《chemsketch简介》PPT课件.ppt

1、制 作：鲍霞,计算机在化学中的应用,Chemsketch 简介,2020年9月15日,目 录,1 什么是ACD/ChemSketch 2 ACD/ChemSketch主要功能 3 安装、启动ACD/ChemSketch 4 画简单结构 5 画复杂结构,2020年9月15日,6 超级结构 7 高级画法 8 创建特殊的图象对象 9 其他功能 10 附加功能,2020年9月15日,ACD/ChemSketch 是高级化学发展有限公司(ACD)设计的用于化学画图用软件包，该软件包可单独使用或与其他软件共同使用。该软件可用于画化学结构、反应和图形。也可用于设计与化学相关的报告和出版物。,1 什么是ACD

2、/ChemSketch,2020年9月15日,结构模式：用于画化学结构和计算它们的性质。 画图模式：用于文本和图象处理。 分子性质模式（对以下性质进行估算）： 分子量、组成、摩尔折射率、摩尔体积、等张比容、折射率、表面张力、密度 、介电常数、极性,2 ACD/ChemSketch主要功能,2020年9月15日,ACD/ChemSketch 可以作为画图软件包单独使用，也可作为其他ACD软件的终端使用，如NMR预测软件。 ACD/Tautomers 检查并生成有机结构的最常见的异构体。,2020年9月15日,ACD/Dictionary包含48，000个化学和生物中常见的系统和非系统命名的化合物

3、。全部覆盖200多个领域。包括超过500种不同酶的名称和结构。(只有商业版有)。 ACD/pKa预测软件 计算酸在25度下的电离常数，特殊结构化合物的离子校正系数(必须作为ACD/ChemSketch 的附件购买),2020年9月15日,ACD/LogP 预测软件 计算中性分子的醇/水分配系数(LogP)预测值(必须作为ACD/ChemSketch 的附件购买) ACD/沸点与蒸汽压预测软件 计算从0.001 mmHg到10个atm下任意压力下的沸点，一般情况下精确到10更好(必须作为ACD/ChemSketch 的附件购买),2020年9月15日,ACD/预测溶解度软件 计算不同pH值下的溶

4、解性(必须作为ACD/ChemSketch 的附件购买)。 包括第二排和第三排元素的化合物性质的预测更加准确，如折射率、摩尔体积、密度的估算等。,2020年9月15日,3 安装、启动ACD/ChemSketch,2020年9月15日,结构(Structure)和绘图(Draw)。,结构模式 ：画化学结构。,绘图模式 ：提供工具用于创建海报、报告和反应图,4 画简单结构,2020年9月15日,2020年9月15日,当您在元素周期表中选择新的原子时，在原子工具栏中自动增加了相应的按钮。当您要将其从原子工具栏中去除它时，双击它即可。 若想改变您创造的结构的性质(如创建一个粗键或增加原子的字体)，首先

5、单击选择/移动按钮，再双击结构的任意部分，将弹出性质面板任何改变将只影响选定部分。若想改变整个结构，要保证选定了全部结构。,2020年9月15日,调整屏幕按钮,实际尺寸 全屏幕,全部调整 选择调整,2020年9月15日,使用常用画图工具,设定垂直键按钮,延长链,氟取代（取代某个基团）,打开元素周期表,2020年9月15日,连续画图工具,用于原子“衍生”：选择F原子， 点击某个碳原子，双击以“衍生”出F原子，在同一碳原子上双击，以“衍生”第二个F原子 。（取代碳上的氢）,使用鼠标画图,2020年9月15日,“清洁”：使键长和角度平均化,2020年9月15日,远离您的键 指向您的键 等同键,202

6、0年9月15日,编辑原子标签工具,点击原子标签工具 按钮，然后将鼠标移动到结构中最右端的F原子上。再打开的编辑标签(Edit Label)对话框中，键入(CH2)3PH，再点击插入键(Insert )，画出如下结构。,2020年9月15日,利用已激活的编辑原子标签工具(Edit Atom Label)，点击已得到的缩写，将编辑标签对话框再次打开，点击“展开”(Expand)键，得到如下结构 ：,2020年9月15日,在编辑标签对话框中键入(OH)2SCl2，点击插入键(insert），注意标签被自动插入指定位置，并自动生成索引。,选择改变位置工具，点击标签使其变为 ：,目标化合物,2020年9

7、月15日,按下SHIFT键，点击标签三次，以改变标签上连接的原子。 在结构工具栏中，点击设定水平键 按钮，点击指定的键，将原结构转变为如下形式：,2020年9月15日,翻转结构,水平键 垂直键 翻转键 上下翻转键 左右翻转键,设定水平健、垂直健或健的翻转，首先选择相应的按钮，再点击相应的健即可。 进行上下翻转和左右翻转，首先选择目标结构和或图象，点击相应的按钮即可。,2020年9月15日,5 画复杂结构,5.1 使用原子团表 5.2 使用环结构 5.3 删除原子和图象 5.4 替换原子 5.5 设定双键和叁键 5.6 标定电荷 5.7 显示原子性质,2020年9月15日,5.1 使用原子团表,

8、2020年9月15日,点击COOH按钮,点击设定垂直键按钮,5.2 使用环结构,2020年9月15日,删除结构中的所有羟基和羧基： 1. 依次删除每个原子；2. 一次自动删除所有原子。,5.3 删除原子和图象,2020年9月15日,5.4 替换原子,注意： 在连续画图模式下，不能替换原子,2020年9月15日,5.5 设定双键和叁键,2020年9月15日,当您使用电荷按钮或对一个非金属的原子进行电荷标定时，相应的氢原子也随之加减，以保证化合价的正确。如果您对一个金属原子进行电荷标定，电荷的增减决定于它自身的化合价。,5.6 标定电荷,2020年9月15日,原子的化合价或同位素质量，或者改变原子

9、的大小，点击选择/移动按钮。双击需要改变性质的原子。这时出现性质对话框。,5.7 显示原子性质,2020年9月15日,6 超级结构,6.1 2D优化 创建环烷烃结构 画环形的氨基酸 6.2 3D优化 创建双2，2，2环己烷结构、三将军结构 创建三环己烷结构 3D画法：show3D 创建一个库班(Cubane) 创建一个十二面体结构,2020年9月15日,6.1 2D优化,创建环烷烃结构 练习：用以上方法画10个碳和8个碳的环。,2020年9月15日,画环形的氨基酸 TyrAlaTrp 注意： 在固定原子团前，可通过按TAB键翻转原子团。,2020年9月15日,2020年9月15日,2020年9

10、月15日,2020年9月15日,练习画如下缩氨酸：,PheLeuOrnVal Pro Pro ValOrnLeuPhe,2020年9月15日,如何创建一个含有非标准角度和键长的结构。 重要一点： 先去掉位于结构表中性质对话框中增加氢原子标记。 options-preferences-structure,6.2 3D优化,2020年9月15日,创建双2，2，2环己烷结构、三将军结构,2020年9月15日,2020年9月15日,创建三环己烷结构,2020年9月15日,注意： 选定了结构表(Structure tab)中性质对话框(Preferences dialog box）中的3D旋转模式检查对

11、话框，当3D优化后，将自动进行3D旋转。 可通过选择结构表中性质对话框中的交叉键选项，使背景键(background bond)断开或不被标记。,2020年9月15日, 可通过使键向前(Bring Bond to front)或使键向后(Send Bond to Back)命令，改变您感兴趣的键的位置。 可在改变位置(Change Position) 工具激活时，按下SHIFT键，点击键将其由后面转到前面。,2020年9月15日,3D画法：show3D,2020年9月15日,2020年9月15日,注意： 如果工作区中有多个结构，先利用选择工具选取将进行3D优化的结构(您可以利用选择/移动、选择

12、/移动/调整、3D旋转工具) 。 选定3D旋转(3D Rotation) 工具，将鼠标放置在任意原子或键上，在工作区拖动鼠标旋转结构，直到它成为您需要的结构。 在工具菜单中选择显示芳香性命令，显示如下芳香性环：,2020年9月15日,点击3D优化按钮,创建一个库班(Cubane),2020年9月15日,练 习,2020年9月15日,创建一个十二面体结构,2020年9月15日,2020年9月15日,4,6Fullerene-C24,5,6Fullerene-C24,2020年9月15日,高级画法,7.1 插入模型工具 7.2 画结构式的原子团表 7.3 来自模型窗口的模型 7.4 画复杂的生物化

13、学结构 7.5 定义用户模型,2020年9月15日,模型 原子基团表(Table of Radicals) 模型窗口(Template Window) 插入模型工具(Instant Template tool),2020年9月15日,将模型连接到结构上有以下几种方法： 通过连接结构与模型的键： 将鼠标的指针指向特定的键，使结构的键和模型的影子结合，再点击鼠标。 通过模型接近结构：将鼠标指向结构中相应的原子，产生连接键后，点击鼠标。 通过模型和结构之间的螺旋线连接：将鼠标指向要连接的原子，按下SHIFT键，点击鼠标。,2020年9月15日,创建一个环形结构,选择插入模型工具，点击箭头所指原子，创

14、建一个插入模型。点击箭头所指原子，接上模型。,7.1 插入模型工具,2020年9月15日,2020年9月15日,选择正常画图工具，点击指定的原子，完成环,2020年9月15日,创建荧光胺的结构,7.2 画结构式的原子团表,2020年9月15日,在左侧原子工具表中选定氧按钮 (注意此时正常画图工具自动激活)，点击指定的原子，用氧取代。点击鼠标右键，选择连续画图工具，双击指定的原子，连接OH集团。,2020年9月15日,2020年9月15日,创建一个DNA分子图象,7.3 来自模型窗口的模型,2020年9月15日,点击工作区复制选定的模型。 按下SHIFT键，移动鼠标到指定原子，点击以连接下一个去

15、氧核糖-5-磷酸盐图象。,画脱氧核糖-5-磷酸盐链的图象,2020年9月15日,2020年9月15日,选定选择/旋转/调整大小工具。通过拖动矩形选择框选定结构中指定部分，将动作中心拖到指定的氧原子上。按下SHIFT键，拖动结构中选定部分顺时针旋转90度。,2020年9月15日,1、打开模型窗口，由DNA/RNA中通过点击将连接的原子选择您需要的碱基。 2、将鼠标移动到指定的原子上，按下SHIFT键，点击鼠标。,注意：在固定模型的影子之前，您可以点击TAB键将其翻转。,2020年9月15日,重复步骤2给其他核甘酸添加碱基。,2020年9月15日,创建-麦芽糖酶(-Maltose)结构,7.4 画

16、复杂的生物化学结构,2020年9月15日,1、点击打开模型窗口按钮。 2、选择Sugars:alpha-D-Pyr 表，确认您看到的是1(4)Haworth Formulae 页， 如果不是，点击右边箭头，直到找到为止。 3、点击-D-Glucopyranose 糖，在工作区点击复制。 4、重复1-3步骤，选择D-糖表(beta-D-pyranose) ，选择-D-Glucopyranose.,2020年9月15日,5、在ChemSketch 窗口中，点击将其放置在第一个结构的右边。 6、选择ChemSketch碳原子按钮，在-D-Glucopyranose 中点击指定的原子 ，用CH3集团取

17、代它，按下SHIFT 键，将CH3集团拖动到右边，以形成90键。,2020年9月15日,7、对-d-glucopyranose结构重复步骤3，得到如下结构：,8、选择O原子，点击-D-Glucopyranose结构中指定的原子。,2020年9月15日,9、选定选择/移动 按钮，点击工作区附近，选定结构。将鼠标放在结构的任意原子或键上，向左拖动直到OH和CH3集团连接成键。,2020年9月15日,注意： 通过选择工具菜单中的移去氢原子功能(Remove Hydrogens)，将选定结构中的氢原子隐藏起来。,2020年9月15日, 尽管与中心氧原子连接的碳原子被隐藏起来，但它是存在的。如果在您的任

18、务中，它的化学意义很重要，您可以将它们去掉。激活选择/移动工具(Select/Move)，双击需要隐藏的原子。当选项菜单出现后，选择原子表 ，选择元素符号按钮(Atom Symbol) ，右下拉菜单中选择空(Empty) ，点击应用(Apply)。,2020年9月15日,练 习,b-Cellobiose,2020年9月15日,7.5 定义用户模型,将一个ChemSketch文件保存为模型文件 将您的当前文件保存为SK2形式，或在ChemSketch中打开SK2文件。 由模型菜单中选择保存用户模型命令。 在保存用户模型对话框中键入模型的名字，并注意文件保存的路径，如“CACD40Template

19、s alkaloids.sk2”，再点击OK。,2020年9月15日,注意： 您可以为您的文件键入任意名字(例如：对于b_d_fur.sk2文件，Sugare:beta-D-Furanose这样的名字可能更好一些。) 您可以从任何文件创建模型文件，即使它是关闭的也可以。打开模型管理器对话框(模型菜单中)，点击新按钮，找到您需要的文件，为其指定名字即可。,2020年9月15日,一旦您的文件被保存为用户模型，它的名字被自动加到模型管理器中和模型窗口的模型清单中。 您可以对用户模型进行如下操作： 快速找到文件并将其打开进行编辑。从模型清单中(模型管理器中)选定您需要的文件，点击打开按钮。 将您的文件

20、的任意部分复制到工作区(结构或图象)而不必打开文件：在模型清单中找到您需要的文件，点击它并将其放在工作区即可。,2020年9月15日,创建特殊的图象对象,8.1 反应能量图 8.2 画轨道图 8.3 画脂肪和胶体 8.4 创建广告画 8.5 画DNA双螺旋 8.6 画实验装置 精熘,2020年9月15日,8.1 反应能量图,选择绘图模式并选择多线工具，画一条曲线 。,2020年9月15日,1、从曲线起点向右画出控制线。 2、释放鼠标按钮。 3、向上移动鼠标画出曲线的第一部分。,8.1.1 画一条曲线,2020年9月15日,4、向右水平延长控制线。通过改变控制线的长度您可以改变曲线的形式。 5、

21、释放鼠标按钮。 6、向下移动鼠标画出下一部分。 7、重复以上步骤画出下面两部分。 8、点击鼠标右键结束画曲线。,2020年9月15日,8.1.2 画X轴和Y轴 首先画出线，再画箭头。,1、选择画线按钮 。 2、按下SHIFT键，向下拖动鼠标画出Y轴。 3、将鼠标移动到起点，鼠标左键。 4、按下SHIFT键，向右移动鼠标画出X轴。,方法1,2020年9月15日,5、当X轴符合长度后，释放鼠标和SHIFT键。此时两条线成90度。,2020年9月15日,1. 选定Y轴，并点击箭头按钮。 2. 通过点击右侧的小箭头打开下级菜单。,方法2,2020年9月15日,3、在左边框中选择合适的箭头，点击应用。

22、4、同样对X轴选取箭头，注意箭头的方向。 5、选定箭头对话框，点击左上角。 6、使用文本命令 加入注释，再选择90度。,2020年9月15日,8.2 画轨道图,选定画图模式,进行以下操作，画出这样的轨道,2020年9月15日,选定多角(Polygon)模式 1.由起点向右移动水平鼠标，以画出轨道的控制线。 2.释放鼠标。 3.向下移动鼠标，画出轨道的全部。 4.点击轨道。 5.点击鼠标右键两次，结束画轨道。切换到选择/移动/调整大小(Select/Move/Re-size) 工具。,2020年9月15日,5、将光标放在选定的轨道上，按下CTRL键，向下拖动鼠标画出轨道的下半部分。 6、选择上下

23、翻转(Flip Top to Bottom)按钮，点击鼠标左键改变填充颜色的轨道。 7、在调色盘中点击灰色按钮，点击鼠标左键将轨道颜色改变。,2020年9月15日,1、选定椭圆工具，按下SHIFT键在工作区画出圆，将圆涂成黑色。 2、选定多线工具 ，在圆附近点击鼠标画出碳链，点击鼠标右键结束。,8.3 画脂肪和胶体,2020年9月15日,3、选定编辑交点工具 a)通过选择矩形选定所有的点，注意选定的点变为黑色。 b)点击转换成曲线按钮 ，再点击平滑按钮。 c)点击鼠标右键转换到选择/移动/调整/大小工具。,2020年9月15日,4、按下CTRL键，将鼠标放在曲线上，对曲线进行复制。,2020年

24、9月15日,5、拖动曲线如图安排。 如果您利用群按钮(Group) 将所有的元素选定，您可以将它们象一个对象一样处理，如使用选择/移动/旋转 工具使其旋转。,使用复制命令(CTRL+拖动)，群(Group)、旋转90度(Rotate 90)，选择/移动/旋转等命令，包括合并(aligning)和翻转工具(flipping)，您可以画出如下的图形：,2020年9月15日,使用复制命令(CTRL+拖动)，群(Group)、旋转90度(Rotate 90)，选择/移动/旋转(Select/ Move/Rotate)等命令，包括合并(aligning)和翻转工具(flipping)，画出如下的图形：,

25、2020年9月15日,在文件菜单(File)中选择设置页命令(Page Setup)。在出现的对话框中选择广告表(Poster tab)，点击旋转按钮(spin)，设定您的广告中标准页数，请注意您可以看到软件会在虚拟页中自动计算广告的尺寸。,8.4 创建广告画,2020年9月15日,2020年9月15日,在尺寸来源和页边表(Size 等张比容 Pr;密度 d；折射率 n；表面张力 ；介电常数 f()；极性,2020年9月15日,2020年9月15日,自动显示在状态栏,只有点击最右边的状态对话框，并选择相应的性质即可。默认值是分子量。图中显示的是介电常数。,2020年9月15日,使用前面讲的技术

26、画出如下结构： 使用选择/移动工具(Select/Move) 选定结构，在顶部的工具栏中点击检查同分异构(Check Tautomeric Forms) 按钮，程序开始工作，简单所画结构的同分异构，当过程完成后，出现以下结果：,9.2 同分异构,2020年9月15日,1、浏览全部结构，点击前进(Next) 或后退键(Prew) 。 2、用当前显示的结构取代所画的结构，点击取代按钮(Replace) 。,2020年9月15日,插入新页 ：在您的ChemSketch 文件中的任何地方插入空白页，请注意这是一个有用的方法，因为页/新菜单(pages/New menu)将在文件的最后增加页。 克隆页 ：将当前页(包括内容)复制一定次数，在填写含有页模型、表、标题的页时非常有用。新页将添加在文件的最后。,10 附加功能,2020年9月15日,移动/复制页 ：移动和复制页，如改