CN119431532A 控制分生组织大小以改良作物的方法 （成对植物服务股份有限公司）

202180042838.52021.04.16本发明涉及用于修饰植物中的CLAVATA3/EMBRYOSURROUNDINGREGION_RELATED(CLV3/还涉及使用本发明的方法和组合物生产的具有2分或植物细胞包含在编码野生型前体CLE多肽的内源性CLAVATA3/EMBRYOSURROUNDING因是编码FON2_LIKECLEPR包含在编码野生型前体CLE多肽的内源性CLE基因中的至少一个非天然突变，其中所述CLE3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述突变位于4.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述至少一个非天然5.根据权利要求1或2所述的方法，其中所7.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述至少一个非天然突变是至少一个碱基对9.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述至少一个非天然突变导致在位置3处缬氨苷酸序列具有至少90％序列同一性的序列，包含与SEQIDNO：81的核苷酸序列具有至少P、在位置11处的H和在位置12处的H的氨基酸序列，任选地其中所述野生型加工的肽包含13.根据权利要求1或2所述的方法，其中包含至少一个非天然突变的成熟FCP1肽包含15.根据权利要求1或2所述的方法，其中在内源FCP1基因中包含所述至少一个非天然316.根据权利要求15所述的方法，其中在内源FCP1基因中包含所述至少一个非天然突17.一种生产植物或植物部分的方法，其中包括从包含编辑系统的植物细胞再生植物(b)指导核酸，其具有与编码前体FCP1多肽的内源靶基因的区域具有互补性的间隔子20.根据权利要求17_19中任一项所述22.一种生产玉米植物或植物部分的方法，其中包括从在编码前体FCP1多肽的FCP1基23.根据权利要求22所述的方法，其中所述至少一个非天然突变是显性阴性等位基因酸序列具有至少90％序列同一性的序列内28.根据权利要求22所述的方法，其中所述核酸结合结构域是锌指、转录激活因子样29.根据权利要求22所述的方法，其中FCP1基因内的所述至少一个非天然突变是点突31.根据权利要求22所述的方法，其中所述玉米植物或植物部分包含所述至少一个非4选择包含所述至少一个非天然突变并且无转基因的后代玉米植物，从而34.一种提供具有增加的穗行数的多个玉米植物的方法，所述方法包括在生长区域中述突变的多个对照玉米植物相比具有增加的穗行数的多个将编辑系统引入玉米植物细胞中，其中所述编辑系统靶向编码成熟使所述玉米FCP1基因的区域与所述编辑系统接触，从而在玉米植物细胞的成熟玉米核苷酸序列具有至少90％序列同一性的序列内(a)包含(i)与SEQIDNO：78的核苷酸序列具有至少90％序列同一性的序列，和/或(b)编码(i)与SEQIDNO：72的氨基酸序列具有至少95％序列同一性的序列；和/或编码成熟FCP1肽的玉米植物细胞的内源基因的部分中产生编辑并产生在所述内源基因的38.根据权利要求35_37中任一项所述的方法，还(a)使包含编码前体FCP1多肽的内源FCP1基因的玉米植物细胞群与连接到核酸结合结78的核苷酸序列具有至少90％序列同一性，(ii)与SEQIDNO：81的核苷酸序列具有至少5(b)从所述群体中选择其中内源FCP1基因已经被突变的植物细胞，从而产生在内源(a)使包含内源FCP1基因的玉米植物细胞与靶向所述内源FCP1基因的核酸酶接触，其(b)将所述玉米植物细胞生长成在所述内源FCP1基因中包含所述突变的玉米植物，由此生产具有突变的内源性FCP1基因和增加43.生产包含具有突变的内源FCP1基因的至少一个细胞的玉米植物或其部分的方法，使所述玉米植物或植物部分中的内源FCP1基因中的靶位点与包含切割结构域和核酸从而产生包含在所述内源FCP1基因中具有突变的至少一个细胞的所述玉米植物或其44.生产包含突变的内源FCP1基因并显示增加的穗行数的玉米植物或其部分的方法，使所述玉米植物或植物部分中的内源FCP1基因中的靶位点与包含切割结构域和核酸从而产生包含具有突变的内源FCP1基因并且表现出增加的穗行数的玉米植物或其部45.根据权利要求41_44中任一项所述的方法，其中所述核酸酶切割所述内源FCP1基646.根据权利要求41_44中任一项所述的方法，其中所述50.根据权利要求41_44中任一项所述的方法51.根据权利要求41_44中任一项所述的52.一种与编码前体CLE肽的CLE基因中的靶位点的部分结合的指导核酸，所述靶位点54.一种系统，其包含权利要求52或权利要求53的指导核酸和与所述指导核酸缔合的55.根据权利要求54所述的系统，其还包含与所述指导核酸缔合的tracr核酸和导核酸包含与编码前体CLE肽的内源CLE基因结合的间隔子序列，其中所述CLE基因编码(a)包含与SEQIDNO：78_80的核苷酸序列中的任一个具有至少90％序列同一性的序(b)包括与SEQIDNO：81_83的核苷酸序列中的任一个具有至少95％序列同一性的区(c)编码与SEQIDNO：72_74的氨基酸序列中的任一个具有至少95％序列同一性的序(d)编码具有与SEQIDNO：75_77的氨基酸序列中的任一个有至少95％序列同一性的58.根据权利要求56所述的基因编辑系统，其中所述指导核酸包含具有SEQIDNO：59.根据权利要求56_58中任一项所述的基因编辑系统，其还包含与所述指导核酸和7(a)包含与SEQIDNO：78_80的核苷酸序列中的任一个具有至少90％序列同一性的序(b)包括与SEQIDNO：81_83的核苷酸序列中的任一个具有至少95％序列同一性的区(c)编码与SEQIDNO：72_74的氨基酸序列中的任一个具有至少95％序列同一性的序(d)编码具有与SEQIDNO：75_77的任何一个氨基酸序列有至少95％序列同一性的序61.一种表达盒，其包含(a)编码包含切割结构域的CRISPR_Cas效应子蛋白的多核苷酸包含与以下序列互补并与之结合的间隔子序列：62.编码玉米FCP1基因的显性阴性等位基因的核酸，其中所述玉米FCP1基因编码前体65.一种生产玉米植物或植物部分的方法，其中包括将包米植物或植物部分和/或将所述玉米植物部分再生成67.一种生产玉米植物或其植物部分的方法，其中包括从包含位于至少一个内源FCP1基因中的至少一个非天然突变的玉米植物部分或玉米植物细胞再生玉米植物或其植物部分，其中所述内源FCP1基因位于染色体2上由碱基对(bp)位置235,093,752至碱基对位置235,094,276限定并包括它们的染色体间隔和/或染色体2上由碱基对(bp)位置40,126,538至碱基对位置40,127,030限定并包括它们的染68.一种生产玉米植物或其植物部分的方法，其中包括从包含在至少一个内源FCP1基因中的至少一个非天然突变的玉米植物部分或玉米植物细胞再生玉米植8其中所述内源FCP1基因位于染色体4上由碱基对(bp)位置7,570,324至碱基对位置7,571,69.根据权利要求67所述的方法，其中所述染色体间隔对应于B73第4版(B73RefGen_70.根据权利要求68所述的方法，其中所述染色体间隔对应于B73第3版(B73RefGen_71.一种与玉米植物中的CLE基因中的靶核酸结色体2上由碱基对(bp)位置235,093,752至碱基对位置235,094,276限定并包括它们的染色体间隔和/或染色体2上由碱基对(bp)位置40,126,538至碱基对位置40,127,030限定并包72.一种与玉米植物中的CLE基因中的靶核酸结色体2上由碱基对(bp)位置235,093,752至碱基对位置235,094,276限定并包括它们的染色73.根据权利要求71所述的指导核酸，其中所述染色体间隔对应于B73第4版(B7374.根据权利要求72所述的指导核酸，其中所述染色体间隔对应于B73第3版(B73部分或植物细胞包含在编码野生型前体CLE多肽的内源性CLAVATA3/EMBRYOSURROUNDING胞包含在编码野生型前体CLE多肽的内源性CLAVATA3/EMBRYOSURROUNDINGREGION_RELATED(CLV3/ESR_RELATED)(CLE)基因77.根据权利要求75或76所述的方法，其中所述突变位于编码成熟CLE7肽的内源CLE779.一种表达盒，其包含(a)编码包含切割结构域的CRISPR_Cas效应子蛋白的多核苷酸包含与以下序列互补并与之结合的间隔子序列：9[0005]本申请根据35U.S.C.§119(e)要求2021年4月16日提交的美国临时申请No.63/[0006]本发明涉及用于修饰植物中的CLAVATA3/EMBRYOSURROUNDINGREGION_RELATED谷粒产量。围绕穗周围启动的花的增加数量(穗行主要性状。通过育种的显著进步已经导致了穗行数的急剧增加，从作为玉米先辈的[0009]在模型植物拟南芥模型中描述的经典调控途径中，分生组织顶点中的细胞分泌(CLV1)和CLAVATA2(CLV2)的若干富含亮氨酸的受体(LeucineRichReceptors，LRR)相互干细胞稳态的作用(Fletcher,J.C.,Pl[0010]CLV1、CLV2或CLV3中功能丧失突变(Lossoffunctionmutations)导致WUS结构域的扩增和增加的分生组织大小(Schoof等和器官数目之间的这种关系，玉米CLV_WUS信号传导基因中的突变可能导致增加的花数目[0012]本发明的一个方面提供了一种植物或其植物部分，其包含在编码CLE蛋白的内源CLAVATA3/EMBRYOSURROUNDINGREGION_RELATED(C[0013]本发明的第二方面提供了一种植物细胞，其包含编其包含与编码CLE蛋白的内源性靶基因具有互补性的间隔[0014]本发明的第三方面提供了在CLE基因内包含至少一个非天然存在的突变的玉米植辑系统包含与所述CLE基因中的靶位点结合的核酸结合结[0015]本发明的第四方面提供了一种产生/培育无转基因的经过编辑的玉米植物的方个对照玉米植物相比具有增加的穗行数的多个酸序列中的任一个具有至少90％序列同一性的序列编码；以及使玉米CLE基因的区域与编[0018]本发明的第七方面提供了一种用于编辑玉米植物细胞的基因组中的特异性位点的方法，所述方法包括：以位点特异性方式切割玉米植物细胞中的内源CLE基因内的靶位列同一性的区域；和/或(b)编码(i)与SEQIDNO：72_74的任何一个氨基酸序列具有至少95％序列同一性的序列；和/或(ii)与SEQIDNO：75_77的任何一个氨基酸序列具有至少95％序列同一性的序列的结构域，从而在编码成熟CLE肽的玉米植物细胞的内源基因的部分中产生编辑并产生在所述内源基因的所述部分中包含何一个氨基酸序列有至少95％序列同一性的序列的结构域；(b)从所述细胞群中选择内源基因的玉米植物细胞与靶向所述内源CLE基因的核酸酶接触，其中所述核酸酶与结合所述其中所述内源CLE基因：(i)包含与SEQIDNO：78_80的核苷酸序列中的任一个具有至少90％序列同一性的序列；(ii)包含与SEQIDNO：81_83的核苷酸序列中的任一个具有至少有至少95％序列同一性的序列的结构域，以产生在所述内源CLE基因中包含突变的玉米植物细胞；和(b)将所述玉米植物细胞生长成在所述内源CLE基因中包含所述突变的玉米植[0021]第十方面提供了生产包含具有突变的内源CLE基因的至少一个细胞的玉米植物或其部分的方法，该方法包括使玉米植物或植物部分中的内源CLE基因中的靶位点与包含切割结构域和核酸结合结构域的核酸酶接触，其中所述核酸结合结构域与所述内源CLE基因有至少95％序列同一性的序列的结构域，从而生产包含在所述内源CLE基因中具有突变的[0022]本发明的第十一方面提供了生产包含突变的内源CLE基因并显示增加的穗行数的玉米植物或其部分的方法，该方法包括使玉米植物或植物部分中的内源CLE基因中的靶位IDNO：78_80的任何一个核苷酸序列具有至少90％序列同一性的序列；(b)包含与SEQID72_74的任何一个氨基酸序列具有至少95％序列同一性的序列；和/或(d)编码具有与SEQ含具有突变的内源CLE基因并显示增加的穗行数的玉米植物或其部分。[0023]第十二方面提供了一种与编码前体CLE肽的CLE基因中的靶位点的部分结合的指性的序列。割结构域和指导核酸，其中所述指导核酸结合编码前体CLE多肽的内源CLE基因中的靶位源CLE基因中的靶位点的指导核酸，其中所述指导核酸包含与以下互补并与之结合的间隔或(d)编码具有与SEQIDNO：75_77的任何一个氨基酸序列有至少95％序列同一性的序列[0029]本发明的另一方面提供了编码玉米CLE蛋白的显性阴性突变(dominantnegativemutation)、半显性突变(semi_dominantmutation)、弱的功能损失突变(weakloss_of_functionmutation)、无效等位基因(nullallele)[0033]还提供了在其基因组中包含通过本发明的方法产生的一个或多个突变的CLE基因[0042]SEQIDNO：42_44提供V型CRISPR_Cas12a核酸酶的原间隔子邻近基序位置的实对可测量值提供的范围可包含其中的任何其它范围及/权利要求中所述的指定材料或步骤以及不实质上影响所要求保护的本发明的基本和新颖在一些实施方案中，本发明的植物和对照植物之间的比较是在相同的生长条件下进行的，核苷酸序列可以表达感兴趣的多肽或例如功能性非翻译RNA。[0086]“半显性突变”是指杂合生物体中表型的渐渗小于对纯合生物体观察到的渐渗的[0087]“弱的功能损失突变”(weakloss_of_functionmuta位基因，所述遗传突变导致产生以正常效率的1％与99％之间的任何水平发挥功能的对应[0091]当性状与标记连锁时以及当标记的存在是所需性状或性状形式是否存在于和/或或染色体间隔是否存在于包含该标记的植物/种质中的指标时，则所述标记与所述等位基或更多次)是指基因或基因座被渐渗其中的亲本植物。例如参见Ragot,M.等人，Marker_assistedBackcrossing:APracticalExample,inTechniquesetUtilisationsdesMarqueursMoleculairesLesColloques,Vol.72,pp.45_56(1995)；和Openshaw等人,Marker_assistedSelectioninBackcrossBreeding,inProceedingsofthe[0095]“遗传图谱”是对给定物种中一条或多条染色体上的基因座之间的遗传连锁关系遗传特征和/或性能可以与同一物种内的其它品种相区别。果源自同一物种，则是通过有意的人为干预而在组成和/或基因组基因座上由其天然形式的内源CLE基因中的编辑的野生型植物。合适的对照植物也可以是含有赋予其它性状的重物可以是不含本文所述的突变CLE基因的杂合或半合转基因植物系的子代，称为阴性分离境胁迫条件(environmentalstressconditions)下的产量增加。胁迫条件可包括生物胁[0111]产量可定义为作物的经济价值的可测量产量。产率可以在数量和/或质量的范围[0112]本文提及产量相关性状的增加/改善也可以表示植物的一个或多个部分的生物质个引起：由于每个植物和/或基于单个种子的种子重量增加而导致的种子生物质(种子重[0119]本公开还扩展到植物的可收获部分，例如但不限于种子、叶、果实、花、棉铃[0125]增加的植物氮使用效率在本领域中可以理解为供应较少的氮而收获相似量的产育或收益的能力；或者当经受减少量的可用/施加的水(水输入)或在缺水胁迫的条件下或和使植物经受对植物组织的胁迫和/或损害和/或负面地影响谷物/作物产量的干燥期(急对植物组织的胁迫和/或损害和/或不利地影响谷粒的充分/成功生长和发育所需的水量更少/不足、从而使植物经受对植物组织的胁迫和/或支的、单链或双链的RNA或DNA，或其杂交体。该术语还包括RNA/DNA杂交体。当合成产生组织(WIPO)标准ST.25中阐述的用于表示核苷酸特征的标准代码来表示。如本文中所用，元件可以位于从位于所述多核苷酸的5’末端的第一个核苷酸至位于该多核苷酸中间的核苷酸至位于该多核苷酸中间的核苷酸的任何位置。CLE多肽的核酸的片段可以是约36个连短的多肽，其包含与所述参考多肽的相应部分相同或几时可以导致植物与不包含所述缺失的植物相比表现出增加的穗行数。在一些实施方式中，CLE多肽的基因组序列的部分可以长度为约285、399或411个连续核苷酸(例如SEQIDNO：义寡脱氧核糖核苷酸(AMO)等的核酸分子。基因可以能够用于或不能够用于产生功能性蛋向同源”是指在物种形成期间从共同的祖先基因产生的不同物种中的同源核苷酸序列和/算，所述方法包括、但不限于在以下文献中描述的方法：ComputationalMolecularBiology(Lesk,A.M.编辑)OxfordUniversityPress,NewYork(1988)；Biocomputing:InformaticsandGenomeProjects(Smith,D.W.编辑)AcademicPress,NewYork(ComputerAnalysisofSequenceData,PartI(Griffin,A.M.和Griffin,H.G.编辑)HumanaPress,NewJersey(1994)；SequenceAnalysisinMolecularBiology(vonHeinje,G.编辑)AcademicPress(Devereux,J.编辑)StocktonPress基酸残基、约7个氨基酸残基至约30个氨基酸残基、约10个氨基酸残基至约25个氨基酸残多肽序列可以在至少约8个连续的氨基酸残基(例如长度约对算法、Pearson和Lipman的相似性搜索方法，以及任选地通过这些算法的计算机化实现(诸如GAP、BESTFIT、FASTA和TFASTA(可作为GcceWisconsin(A数”是两个比对的序列共有的相同组分的数目见于LaboratoryTechniquesinBiochemistryandMolecularBiology_HybridizationwithNucleicAcidProbes第I部分第2章"Overviewofprinciplesofhybridization低约5℃。[0155]Tm是50％的靶序列与完全匹配的探针杂交时的温度(在确定的离子强度和pH下)。过100个互补残基的互补核苷酸序列在滤膜上杂交的严格杂交条件的实例是42℃下的50%甲酰胺和1mg肝素，其中杂交进行过夜。高度严格的洗涤条件的实例是在72℃下用0.15M[0156]可以对本发明的多核苷酸和/或重组核酸构建体(例如表达盒和/或载体)进行密体、表达盒和/或载体(例如包含/编码序列特异性核酸结合结构域(例如DNA结合结构域)Argonaute蛋白和/或CRISPR_Cas核酸内切酶(例如CRISPR_Cas效应子蛋白)(例如I型二核苷酸序列可操作连接的第一核苷酸序列意指第一核苷酸序列被放置成与第二核苷酸动子与所述核苷酸序列可操作地相关联。本领域DNA核酸内切酶多肽或结构域和肽标签和/或逆转录酶和与肽标签结合的亲和多肽)的化学过共价或非共价键联或结合(包括例如Watson一Crick多核苷酸基序可插入另一多核苷酸序列中(例如引盒代替(Messing等，(1983)于GeneticEngineeringofPlants,T.Kosuge,C.Meredith和[0166]在一些实施方案中，在植物中有功能的启动子可以与本发明的构建体一起使可用于在植物中驱动表达的启动子的非限制性实例包括RubisCo小亚基基因1的启动子些实施方案中，可用于本发明的启动子是RNA聚合酶II(PolII)启动子。在一些实施方案[0167]可用于植物的组成型启动子的实例包括但不限于，叶香树病毒启动子(cestrum人(1985)Nature313:810_812)、CaMV19S启动子(Lawton等人(1987)PlantMol.Biol.9:动子(Walker等人(1987)Proc.Natl.Acad.Sci.USA84:6624_6629)、蔗糖合酶启动子(Christensen等人，1989，PlantMolec.Biol.12:619_632)和拟南芥(Norris等人[0168]在一些实施方案中，组织特异性/组织偏好启动子可用于在植物细胞中表达异源发明的启动子是来自磷酸烯醇羧化酶基因的玉米PEPC启动子(Hudspeth&Grula,Plant此类启动子公开于例如WO93/07278(通过引用以其整体并入本文)中。可用于本发明的组织特异性或组织偏好性启动子的其它非限制性实例：美国专利6,040,504中公开的棉花103_106(1991)；属于Ciba_Geigy的EP0452269)描述的根特异性启动子；美国专利5,不限于来自水稻的ProOsLPS10和ProOsLPS11(Nguyen等人，PlantBiotechnol.Reports9玉米的ZmC5启动子(国际PCT公布第[0169]植物组织特异性/组织偏好性启动子的其他实例包括但不限于根毛特异性顺式元Prog.Clin.Biol.Res.138:87_98)、玉米醇脱氢酶1启动子(Dennis等人(1984)Nucleic(1996)PlantandCellPhysiology,37(8):1108_1115)、玉米光收获复合物启动子亚基RuBP羧化酶启动子(Cashmore,"Nucleargenesencodingthesmallsubunitof200)、Ti质粒甘露碱合酶启动子(Langridge等人(1989)Proc.Natl.Acad.Sci.USA86:构酶启动子(vanTunen等人(1988)EMBOJ.7:1257_1263)、大豆富含甘氨酸蛋白1启动子Nature313:810_812)、马铃薯块茎储藏蛋白(patatin)启动子(WenzlMol.Biol.13:347_354)、根细胞启动子(Yamamoto等人(1990)NucleicAcidsRes.18:(1983)Cell34:1015_1022；Reina等人(1990)NucleicAcidsRes.18:6425；Reina等人(1990)NucleicAcidsRes.18:7449；和Wandelt等人(1989)NucleicAcidsRes.17:动子(Sullivan等人(1989)Mol.Gen.Genet.215:431_440)、PEPCase启动子(Hudspeth&Grula(1989)PlantMol.Biol.12:579_589)、R基因复合物相关启动子(Chandler等人(1989)PlantCell1:1175_1183)和查尔酮合酶启动子(Franken等人(1991)EMBOJ.10:[0170]对种子特异性表达有用的是豌豆的豌豆球蛋白启动子(Czako等人(1992)SAG启动子(Gan等人(1995)Science2它启动子包括但不限于S_E9小亚基RuBP羧化酶启动子和Kunitz胰蛋白酶抑制剂基因启动被框内整合到核酸构建体/表达盒中。内含子可以用作间隔子来分隔一个核酸构建体中的[0174]可用于本发明的内含子的非限制性实例包括来自ADHI基因(例如Adh1_S内含子1、重组核酸分子(例如编码序列特异性核酸结合结构域一个或多个表达盒，其被设计成表达例如本发明的个或多个单独的启动子可操作地连接(例如三个多以任意组合驱动)。当使用两个或更多个不同的启动子时，所述启动子可以是相同的启动核酸、延伸的指导核酸和/或RT模板可以各自与单个启动子或任意组合的独立启动子可操或多个)组分相对于其至少一个其它组分是异源的(例如来自宿主生物的启动子可操作地[0177]表达盒可以任选地包括转录和/或翻译终止区(即终止区)和/或在所选宿主细胞[0179]除了表达盒之外，本文所述的核酸分子/构建体和多核苷酸序列也可与载体结合穿梭载体，所述穿梭载体是指天然地或通过设计能够在两种不同的宿主生物体中复制的酶和/或脱氨酶被表达并且序列特异性核酸结合蛋白与靶核酸结合的条件下，将靶核酸与CRISPR一Cas效应子蛋白)、锌指核酸酶、转录激活因子样效应核酸酶(TALEN)和/或序列特异性核酸结合蛋白融合，或者募集到序列酸的转录控制。在一些实施方案中，修饰可以包括任何类型的一个或多个单碱基改变[0187]瞬时转化可以通过例如酶联免疫吸附测定(ELISA)或蛋白质印迹来检测，所述测的稳定转化可以通过例如细胞基因组DNA与核酸序列的Southern印迹杂交分析来检测，所可以通过例如细胞的RNA与核酸序列的Northern印迹杂交测定来检测，所述核酸序列与引链式反应(PCR)或本领域公知的其它扩增反应来检测，所述聚合酶链式反应或其它扩增反实施方案中，本发明的核酸构建体(例如包含如本[0189]可以通过本领域技术人员已知的任何方法将本发明的核酸构建体引入植物细胞。指南包括Miki等人("ProceduresforIntroducingForeignDNAintoPlants"inMethodsinPlantMolecularBiologyandBiotechnology,Glick,B.R.和Thompson,J.E.编辑(CRCPress,Inc.,BocaRaton,1993)，第67_88页)和Rakowoczy_Trojanowska(Cell.Mol.Biol.Lett.7:8[0192]本发明提供了用于降低通常作用于限制分生组织尺寸的基因的影响的方法和组[0193]植物表达多种CLAVATA3/EMBRYOSURROUNDINGREGION_RELATED(CLV3/ESR_含编码野生型前体CLE多肽的内源CLAVATA3/EMBRYOSURROUNDINGREGION_RELATED(CLV3/NO：104(CLE7))中任一个的核苷酸序列(间隔子序列，例如一个或多个间隔子)和SEQID且该突变导致成熟CLE肽与野生型成熟CLE肽相比是CLE基因的约10至约2000个连续碱基并且该突变导致成熟CLE肽与野生型成熟CLE肽相比具有氨基酸取代。在一些实施方案中，[0201]可用于本发明的内源CLE基因编码FON2_LIKECLEPROTEIN1(FCP1)FCP1蛋白、(D)向丙氨酸(A)、位置8处天冬氨酸(D)向甘氨酸(G)和/或因中包含至少一个(例如一个或多个)非天然突变的植物(例如玉米植物)表现出增加的穗[0205]在一些实施方案中，提供了玉米植物细胞，所述玉米植物细胞包含内源CLE基因一些实施方案中，从所述玉米植物细胞再生的玉米植物与不包含/缺乏所述等位基因的野所述方法包括：使本发明的玉米植物(例如在一个或多个CLE基因中包含一个或多个突变(例如非天然突变)并且具有增加的穗行数的玉米植物)与无转基因的玉米植物杂交，从而供与缺乏所述突变的多个对照玉米植物相比具有苷酸序列具有至少90％序列同一性的序列编码；以及使玉米CLE基因的所述区域与编辑系以位点特异性方式切割玉米植物细胞中的内源CLE基因内的靶位点，所述内源CLE基因(a)和/或(ii)具有与SEQIDNO：75_77的任何一个氨基酸序列有至少95％序列同一性的序列所述内源基因的所述部分中包含所述编辑的[0211]在一些实施方案中，编辑方法可以进一步包括从在内源CLE基因中包含所述编辑的玉米植物细胞再生玉米植物，从而产生其内源CLE基因中包含该编辑并且与不包含所述米植物细胞生长成在内源CLE基因中包含所述突变的玉米植物，从而产生具有突变的内源[0214]在一些实施方案中，用于生产包含具有突变的内源CLE基因的至少一个细胞的玉米植物或其部分的方法，该方法包括使玉米植物或植物部分中的内源CLE基因中的靶位点与包含切割结构域和核酸结合结构域的核酸酶接触，其中所述核酸结合结构域结合内源序列有至少95％序列同一性的序列的结构域，从而生产包含在所述内源CLE基因中具有突变的内源CLE基因并且表现出增加的穗行数，所述方法包括使所述玉米植物或植物部分中的内源CLE基因中的靶位点与包含切割结构域和核酸结合结构域的核酸酶接触，其中所述核酸结合结构域与所述内源CLE基因中的靶位点结合，其中所述内源CLE基因：(a)包含与SEQIDNO：78_80的核苷酸序列中的任一个具有至少90％序列同一性的序列；(b)包含与SEQIDNO：81_83的核苷酸序列中的任一个具有至少90％序列同一性的区域；(c)编码与码具有与SEQIDNO：75_77的任何一个氨基酸序列有至少95％序列同一性的序列的结构可用于本发明的核酸酶可以是可用于编辑/修饰靶核酸的任何核酸酶。此类核酸酶包括但饰靶核酸的任何DNA结合结构域或RNA结合结构域。此类核酸结合结构域包括但不限于锌方法包括使所述玉米植物或植物部分中的CLE基因中的靶位点与胞嘧啶碱基编辑系统接触，该胞嘧啶碱基编辑系统包含胞嘧啶脱氨酶和与CLE基因中的靶位点结合的核酸结合结方法包括使所述玉米植物或植物部分中的CLE基因中的靶位点与腺苷碱基编辑系统接触，该腺苷碱基编辑系统包含腺苷脱氨酶和与CLE基因中的靶位点结合的核酸结合结构域，所序列；(b)包含与SEQIDNO：81_83的任何一个核苷酸序列具有至少90％序列同一性的区述方法包括在植物的基因组中检测编码SEQIDNO：72_77的氨基酸序列的核酸，其中SEQ物的基因组中检测突变的CLE基因。作为一个实例，检测的突变的CLE基因可以包含与SEQ[0221]在一些实施方案中，本发明提供了产生包含内源CLE基因中的突变和至少一个感兴趣多核苷酸的植物的方法，所述方法包括使包含内源CLE基因中的至少一个突变的本发以及选择包含所述CLE基因中的至少一个突变和所述至少一个感兴趣多核苷酸的后代植[0222]本发明还提供了一种产生包含内源CLE基因中的突变和至少一个感兴趣多核苷酸的植物的方法，所述方法包括将至少一个感兴趣多核苷酸引入包含CLE基因中的至少一种突变的本发明植物中，从而产生包含CLE基因中的至少一个突变和至少一个感兴趣多核苷[0223]在一些实施方案中，本发明提供了产生包含内源CLE基因中的突变和至少一个感兴趣多核苷酸的植物的方法，所述方法包括将至少一个感兴趣多核苷酸引入包含内源CLE基因中的至少一个突变的本发明植物中，从而产生包含CLE基因中的至少一个突变和至少[0224]感兴趣多核苷酸可以是能够赋予所需表型或以其它方式修饰植物的表型或基因CLE基因可以在其中包含与SEQIDNO：81_83和101_105的任何一个核苷酸序列具有至少[0227]在一些实施方案中，玉米植物中的内源CLE基因中的所述至少一个非天然突变可变的对照玉米植物相比，玉米植物中的内源CLE基因中的所述至少一个非天然突变可以是在编码CLE多肽的基因中的至少1个核苷酸至约15个核苷酸(例如约靶核酸包含与SEQIDNO：78_83的任何一少90％序列同一性的序列；(b)包含与SEQIDNO：81_83的任何一个核苷酸序列具有至少[0230]在一些实施方案中，提供了玉米植物或其植物部分，其包含在至少一个内源性CLAVATA3/EMBRYOSURROUNDINGREGION_RELATED(CLV3/一个非天然突变，所述基因位于染色体2上由碱基对(bp)位置235,093,752至碱基对位置235,094,276限定并包括它们的染色体间隔内和/或染色体2上由碱基对(bp)位置40,126,538至碱基对位置40,127,030限定并包括它们的染色体间隔中，并且其中每个染色体间隔对应于MaizegDB互联网资源(/assembly)的B73第4版(B73RefGen_v4)、至少一个内源CLE基因中的至少一个非天然突变，其中所述内源CLE基因位于染色体2上由且其中染色体间隔对应于MaizeGDB互联网资源(/assembly)的B73第3版[0231]在一些实施方案中，提供了与玉米植物中的CLAVATA3/EMBRYOSURROUNDINGREGION_RELATED(CLV3/ESR_RELATED)(核酸位于染色体2上由碱基对(bp)位置235,093,752至碱基对位置235,094,276限定并包括体2上由碱基对(bp)位置40,126,538至碱基对位置40,127,030限定并包括它们的染色体间隔(Zm00001d003320(fcp1_fon2_likecleprotein1))内，并且其中每个染色体间隔对应导核酸，其中所述靶核酸位于内源CLE基因位于染色体4上由碱基对(bp)位置7,570,324至碱基对位置7,571,104限定并包括它们的染色体间隔中(GRMZM2G372364(cle7_clavata3/esr_related7))，并且其中所述染色体间隔对应于MaizeGDB互联网资源(/assembly)的B73参考玉米基因组第3版(Cas效应子蛋白和指导核酸之间形成的复合物，以将CRISPR_Cas效应子蛋白引导至基因中74的任何一个氨基酸序列具有至少95％序列同一性的序列；和/或(d)编码具有与SEQID(iii)编码与SEQIDNO：72_74的任何一个氨基酸序列具有至少95％序列同一性的序列；和/或(iv)编码具有与SEQIDNO：75_77的任何一个氨基酸序列有至少95％序列同一性的任一个的核苷酸序列具有至少90％序列同一性的酸等的构建体)和包含其的表达盒/载体可以用作本发明[0241]在一些实施方案中，编辑系统可以包含一个或多个序列特异性核酸结合结构域(DNA结合结构域)，其可以来自例如多核苷酸引导的核酸内切酶、CRISPR_Cas核酸内切酶Argonaute蛋白。在一些实施方案中，编辑系统可包含一个或多个切割结构域(例如核酸内切酶(例如CRISPR_Cas效应子蛋白)、锌指核酸酶和/或转录激活因子样效应核酸酶[0242]在一些实施方案中，修饰或编辑CLE基因的方法可包括将靶核酸(例如编码CLE的核酸)与和脱氨酶结构域(例如腺嘌呤脱氨酶和/或胞嘧啶脱氨酶)融合的碱基编辑融合蛋白(例如序列特异性DNA结合蛋白(例如CRISPR_Cas效应子蛋白或结构域))和指导核酸接[0243]在一些实施方案中，修饰或编辑CLE基因的方法可包括将靶核酸(例如编码CLE的核酸)与和肽标签融合的序列特异性核酸结合融合蛋白(例如序列特异性DNA结合蛋白(例所述指导核酸能够将序列特异性核酸结合融合蛋白引导至/靶向靶核酸，序列特异性核酸结合融合蛋白能够通过肽标签_亲和多肽相互作用将脱氨酶融合蛋白募集到靶核酸，从而延伸部分的延伸的指导核酸，所述延伸部分包含引物结合位点(primerbindingsite,和/或指导核酸)和/或鉴定、识别或结合如本文所定义的指导核酸的蛋白或多肽或其结构CRISPR_Cas核酸酶多肽或其结构域，其包含核酸酶活性或其中核酸酶活性已被降低或消DNAse活性)或其中ssDNAse活性已被降低或消除，和/或包含自加工RNAse活性或其中自加[0246]在一些实施方案中，序列特异性核酸结合结构域可以是CRISPR_Cas效应子蛋[0247]在一些实施方案中，CRISPR_Cas效应子蛋白可包括但不限于Cas9、C2c1、C2c3、和/或HNH位点)包含突变。在其核酸酶活性位点具有突变、因此不再包含核酸酶活性的其核酸酶活性位点中具有突变的CRISPR_Cas效应子蛋白结构域或多肽可具有受损的活性[0249]可用于本发明的CRISPRCas9效应子蛋白或CRISPRCas9效应结构域可以是任何球菌属某些种(Streptococcusspp.)(例如化脓性链球菌(S.pyogenes)、嗜热链球菌(S.thermophilus))、乳杆菌属某些种(Lactobacillusspp.)、双歧杆菌属某些种(Bifidobacteriumspp.)、坎德勒氏菌某些种(Kandleriaspp.)、明串珠菌属某些种[0250]在一些实施方案中，CRISPR_Cas效应子蛋白可以是源自化脓性链球菌的Cas9多别PAM序列基序NGG和/或NAAR(R＝A或G)(参见例如Deveau等人，JBACTERIOL2008；190Cas效应子蛋白可以是源自脑膜炎奈瑟氏球菌(Neisseriameningitidis)的Cas9多肽，其不同于更广为人知的II型CRISPRCas9核酸酶。例如，Cas9识别位于其引导RNA(gRNA、使用单引导RNA(gRNA，CRISPR阵列，crRNA)，而不是天然Cas9系统中发现的双引导RNA产生交错的DNA双链断裂，而不是由Cas9核酸酶活性产生的平端，并且Cas12a依赖于单个[0252]可用于本发明的CRISPRCas12a效应子蛋白/结构域可以是任何已知或后来鉴定是指包含Cas12a多肽或其片段的RNA引导的核酸酶，其包含Cas12a的指导核酸结合结构域活性部位具有突变并因此不再包含核酸酶活性的Cas12a结构域或Cas12a多肽通常被称为[0253]任何可用于碱基编辑的脱氨酶结构域/多肽都可以用于本发明。在一些实施方案嘧啶脱氨酶(或胞苷脱氨酶)可以是来自任何生物体的任何已知或后来鉴定的胞嘧啶脱氨酶(参见，例如美国专利第0,167,457号和Thuronyi等人Nat.Biotechnol.37:1070_1079发明的脱氨酶或脱氨酶结构域可以是胞苷脱氨酶结构域，催化胞嘧啶水解脱氨为尿嘧啶。在一些实施方案中，胞嘧啶脱氨酶可以是天然存可用于本发明的胞嘧啶脱氨酶可以与野生型胞嘧啶脱氨酶具有约70％至约100％同一性合物(APOBEC)家族脱氨酶。在一些实施方案中，胞嘧啶脱氨酶可以是APOBEC1脱氨酶、(例如进化的脱氨酶)的氨基酸序列具有约70％至约100％同一性(例如70％、71％、72％、且经密码子优化的多肽可与参考多核苷酸具有约70％至99[0255]在一些实施方案中，本发明的核酸构建体还可编码尿嘧啶糖基化酶抑制剂(UGI)Cas效应子蛋白和胞嘧啶脱氨酶结构域(例如编码包含与胞嘧啶脱氨酶结构域融合的CRISPR_Cas效应子蛋白结构域，和/或与肽标签或能够结合肽标签的亲和多肽融合的CRISPR_Cas效应子蛋白结构域，和/或与肽标签或能够结合肽标签的亲和多肽融合的脱氨且可将一个或多个脱氨酶结构域和/或UGI与能够与募集RNA基序相互作用的亲和多肽融码子优化的多肽可与参考多核苷酸具有约70％至约[0257]可用于本发明的腺嘌呤脱氨酶(或腺苷脱氨酶)可以是来自任何生物体的任何已些实施方案中，腺嘌呤脱氨酶可以分别催化腺苷或脱氧腺苷水解脱氨为肌苷或脱氧肌苷。以与天然存在的腺嘌呤脱氨酶多肽/结构域具有约70％至99.9％同一性(例如与天然存在施方案中，腺苷脱氨酶可以来自细菌(例如大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、流感嗜血杆菌中，可以对编码腺嘌呤脱氨酶多肽/结构域的多核苷酸进行密码子优化以用于在植物中表[0262]编码包含序列特异性核酸结合蛋白和胞嘧啶脱氨酶多肽的碱基编辑器的本发明[0263]编码包含序列特异性核酸结合蛋白和腺嘌呤脱氨酶多肽的碱基编辑器的本发明的核酸构建体，以及编码所述碱基编辑器的表达盒和/或载体可以与指导核酸组合用于修[0264]包含CRISPR_Cas效应子蛋白或其融合蛋白的本发明核酸构建体可与引导RNA复合物(例如CRISPR_Cas效应子融合蛋白(例如与脱氨酶结构域融合的CRISPR_Cas效应子[0266]同样，编码与胞嘧啶脱氨酶结构域或腺嘌脱氨酶结构域连接的Cas12a结构域(或如融合蛋白)的核酸构建体可与Cas12a指导核酸(或用于其它选定的CRISPR_Cas核酸酶的Cas12a基因座、C2c1基因座等)的任何重复序列或与本发明核酸构建体编码的CRISPR_Cas效应子蛋白一起发挥功能的合成crRNA的重复序列。可用于本发明的重复序列可以是的5’末端连接，从而形成重复序列_间隔子序列(例如指导核酸、引导RNA/DNA、crRNA、端连接的重复序列的一部分在长度上可以是野生型CRISPRCas重复核苷酸序列的约5至约序列。间隔子序列可以与靶核酸完全互补或实质性互补(例如至少约70％(例如约70％、列可具有约15个核苷酸至约30个核苷酸(例如子序列可以在靶核酸(例如原间隔子)的长度为至少约15个核苷酸至约30个核苷酸的区域区域”是指植物基因组中与本发明的指导核酸中的间隔子序列完全互补(100％互补)或实型CRISPR_Cas系统)。靶区域可以选自紧邻PAM序列定位的至少15个连续核苷酸(例如16、核酸、CRISPR阵列、crRNA)的间隔子序列完全互补或实质性互补(并杂交)的靶DNA的部分[0279]在V型CRISPR_Cas(例如C[0283]本领域技术人员可以通过已建立的实验和计算方法确定其他PAM序列。因此，例2013.Nat.Biotechnol.31:233_239)。在一些方面，计算方法可包括对天然间隔子进行的本发明的核酸构建体(例如包含CRISPR_Cas效应子蛋白和脱氨酶结构域的构建体(例如融合蛋白))或用于碱基编辑的组分(例如与肽标签或亲和多肽融合的CRISPR_Cas效应子蛋以包含在与包含所述一种或多种指导核酸的表达盒或载体相同的表达盒或载体上或者另含指导核酸的表达盒或载体分开的表达盒或载体上时列特异性DNA结合结构域)、CRISPR_Cas多肽和/或与肽标签或与肽标签相互作用的亲和多脱氨酶(其与能够与RNA募集基序相互作用的亲和限于亲和体、anticalin、单抗体(monobody)和/或DARPin(参见例如Sha等人，Protein酸与两种或更多种多肽(例如脱氨酶)接触。RNA募集[0289]在本发明的一些实施方案中，可将延伸的引导RNA和/或引导RNA与一个或两个或更多个RNA募集基序(例如粒酶Ku结合基序(例如Ku结合发夹)和相应的亲和多肽Ku(例如Ku异二聚体)、端粒酶Sm7结合基序和相应的亲和多肽Sm7、MS2噬菌体操纵子茎环和相应的亲和多肽MS2外壳蛋白因子(PUF)，和/或合成的RNA_适体和适体配体作为相应的亲和多肽。在一些实施方案中，RNA募集基序和相应的亲和多肽可以是MS2噬菌体操纵子茎环和亲和多肽MS2外壳蛋白载体可以与包含相同多核苷酸(但其未针对在植物中表达而进行过密码子优化)的核酸构类。可以如本文所述进行修饰的植物和/或植物部分可以是任何植物物种/品种/栽培品种的植物和/或植物部分。在一些实施方案中，可以如本文所述进行修饰的植物是单子叶植原生质体和愈伤组织的培养物。织培养物和组织成结构和/或功能单位的任何植物细胞群。该术语在结合上面列出的或以[0300]在本发明的一些实施方案中，提供了转基因组织培养物或转基因植物细胞培养(B.napus)、甘蓝(B.oleracea)、芜菁(B.rapa)、芥菜型油菜(B.juncea)和/或黑芥和微生物害虫(特别是昆虫)的耐受性的蛋白质的D及还有其杂交体或组合，尤其是CrylF蛋白或衍生自CrylF蛋白质的杂交体(例如，杂交自CrylAc蛋白的杂交体(例如，杂交CrylAb_CrylAc蛋白)或CrylAb或Bt2蛋白或其毒性片如WO2001/47952中所述的Cry蛋白、来自致病杆菌属(Xe的)、沙雷氏菌属(Serratia)(特别是来自嗜虫沙雷氏菌(S.entomophila))或发光杆菌属(Photorhabdus)物种菌株的杀虫蛋白，诸如WO98/08932中所述的来自发光杆菌属的Tc蛋段的序列)的或者与转运肽(诸如质体转运肽)或另[0305]此类性质的另一个特别强调的实例是赋予对一种或多种除草剂(例如,咪唑啉酮bar或PAT基因或天蓝色链霉菌(Streptomycescoelicolor)基因(所述基因赋予对草铵膦酶的基因和编码赋予对麦草畏(3,6_二氯_2_甲氧基苯甲酸)的耐受性的麦草畏单加氧酶的[0307]可以根据本发明优先处理的转基因植物或植物栽培品种中特别有用的转基因事的)；事件MON15985(棉花，昆虫控制，以ATCCPTA_2516保藏，于US_A2004_250317或述的)；事件MON863(玉米，昆虫控制，以ATCCPTA_2605保藏，于WO2004/011601或US_A(欧洲油菜，授粉控制_除草剂耐受性，以ATCCPTA_850或PTA_2485保藏号，于WO2001/中描述的)；事件VIP1034(玉米，昆虫控制_除草剂耐受性，以ATCCPTA_3925保藏，于于WO2011/084621中描述的)，任选地与事件EE_GM1/LL27或事件EE_GM2/LL55(WO2011/063413A2)叠加的事件EE_GM3/FG72(大豆，除草剂耐受性，ATCC登录DAS_68416_4(大豆，除草剂耐受性，ATCC录号PTA_10442，WO2011/066360Al)，事件DAS_11028，WO2012/033794A2)，事件MON_87712_4(大豆，品质性状，ATCC登录号PTA_10296，WO2012/075429Al)，事件SYN_000H2_5(大豆，除草剂耐受性，ATCC登录号PTA_11226，WO2012/082548A2)，事件DP_061061_7(欧洲油菜，除草剂耐受性，无保藏号可用，WO2012071039Al)，事件DP_073496_4(欧洲油菜，除草剂耐受性，无保藏号可用，US2012131692)，事件8264.44.06.1(大豆，叠加的除草剂耐受性，登录号PTA_11336，WO2012075426A2)，事件82(大豆，叠加的除草剂耐受性，登录号登录号PTA_11335，WO2012075429A2)，事件SYHT0H2(大豆，ATCC登录号号PTA_11226，WO2012/[0308]赋予所述所需性状的基因/事件(例如，目标多核苷酸)也可以在转基因植物中彼COMPLETE®、ROUNDUPREADY@、VTDOUBLEPRog、VTTRIPLEPRO@、BOLLGARDII@、ROUNDUPREADY2YIELD@、YIELDGARD@、ROUNDUPREADY@2XTENDTM、INTACTARR2PRO@、VISTIVE和/或XTENDFLEXTM商品应子切割酶复合物以在编码CLE7、CLE14和FCP1成熟肽的序列中产生框架内缺失。5)部署[0315]使用土壤杆菌将编码实施例1中产生的间隔子以及选择的CRISPR_Cas效应子的载体引入干燥的切下的玉米胚中。在体外用抗生素选择维持转化的组织以再生阳性转化体。辑的种质和用Gus质粒转化的品系被用作表型分型EMBRYOSURROUNDINGREGION_RELATED(CLV3/ESR_RELATED)(CLE)基因中的至少一个非天CLE基因的部分内，并且所述突变导致所述成熟CLE肽与野生型成熟CLE肽相比具有氨基酸[0332]12.根据前述实施方式中任一项所述[0333]13.根据前述实施方式中任一项所包含所述至少一个非天然突变的玉米植物的穗行数增加，任选地没有实质性减少穗的长[0340]18.根据实施方式16或17所述的植物细胞，其中所述内源靶基因编码前体CLE多[0342]20.根据实施方式16_19中任一项所述的植物细胞，其中所述植物细胞为玉米细[0343]21.由实施方式1_15中任一项所述的植物部分或实施方式16_20中任一项所述的[0344]22.根据实施方式21所述的植物，其[0345]23.一种玉米植物细胞，其在编码前体C[0347]25.根据实施方式23或实施方式2[0348]26.根据实施方式23_25中任一项所述的玉[0349]27.根据实施方式23_26中任一项所述的玉米植物细胞，其中所述靶位点编码与[0353]31.根据实施方式23_30中任一项所[0356]34.根据实施方式33所述的玉[0360]36.一种提供具有增加的穗行数的多包含所述突变的多个对照玉米植物相比具有增加的穗行数的多个[0362]将编辑系统引入玉米植物细胞中，其中所述编辑系统靶向编码成熟玉米CLE肽蛋77的氨基酸序列中的任一个具有至少95％序列同一性的序列，或者所述区域由与SEQID[0363]使所述玉米CLE基因的区域与所述编辑系统接触，从而在玉米植物细胞的成熟玉[0364]38.根据实施方式37所述的方法，其中所