CN119487212A 用于评估基因组不稳定性的方法 （生命科技股份有限公司）

2024.12.27PCT/US2023/0693272023.06.29WO2024/006878EN2024.01.04用于评估基因组不稳定性(GI)的方法可包括通过具有低样品输入的靶向组在肿瘤样品基因组中的靶向位置处选择性扩增核酸序列以产生多个核酸序列读段；使用杂合SNP的对数几率和针对该核酸序列读段确定的CNV对数比率将该的常染色体中每个链段的等位基因对数几率的平方应用阈值计数以鉴定不平衡拷贝数(UCN)链碱基的总和；以及将UCN碱基的总和除以在该样品基因组的该常染色体中鉴定的所有链段中的2通过具有来自肿瘤样品的低样品输入的靶向组在所述肿瘤样品基因组中的靶向位置使用杂合单核苷酸多态性(SNP)的对数几率和针对所述多个核酸序列读段确定的拷贝将所述UCN碱基的总和除以在所述基因组的所述常染色体中鉴定的所有所述链段中的2.根据权利要求1所述的方法，其中所述比率以百分比表示以给出基因组不稳定性3.根据权利要求1所述的方法，所述方法还包括在4.根据权利要求3所述的方法，所述方法还包括排除跨越全染色体的所述最大长度阈5.根据权利要求3所述的方法，所述方法还包括6.根据权利要求3所述的方法，所述方法还包括排除跨7.根据权利要求3所述的方法，其中最大长度阈且在所述相加步骤之前排除跨越所述最小长度阈值或更小长度阈值的11.根据权利要求1所述的方法，所述方法还包括将所述UCN链段中的碱基的数量除以含有所述UCN链段的染色体中的碱基的总数以产生每UCN链段的UCN12.根据权利要求11所述的方法，所述方法还包括将每UCN链段的UCN碱基的所述归一化数乘以权重值以给出每UCN链段的碱基的加权数，其中将所述相加步骤应用于针对所有所述UCN链段的每UCN链段的碱基的所述加权数以产生所述UCN碱基13.根据权利要求12所述的方法，其中所述权重值是所述染色体中所述UCN链段的总16.一种用于分析肿瘤样品基因组的基因组不稳定性的系统，所述系统包括处理器和3接收多个核酸序列读段，所述多个核酸序列读段通过由具有来自入的靶向组在所述肿瘤样品基因组中的靶向位置处选择性地扩使用杂合单核苷酸多态性(SNP)的对数几率和针对所述多个核酸序列读段确定的拷贝将所述UCN碱基的总和除以在所述基因组的所述常染色体中鉴定的所有所述链段中的17.根据权利要求16所述的系统，其中所述比率以百分比表示以给出基因组不稳定性18.根据权利要求16所述的系统，其中所述指示基因组不稳定性的比率仅基于分析所19.一种存储指令的非暂态计算机可读介质，所述指令在由计算机执行时使所述计算接收多个核酸序列读段，所述多个核酸序列读段通过由具有来自入的靶向组在所述肿瘤样品基因组中的靶向位置处选择性地扩使用杂合单核苷酸多态性(SNP)的对数几率和针对所述多个核酸序列读段确定的拷贝将所述UCN碱基的总和除以在所述基因组的所述常染色体中鉴定的所有所述链段中的20.根据权利要求19所述的计算机可读介质，其中所述比率以百分比表示以给出基因4体地涉及用于使用来自靶向测序组的核酸测序数据和下一代测序(NGS)技术来评估肿瘤样[0007]图2C示出了图2A和图2B中经鉴定的基因组链段中的每个基因组链段的拷贝数的[0008]图3示出了BRCA1/2突变对野生型BRCA1/2的基因组不稳定性分数的箱线图的示[0009]图4示出了BRCA1/2突变对野生型BRCA1/2的基因组不稳定性分数的箱线图的示[0010]图5示出了BRCA1/2突变对野生型BRCA1/2的基因组不稳定性分数的箱线图的示[0011]图6示出了BRCA1/2突变对野生型BRCA1/2的基因组不稳定性分数的箱线图的示[0012]图7示出了BRCA1/2突变对野生型BRCA1/2的基因组不稳定性分数的箱线图的示5[0020]在各种实施方案中，可以使用核酸测序系统和/或测序数据的分析来检测基因组6对具有不同的相应目标序列。[0027]同源重组修复(HRR)途径中基因的改变可能干扰修复DNA双链断裂(DSB)的能力，并且其测定被用作做出治疗决定的生物标志物。基因组不稳定性是用于HRD的新兴生物标和BRCA2基因的突变而产生的。HRD的后果是在细胞分裂和DNA复制期间在基因组中错误的靶向组可包括OncomineComprehensiveAssayPlus或OCAPlus组(ThermoFisher[0030]图1是用于分析样品基因组以评估基因组不稳定性的示例过程的框图。通过具有来自肿瘤样品的低样品输入的靶向组在肿瘤样品基因组中的靶向位置处选择性地扩增核以使用BAM文件格式从文件中检索比对的序列读段。比对的序列读段可以对应于肿瘤样品7用步骤102可以提供在比对的序列读段中检测到的观察到的变体群体，诸如SNP(单核苷酸括在2013年12月26日公布的美国专利申请公布2013/0345066号、2014年10月2日公布的美国专利申请公布2014/0296080号和2014年2月20日公布的美国专利申请公布2014/0052381测方法。在各个实施方案中，变体调用器可以被配置成将针对样品基因组调用的变体以*9月11日公布的美国专利申请公布2014/0256571号和2016年4月14日公布的美国专利申请使用其它CNV检测方法。分割步骤106使用对数几率和CNV对数比率将基因组序列分成具有门设计成覆盖基因组并且使用CNV对数比率和等位基因对数几率的联合分割将该基因组分copynumberandclonalheterogeneityanalysistoolforhigh_throughputDNA链段中SNP的最小数量设定为5至15个SNP范围条)显示具有相似log2比的链段聚集在一起。图2B示出了针对肿瘤样品基因组的对数几率CN≥1和次要CN＝0的基因组链段是杂合性缺失(LOH)的链段。可能存在不能确定次要拷贝8大小阈值可以包括最大长度阈值。大小约束步骤110可以排除长度跨越最大长度阈值或更值。大小约束步骤110可以排除长度跨越最小长度阈值或更小长度阈值的那些初始UCN链[0037]求和步骤112可以将常染色体中的该组UCN链段中的碱基的数量相加以产生UCN碱段中的碱基的数量可以除以含有UCN链段的染色体中的碱基的总数以给出每UCN链段的碱是染色体中UCN链段的数量。可以计算针对所有常染色体的针对所有UCN链段的每UCN链段百分比表示以给出基因组不稳定性(GI)分数害种系/体细胞突变BRCA1基因和BRCA2基因的肿瘤样品与具有野生型(WT)BRCA1基因和BRCA2基因的同期组群中的那些肿瘤样品进行比较。OCAPlus组用于产生同期组群中肿瘤样品的靶向测序读段。将关于图1描述的方法应用于对应于同期组群中肿瘤样品的比对的基因和BRCA2基因的肿瘤样品比具有WTBRCA1基因和BRCA2基因的样品具有显著更高的GI分[0040]图3示出了BRCA1/2突变对野生型BRCA1/2的基因组不稳定性分数的箱线图的示[0041]图4示出了BRCA1/2突变对野生型BRCA1/2的基因组不稳定性分数的箱线图的示9[0042]图5示出了BRCA1/2突变对野生型BRCA1/2的基因组不稳定性分数的箱线图的示[0043]图6示出了BRCA1/2突变对野生型BRCA1/2的基因组不稳定性分数的箱线图的示显示，BRCA1/2突变型对野生型(WT)的GI分数的分层。使用学生双侧t检验的p值为[0044]图7示出了BRCA1/2突变对野生型BRCA1/2的基因组不稳定性分数的箱线图的示[0045]本文所述的用于评估基因组不稳定性的靶向组和方法提供了对全基因组测序较起来，覆盖约1Mb的肿瘤基因组的靶向组将需要基本上更少的计算和用于存储的核酸序[0046]本文所述的用于评估仅肿瘤样品的基因组不稳定性的靶向组和方法提供了对匹[0047]实施例1是一种用于分析肿瘤样品基因组的基因组不稳定性的方法，所述方法包选择性扩增核酸序列以产生多个核酸序列读段；使用杂合SNP的对数几率和针对所述多个核酸序列读段确定的CNV对数比率将所述基因组分成具有同质拷贝数的链段，其中所述杂合SNP分布在所述基因组上；对所述基因组的常染色体中每个链段的等位基因对数几率的的所有所述链段中的碱基的总数以产生指示基因组不稳对UCN链段中的每个UCN链段应用最大[0051]实施例5包括根据实施例3中任一项所述的主题，并且还包括排除跨越染色体的p[0052]实施例6包括根据实施例3中任一项所述的主题，并且还包括排除跨越染色体的q[0056]实施例10包括根据实施例9中任一项所述的主题，并且进一步指定所述最小长度碱基的数量除以含有所述UCN链段的染色体中的碱基的总数以产生每UCN链段的UCN碱基的碱基的归一化数乘以权重值以给出每UCN链段的碱基的加权数，其中将所述相加步骤应用于针对所有所述UCN链段的每UCN链段的碱基的加权数以产生所述UCN碱基的[0060]实施例14包括根据实施例1中任一项所述的主题，并且还包括排除所述链段中具[0061]实施例15包括根据实施例1中任一项所述的主题，并且进一步指定所述指示基因所述肿瘤样品基因组中的靶向位置处选择性地扩增核酸序列而产生；使用杂合SNP的对数几率和针对所述多个核酸序列读段确定的CNV对数比率将所述基因组分成具有同质拷贝数述常染色体中鉴定的所有所述链段中的碱基的总数以产生指示基因组不前对所述UCN链段应用最小长度阈值并且排除跨越所述最小长度阈值或更小长度阈值的[0072]实施例26包括根据实施例16中任一项所述的主题，并且还包括将所述UCN链段中的碱基的数量除以含有所述UCN链段的染色体中的碱基的总数以产生每UCN链段的UCN碱基碱基的归一化数乘以权重值以给出每UCN链段的碱基的加权数，其中将所述相加步骤应用于针对所有所述UCN链段的每UCN链段的碱基的加权数以产生所述UCN碱基的向组在所述肿瘤样品基因组中的靶向位置处选择性地扩增核酸序列而产生；使用杂合SNP的对数几率和针对所述多个核酸序列读段确定的CNV对数比率将所述基因组分成具有同质组的所述常染色体中鉴定的所有所述链段中的碱基的总数以产生指示基因组不稳定性的所述UCN链段应用最小长度阈值并且排除跨越所述最小长度阈值或更小长度阈值的UCN链[0087]实施例41包括根据实施例31中任一项所述的主题，并且还包括将所述UCN链段中的碱基的数量除以含有所述UCN链段的染色体中的碱基的总数以产生每UCN链段的UCN碱基碱基的归一化数乘以权重值以给出每UCN链段的碱基的加权数，其中将所述相加步骤应用于针对所有所述UCN链段的每UCN链段的碱基的加权数以产生所述UCN碱基的法的各种实施方案描述于美国专利申请公布2009/0127589号和2009/0026082号中。仪器200的各种实施方案可以提供可以用于并行地，诸如基本上同时从多个序列采集序列信息[0099]在各种实施方案中，测序仪器200可以确定核酸，诸如多核苷酸或寡核苷酸的序施方案中，测序仪器200可以从单个核酸分子或从一组基本上相同的核酸分子获得序列信[0100]在各种实施方案中，测序仪器200可以包括但不限于以下的多种不同输出数据文[0101]图9是用于从核酸测序仪器获得的信号数据的分析流水线的框图。测序仪器在测定的测序运行期间生成原始数据文件(DAT或.dat文件)。信号处理可以应用于原始数据以生成诸如1.wells文件的与运行的日志信息一起传输到服务器FTP位置的文件的掺入信号入。来自以上信号处理的输出是可以存储在诸如1.wells文件的文件中的每个孔和每个流法以标识最佳部分序列拟合并进行碱基调用。序列读段的碱基序列存储在未经映射的BAM来进行。与本发明教导一起使用的信号处理和碱基调用可以包括2013年4月11日公布的美国专利申请公布2013/0090860号、2014年2月20日公布的美国专利申请公布2014/0051584序列读段的方法可以包括2012年8月2日公布的美国专利申请公布2012/0197623号中描述[0104]BAM文件格式结构在2014年9月12日的″序列比对/地图格式规范″中进行了描述本发明教导一起使用的变体检测方法可以包括2013年12月26日公布的美国专利申请公布执行或实施上述教示内容和/或示例性实施方案中的任一者或多者的一个或多个特征。确定是否使用硬件和/或软件元件来实施实施方案可基于任何数量的因素，诸如期望的计算容的数据流的系统和任何合适的定制或可商购的操作系统(O/S)，其可控制