第四章 医学信息检索

1、,第四章医学信息检索第一节美国医学索引（IM）,一、概况美国医学索引（IndexMedicus，IM）是驰名世界的医学文献检索刊物，由美国国家医学图书馆（NationalLibraryofMedicine,NLM）编辑出版。创刊于1879年。IM收录了世界上72个国家和地区、43种文字出版的3300余种医学及相关学科期刊上的论文，此外还收录重要的会议录和专著，遍及生物医学的各个学科。年报道文献量30多万条。其中约70%取自英语出版物。1964年采用电子计算机系统编排后，大大加快了报道速度，时差一般为2-3个月，最短时差仅一个月。,该刊历史悠久，收集文献种类多，报道速度快，内容全面，检索方法简便

2、，是当今国际上公认的最重要的医学情报检索工具之一。医学索引有月刊和年刊两种。月刊每年12期，合为一卷。另有医学主题词表和医学索引索及期刊一览表。,二、编排与著录医学索引月刊和年刊的正文部分均包括三个部分：主题部分著者部分综述文献部分正文部分的条目按主题词或著者姓名的字顺编排。,1主题部分按主题词的字母顺序排列。主题词下如有副主题词，副主题词也按字母顺序排列。同一主、副题词下的条目较多时，则按语种编排：英语文献排在最前面；用其余语种发表的文献题录则按语种代码的字顺编排，它们的篇名均用方括号括起来以示区别。每个语种下的条目再按刊名缩写的字顺编排，刊名相同时，则进一步按卷、期、页次编排。每条题录可用

3、多个主题词标引。,CECALNEOPLASMSPATHOLOGYAcaseofcecumcancermetastasizingtothespleenafterrighthemicolectomyFukuA,etal.NipponShokakibyoGakkaiZasshi1997Jan;94(1):33-7(8ref.)(Jpn)说明：主题词；副主题词；篇名（均用英文著录；非英文文献译为英文，外加方括号）；著者姓名（只著录第一著者，其余著者则用etal表示）；文献出处（包括刊名缩写、出版年月、卷次、期次和页数）；参考文献篇数（意指该文献为综述性或评论性文章，引用了若干篇参考文献）；语种代码。,

4、2著者部分按著者姓名字顺排列。在“著者部分”，同一文献的合著者均分设条目，但仅在第一著者的姓名下详细著录。合著者后无题录，只以“see”参见第一著者。匿名著者的条目排在著者部分“Z”姓著者的后面，按刊名的缩写字顺排列，文章题目用原语言著录，以便与主题索引中它们的英文译题相对照。无论是在“主题部分”或“著者部分”，均不著录著者所属机构及其地址。,FasselCseeStahlVStahlV,GarciaE,HezardB,FasselC.MaitrisedelacontaminationparListeriamonocytogenesdanslesexploitationslaitiereset

5、lindustriefromagre.PatholBiol(Paris)1996Nov;44(9):816-24(Eng.Abstr.)(Fre)说明：著者（在第一著者的条目中，最多可著录10位著者。各位著者的姓名间用逗号隔开）；篇名（1、英语以外的西方语种用原文种著录；2、中文、日文、朝鲜文等文种译为英文，并用方括号括起；3、俄文、保加利亚文、希腊文等文种用音译篇名。）；文献出处；非英文文献而有英文文摘；非英文文献注明文种；合著者。,3综述文献部分医学综述题录是专门报道综述性和评论性文献的题录。这些文献是作者在阅读了大量参考文献的基础上撰写而成的，质量高，价值大，所以IM除在主题部分中报道外

6、，又把它们抽出来单调编排，重复报道，以突出其重要性，引起读者注意。但在主题部分中，只有著录有参考文献项的题录才出现在综述文献部分。本部分的编排与主题部分一致。“0ref.”表示在原始刊物里此文下未列出参考文献。,三、医学主题词表NLM于1960年编制出版了医学主题词表（MedicalSubjectHeading,MeSH）。该表收集了1.6万多个主题词，并设立各种参照和注释，副主题词82个。主题词和副主题词是规范化词汇。MeSH是一部动态词表，为了保持与科学发展同步，每年都有一定数量的词汇增删变动。它是NLM对医学文献标引的依据，也是用户检索医学索引的入口。,医学主题词表由两大部分构成。第一部

7、分是按主题词字顺排列的“字顺表”（AlphabeticalList），第二部分是“树状结构表”（TreeStructures），又称“范畴表”.1字顺表：将全部主题词按字母顺序排列，每个主题词下都附有树状结构号，有些主题词下还有历史注释和参照系统。AbdominalMusclesA2.633.567.50+93;wasABDOMINALWALL1963-92XAbdominalWall,字顺表中的参照系统：（1）“see”（用）和“X”（代）：用、带参照（2）“seerelated”（参）和“XR”（反参）：相关参照（3）consideralsoTermsat：也须考虑参照（4）主题词/副主题

8、词组配参照：不得使用无效的主题词/副主题词组配方案，应当使用词表中已经设计好的主题词作为检索方案。,字顺表中的主题词一般均用正常的词序，但为了使概念相近的词汇集在一起，有时也采用倒置词序，如：SHOCK休克SHOCK，CARDIOGENIC休克，心源性SHOCK，HEMORRHAGIC休克，出血性SHOCK，SEPTIC休克，败血症性SHOCK，TRAUMATIC休克，创伤性以此种方式可起到族性检索的作用。,医学主题词表每年都有一些增减或修改。这种情况体现在两种附表中，即年新增主题词表;年删去主题词表。除这两种表外，在字顺表中对主题词的变更情况也有详细记录。副主题词与有关的主题词组配使用。每个

9、副主题词只能与其后面括号内所标明的特定类目中的主题词组配。例如drugtherapy(C1-23,F3),表示该副主题词只能与C1-23类和F3类下属的主题词组配。,2树状结构表:树状结构表将字顺表中的主题词按照每个词的词义范畴和学科属性，分别归入15个大类之中，多数大类又进一步细分多达9级。每一级类目用一组号码标明，级与级之间用“.”号隔开。主题词上、下级之间采用逐级缩进格式表现主题之间的隶属关系，每个主题词都有一个或两个以上的树状结构号，该号是联系字顺表和树状结构表的纽带。现摘录范畴表片段如下：,NervousSystemA8CentralNervousSystemA8.186BrainA

10、8.186.211ProsencephalonA30TelencephalonA30.885BasalGangliaA30.885.105CorpusStriatumA30.885.105.487NeostriatumA30.885.105.487.550PutamenA30.885.105.487.550.784,第二节MEDLINE互联网检索(FreeMEDLINE)1997年6月，美国国立医学图书馆在美国国家生物技术信息中心（NCBI）的主页上推出免费的Me

11、dline数据库，通过Internet向全世界开放。,PubMed:/PubMed/PubMed是由NLM的国家生物技术信息中心开发的一个实验系统，主要用来检索国家生物技术信息中心尚未出版或正在出版的文章。链接众多出版商的因特网网址可得到文献的全文。在这个主页上，除了可以检索Medline和Premedline两个数据库外，还可查到一些分子生物学方面的数据库。,一、PubMed数据库PubMed可检索的数据库实际上是有许多期刊出版商参与共建的MEDLINE数据库的扩充版，包括MEDLINE记录、PreMEDLINE记录（尚未完成MeSH标引的

12、最新记录）以及出版商直接提供的其他记录Recordsuppliedbypublisher。每条PubMed记录都标有一个PMID记录号。来自不同子集的每一条记录有相应的标识，它们是：PubMed-indexedforMEDLINE,PubMed-inprocess,PubMed-assuppliedbypublisher.,此外，在检索过程中出现的PubRef被认为是比PubMed更大的数据库，除包括PubMed记录之外，还包括更广泛的出版商网站上的如物理、天文等方面的科学期刊论文原文。,二、PubMed基本检索功能1支持布尔逻辑检索与截词检索在提问栏中可使用布尔逻辑符、截词符。但布尔逻辑符号

13、必须使用大写。布尔逻辑检索允许在检索词后附加字段标识以限定检索字段，字段标识要用方括号括起来。截词符采用“*”号表示。每个词干，仅限于150个单词。使用截词检索时，将不执行自动转换功能，并且只限于单词，对词组无效。,如输入XiaJAUANDgeneTextWord的表达式，系统会查找作者“XiaJ”发表的有关“gene”的文献。主要字段标识如下：,字段标识字段名称字段标识字段名称ABAbstractADAffiliationAUAuthorNameCYCountryDPPublicationDateEDATEntrezDateIPIssueLALanguageMHMeSHTermsMHDAMe

14、SHDatePGPageNumberPSPersonalNameasSubjectPTPublicationTypeSBJournalSubset(notpubref)SOSourceTAJournalTitleAbbreviationTITitleWordsVIVolume,2自动转换提问词(AutomaticTermMapping)PubMed设有自动转换功能，它将输入检索框中的检索词按一定的词表或索引顺序逐一进行对照、匹配，然后自动转换成词表或索引中相应的词，检索词之间默认的逻辑关系为AND，系统按自动转换后的检索策略进行检索。其顺序为：MeSH转换表、刊名转换表、短语表、作者索引。在提

15、问栏中输入单个或多个词，PubMed系统会自动在主题词表、期刊名表、短语一览表及作者索引中查询与输入单个词或多个词相匹配的形式。,（1）MeSH转换表：包括MeSH词、参见词、副主题词等。如果输入的是一个关键词，系统会找出与之对应的MeSH词，以文本词（即关键词）与MeSH词形式同时进行检索。例如输入taxol，系统转换为(“paclitaxel”MeSHTermsOR“taxol”TextWord的形式进行检索(paclitaxel为taxol的MeSH词）。,如果输入的是多个词，系统未能在上述四个表中找到与之一致的词组形式，会自动将每个词用“AND”联结起来进行检索。例如，输入提问式tax

16、ollungcancer，系统转换为以下检索式：(“paclitaxel”MeSHTermsORtaxolTextWord）AND(“lungneoplasms”MeSHTermsORlungcancerTextWord)ANDnotpubrefsb)。如果不愿系统对提问词进行转换，可以对提问词加双引号加以限制，如“paclitaxelANDlungneoplasms”。,（2）刊名转换表：包括刊名全称、MEDLINE形式的缩写和ISSN号。该转换表能把键入的刊名全称转换为“MEDLINE缩写JournalName”后进行检索。（3）短语表：该表中的短语来自MeSH、含有同义词或不同英文词汇书

17、写形式的UMLS和补充概念（物质）名称表。如果在MeSH和刊名转换表中未发现与检索词相匹配的词，系统就会查找短语表。,（4）作者索引：如果键入的词语未能在上述各表中找到相匹配的词，或者键入的词是一个后面跟有1-2个字母的短语的话，系统会查著者索引。如果仍然找不到匹配词，系统就会把短语词断开后再重复上述自动词汇转换过程，直到找到与键入的词语相匹配词。若仍然没有匹配词，单个词会被用“AND”连在一起在全部字段中检索。,3自动扩展检索如果没有特殊说明，系统会自动对主题词、副主题词进行扩展检索。如提问式为Hypertension/therapy，系统会自动扩展查找有关高血压的药物治疗、饮食疗法、肾性高

18、血压的预防、护理等方面文献。如果不愿进行扩展检索，可以使用标识符“noexp”，如“hypertensionmh:noexp”或“hypertension/therapymh:noexp”，后者对主题词和副主题词都不进行扩展检索。,4作者姓名自动截词检索若名为单个缩写，系统自动进行截词检索。如，DengH的提问式会自动查找“dengHX”、”DengHW”等作者姓名形式的文献。如果只输姓，则系统将在MeSH转换表、短语表以及作者索引中进行匹配。,5刊名检索在检索框中可以输入刊名全称、MEDLINE标准缩写形式以及ISSN号，系统将在刊名字段检索。若刊名与MeSH词表中的词相同，例如：GeneT

19、herapy,Blood或Chest等，系统将这些词作为MeSH词检索。在这种情况下，需要用刊名字段标识“ta”加以限定，如GeneTherapyta,Bloodta，否则，系统将在全部字段中检索。使用刊名全称或MEDLINE简称可检索到数据库中的全部相关记录。但刊名缩写中有括号，输入时应将括号省略，如：JHandSurgAm应输入“jhandsurgam”。使用ISSN号进行检索，则不能保证检索到数据库中较早的记录。,三、各项检索功能1“Limits”功能键：限制条件进行检索Limits能有效地控制文献检出量。PubMed可限制检索条件有限制字段、文献类型、年龄段、性别、文种、出版时间等。此

20、外还有“Subsets”选项，可指定检索PubMed数据库某一部分：MEDLINE、PreMEDLINE、或者出版商直接提供的其他记录，或者是某一专题的子集。至2001年2月能检索的专题子集有：AIM、Dental、ComplementaryMedicine、Nursing、AIDS、Toxicology。,限制检索条件一经确立，对以后的提问式将持续起作用，用户必须重新选择，才能取消或者更改已有的限制条件；如果选择年龄段、性别及研究对象等三个限制条件，检索结果只限于MEDLINE记录，不包括PreMEDLINE记录及出版商直接提供的其他记录。1975年前出版的文章在MEDLINE记录中没有文摘

21、。,2“Previews/Index”功能键：预检索和字典检索点击此功能键，进入预检索界面。点击Preview按钮与点击Go按钮不同的是，前者只返回命中文献的篇数而后者是直接显示检出的文献记录。前者便于用户能尽快根据命中数决定下一步的修饰检索。,例如，在提问栏键入作者名XiaJH（夏家辉），点击Preview按钮，系统命中篇数是87；然后修饰检索，在界面下方的修饰检索提问栏中键入clone，并点击逻辑算符AND，再点击Preview按钮，系统返回检索结果5篇。如欲进一步获取该篇题录，可点击该命中数超链。预检索中的Index按钮，类似于前面讲过的字典检索。,3“History”功能键：查看检索史

22、并利用已有的检索提问式进行检索用户可通过点击“History”功能键来查看检索史，并可直接利用已有的检索提问式序号编入新的提问式进行检索。例如用户已经完成了8个提问式的检索，其中第8个提问式为查找有关“肺癌”的文献，用户想进一步检索有关“吸烟与肺癌”方面的文献，只需在提问栏输入smokingAND(#8)即可（AND必须大写）,或者直接点击弹出的AND也可。PubMed最多存储100个检索式。若超过100个自动删除最早的检索式。,4检索策略的修改检索策略的制定不是一蹴而就的事，需要多次试检，根据反馈结果逐步调整检索策略，才能最终获取自己满意的文献。PubMed提供了丰富的功能选项来帮助用户修改

23、检索策略：（1）PubMed的提问栏始终处于活动状态，用户可以随时在此修改检索策略；（2）上述的“Limit”、”Preview/Index”、”History”功能键都可以用来修改检索策略；,（3）”Details”功能键：位于检索结果显示屏，点击此键后，系统会详细显示用户的提问词及PubMed转换后的检索词及完整检索表达式，用户可在“PubMedQuery”提问栏内直接对表达式进行修改，再次发出检索请求“Search”；在此界面的另一个功能选项“URL”，能将本次的检索页面存储在用户浏览器的“我的收藏夹”内，用户下次只需打开“我的收藏夹”就能再次运行本次的检索策略，十分方便。,四、辅助检索

24、服务(PubMedServices),1JournalDatabase：查找指定期刊上的论文。可从期刊的全称、缩写及国际标准期刊号(ISSN)中的任一项入手，查找在指定期刊上发表的论文。该网页的“linkstofull-textwebsites”超链接能获取联机提供原文的期刊名单。,2MeSHBrowser：查询并选择MeSH词进行检索。,3SingleCitationMatcher及BatchCitationMatcher：查找特定记录。SingleCitationMatcher（单篇文献匹配）可以从期刊名、出版日期、年、卷、期、论文起始页码及作者姓名中的任一项或多项组合检索特定单篇或一组论

25、文。BatchCitationMatcher（批量文献匹配）适于一次性查找大量特定记录，用户须按以下格式输入其查询请求。期刊名称出版年卷论文起始页码作者姓名用户给该组论文命名,4ClinicalQueries：查找临床相关文献。专供查找某一疾病的治疗(therapy)、诊断(diagnosis)、病因(etiology)、预后(prognosis)及clinicalpredictionguide等五个与临床密切相关方面文献，用户可在上述五个方面任选一项或多项进行检索。此外，还设有两个可选项：Sensitive（灵敏度）和Specific（专指度）。选择“Sensitive”，系统检出的文献多一

26、些，但有些文献可能不很相关；选择“Specific”，系统检出的文献少一些，但更确切。,5SpecialQueries,五、检索结果显示及记录相关资源获取1检索结果显示,PubMed返回的检索结果初始显示格式为“Summary”，还有“Brief、Abstract、Citation、MEDLINE、ASN.1、XML/SGML”等六种显示格式可供选择。Summary、Brief两种格式仅显示题录；Abstract、Citation两种显示格式能获取文摘，如果该记录能联机获取全文，这两种格式会带有期刊名链接；MEDLIN格式为带字段名缩写的EMEDLINE全记录；ASN.1及XML/SGML格式适于程序开发。格式选择可利用“Display”功能键及其下拉菜单。,命中记录按该记录被输入PubMed时间排序输出，最新的排在最前面。每页显示记录数默认值为20，“Show”功能键所带的下拉菜单可以更改每页显示记录数，可选项从5条到500条不等。“Text”功能键能使检索结果以纯文本方式显示，屏蔽左栏菜单及功能键