内源性Co-IP（免疫共沉淀）结果怎么看？从这些SCI期刊文章中找答案（完整版）

内源性Co-IP（免疫共沉淀）结果怎么看？从这些SCI期刊文章中找答案（完整版）免疫共沉淀（Co-IP）是用于验证两个蛋白质是否存在互作的经典实验方法，用抗体将目的蛋白（Bait）及其复合物从细胞裂解液中“拉”下来，再检测复合物中有没有其他蛋白（Prey）。看懂Co-IP图是我们读SCI文章的“童子功”。面对结果图，我们应该按照怎样的顺序来看呢？看图第一性原则：Input→IP→IB→阴性对照·Input：确定蛋白有没有表达。样品是未进行免疫沉淀前的细胞裂解液，利用内参抗体、Bait抗体和Prey抗体进行WB实验。结果有阳性条带则说明细胞表达互作的蛋白。·IP：表示Bait蛋白是谁、磁珠上挂的抗体是哪个、免疫沉淀后的产物有谁，表示用什么抗体把目标蛋白及其复合物富集下来。·IB：Immunoblot，指WB所用的抗体，回答免疫沉淀后的复合物中有什么，确定哪些蛋白存在互作。·IgG：阴性对照，IgG抗体不结合任何蛋白，在免疫沉淀过程中不会富集任何蛋白，因此检测结果无条带，排除非特异性结合。一、低配版：点对点内源Co-IP直接通过细胞表达的目标蛋白进行免疫沉淀，不需要进行外源的标签蛋白过表达，实验结果接近蛋白在生理状态下的真实互作情况。源自文献：doi:10.1080/15548627.2023.2182482上图是较简单的Co-IP实验结果图，通过GPCPD1抗体进行免疫沉淀，免疫印迹检测GPCPD1和LYPLA1均有条带，说明两者间存在相互作用。详细解读如下：·IP：说明用什么抗体进行免疫沉淀，这里阴性对照是IgG抗体，诱饵蛋白是GPCPD1，用它的抗体“拉”蛋白。·Input：细胞总蛋白提取物（未进行免疫共沉淀的样品），是实验的阳性对照，有条带说明细胞中存在相关的蛋白，验证样品制备没有问题。·IgG：阴性对照，排除非特异性结合。·IB：是WB检测所用的抗体，IP复合物通过两种不同的抗体检测，对应靶点蛋白均有条带，说明复合物中含有GPCPD1和LYPLA1蛋白，两者间有互作。二、Pro版：双向验证为了使文章更有说服力，我们常做双向验证，正拉（IP:A→IB:B）能检出B，反拉（IP:B→IB:A）也能检出A。源自文献（doi:10.1038/s42003-026-10070-w）如这张双向Co-IP结合WB的结果图，实验样品为人非小细胞肺癌细胞（PC-9），目的是验证FGL1蛋白与TRIM21蛋白在细胞内是否存在互作。电泳图泳道解读泳道说明InputPC-9细胞总蛋白，作为阳性对照，验证细胞内蛋白表达、抗体有效性IgG阴性对照，排除抗体非特异性结合FGL1用FGL1特异性抗体进行免疫沉淀（IP），捕获FGL1及其结合的蛋白复合物TRIM21用TRIM21特异性抗体进行IP，捕获TRIM21及其结合的复合物上半部分（正向）：用FGL1抗体沉淀，检测复合物中是否有TRIM21（分子量约54kDa）。结果显示，在两张胶图中Input泳道均匀条带，说明PC-9细胞内表达TRIM21和FGL1蛋白。IgG无明显条带，说明IP没有非特异性蛋白结合。IB:TRIM21在FGL1泳道中出现明显条带，说明FGL1抗体沉淀的蛋白复合物中存在TRIM21蛋白。同时，IB:FGL1结果中有条带，说明蛋白复合物中有FGL1，证明FGL1抗体的IP实验成功有效。下半部分（反向）：用TRIM21抗体沉淀，检测复合物中是否有FGL1（分子量约34kDa）。结果显示，Input和IgG泳道均符合实验设计，说明整个实验操作正确。IB:FGL1在TRIM21泳道出现条带，说明TRIM21抗体沉淀的蛋白复合物中存在FGL1蛋白。同时，IB:TRIM21结果条带位置正确，证明TRIM21抗体的IP实验结果可信。三、Max版：多细胞验证源自文献：doi:10.1038/s41467-024-49087-2这张图片看似复杂，其实跟以上的图片一样，同样是双向Co-IP验证。只不过是用Huh7和PLC/PRF/5两种人肝癌细胞系进行了重复实验，并增加了内参蛋白（β-actin）检查项，使结果更加可靠、可信，实验设计更完整。图片解读可以按照“Input→IP→IB→阴性对照”的顺序分区域进行，如图红框所示是一个完整的Co-IP循环。以正向验证（c）图为例：Input总蛋白是WCL（全细胞裂解液），分别用FBXO7、PRMT1抗体进行WB检测，结果显示有条带，说明细胞表达目的蛋白。本实验对内参蛋白进行了检测，条带亮度一致，说明上样量一致。IP实验先以PRMT1为诱饵蛋白进行检测。免疫沉淀复合物（IP）分别用FBXO7、PRMT1抗体进行WB实验，结果均有条带，说明两者存在互作。IB:XXX表示免疫印迹检测的蛋白和对应使用的抗体。阴性对照（IgG）在IP复合物中无条带，说明IP不存在非特异性结合。在全细胞裂解液中显示条带，说明蛋白表达正常。按照这个思路就可以逐步把图片解读