基因组测序的原理与方法.ppt

1、a，1，大规模基因组测序的原理和方法，胡松年husn，a，2，周期表的发现将为20世纪物理、化学研究和开发奠定基础，周期表，基因组序文图为21世纪生命科学研究和生物产业发展奠定基础！“基因组”-“周期表”，人体解剖学为当前医学发展奠定了基础。a，3，生命的奥秘藏在“四字天书”里，基因组是最基本的生物信息之一信息的载体。也是生命本质研究的起点和生物信息的归宿。基因组学研究包括对基因产品(转录子群和蛋白质组)的系统生物学研究。基因多态性的大规模研究是基因组多态性的研究。基因组学的研究必须上升到细胞机制、分子机制、系统生物学的水平。基因组的起源是进化和物种起源是进化等新的科学领域。由于基因组信息是天

2、文计算和大规模积累的，其深入研究必将形成新的学科。a，6，基因组学是一门大科学，基因组中的信息用于发现和解释具有普遍意义的生命现象及其变化、内在规律和相互关系。基因组的信息含量高。基因组学的研究在于基因组之间的比较。基因组学的复杂性必然导致多方面的引进和介入(各生物领域、医学、药学、计算机科学、化学、数学、物理、电子工程、考古学等)。基因组学研究的手段和技术已经站在生命科学研究的前列。基因组信息来自高效、大规模生成的实验数据。人类基因组计划证明了基因组研究的紧迫性和可行性。a，7，基因组和生命的奥秘，基因组的出现和进化。基因组DNA成分的变化，GC百分比，嘌呤：嘧啶的保存。基因编码的发生、开发

3、和进化。切割内含子(特别是比100，000核苷酸大的内含子)，然后运输和分解。最小内含子的生物学意义。基因分布中动物基因组和植物基因组的共性和个性。物种进化过程中基因组水平的变化。基因组大小变化与基因、分子、细胞机制的关系。“JUNK DNA”的发生、分类、进化和功能。，a，8，排序设备专有和高速度替换，a，9，排序设备开发现状，第一代(可靠性要求)ABi 3130 xL 3730 xL 3500 xL，第三代(即将推出)he licos bisosciences 第二代(高速开发)Roche genome sequencer flx system GS junior system illum

4、ina genome analyzer iix miseq his eq 1000 his eq 2000 life technologies(ABI 产前双脱产末端终止法PCR技术DNA自动测序仪开发生物信息学分析硬件和软件设施，a，11，双脱产末端终止的意思，a，12，聚合酶链反应(PCR)原理，反应所需物质：DNA模板， .atgctaggcctagctcgga.ATGCCGTAGGCCTAGCTCGGA.基因组DNA，BAC库，根据物理地图适当定位的BAC或contig，用于酸定序的候选克隆，用于酸定序的仿射，定序和组装，完整基因组序列，逐级克隆， the human genome i

5、s likey to be the only large sequencing project carried to completion by the methods descripd in this issue . ma Y nard v . Olson 4X)，Finished Genome(99.99%；8X)、Gap1、Gap2、Chromosome、工作草稿(框架图)和完成度；a、19、BAC by BAC、a、20、The sequence of基因图也称为链图(linkage map)，是基因或DNA标记的相对位置和遗传距离的物理地图，是DNA标记序列(例如STS)的路标，是D

6、NA的实际长度，即BP、kb、Mb，是地图距离的基因组地图。转录图使用EST(expressed sequence tags表达序列标记)作为标记构建的分子遗传图谱序列图作为基因组测序，以a、t、g、c标记为单位的基因组DNA序列、a、22、逐级克隆法、标记之间的距离或图形距离是“基础对”(base pair)；)等物理距离。Bp、Kb、Mb)。最细致的物理图是核苷酸流程图，最粗略的物理图是染色体配置图。STS地图是最基本、最有用的染色体物理地图之一，序列标签站点(STS)本身是一个特殊的短序列(每个STS在基因组中是唯一的)，它将STS用作符号(平均每100Kb一个)，有关随机基因组序列表达

7、基因序列的信息，如STS的来源、微卫星标记等，在基因组数据库GDB中为，a，25，确定物质图形光谱结构的阶段，确定每个STS的顺序和在基因组中的位置，包括按特定STS过滤和定位克隆的STS的克隆指定基因组数据库(GDB)中至少包含24568个STS标记信息，a，26，存储库和信息，托架的基本要求，以及耐药性大小、易于分离和纯化的副本数、包含特定有机体所有基因随机片段的重组DNA复制组、载体：能够将外源DNA携带到宿主细胞的工具、质粒载体、噬菌体载体、细菌人工染色体等常用载体、宿主：能够承载外来物种DNA片段的生物体，通常是大肠杆菌、细菌插入具有外源DNA

8、片段的BAC载体，在包含氯霉素的固体培养基中，将、STS-PCR反应池体系分别具有相同外源DNA片段的单个克隆、a、28 ，regional mapping，a，33，Beijing map，a，34，a，35，总计48个，每组8个，96个孔每8个超池12 3 5 6 7 8 9 10 11 12，超级池(8个96孔口，共768个克隆)，主板池(96个克隆)，行池(12个克隆)，列池(8个克隆)，过滤工作量大幅减少， BAC Screening的前48个示例来自标头OGG1.51的sp (superpool)过滤器结果48个示例来自标头OGG1.52的sp (superpool)过滤器结果，a，40，标头OGG1.52来自sp#27，34，34 因此，种子复制必须通过指纹(FPC方法)或结束序列阶段移动等进行扩展，以形成连续的克隆组。使用扩展方法筛选的克隆称为扩展复制副本。、Contig 1、Contig 2、重叠序列、重叠序列、延伸引物、筛选出的延伸翻制、a、，a，45，hind iii