bioinf9.ppt

1、九、核酸序列的其他分析方法,分子量（molecular weight）,1. 确定DNA序列的分子量和碱基组成,单链DNA（single strand DNA，ssDNA） 双链DNA（double strand DNA，dsDNA）,碱基组成（composition）,各种碱基数量 各种碱基比例,分析举例,从美国North Carolina State University微生物系的网页（/BioEdit/bioedit.html）下载BioEdit分析工具,在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析,打开要分析序列的文件并copy序列，在Bi

2、oEdit分析工具的“File”栏目选择“New from Clipboard”粘贴序列,选择被粘贴序列的名称，在“Sequence”栏目点击“Nucleic AcidNucleotide Composition”,文字分析结果和图形结果,2. 序列变换,DNADNA序列之间变换 DNARNA序列之间变换,分析方法（举例）,在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析,打开要分析序列的文件并copy序列，在BioEdit分析工具的“File”栏目选择“New from Clipboard”粘贴序列,选择被粘贴序列的名称，在“Sequence”栏目点击“Nucleic AcidComplete”

3、获得互补序列、“Nucleic AcidReverse Complete”获得反向互补序列、“Nucleic AcidDNA-RNA”获得RNA序列,在“Edit”栏目选择“Copy Sequence to clipboard (Fasta Format)”将获得的序列粘贴到另一个文件,DNA蛋白质序列之间变换,分析方法翻译全长DNA序列（举例1）,在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析,打开要分析序列的文件并copy序列，在BioEdit分析工具的“File”栏目选择“New from Clipboard”粘贴序列,选择被粘贴序列的名称，在“Sequence”栏目点击“Nucleic

4、AcidTranslate Frame 1”获得氨基酸序列,分析结果,分析方法翻译选择的DNA序列区段（举例2）,在SRS检索主页（http:/srs.ebi.ac.uk）点击“Tools”,在Tool网页选择“Nucleic ToolsNucleic Translation Transeq”，点击“Launch”,在Transeq网页选择阅读框和遗传密码类型，输入编码区，粘贴序列,分析结果,分析方法翻译选择的DNA序列区段，显示DNA和氨基酸序列（举例3）,在SRS检索主页（http:/srs.ebi.ac.uk）点击“Tools”,在Tool网页选择“Nucleic ToolsNuclei

5、c Translation ShowseqN”，点击“Launch”,在ShowseqN网页在“display format”栏目选择“one frame translation”、选择阅读框和遗传密码类型，输入编码区，粘贴序列,分析结果,分析限制性内切酶（restriction endonuclease）消 化位点,展示DNA序列的酶切位点图,分离克隆基因或特定的DNA片段 分子标记，如CAPS（cleaved amplified polymorphism sequence）标记,可选择限制性内切酶,分析方法（举例）,在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析,打开要分析序列的文件并cop

6、y序列，在BioEdit分析工具的“File”栏目选择“New from Clipboard”粘贴序列,选择被粘贴序列的名称，在“Sequence”栏目点击“Nucleic AcidRestriction Map”,分析结果,在“Create Restriction Map”页面中选择限制性内切酶种类、选择阅读框等后点击“Generate Map”,设计PCR引物,确定PCR产物片段大小 确定引物所在区段 确定引物序列的长度范围 确定引物Tm（melting temperature）值范围,分析方法（举例）,采用Primer3（/cgi-bin/pr

7、imer3/primer3_www.cgi）软件进行分析,在Primer3的网页粘贴序列，修改参数,分析结果,DNA序列格式修饰,根据需要展示DNA序列,10个碱基一列，每行n列，方便阅读和使用 用数字刻度显示每个碱基位置 用颜色显示不同碱基 在序列左侧标注序列名称,分析方法（举例）,在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析,打开要分析序列的文件并copy序列，在BioEdit分析工具的“File”栏目选择“New from Clipboard”粘贴序列,选择被粘贴序列的名称，在“File”栏目点击“Graphic View”,在“BioEdit Sequence Alignment Ed

8、itor”页面中选择各种参数修饰序列,在染色体上定位DNA序列,涉及 GenBank 的dbSTS 二级数据库和NCBI 的UniSTS 数据库,Forward e-PCR：用待分析序列检索dbSTS数据库或UniSTS数据库 Reverse e-PCR：用STS序列检索核苷酸数据库,采用electron PCR（e-PCR）功能定位DNA序列（/sutils/e-pcr）,已知序列在染色体上的位置 有PCR引物序列的信息,Forward e-PCR分析方法（举例）,在e-PCR网页点击“Forward e-PCR”,在Forward e-PCR网页粘贴序列或输入序列注册号,分析结果（检测到3个定位的marker），点击“Marker”栏目中的marker名称，查看在染色体上的具体位置,选择的marker在染色体上的物理或遗传位置,Re