征37.根据权利要求1所述基于肿瘤类器官进行肉瘤高频新抗原功能验证的方法，其特征8.根据权利要求1所述基于肿瘤类器官进行肉瘤高频新抗原功能验证的方法，其特征9.根据权利要求3所述基于肿瘤类器官进行肉瘤高频新抗原功能验证的方法，其特征4用基因测序数据或质谱数据预测具有治疗效用的[0004]需要指出的是，肿瘤细胞发生基因突变到可以被成熟T细胞谱系识别需要经历复验(ELISPOT)和流式细胞术检测活化T细胞标志物IFN_γ及CD137的表达来评估新抗原呈递原呈递和诱导激活的CTL对肿瘤的实际杀伤作过所述方法不仅能够检测活化T细胞标志物IFN_γ评估新抗原呈递和诱导激活CTL的作用,还能够评价所述CTL对软组织肉瘤类器官的杀伤作用，进一步在体外验证了高频新抗原的5100μm的细胞过滤器过滤以获得单细胞悬浮液，吸出上清液后，将细胞加入24孔或48孔板基，类器官每隔15_20天传代一次，先用250_500μLTrypLEExpress在37℃下消化约10分[0025]图1示出了一个示例中ELISA测定CTL分泌IFN_γ验证候选新抗原的免疫原性的示[0026]图2示出了一个示例中Calcein_AM/PI双染法评估候选新抗原特异性CTL对软组织[0027]图3示出了一个示例中候选新抗原特异性CTL对软组织肉瘤类器官的生长抑制率6[0028]图4示出了另一个示例中ELISA测定CTL分泌IFN_γ验证候选新抗原的免疫原性的[0029]图5示出了类器官光镜摄片法评估药物敏感性候选新抗原特异性CTL对软组织肉[0030]图6示出了另一个示例中候选新抗原特异性CTL对软组织肉瘤类器官的生长抑制[0031]图7示出了又一个示例中ELISA测定CTL分泌IFN_γ验证候选新抗原的免疫原性的[0032]图8示出了又一个示例中Calcein_AM/PI双染法评估候选新抗原特异性CTL对软组[0033]图9示出了又一个示例中候选新抗原特异性CTL对软组织肉瘤类器官的生长抑制7[0048]随后在消化培养基培养一定时间，优选地培养基为：DMEM/F12，含1％胎牛血清天传代一次，先用250_500μLTrypLEExpress(Gibco，12,604_021)在37℃下消化约10分[0052]具体地，验证候选高频新抗原特异性CTL对HLA_A*1101限制性软组织肉瘤类器官FanchiLF,KeldermanS,KaingS,vanRooijN,etal.Tumororganoid_T_cell器官光镜摄片直接评估生长抑制率；(2)应用Calcein_AM/PI活细胞/死细胞双染试剂盒检细胞/死细胞成像系统评价T细胞的杀伤作用。8TTN_G2619D2615-2623、SCN2A_F1677Y1675-1684、P53_R248W240-249、RN2515K2513-2522、SCN9A_L231P226-235、DMD_R145CTL，进行软组织肉瘤类器官杀伤实验，对类器官的生长抑制率分别为79.9％、27.1％、测结果，负载USH2A_A1546D1543-1551、TTN_G2619D2615-2623、MACF1_Q6537H6537-6545、APOB_双染试剂盒检测肿瘤细胞死亡情况评估药物敏感性，其对类器官的生长抑制率分别为722-729、SCN2A_F1677Y1675-1684和P53_R248W240-249候选新抗原多肽能显著激活CTL，诱