现代医学信息处理及方法：第三章 文献管理软件在文献分析和论文写作中的应用

1、第3讲 文献管理软件在文献分析与论文写作中的应用,Endnote X 使用方法,School of Public Health Lanzhou Univ.,你是否有这些苦恼？Problems,要用数个小时的时间为文章添加几十甚至是上百篇的参考文献，而且多需手工输入，更改其格式 文章成型后修改，增删参考文献，重新编号 重复引用同一篇文章 费时，费力且容易出错 向国外投稿被拒，转投其他杂志，又需要重新更改文献格式（如果遇到按文献出现顺序按作者姓名排序的转变，那是非常悲惨的事情）,School of Public Health Lanzhou Univ.,文献管理软件(Bibliographic /

2、Citation Manager),产生背景： 知识大爆炸，论文层出不穷 信息为我所用的条理性 主要功能： 日常以数据库方式管理文献 与Word协同，方便地插入引文，自动产生文献列表 修改编辑文章时，参考文献重新排序 改投杂志，快速根据要求改变参考文献的格式,School of Public Health Lanzhou Univ.,一些常用的数据库 中文：CNKI、VIP、万方数据库等 外文：Sciencedirect (SD)、Blackwell、Proquest、Ovid、Springer等,School of Public Health Lanzhou Univ.,国外该类软件的流行

3、已作为科研工作者、学生、图书馆工作人员等必备的工具软件 从下图中，可见一斑 STROKE/等各大杂志,School of Public Health Lanzhou Univ.,School of Public Health Lanzhou Univ.,各大数据库都有相应的直接导出(Direct Export)通道 ISI Web of Science, Highwire Press, Ovid, OCLC, ProQuest等 举例：OVID、HIGHWIRE,School of Public Health Lanzhou Univ.,

4、HIGHWIRE: /,School of Public Health Lanzhou Univ.,常用文献管理软件,国外三大软件： Endnote、Reference Manager、Procite 国内同类型软件： 医学文献王、PowerReference等 网络版软件： RefWorks、WriteNote,School of Public Health Lanzhou Univ.,HIGHWIRE: /,School of Public Health Lanzhou Univ.,

5、三大软件同属Thomson 公司 旗下 Thomson公司另外一个大名鼎鼎的信息产品就是 信息整合再利用,School of Public Health Lanzhou Univ.,School of Public Health Lanzhou Univ.,School of Public Health Lanzhou Univ.,SOURCE: ,School of Public Health Lanzhou Univ.,Endnote 软件发展历史,将library储存成一个档案 更方便地管理 PDF全文 Library 显示增至八个字段 新增多种参考文献类型 可将窗口中空白字段隐藏,20

6、05,2005,2006,Endnote软件是Thomson Corporation推出的一款文献管理软件。通过EndNote你可搜索在线书目数据库、组织参考书及图片、快速创建参考书目。,Endnote兼容Microsoft Word 2000, XP, 2003,School of Public Health Lanzhou Univ.,Endnote基本情况,主页： 最新版本：ENDNOTE X （与Windows XP SP2兼容） 系统基本要求： Windows 2000/XP平台 或 Macintosh 平台 安装了Word2000, XP, 或2003 有网络连接(远程检索时) 主

7、要特点： 使用unicode编码，完美支持多国语言，包括中文 方便的Word模板功能 支持网络搜索，文献题录得来全不费工夫 支持PDA移动产品 可与文献可视化(Data Visualization)软件RefViz连接,School of Public Health Lanzhou Univ.,Endnote X 安装过程,Congratulations! Welcome to Endnote!,School of Public Health Lanzhou Univ.,正确安装Endnote后，Word中发生的变化： 多出一个Endnote快捷工具栏： 若没有,通过”视图”菜单工具栏选中En

8、dnote8调出 同时“工具”菜单中多处Endnote的次级子菜单,Endnote的基本功能,Data source 1,Data source 2,Data source 3,Data source n,Reference Library 1,Reference Library n,文献管理 统计分析,撰写论文 和著作等,F I L T E R S,数据库的建立,数据库的管理,数据库的应用,Endnote 的使用,数据库的建立 菜单介绍及数据库管理 数据库的应用,数据库的建立,建立数据库就是将不同来源的相关资料放到一个文件中，汇聚成一个数据库文件，同时剔除来源不同的相同文献信息，便于分析、管

9、理和应用。,手动输入建立数据库 用Endnote直接联网下载 网上数据库输出 格式转换,手动输入建立数据库,Endnote程序主界面,羰基铁,将数据库命名 并存放在某个合适的文件夹下,聚甲基丙烯酸甲酯-羰基铁复合粒子的制备及其磁流变液的性能研究,胡庆林,2006,2006年全国功能材料学术年会,中国甘肃兰州,甲基丙烯酸甲酯,采用原位分散聚合法制备聚甲基丙烯酸甲酯-羰基铁复合粒子,考察了粒子粒径,注意：人名的位置必须一个人名填一行，否则软件无法区分是一个人还是多个人名；关键词的位置也一样，一个关键词一行。,用Endnote直接联网下载,设置常用数据库,联机检索及检索策略,返回检索结果，下载数据,

10、将下载的数据保存到目标数据库,设置常用数据库,联机检索及检索策略,选择相应的 逻辑关系,输入待检索的内容,Hu, b,选择要检索的字段,inst chem* phys* SAME lanzhou,当前的远程数据库,检索策略的储存与调用,正在接受第2-11条记录,已下载文献,下载进程：共20篇 已下载1篇,将下载的数据拷贝 到目标数据库中,下载完毕 点击可查看文献的题录信息,文献题录信息,注：该界面中，下载的文献只是暂存，如果直接关闭，所有信息将丢失。如果需要全部或部分信息，应加以保存。,网上数据库输出,一、Web of Science,检索结果 86条,1 20,二、Elsevier - Sc

11、ienceDirect,选择内容格式,输出格式,数据显示与去重,所有记录,三、SpringerLink,四、ACS,选择下载类型,五、Wiley InterScience,六、中文数据的导入维普,打开Endnote程序文件夹,打开Filters文件夹,将 vip的Filters文件复制到该目录下,vip,六、中文数据的导入维普,六、中文数据的导入CNKI,六、中文数据的导入CNKI,选择目标数据库,附件的管理,Insert Picture：插入图片 Insert Object： 插入任何文件,可通过拖拽、复制拷贝与右键菜单的方式插入pdf文件,将网址或文件的地址链接在这里（可以是多个链接），以

12、后点击即可打开,可以插入一个图片文件，或者一个其他类型的文件,菜单介绍及数据库管理,见中文用户手册,数据库的应用,Endnote工具条 利用Endnote撰写论文 利用Endnote管理读书笔记 利用Endnote分析数据库信息,Endnote工具条,查找待引用的文献,跳到Endnote界面,引用文献格式转换,插入选定的文献,编辑插入的文献,插入备注,编辑数据库中的资料,取消自动格式转换,移除Endnote标记,导出带Endnote标记文档中的文献信息,查找图片,生成图片列表,帮助,利用Endnote撰写论文,有论文模板 没有论文模板 但有现成的参考文献格式 既无论文模板 也没有现成的参考文献

13、格式,有论文模板,Structure and Tribological Properties of Ag Films Deposited at Low Temperature,有论文模板,第一页,第二页,第三页,第四页,标题,作者,没有论文模板 但有现成的参考文献格式,在已建好的Endnote数据库中选择要引用的参考文献,从列表中选择要投稿的期刊,没有论文模板 但有现成的参考文献格式,插入参考文献的第二种方式,在endnote数据库中，选择要插入的文献，右键单击，选择copy，回到word中，右键单击要插入文献的位置，然后粘贴即可；,没有论文模板 但有现成的参考文献格式,插入参考文献的第三种方

14、式 查找方式：利用find citations快捷键,输入任何您记得的信息 然后点击search,1965,这里显示检索到的记录，选定后点击Insert,注：这种方式既可以插入一篇文献，也可同时插入多篇文献,没有论文模板 也没有现成的参考文献格式,首先尝试在endnote output style 网站中查找 网址是： . =none&CITE=none The EndNote Styles Collection contains more than 1200 bibliographic styles for a variety of disciplines. So, almost all t

15、he journals could be found there. 你下载了想要杂志的style后，将该.ens文件复制到你安装的endnote文件夹下的styles文件夹内，（一般来讲，默认安装的话，endnote位置是C:Program filesendnote Xstyles文件夹），再次允许endnote，就可以运用该styles了。,没有论文模板 也没有现成的参考文献格式,以Wear为例修改output style,正文中文献插入的标记格式 It is important because the industry of friction material manufacturing

16、has been always focused on greater customer satisfaction, i.e. (i) improved friction stability, (ii) improved life, (iii) no judder,(iv) no noise, (v) improved rotor compatibility 1. At such high temperatures, friction force suffers from a loss of effectiveness called -fade 10,11. There are many asp

17、erities between the rubbing surfaces because the formation of many micro-contact points, these points are dynamically changing from place to place in fraction of seconds during rubbing 25.,参考文献格式 期刊： P. Decuzzi, G. Demelio, The effect of material properties on the thermoelastic stability of sliding

18、systems, Wear 252 (2002) 311321. 图书： J. Voracek, Introduction to knowledge-base intelligent systems, Pearson Educ., 2002. 报纸： M.H. Cho, E.G. Bae, H. Jang, G. Jeong, D. Kim, C. Choi, The role of raw material ingredients of brake linings on the formation of transfer film and friction characteristics,

19、SAE paper 2001-01-3130, 2001. 技术公报： D. Eggleston, EuracTechnical bulletin 00010433, 2000. 会议论文集： R.A. Issa, D. Fletcher, Neural networks in engineering applications, in: Proceedings of the 29th Annual Conference Colorado State University, Fort Collins, Colorado, April 1517, 1993, pp. 177186.,editout

20、put styleopen style manager,已有的期刊格式,引文格式预览 从中选择一个与Wear杂志格式相近的期刊,Show the full range of pages,正文中文献标记的插入格式,文后参考文献的输出格式,文章写好之后 要移除域代码,保留底稿 有备无患 为转投他刊能够批量修改参考文献格式,公共卫生学院 刘兴荣,从VIP数据库中将检索结果导入ENDNOTE,ENDNOTE练习案例,公共卫生学院 刘兴荣,导入方法 在ENDNOTE中新建或者打开一个已有的library； 进入VIP数据库检索； 导入 从VIP数据库中将检索结果导入ENDNOTE,ENDNOTE练习案例

21、,新建或打开Library,VIP数据库检索,导入ENDNOTE,公共卫生学院 刘兴荣,VIP导入方法总结,ENDNOTE练习案例,公共卫生学院 刘兴荣,CNKI导入方法 在ENDNOTE中新建或者打开一个已有的library； 进入CNKI数据库检索； 对检索数据进行处理，利用CVTCNKI转化为RIS格式； 将RIS格式文件导入ENDNOTE,ENDNOTE练习案例,公共卫生学院 刘兴荣,CNKI导入方法 CNKI导入方法,ENDNOTE练习案例,公共卫生学院 刘兴荣,SD 数据库导入ENDNOTE SD 数据库导入ENDNOTE,ENDNOTE练习案例,公共卫生学院 刘兴荣,Blackw

22、ell 数据库导入ENDNOTE Blackwell 数据库导入ENDNOTE,ENDNOTE练习案例,公共卫生学院 刘兴荣,SpringerLink 数据库导入ENDNOTE SpringerLink 数据库导入ENDNOTE,ENDNOTE练习案例,公共卫生学院 刘兴荣,John Wiley 数据库导入ENDNOTE John Wiley 数据库导入ENDNOTE,ENDNOTE练习案例,公共卫生学院 刘兴荣,Highwire 数据库导入ENDNOTE Highwire 数据库导入ENDNOTE,ENDNOTE练习案例,公共卫生学院 刘兴荣,Pubmed文摘数据库导入ENDNOTE Pub

23、med文摘数据库导入ENDNOTE,ENDNOTE练习案例,公共卫生学院 刘兴荣,Google scholar 数据导入ENDNOTE Google scholar数据库导入ENDNOTE,ENDNOTE练习案例,公共卫生学院 刘兴荣,ACS 数据导入ENDNOTE ACS数据库导入ENDNOTE,ENDNOTE练习案例,公共卫生学院 刘兴荣,Scopus 数据库导入ENDNOTE Scopus数据库导入ENDNOTE,ENDNOTE练习案例,公共卫生学院 刘兴荣,ACS 数据导入ENDNOTE ACS数据库导入ENDNOTE,ENDNOTE练习案例,公共卫生学院 刘兴荣,Ebsco 数据导入

24、ENDNOTE Ebsco数据库导入ENDNOTE,ENDNOTE练习案例,公共卫生学院 刘兴荣,Nature 数据导入ENDNOTE Nature数据库导入ENDNOTE,ENDNOTE练习案例,公共卫生学院 刘兴荣,ENDNOTE其它功能介绍 参考文献国家标准 与WORD文件联用 模板使用 Output style编辑 文献导出、合并 文献分析,ENDNOTE练习案例,公共卫生学院 刘兴荣,ENDNOTE其它功能介绍 与数据库联用检索功能 模板使用 文献编辑、添加、查找、分类等 其它技巧,ENDNOTE练习案例,公共卫生学院 刘兴荣,Google scholar 数据导入ENDNOTE G

25、oogle scholar数据库导入ENDNOTE,ENDNOTE练习案例,公共卫生学院 刘兴荣,Google scholar 数据导入ENDNOTE Google scholar数据库导入ENDNOTE,ENDNOTE练习案例,NoteExpress 2.0 文献管理软件,提 纲,Hard research? Easy work！ 论文写作流程优化解决方案,版权所有（C）2003-2008 北京爱琴海软件,资源电子化带来的新问题 NoteExpress的解决方案 检索，管理，分析，发现，写作 问题解答，互动交流,资源电子化带来的问题,Hard research? Easy work！ 论文写

26、作流程优化解决方案,版权所有（C）2003-2008 北京爱琴海软件,低效的文献收集方式：全文下载，在线阅读 无序的文献存储方式：重复下载，遗忘丢失 模糊的研究认识状态：人云亦云，感性间接 原始的文献阅读方式：耗时耗力，无法整合 落后的论文写作方式：手工排版，枯燥费时,NoteExpress功能实现,Hard research? Easy work！ 论文写作流程优化解决方案,版权所有（C）2003-2008 北京爱琴海软件,以题录为核心，全面管理文献 辅以附件、笔记功能（NoteExpress独特而强大的功能） 格式化参考文献（内置2700多种国内外期刊格式，而且NE支持复杂格式的中文期刊输

27、出格式）,NoteExpress五大功能,Hard research? Easy work！ 论文写作流程优化解决方案,版权所有（C）2003-2008 北京爱琴海软件,一、检索,Hard research? Easy work！ 论文写作流程优化解决方案,版权所有（C）2003-2008 北京爱琴海软件,NoteExpress提供的检索功能用以解决读者低效的文献收集方式（全文下载，在线阅读） NE是国产优秀软件，对中文支持很好；同时，对于外文数据库支持也相当不错,一、检索,Hard research? Easy work！ 论文写作流程优化解决方案,版权所有（C）2003-2008 北京爱琴

28、海软件,NoteExpress提供了三种方式保存读者检索的结果,手工导入 数据库检索结果导入 NoteExpress集成在线数据库导入,1、手工导入 步骤,Hard research? Easy work！ 论文写作流程优化解决方案,版权所有（C）2003-2008 北京爱琴海软件,1.在题录列表处点击鼠标右键,3.键入与字段对应的相关内容,2.点击新建题录,2.数据库检索结果导入,Hard research? Easy work！ 论文写作流程优化解决方案,版权所有（C）2003-2008 北京爱琴海软件,各大数据库导入NE的大体步骤是一致的，只是不同的数据库在具体的操作上有些细节不一致。（

29、以ProQuest数据库为例）,除了中国知网、重庆维普和万方数据库，其他的数据库题录在导入NE的时候都需要选择相应的过滤器.,一般外文数据库保存题录时， 请选择输出格式为RIS格式、Endnote格式，那么过滤器则选择相应的RIS、Endnote。,3. 在线数据库导入,Hard research? Easy work！ 论文写作流程优化解决方案,版权所有（C）2003-2008 北京爱琴海软件,NoteExpress本身集成了amazon，CNKI，万方，维普，ISI，Willy，Pubmed等数据库，可以在软件中通过统一的界面检索，检索结果直接保存到自身数据库中。 取回检索结果方便快捷。,

30、二、管理,Hard research? Easy work！ 论文写作流程优化解决方案,版权所有（C）2003-2008 北京爱琴海软件,在管理资料的时候，还在采用无序的文献存储方式吗？ 海量的资料，重复下载，遗忘丢失,你浪费了多少时间在管理你的资料上？结果在寻找资料的时候，依然满磁盘也找不到,1. 数据库的建立与拷贝,Hard research? Easy work！ 论文写作流程优化解决方案,版权所有（C）2003-2008 北京爱琴海软件,扩展名为.nel的文件就是NoteExpress2.0的数据库文件,数据库可不可以随身携带？ 是否可以将我的数据库和实验室的同学一起分享,2. 建立数

31、据库组织结构,Hard research? Easy work！ 论文写作流程优化解决方案,版权所有（C）2003-2008 北京爱琴海软件,文件夹太多，并且有着各种逻辑关系，国外参考文献管理软件不支持多层次文件夹结构，NE是否可以建立文件夹组织目录呢？ 几个数据库之间的资料可否优效快速的整合？,3. 查重,Hard research? Easy work！ 论文写作流程优化解决方案,版权所有（C）2003-2008 北京爱琴海软件,占用磁盘空间 更改其中一条题录，其他题录不能同步更新 避免重复下载和重复阅读，浪费读者阅读文献时间的问题。,4. 虚拟文件夹,Hard research? Eas

32、y work！ 论文写作流程优化解决方案,版权所有（C）2003-2008 北京爱琴海软件,对于多学科交叉的文献资料，存放在多个文件夹会浪费空间，查重删除后又不能同时出现在多个文件夹内，给我的文献管理和科研造成一定的麻烦，别的软件没有办法解决这个问题，NoteExpress有没有提供解决办法呢？,4. 虚拟文件夹,Hard research? Easy work！ 论文写作流程优化解决方案,版权所有（C）2003-2008 北京爱琴海软件,NoteExpress独创的虚拟文件夹概念，为多学科交叉的当代科研提供了解决办法 ：同一条文献可以属于多个文件夹但数据库中只保存一条；修改任意一条，其他相同

33、题录同步更新；只有当最后一条题录删除时，该题录才会重数据库中完全删除。,5. 附件管理,Hard research? Easy work！ 论文写作流程优化解决方案,版权所有（C）2003-2008 北京爱琴海软件,使用别的软件，不能管理自己下载的全文，结果文献资料还是一盘散沙！NoteExpress能管理全文吗？ 附件功能进行管理 与这篇论文相关的文件怎么管理？ 附件功能进行管理 支持那些类型的文件？ 所有类型的文件,5. 附件管理 批量链接附件,Hard research? Easy work！ 论文写作流程优化解决方案,版权所有（C）2003-2008 北京爱琴海软件,题录有几千上万条，

34、全文也有几百上千篇一个一个添加简直开玩笑，能不能提供一个工具让它们自动添加上？,5. 附件管理 批量链接附件,Hard research? Easy work！ 论文写作流程优化解决方案,版权所有（C）2003-2008 北京爱琴海软件,展开更多选项工具,1.选择需要添加附件的题录文件夹,2.选择附件所在路径,3.根据选择各选项,4.点击开始,5.显示匹配列表后，根据需要在所选题录处点击鼠标右键进行相应修改,6.确定有点击应用,6. 导入文件,Hard research? Easy work！ 论文写作流程优化解决方案,版权所有（C）2003-2008 北京爱琴海软件,没有使用过NoteExp

35、ress，但是已经下载了大量的全文？ NoteExpress导入文件功能,7. 在线更新题录,Hard research? Easy work！ 论文写作流程优化解决方案,版权所有（C）2003-2008 北京爱琴海软件,导入文件生成的题录信息不完整，我需要完整的题录信息，有什么方法解决这个问题？ 在集成数据库中在线更新题录,7. 在线更新题录 自动,Hard research? Easy work！ 论文写作流程优化解决方案,版权所有（C）2003-2008 北京爱琴海软件,1.选择题录更新的数据库,2.点击,更新结果返回页面,3.选择候选的题录,4.点击应用更新,8.本地检索,Hard r

36、esearch? Easy work！ 论文写作流程优化解决方案,版权所有（C）2003-2008 北京爱琴海软件,怎样快速定位查找所需文献资料？,9.自动推送符合条件题录,Hard research? Easy work！ 论文写作流程优化解决方案,版权所有（C）2003-2008 北京爱琴海软件,我希望关注的研究方向题录能被自动推送出来 检索条件长期保存,10. 组织,Hard research? Easy work！ 论文写作流程优化解决方案,版权所有（C）2003-2008 北京爱琴海软件,目前支持作者、关键词和作者机构的展开，以后可根据用户要求添加。,作者展开：现在，NE2在展开作者

37、组织的时候， 能够将每一个人名作为一个节点进行展开 关键词展开：组织新增关键词展开，与作者类似 作者机构展开：组织新增作者机构展开，与作者类似,11. 回收站,Hard research? Easy work！ 论文写作流程优化解决方案,版权所有（C）2003-2008 北京爱琴海软件,回收站中题录可以回复，避免错删误删带来的损失。 回收站不再只有一个文件夹，而是可以显示出删除的题录所在的文件夹，以方便记忆和管理。,12. 批量功能,Hard research? Easy work！ 论文写作流程优化解决方案,版权所有（C）2003-2008 北京爱琴海软件,能否一次批量对题录进行修改，以提高

38、了管理效率，节约管理文献资源的时间。,版权所有（C）2003-2008 北京爱琴海软件,习惯在看资料的时候做个标记，让管理更加有效，NoteExpress提供标记功能吗？ 能否自己定义标记，让管理题录更加符合个人需求？,13. 标识,Hard research? Easy work！ 论文写作流程优化解决方案,14. 自定义题录类型 作用,Hard research? Easy work！ 论文写作流程优化解决方案,版权所有（C）2003-2008 北京爱琴海软件,所有的参考文献管理软件都只能管理文献资料，比如期刊、书、学位论文等等。NoteExpress能不能建立自己的个人数据库，比如通讯录

39、什么的呢？ 自定义题录类型功能的实现，已经实现了将NoteExpress文献管理软件转换为通用管理软件的的跨越。自定义题录类型，就可以将电脑上的所有个人资料进行管理，比如建立通信录，也可以建立真正意义上的个人数据库。,14. 自定义题录类型,Hard research? Easy work！ 论文写作流程优化解决方案,版权所有（C）2003-2008 北京爱琴海软件,15. 自定义表头字段,Hard research? Easy work！ 论文写作流程优化解决方案,版权所有（C）2003-2008 北京爱琴海软件,能否想要看的信息能在一屏显示，一目了然？ 自定表头字段 可否按照字段自动排序，方便管理资料 支持多重排序,16. 其他功能,Hard research? Easy work！ 论文写作流程优化解决方案,版权所有（C）2003-2008 北京爱琴海软件,NoteExpress多种功能的组合运用，更能提高管理的效率，符