浪潮天梭系统集群培训资料PPT课件.ppt

1、浪潮天梭TS10K集群培训,8/12/2020,Inspur group,一、什么是集群？,“联结起来的计算机的集合，整个系统使用起来像一个单一的一体的计算资源” - Greg Pfister, In Search of clusters,二、为什么用集群？,通俗的说，就是单一计算节点的资源已经无法满足我们的计算需求，比如内存的容量，cpu的计算能力。也许一个算例我们要计算数周甚至数月，这时候我们就需要用到集群来处理这些计算问题。,三、集群有哪些部分组成？,计算节点：承载集群的计算任务 管理节点：用户登录、管理调度整个集群、任务提交等，提供对整个系统的监控管理 存储节点：存储大量的计算数据，高

2、可用，高安全,硬件架构,网络架构,网络规划,管理ip：11.11.11.100管理节点 11.11.11.131计算节点 11.11.11.3235 io节点 计算 ip：10.10.10段，尾数同上 IPMI网络：11.11.100.100管理节点 11.11.100.101104 io节点 11.11.101.100 第一个刀箱，对应101120，cu01cu20 11.11.102.100 第二个刀箱，对应101121，cu21cu31,8/12/2020,Inspur group,需要的条件：,1、客户端与集群连通 2、客户端如果为linux可以直接ssh登录到管理节点；如果为wind

3、ows系统，需要安装相应软件 3、一个合法账号！ 4、相应操作知识积累,并行环境搭建,Linux集群并行环境主要配置以下4个服务 1、rsh服务 通讯服务 2、ssh服务通讯服务 3、nfs服务 目录共享 4、nis服务 用户同步,并行环境搭建-rsh服务配置,rsh服务配置 开启root用户对所有节点的rsh权限 1、编辑/etc/hosts节点名称解析，加入所有（包括本机）节点的ip地址和对应的计算机名； 此文件在一台机器上编辑完毕可以拷贝到别的节点上使用；注意127.0.0.1这一行不要动，否则会影响到服务器的正常使用。 例如： 11.11.11.100 mu01 11.11.11.1

4、cu01 11.11.11.10 cu10,并行环境搭建-rsh服务配置,2、编辑/root/.rhosts和/etc/hosts.equiv，加入所有节点的计算机名 例如： mu01 cu01 cu10 3、开启rsh服务：setupsystem services*rsh*rlogin*rexec,并行环境搭建-rsh服务配置,4、编辑/etc/securetty，加入rsh，rexec，rlogin（在文件后面添加就可以） 5、重起服务service xinetd restart rsh的配置需要在所有节点上进行。,并行环境搭建-ssh服务配置,1、在mu01上以root登录，然后运行ss

5、h-keygen t dsa，目的是简单的在 /root下创建目录.ssh，当提示输入passphase时打入两次回车。这将生成/root/.ssh/id_dsa和/root/.ssh/id_dsa.pub 2、在cu01上以root登录，运行ssh-keygen t dsa，然后在mu01上运行scp /root/.ssh/ id_dsa.pub gpu01：/root/.ssh/authorized_keys，在cu01的/root/.ssh/目录下运行cat id_dsa.pub authorized_keys，再运行scp authorized_keys gpu02：/root/.ss

6、h/,并行环境搭建-ssh服务配置,3、在cu02的/root/.ssh/目录下运行cat id_dsa.pub authorized_keys，再运行scp authorized_keys cu03：/root/.ssh/ 4、重复以上步骤在后面结点上，在最后的计算节点上将生成一个完整的authorized_keys文件，然后把authorized_keys文件用scp命令拷贝到其余所有节点的/root/.ssh/目录下，ssh配置完成。,并行环境搭建-nfs服务配置,server端配置 1、建立文件/etc/exports（若已存在该文件，则先删除再重新建立） 2、vi /etc/expo

7、rts/，在文件内添加上语句： /home *(rw,no_root_squash,sync) /opt*(rw,no_root_squash,sync) （目录为需要共享的目录，目录和星号之间有空格。） 3、激活nfs chkconfig nfs on service nfs restart 此时可以到client上用showmount e IP（或者server的主机名）来扫描server端共享的目录。若exports文件重新编辑了，可以运行exportfs rv来更新一下，这样client端就可以挂载修改后的目录了。,并行环境搭建-nfs服务配置,client端配置 1、扫描可以使用的s

8、erver目录：showmount e mu01 2、使用mount将远程主机分享的目录挂载进来： mount t nfs vers=3 mu01:/opt /opt 此时可以通过df命令看挂载是否正常； 为了实现开机自动挂载还可将 mount t nfs vers=3 mu01:/opt /opt 写入到/etc/rc.local中以使节点启动后自动挂载目录。,并行环境搭建-nis服务配置,server端配置 1、配置NIS域名 nisdomainname TS10K 把NISDOMAIN=TS10K添加到network里 实现开机自动配置域名 2、开启两个服务： service yppas

9、swdd start service ypserv start(需要先配置NIS域名才能启动成功) 可以使用rpcinfo u 本机名 ypserv 察看ypserv是否启动，若成功启动会看到： program 100004 version 1 ready and waiting program 100004 version 2 ready and waiting,并行环境搭建-nis服务配置,若没看到，则把ypserv重新启动一下即可。 回车后会显示类似内容：mu01 has been set up as a NIS server ,now you can run ypinit s mu01

10、 on all slave server. 在server端重新建立新用户后，需要到/var/yp 目录下make一下，这样client端才能使用新用户登录 3、数据初始化 cd /usr/lib64/yp ./ypinit m ctl+d来结束这个命令 再打入回车,并行环境搭建-nis服务配置,client端配置 1、设定NIS client setupauthentication configuration*use NIS 填写：Domain：TS10K （NIS的域名） Server： mu01 （server端的名称或者ip） 2、开启服务 setupsystem services*y

11、pbind service ypbind restart 使用命令：ypcat passwd 可以发现在server端建立的帐户名称被列举了出来；若使用这些帐户的话需要在本地/home目录下建立其相对应的用户目录。,编译环境,集群中现存的编译器 gcc icc ifort mpicc mpiicc等 调用集群内部高速的IB计算网络，通常使用 mpirun -genv I_MPI_DEVICE rdssm np machinefile +执行文件 rdssm即是mpirun编译器调用IB协议的参数。 如果是ssm，则是使用以太网络。,编译软件,安装intel C编译器，fortran编译器，mk

12、l数学库一体包。 安装intel mpi编译器。 安装目录：/opt/intel 计算节点挂载管理节点的nfs共享安装路径调用编译软件等。,编译软件-Intel 并行环境变量设置,在/.bashrc里加入如下三行 source /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/bin/compilervars.sh intel64 #intel编译器 source /opt/intel/mkl/bin/intel64/mklvars_intel64.sh #intel数学库 source /opt/intel/impi/5.0.2.044/bin64/mpivars.sh #

13、intel mpi 执行source /.bashrc使编译器环境变量生效。 可将它写进/etc/bashrc里，新加用户将其作为默认编译器,MPI程序的并行编译,编译方法： mpicc -o hello hello.c mpiicc o hello hello.c 执行方法： ./hello 注：1，mpicc是调用gcc为底层 的编译，mpiicc是调用icc为底层的编译。 2，源代码需支持并行编译。,程序编译步骤简介 下载源码包（不是版本越新越好） 查看INSTALL文件或官方installation指导（查看依赖和参数） configure -prefix=path/to/your/s

14、oft （可选） make make install 依赖库 1. 查看版本 2. 指定安装路径 3. 设置环境变量 写到 /.bash_profile (普通用户) export PATH=$PATH:/path/to/your/bin export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/path/to/your/lib,软件编译,TSExa并行文件系统,底层为lustre并行系统，包含4台2U机架式5270M4，其中两台io01,io02做为mds双机互备节点，另外两台io节点作为oss节点，各自挂载一部分存储空间分别为ost0，ost1，且为双机互备。 Md

15、t包含两块硬盘做raid1；ost包含7块硬盘做raid5，剩下一块全局热备盘，共计17块硬盘。 每个ost约22T空间，共约44T空间。,TSExa并行文件系统,Io01与io02存在心跳，io03与io04之间存在心跳，当一节点宕机时，另一互备节点会接替其挂载资源并提供服务。 管理节点mu01,及31台计算刀片为lustre的客户端，挂载目录为/lustre即为存储空间，可用df h查看。 挂载指令mount.lustre ibio01o2ib,ibio02o2ib:/lustre /lustre,TSCE集群作业管理调度软件,TSCE集群作业管理调度软件常用作业指令 qnodes,pbs

16、nodes用于查看当前可用节点与核心数。,TSCE集群作业管理调度软件,qnodes与pbsnodes等效，通常可以qnodes l all查看节点是否就位,qsub作业提交，用法：qsub test.pbs qstat查看作业状态。 qstat an查看作业使用节点及核心情况,TSCE集群作业管理调度软件,qdel删除作业，用法：qdel 作业号 几种作业的状态（S）： Q 作业排队 R 作业执行 C 作业清除 E 作业退出,TSCE集群作业管理调度软件,PBS相关指令,管理节点服务： pbs_server，作业管理服务 maui，作业调度器 计算节点服务： pbs_mom，作业调度子服务，

17、与pbs_server相对应 service pbs_server status查看服务状态。 每次重启pbs_server服务时，需对应重启pbs_mom服务，最终保证qnodes下没有down的节点。,所装软件版本,intel parallel 2015.1.133 /opt/intel intel 编译器 Intel mpi 5.0.2.044 /opt/intel/impi/intel并行mpi TSCE 3.3 /opt/tsce 浪潮作业调度软件，集成torque ansys 14.0/opt/soft/ansys应用软件 pdsh 2.29/opt/pdsh-2.2.29 并行批

18、处理软件 mpich 3.0.4 /opt/soft/mpich3.0.4 编译器 所有节点操作系统 RHEL 6.5,Vasp脚本,#PBS -N vasptest #PBS -l nodes=3:ppn=12 #PBS -l walltime=12:00:00 #PBS -q batch #PBS -V #PBS -S /bin/bash cd $PBS_O_WORKDIR EXEC=/opt/software/vasp5.3.5/vasp（具体目录视情况而定）,NP=cat $PBS_NODEFILE | wc -l NN=cat $PBS_NODEFILE | sort | uniq

19、| tee /tmp/nodes.$ | wc -l cat $PBS_NODEFILE /tmp/nodefile.$ mpirun -genv I_MPI_DEVICE rdssm -machinefile /tmp/nodefile.$ -n $NP $EXEC rm -f /tmp/nodefile.$,TSCE网页管理界面,远端输入登陆ip:8080/TSCE可调出TSCE的网页管理界面,TSCE网页管理界面,主界面,TSCE网页管理界面,TSCE网页最主要的功能集群监控,8/12/2020,Inspur group,集群批处理软件使用,pdsh是集群常用并行批处理软件 rootmu

20、01 test# pdsh w cu01-31 uptime allc串行处理,机器开机说明,1 将所有PDU加电，等待1分钟,待设备完成加电自检。 2 开启存储阵列，需要先开扩展柜，再开主柜，直接打开电源即可。（若如掉电，存储尽量保持开机状态） 3 开启管理节点mu01，约两分钟进入系统。 4 开启TSExa系统元数据节点，即 io01与io02，约两分钟进入系统，进系统后，执行crm_mon检查互备是否正常，如果不正常需要重启pacemaker和corosync服务。 5 开启oss节点，打开io03与io04，约两分钟进入系统，判断互备是否正常。 6 待io节点都开机后正常后，依次打开3

21、1个刀片计算节点。 7 mu01挂载并行文件系统。 常规检查： rootmu01 #mount.lustre ibio01o2ib,ibio02o2ib:/lustre /lustre rootmu01 # allc uptime rootmu01 # allc “df h|grep /opt” rootmu01 #allc “df h|grep /home” rootmu01 #allc “ypcat passwd” rootmu01 #qnodes -l all,机器关机说明,1先关闭cu计算节点 可以在mu01上用allc poweroff命令把31个计算节点关闭 2 再关闭管理节点mu

22、01，直接在mu01上运行poweroff。 3 如果必要，关闭并行文件系统，io01io04依次关闭（因为已经关闭管理节点，只能现场关闭） 4 最后关闭存储510H及扩展柜，只能现场关闭。 注：1，如果不能现场关闭存储io节点，可以在管理节点上先行卸载lustre挂载，然后关闭io节点，再关闭自身，但存储阵列510H不能命令行关闭。 2，如果关机出现不能正常关机卡在某一步，需手动强制关机，及长按关机键数秒。,节点IPMI管理界面,此界面是集成在主板的硬件管理界面。 管理界面节点需管理节点firefox，输入ip。 管理节点和io节点用户名及密码见铭牌 刀片的管理用户名与密码：root LC6

23、s5d?FW?,存储挂载情况,查看用户存储空间 df -h 整个集群上存储挂载情况为 计算节点 rootcu01 # df h 除本地文件系统外，还包括nfs的mu01节点/opt与io01的/home 管理节点(mount) rootmu01 opt# df -h,新建一个用户并提交作业流程解析,step1 在集群中添加新用户，首先在管理节点mu01上添加新用户 添加用户命令：rootmu01 # /opt/ssh/adduser 新建用户的设置初始密码，用户在拿到帐号后，第一时间，使用该账号登录到mu01，然后ssh到cu01输入yppasswd来更改密码。 新建地用户已配置好基本的并行环境。 Intel 编译器环境变量写到/etc/bashrc里，这样，每个存在用户均调用该环境变量。,新建一个用户并提交作业流程解析,step2 测试用户 新用户添加后，尝试使用新用户test登录 rootmu01 # su - test testmu0