基因检测在肿瘤诊疗中应用专家共识（2022版）

基因检测在肿瘤诊疗中应用专家共识（2022版）一、共识制定背景与适用范围肿瘤基因检测是精准诊疗的核心前提，当前国内临床应用中存在检测指征把握不严、样本处理不规范、报告解读不统一、结果互认率低等突出问题，直接影响患者治疗效果与医疗安全。本共识由中国抗癌协会肿瘤临床化疗专业委员会、中华医学会病理学分会组织国内肿瘤学、病理学、检验医学、遗传学领域共47名专家，基于《中华人民共和国医师法》《医疗机构临床基因扩增检验实验室管理办法》《肿瘤个体化治疗检测技术指南（试行）》，结合2018-2022年国内多中心临床研究数据与CSCO/NCCN肿瘤诊疗指南制定，为临床规范开展肿瘤基因检测提供可执行的操作依据。

本共识适用于二级及以上医疗机构肿瘤科、病理科、检验科，以及具备合法资质的第三方医学检验实验室开展的肿瘤体细胞基因、胚系基因检测全流程，不用于科研用途的基因检测。以下行为明确不符合本共识要求：无临床指征的广谱肿瘤基因筛查、非资质实验室出具临床检测报告、以临床意义未明变异为依据推荐超适应症治疗。二、临床应用场景与检测指征肿瘤基因检测仅用于有明确临床价值的诊疗场景，严禁无指征扩大检测范围增加患者负担。1.靶向治疗用药指导◦必须检测人群：①局部晚期/转移性实体瘤患者，在启动一线靶向治疗前10个工作日内完成检测；②接受根治性手术后需行辅助靶向治疗的患者，在术后4周内、辅助治疗启动前完成检测；③靶向治疗耐药后需更换治疗方案的患者，在确认耐药后5个工作日内完成检测。◦检测范围要求：根据癌种优先选择指南明确的必检基因位点，具体包括：非小细胞肺癌必检EGFR、ALK、ROS1、KRAS、BRAF、MET、RET、HER2、NTRK共9个基因；乳腺癌必检ERBB2、PIK3CA、BRCA1/2；结直肠癌必检KRAS、NRAS、BRAF、MSI；肝癌必检MET、FGFR19。2.免疫治疗疗效预测◦必须检测人群：计划接受PD-1/PD-L1抑制剂单药或联合治疗的晚期实体瘤患者，在用药前7个工作日内完成检测。◦检测指标与判读阈值：①PD-L1表达：TPS≥50%为高表达，1%≤TPS<50%为低表达，TPS<1%为阴性；②MSI：经NGS或毛细管电泳法检出≥30%的微卫星位点不稳定为MSI-H；③TMB：组织样本TMB≥10个突变/Mb、血液样本TMB≥6个突变/Mb为TMB-H。三项指标需联合判读，严禁仅凭单一指标决定免疫治疗方案。3.肿瘤遗传易感筛查◦必须检测人群：符合以下任意一项的患者需行胚系易感基因检测：①确诊年龄≤50岁的乳腺癌、卵巢癌、结直肠癌患者；②三阴性乳腺癌、双侧原发乳腺癌患者；③一级/二级亲属中有≥2人罹患同一类型相关肿瘤的患者；④检出双侧原发肿瘤或多原发肿瘤的患者。◦检测范围：核心基因为BRCA1/2、MLH1、MSH2、MSH6、PMS2、APC、TP53，不推荐无高危因素的健康人群行全谱系肿瘤易感基因筛查。4.微小残留病灶（MRD）监测◦可应用人群：接受根治性手术/根治性放化疗的II-III期实体瘤患者，用于复发风险预警。检测时间节点为术后/根治性治疗后4周行首次基线检测，治疗后前2年每3个月检测1次，第3-5年每6个月检测1次。◦禁止应用场景：I期原位癌患者、终末期姑息治疗患者不推荐行MRD检测。三、样本采集、转运与前处理规范样本采集与前处理是肿瘤基因检测全流程中误差占比最高的环节，据2021年国家临床检验中心肿瘤NGS室间质评报告，该环节不规范导致的假阳性/假阴性结果占全部错误结果的62%。1.样本类型选择优先级◦优先选择福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）肿瘤组织/新鲜穿刺/手术肿瘤组织：要求镜下评估肿瘤细胞占比≥20%；肿瘤细胞占比10%~20%时，必须行显微切割富集肿瘤细胞后检测；肿瘤细胞占比<10%的样本严禁直接检测，需重新取材。◦无法获取组织样本时，可选择外周血循环肿瘤DNA（ctDNA）样本：需采集10ml外周静脉血，使用专用cfDNA保存管；严禁使用普通EDTA管采集后放置超过4小时分离血浆——普通EDTA管无白细胞保护剂，放置超过4小时后白细胞裂解释放基因组DNA，会导致ctDNA样本污染，假阳性率升高至35%以上。◦严禁使用胸腹水、脑脊液样本未经肿瘤细胞富集直接检测，此类样本中正常细胞占比通常超过90%，假阴性率超过40%。2.样本处理时间要求◦新鲜组织样本离体后30分钟内必须放入10%中性福尔马林溶液固定，固定时间控制在6~72小时：固定时间不足6小时会导致DNA严重降解，建库失败率升高；固定时间超过72小时会导致核酸与蛋白过度交联，测序覆盖度均一性下降30%以上。◦ctDNA样本采集后，使用cfDNA保存管的需在常温下72小时内分离血浆，2~8℃冷藏转运；分离血浆时需采用两步离心法：首次1600g离心10分钟分离上层血浆，二次16000g离心10分钟去除残留细胞碎片，分离后的血浆需在-80℃保存，严禁反复冻融超过2次。3.样本质控标准所有样本进入检测流程前必须完成核酸质检，具体合格判定标准见附件2；核酸浓度≥20ng/μl、OD260/280值在1.8~2.0之间、DNA片段主峰在150~200bp（ctDNA样本）方可进入建库流程。四、检测方法选择与性能要求检测方法需根据检测目的、样本类型、患者经济条件合理选择，严禁过度选择高成本检测方法。1.单基因热点突变检测◦优先选择ARMS-PCR法：适用于临床已明确需检测单个/少数热点突变、样本核酸量不足的患者，检测下限为1%突变丰度，检测周期≤3个工作日，检测成本低，适合基层医院开展。◦严禁用ARMS-PCR法检测未知突变、大片段融合、TMB等复杂变异。2.多基因小Panel检测（10~50个基因）◦优先采用NGS法：适用于初治晚期需同时检测多个靶向用药位点的患者，要求组织样本测序深度≥500×，血液样本测序深度≥1000×，检测覆盖所有指南要求的必检位点，检测周期≤7个工作日。◦性能要求：位点检测灵敏度≥99%，特异性≥99%，批内变异系数≤5%。3.大Panel检测（≥300个基因）◦可在以下场景应用：①晚期实体瘤多线治疗失败，需寻找跨适应症用药或临床试验机会；②需同时检测MSI、TMB、基因融合等免疫治疗相关标志物；③罕见肿瘤无标准治疗方案，需寻找潜在治疗靶点。◦严禁对I-II期可根治性手术的患者常规推荐大Panel检测，严禁以大Panel检测结果替代常规病理诊断。4.特殊变异验证方法◦NGS检出的基因融合突变丰度<2%、拷贝数变异扩增倍数<2.5时，必须采用FISH或Sanger测序法验证，验证通过后方可写入报告；MSI检测结果与免疫组化dMMR结果不一致时，以NGS测序结果为最终判定依据。五、检测报告规范与结果解读要求检测报告是连接实验室结果与临床决策的核心载体，要素不全、解读不规范的报告不得用于临床决策。1.报告核心要素（缺失任意一项即为不合格报告）◦样本信息：患者姓名、住院号、样本类型、肿瘤细胞占比、采集时间、样本接收时间、核酸质检结果；◦检测信息：检测方法、基因Panel覆盖范围、测序深度、检测下限、质控参数；◦变异结果：按临床意义分级列出变异位点，明确标注变异丰度、核苷酸改变、氨基酸改变；◦解读信息：针对有临床意义的变异，明确列出对应的获批药物、证据等级、适用癌种、临床试验信息；◦签字信息：由具备临床基因扩增检验资质的检测技师、副高级以上职称的病理医师/检验医师双签字，报告出具日期不得晚于样本质检合格后7个工作日（急诊样本≤3个工作日）。2.变异分级解读规则所有检出的变异必须分为4级，不同级别变异对应不同的临床决策权限：◦I级变异：有NMPA/FDA获批的靶向药物适应症对应，证据等级1级，可直接作为临床用药依据；◦II级变异：有CSCO/NCCN指南推荐、或已发表的III期临床试验证据支持用药，需经多学科会诊后作为用药参考；◦III级变异：临床意义未明变异（VUS），仅列入报告附录，不得作为临床用药依据，不得向患者做过度解释；◦IV级变异：明确良性/疑似良性变异，无需列入报告正文。3.特殊结果解读要求◦ctDNA检测阴性结果不能完全排除患者存在可用药靶点，需提示临床医师：若患者临床特征高度提示存在驱动突变，建议重新取组织样本复检；◦胚系致病突变检出后，必须在报告中明确提示遗传风险，建议患者及直系亲属行遗传咨询；◦MRD检测连续2次阳性（间隔≥4周）提示复发风险升高，需建议临床进一步行影像学检查。六、临床决策应用规范基因检测结果仅作为临床决策的参考依据之一，必须结合患者病理类型、分期、身体状况综合判断，严禁仅凭基因检测结果制定治疗方案。1.靶向治疗决策规则◦必须优先选择NMPA获批适应症、CSCO指南I级推荐的靶向药物，严格对应获批的变异类型，严禁将跨癌种适应症药物作为一线首选；◦超适应症用药必须满足以下条件：患者无标准治疗方案、检出II级以上变异、经医院多学科会诊讨论通过、患者签署书面知情同意书、经医院伦理委员会备案；◦严禁将III级临床意义未明变异作为超适应症用药的依据。2.免疫治疗决策规则◦MSI-H/dMMR的泛实体瘤患者，优先推荐PD-1抑制剂单药治疗；◦TMB-H且PD-L1TPS≥1%的患者，推荐PD-1抑制剂联合化疗；◦TMB<5个突变/Mb且PD-L1TPS<1%的患者，不推荐PD-1抑制剂单药治疗。3.遗传干预规则◦检出BRCA1/2致病胚系突变的患者，其直系亲属需行针对性变异位点验证，携带致病突变的健康人群，建议从40岁开始每年行1次乳腺钼靶+盆腔MRI筛查，完成生育后可考虑预防性双侧附件切除；◦检出Lynch综合征相关错配修复基因致病突变的人群，建议从40岁开始每1-2年行1次结肠镜筛查。4.MRD结果应用规则◦根治性治疗后MRD持续阴性的患者，可降阶辅助治疗强度，减少不必要的化疗；◦MRD连续2次阳性但影像学未发现复发灶的患者，不推荐直接启动抗肿瘤治疗，需缩短随访间隔至每1个月1次，待影像学确诊复发后再行治疗。七、异常结果处置流程检测全流程出现异常时必须按分级响应原则处置，避免错误结果误导临床决策。1.一级响应（检测失败）◦判定标准：样本质检不合格（肿瘤细胞占比不足、DNA降解、溶血、凝血）、建库失败、测序数据质控不合格（Q30<85%、覆盖度<98%）；◦处置流程：实验室必须在发现问题后2个工作日内告知管床医师，明确说明失败原因，优先建议重新取材；无法重新取材的，与临床医师沟通后可更换为灵敏度更高的单基因PCR检测；检测费用由检测机构承担，不得向患者重复收费。2.二级响应（结果矛盾）◦判定标准：同一患者不同时间点检测结果不一致、NGS结果与FISH/IHC/PCR结果不一致、不同检测机构出具的结果差异较大影响临床决策；◦处置流程：由检验科、病理科、管床医师三方组成会诊小组，重新提取留存样本核酸复检，必要时采集新样本采用第三种方法验证，会诊结论存入患者病历；结果确认后24小时内告知患者，重新出具更正后的报告并标注更正原因。3.三级响应（高风险结果）◦判定标准：检出高外显率致病胚系突变、检出罕见变异提示患者用药可能出现严重不良反应、MRD阳性提示极高复发风险；◦处置流程：实验室在结果确认后12小时内告知管床医师，管床医师需在24小时内安排主治医师以上职称人员告知患者及家属，同步安排遗传咨询或多学科会诊，严禁直接将高风险结果交由非医务人员转告患者，避免引发心理恐慌。八、质量控制与监督管理要求严格的质量控制是肿瘤基因检测结果准确可靠的底线，所有开展相关检测的机构必须满足以下要求。1.实验室资质要求◦开展肿瘤基因检测的实验室必须取得《医疗机构执业许可证》，具备临床基因扩增检验实验室资质；NGS实验室必须严格按试剂准备区、样本制备区、扩增区、测序区分区设置，各区相对压力梯度为-10Pa，防止气溶胶交叉污染；◦严禁未取得临床基因扩增检验资质的机构、个人开展肿瘤临床基因检测，严禁使用科研试剂出具临床检测报告。2.人员资质要求◦实验室检测人员必须持有临床基因扩增检验技术人员上岗证，每年接受不少于24学时的肿瘤基因检测相关继续教育；◦报告解读人员必须具备医学遗传学、肿瘤学、病理学相关专业中级以上职称，经专项培训考核合格后方可独立出具报告。3.室间质评要求◦实验室必须每年参加2次国家卫生健康委临床检验中心组织的肿瘤基因检测室间质评，所有检测项目室间质评成绩必须达到100%合格；◦室间质评成绩不合格的项目必须立即暂停临床检测，整改后经省级临检中心验证合格后方可恢复。4.结果互认要求◦对于已取得省级以上临检中心室间质评合格资质的机构出具的肿瘤基因检测报告，若样本采集时间在有效期内（组织样本12个月、血液样本6个月）、患者治疗过程中未出现耐药表现，医疗机构应当予以互认，严禁无理由要求患者重复检测。以下附件为临床应用可直接复用的工具模板，各机构可根据实际情况微调。附件1肿瘤基因检测申请单（模板）项目类别填写内容患者基本信息姓名：性别：年龄：住院号/门诊号：联系电话：138******临床诊断癌种：分期：病理类型：既往治疗史：样本信息样本类型：□FFPE组织□新鲜组织□外周血□其他采样时间：采样部位：检测目的□靶向用药指导□免疫治疗预测□遗传易感筛查□MRD监测检测项目选择□单基因检测（位点：）□小Panel靶向基因检测□大Panel全景基因检测□MSI/TMB检测申请信息申请医师：申请科室：申请时间：患者知情同意签字：附件2肿瘤基因检测样本质检合格判定标准样本类型核酸浓度要求纯度要求其他要求不合格处置建议FFPE组织≥20ng/μlOD260/280=1.8~2.0肿瘤细胞占比≥20%，固定时间