《疾病基因序列分析》PPT课件.ppt

1、目的基因的PCR扩增及其扩增产物的鉴定分析、综合设置修订性实验，该实验共包括以下6个部分的第一部分，目的基因选择第二部分，PCR引物设置修订第三部分，PCR实验操作第四部分，PCR产物阳离子电泳鉴定第五部分，PCR产物测序鉴定第六部分，目的基因序列变异分析，第一部分的目的基因这些个3个基因在食道癌及其他多种肿瘤中表达，表明它们在肿瘤的发生发展中起着重要的生物科学作用。 汕头大学医学院生物化学与分子生物学教室李恩民课题组对这些个三种基因进行了深入的研究，在国外杂志上发表了SCI收录研究性论文20佚篇，已形成系列优势。 学生们可以查阅相关资料，选择感兴趣的基因进行PCR实验。 ngal (neut

2、rophilgelatinase-associatedlipocalin )是中性粒细胞明胶酶相关载脂蛋白，是载脂蛋白(lipocalin )家族的一员。 NGAL基因的蛋白产物具有保护调节基质金属蛋白酶9的活性，作为小分子铁元素配合物结合蛋白质与生物铁代谢和天然免疫应答等相关。 另外，NGAL作为早期标志物，也有助于判断缺血性肾损伤的程度。 NGAL基因、NGAL的mRNA信息在NCBI核酸数据库有从不同实验室注册的多个版本，包括完全查询密码区的有BC033089和NM_005564等，查询密码长度为597 bp，查询密码198个氨基酸， n末端部长为20个氨基酸的信号肽序列(包含该氨基酸的

3、信号肽预测网站3358 www.CBS.dtu.dk/services/signalp /、信号肽(signal peptide):的任何分泌细胞蛋白质或胞质膜蛋白质等以前体多肽的形式合成， 其n端包括2001年汕头大学医学院生化和分子生物学教室李恩民课题组以永生化食道上皮细胞系SHEE和食道癌细胞系SHEEC作为对照，cDNA微阵列进行筛选，RNA印迹和RT-PCR进行鉴定，cDNA爱沙尼亚克朗测序后与GenBank 结果表明，NGAL基因在SHEEC中出现显着差异，其cDNA序列与小鼠24p3、大鼠NRL (neu-related lipocalin )和人中性粒细胞NGAL具有较高的相似

4、性。 这提示NGAL基因可能在永生化食管上皮细胞球恶性转化中发挥重要作用，可能是新的癌基因或促癌基因。 利用cDNA芯片检测两细胞球差异表达基因a .永生化食道上皮细胞系SHEE B .食道癌细胞系SHEEC， 筛选A B C，用逆转录PCR检测出NGAL是两个细胞球的mRNA水平a .永生化食道上皮细胞系sheecb .食道癌细胞系SHEEC C. 100 bp DNA marker的Fascin蛋白的mRNA全长为2767bp，5末端非翻译区111bp盐化学基，3末端非翻译区1174bp 由1482bp的全查询密码序列区和6个PloyA信号肽组成，查询密码493个氨基酸，分子量约55kD。

5、 Fascin蛋白位于细胞质张力纤维和胞质膜褶边、丝状伪足、微电脑音箱的核心肌动蛋白束中。 Fascin基因、既往研究表明，Fascin基因在子宫颈癌Hela、胃肿瘤AGS、大肠癌LM1215和SW480、胰腺癌BxPC3和T3H4等多种上皮源性肿瘤细胞系中表达上调。 提示细胞球丝状伪足和微棘与细胞球运动、癌细胞转移有密切关系，Fascin蛋白可能在细胞球转移、细胞粘接和细胞球间信息交换等过程中发挥作用。atgacccacgcacgcggtccagccagcctgaggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggg

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13、dynkvaikvgrylkgdhagvlkasaetvdpaslwey、Fascin基因的查询密码区序列、Fascin基因的蛋白质序列， Fascin蛋白质三级结构： Fascin在目前课题组所在食道癌中的具体功能和过度表达反应历程目前还不清楚，该组由4个三叶草结构组成，含有多个折叠日式榻榻米。 为此，我们建立和合成了以Fascin基因为靶的siRNA，试图通过RNA干扰作用的方法减少Fascin基因的表达，探讨Fascin对肿瘤分化、分裂增殖和浸润等生物科学行为的影响。 扫描电镜结果显示，在抑制Fascin表达后，EC109细胞球突触形成明显减少。 细胞免疫荧光结果显示，代表Fascin蛋

14、白的绿色荧光在被干扰作用细胞球(a )中比对照细胞球(b )弱，Ezrin基因、Ezrin是ERM(Ezrin，radixin，moesin )蛋白家族成员之一ERM家族蛋白是正丁酸激酶的接纳体，通过Rho-GTP酶催化剂参与细胞信号。 Ezrin含有585个氨基酸，等电点为6.15，理论分子量为69kD。 Ezrin分子具有大量的电荷(38.5%的氨基酸残化学基带电荷)，这可能是理论分子量与实际分子量不同的原因(Ezrin的实际分子量为80kD )。Ezrin定位和染色体6q25.2-q26，DNA长度为1761盐化学基，含有13个外显子。atgccgaaccaatcatcccagtccac

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