Chem3D常用功能使用教程

1、.1，介绍Chem3D，提供功能制作结构：三维旋转；读取ChemDraw结构；为定量结构进行结构优化计算；结合了多种量子化学软件。chem3D是3D分子结构演示软件，2，Chem3D启动界面，3，主界面，Chem3D启动界面，4，工具栏，模型窗口，模型类型，3d视图，切换ChemDraw，图标工具栏，模型数据窗口，展开(收缩)窗口，消息窗口，状态栏，5，选择，轨迹球，单个关键点，双关键点，虚拟关键点，文本，橡皮擦，调整大小，6，显示设置，7，视频设置，模型显示设置，立体显示，弹出信息，配体显示，结构显示，原子标记，原子显示，颜色选项，8，显示设置属性，模型类型，线模型，栏模型，球棒模型，圆柱键

2、模型，缩放模型，9，功能区模型，10，结构显示不同，View/Setting/Model Dispaly菜单或F6键：5，wireframe，sticks，ball-sticks，cylindrical bonds，11，11，带状模型常用于生物分子。12，也就是说，如果模型的部分根据观察者的角度进行不同着色，则三维结构显示完全相同的两个模型，指示模拟模型的角度，观察模型更接近实际情况，显示模型时对后面的部分进行着色，从而使模型的立体感更强。13，14，选择单键工具，在模型窗口中右键单击，圆柱键模型，1 .使用关键点工具创建模型，创建3D模型，15，线性模型，16，条形模型，17，球杆模型，1

3、8，比例模型，19，选取轨迹球工具，模型视窗中的分子模型是x、y、x、y轴旋转指示，20，选择“轨迹球”工具，按Alt键，在模型窗口中沿z轴旋转分子模型，显示z轴旋转，21，模型结构信息，光标位于原子上，自动显示原子信息，22，在工具栏上显示原子的符号和编号，23，光标位于关键点，自动显示关键点信息，模型结构信息，24，有关模型的其他信息，显示键长度变化，显示键角度变化，显示所有不相邻原子的距离的二面角标记，25，模型的密钥长度数据，26，模型的密钥长度和密钥角度数据，27，乙烯模型的双键信息，28，更改关键点级别，29，显示氢和孤电子，30，环己烷，原子名和序数，不显示氢和孤电子。31，选择

4、工具，双击原子，然后按顺序更改原子序列号，32，隐藏或显示其他原子，调整颜色以显示中心移动元素符号显示元素编号显示实际球体显示光栅曲面，调整键长度键级别添加最近的组合质心反转调整矩阵，隐藏选定部分隐藏未选定部分显示所有原子显示相邻原子显示背面定义组，33，使用键工具生成的结构，键角和键长可能不正常，结构整理，34，环己烷的椅子结构，35，使用“文本”工具输入结构，2 .使用文本工具创建模型。36，按Enter自动转换为模型，37，括号表示分支链，38，39，结构整理，40，简单的优化观察分子变化，41，4-甲基-2-戊醇模型，42，生成1，2-双甲基环戊烷模型，43，44，精加工结构，45，I

5、buprofen(布洛芬)型号，46，47，10肽模型生成，48，49，12-丙氨酸醇分子模型生成，50，51，更改显示方式，模型类型窗口：52，设置为线性模型，53，54，设置为ribbon模型，55，a-螺旋模型，56，使用子结构创建模型，3 .使用子结构创建模型，57，子结构模型库，58、选择所需的子结构，然后复制、复制、59、粘贴复制结果、60，在子结构中编辑，61，4。使用样板建立模型，62、63，在chemdraw上绘制的分子结构，粘贴到Chem3D上，5 .ChemDraw和Chem3D信息转换，64，Chem3D中绘制的分子模型，在ChemDraw中复制和粘贴，65，(1)寻找

6、原子的范德瓦尔斯半径view atom types.tbl视窗，寻找各种环境中各种元素的半径，计算功能示范，66、67、68，(2)观察分子大小，构建苯模型。启动view以显示Suface对话框。“solid”选项用于选择分子表面的类型。100，69、70，71、72，73，view/solvent accessible菜单甲苯结构，74，(3)分子体积计算苯模型。运行“Analyze”Compute Properties，然后在“Available Properties”选择框中选择“connolly solve-excluded volume SVE-chempropsted”Ok、75，

7、76，77，78，79、80，(4)结构能量，81、旋转模型、对齐相交、82，总能量计算，83，空间位置阻力：0.977kcal/mol，计算结果，84、模型的二面角数据、85，数据与模型相对应。86、原子符号和序列号标记，87，旋转，数据相应地更改，88，(5)分子轨道(HOMO和LUMO)，以双键绘制乙烯分子，89，显示音轨时必须选择，90，分子轨道选择，91，选择HOMO轨迹，显示HOMO轨迹，6个轨迹选项HOMO和LUMO，根据选定轨迹显示实体(屏幕显示点显示半透明)，92，乙烯分子的HOMO轨道，93，选择LUMO轨迹，94，乙烯分子的LUMO轨道，95、96、97、98、99、100，101，102，其他计算，从头开始安装程序：Gamess Gaussian。半经验或分子动力学计算mechanics mopac (am1，mindo/3，mndo，PM3)计算：计算性质、最小能量、转换状态最佳化、频谱分析、103，模型的输入和输出：以NaCl决定为例FileTemplateNaCl Crystal。选择C3T以使用Space filling显示模型。多种格式，默认格式。可以保存c3t。可以保存为Jpg等。还具有动画显