NCBI数据库检索PPT学习课件

1、NCBI数据库检索,National Center of Biotechnology Information,NCBI简介, NCBI就是美国国家生物技术信息中心（National Center of Biotechnology Information） NLM是美国国家医学图书馆（National Library of Medicine） NIH是美国国立卫生研究院 （National Institutes of Health）,NCBI中通过Entrez可互查的数据库,NCBI数据库,Nucleotide：DNA序列数据库 Protein

2、：蛋白质序列数据库 Genome：基因组序列数据库 Structure：分子结构模型数据库 Popset：种群、种系发生或突变序列数据库 Taxonomy：微生物类别数据库 OMIM：人类孟德尔遗传学在线数据库。,一. Nucleotide(GenBank),该数据库由国际核苷酸序列数据库成员美国国立卫生研究院GenBank、日本DNA数据库(DDBJ)和英国Hinxton Hall的欧洲分子生物学实验室数据库(EMBL）三部分数据组成。,二 . Genome,即基因组数据库，提供了多种基因组、完全染色体、临近序列图谱以及一体化基因物理图谱。,三. Structures,即结构数据库或称分子模

3、型数据库（MMDB），包含来自X线晶体学和三维结构的实验数据。MMDB的数据从PDB（Protein Data Bank）获得。,四. Taxonomy,即生物学门类数据库，可以按生物学门类进行检索或浏览其核苷酸序列、蛋白质序列、结构等。,五. PopSet,包含研究一个人群、一个种系发生或描述人群变化的一组组联合序列。PopSet既包含核酸序列数据又包含蛋白质序列数据。,六. OMIM,孟德尔遗传学(OMIM)数据库是人类基因和基因疾病的目录数据库。该数据库包括原文信息、图片和参考信息，同时还可以链接到Entrez系统MEDLINE数据库中相关文献和序列信息。,PubMed数据库检索,一、P

4、ubMed数据库简介,PubMed是美国国家医学图书馆(NLM)下属的国家生物技术信息中心(NCBI)开发的、基于WWW的医学数据库查询系统。 PubMed的网址： /pubmed /entrez/query.fcgi,PubMed,数据类型：期刊论文、综述、以及与其他数据资源链接。 特点： 1.免费提供题录和文摘2.可与提供原文的网址链接 (部分免费获取） 3. 操作简便、快捷,期刊来源地理分布,北美 (31%),欧洲和中东 (52%),非洲 (1%),中南美洲 (2%),ASIAN, A

5、ustralia (14%),MEDLINE 2919 独有,BIOSIS 3071,2043 shared,BIOSIS 与 MEDLINE的覆盖范围,MEDLINE：联机医学文献分析和检索系统,BIOSIS (Biosciences Information Service, 美国生物科学信息服务社),4,400 Employees,11,500 Employees,2,800 Employees,9,900 Employees,Intl Legal 2. 初步的功能分析：细胞周期，caspase酶的抑制因子，等等。,NM_001168.2：Survivin,Human Survivin！,

6、获取蛋白质的序列信息,Survivin：142aa,结 论2,人的Survivin蛋白质包含142个氨基酸，序列标识符为：NP_001159.2,获取FASTA序列,FASTA格式的序列,PHI-BLAST: find domain,填入蛋白质的FASTA序列,BIR domain,结 论3,Survivin具有保守的功能结构域BIR,如何进行Survivin功能分析。如：亚细胞定位，活性中心位点，3D结构。,/,UniProt: 蛋白质数据库,在人中做BLAST搜索,Survivin：O15392,Survivin的蛋白质信息,功能注释,结论4：功能分

7、析,1. 在瘤形成过程中可能起一定作用； 2. 阻碍G2/M期的细胞编程性凋亡； 3. Chromosomal passenger complex (CPC)的成员之一。 细胞亚定位：胞质，核。,PDB：三级结构数据库,Survivin的三级结构信息,Raswin: 三级结构显示,Raswin: 三级结构显示,总 结,1. 该基因为人的Survivin基因，染色体定位：17号染色体，73721872-73733311；基因标识符：NM_001168.2; 2. 人的Survivin蛋白质包含142个氨基酸，序列标识符为：NP_001159.2 3. Survivin具有保守的功能结构域BIR 4. Survivin的细胞亚定位：胞质，核，其功能有： (1) 在瘤形成过程中可能起一定作用； (2