利用SAS统计软件定位家畜群体QTL.ppt

1、利用SAS统计软件定位家畜群体的QTL,报告人: 殷 宗 俊 安徽农业大学动物科技学院,报告内容,用于QTL检测定位的资源群体类型. 家畜群体QTL检测定位的方法和手段. 利用SAS统计分析软件进行QTL检测定位. 实例分析.,一、用于QTL定位的资源群体,QTL定位主要是确定其在连锁图上的位置，定位的依据是遗传标记与数量性状之间的相关性，其基本步骤为：,资源群体构建(试验设计)数据收集构建标记连锁图谱标记-QTL连锁分析或连锁不平衡分析及定位。,资源群体类型,近交系杂交,分离群体,BC 设计,TC设计,F2 设计,重组近交,FS 设计,HS 设计,孙女设计,动物模型,二、家畜群体QTL定位的

2、方法和手段,现状 目前，用于分离群体QTL区间定位的统计方法主要有最大似然法和贝叶斯方法等，不同的方法也都形成了很多相应的分析软件，但从现有软件的使用情况来看，在使用上存在许多不便： 专用性太强； 对分子与表型数据的录入要求十分严格； 输出的结果不易被完全理解，使用起来有一定的难度。,),SAS统计软件的强大功能,SAS统计分析软件具有强大的计算分析功能，并具有易编程和直观易懂等优点。 Proc mixed; Proc nlin; Proc ilm; SAS Macro,三、回交群体的QTL分析,Proc Nlin; R=0.30; /* Recombination fraction from

3、 the linkage map */ parms a=1 r1=.15 mu=0; bounds 0 = r1 = R; r2=(R-r1)/(1-2*r1); if M=1 and N=1 then x=r1*r2/(1-R); if M=2 and N=2 then x=1-r1*r2/(1-R); if M=1 and N=2 then x=r1*(1-r2)/R; if M=2 and N=1 then x=r2*(1-r1)/R; model y=mu-a*x; run;,1、SAS程序（最小二乘分析）,运行结果,Gauss-Newton Iterative phase Iter

4、r1 a Squares 0 0 1.0000 2069.6 1 2.0540 1.5945 1489.4 8 0.2550 3.6547 89.1923 9 0.2619 3.5742 89.0796 10 0.2618 3.5755 89.0796 11 0.2619 3.5755 89.0796,标准差与置信区间,Approx Parameter Estimate Std Error CI(95%) r1 0.2619 0.0683 0.2115 0.3122 a 3.5755 0.5627 1.7279 5.5866,四、半同胞群体的QTL分析,分析模型： 通用SAS程序编制 程序中考

5、虑了双侧翼标记单个区间的情况，但对于多标记的情况程序也是适用的，只要在原程序的基础上进行适当的扩展即可。QTL区间定位的分析方法采用常规的最大似然法。,混合模型过程的最大似然求解,proc mixed data=sire method=ml; class sire; model y=sire; run; proc mixed data=sirel method=ml; by l1; class sire; model y=sire; random z1*sire; run;,运行结果,Obs L0 interval L1 LA LRT 1 24062.46 1 0.0001 24028.12

6、34.3348 2 24062.46 1 0.0101 24024.96 37.4966 3 24062.46 1 0.0201 24021.91 40.5500 4 24062.46 1 0.0301 24019.07 43.3876 5 24062.46 1 0.0401 24016.56 45.8991 6 24062.46 1 0.0501 24014.48 47.9816 7 24062.46 1 0.0601 24012.91 49.5503 8 24062.46 1 0.0701 24011.91 50.5477 9 24062.46 1 0.0801 24011.51 50.9498 10 24062.46 1 0.0901 24011.69 50.7674 11 24062.46 1 0.1001 24012.42 50.0430 12 24062.46 1 0.1101 24013