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文档简介

1、分子进化分析系统发生树的构建、分子系统发育分析、系统发育分析是研究物种进化和系统分类的一种方法，研究对象是具有遗传信息的生物大分子序列，利用特定的数理统一算法修正生物间生物系统发生的关系。 用系统进化树来概括生物之间的这种亲缘关系。 2、系统发育进化树(Phylogenetic tree )以树状分支图形概括各种生物之间的亲缘关系。 系统进化树的主要构成：节点(node ) :每个节点表示一个分类单位(属，个体群)。 进化分支(Clade ) :指从同一生物进化而来的单一系统群。 实体被抽象化为节点，实体间的进化关系被抽象化为连接研究对象：包括基因序列、基因组的排列方式、二级结构、编码蛋白序列

2、及高级结构等，分子系统发育的核心是系统发育进化树、分子系统发育分析、3、 分支：由两种以上的生物(DNA序列)及其祖先组成的分支。 进化分支长度：用数值表示的进化分支的变化程度(遗传距离)距离尺度：生物或序列差异的数字尺度。 根：所有分类的共同祖先。 外群：一个或多个无可争议的同源种类与分析序列有适当的亲缘关系，找到距离尺度、一个单位、系统进化树、0.5、4、建立目的基因(基因组)进行多序列对照，选择建立方法，进化树、进化树评价、ClustalX ModeltestMrModeltest (碱基置换模型筛选软件) phylipmegaphymlpaupbeastfigtree (树显示软件)

3、TreeView (树显示软件)、 基于系统发展距离的方法unweightedpairgroupmethodusingarithmeticaverage (up GMA )非加权组平均法最小演算(me ) 最小进化邻接合并法基于Character-based methods特征的方法最大似然法(MP )最大简化法最大似然法(ml )最大似然法速度距离法最大简化法，系统发育NCBIBLAST输入序列名称： unculturedbacteriumcloneyu 201 h 10序列号： FJ694683/FJ694514文献： titlecircumpolarsynchronyinbigriverbacterioplankton序列长度： 353相似比CLUSTALX是CLUSTAL多数组匹配过程的windo oon clus talx提供了一个整体环境，用于匹配和分析多个序列和轮廓。 顺序显示在画面的窗口中。 使用多色模式，可以在归类中突出显示维护区域的特性。 在窗口顶部的下拉菜单中，可以选择传统的多重归类和轮廓归类所需的所有选项。 Clustalx的对照结果是构建系统树的前提，打开软件Clustalx，选择具体步骤、必要时对照的菌株及对应序列。 顺序COPY到记事本1 )文件加载顺序2 ) al

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